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How to GROMACS(Last update:20070124) Masaomi Hatakeyama 20041005 the beginning to write * Contents * Chap0 はじめに * Chap1 心の準備 * Chap2 GROMACSインストール * Chap3 GROMACS概要 * Chap4 GROMACS詳細その1 demo * Appendix GIFアニメーションの作り方 * Appendix .xvg(xmgrace用)ファイルをgnuplot用ファイルに変換するスクリプト * Appendix g_rotacf * Appendix Put in the wall * Appendix トラジェクトリーファイル(traj.trr)を連結する。 * Appendix 途中でプログラムが止まった時は、、、
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■はじめに いやいや、早くも3ページ目とつにゅ〜。 ここまで読んでくださっている方、どうもありがとー。 ここまでの概要を超簡単にまとめると「Ruby入門」では、他の言語にも共通している 基礎基礎文法について。 「続Ruby入門」では、他のオブジェクト指向言語にも共通している概念について。 話してきました。 今度はちょいとほかの言語にはないようなRuby特有の性質に触れていこう! 第1章 配列、ハッシュ 今度はちょいとほかの言語にはないようなRuby特有の性質に触れていこう! と言いつつも、RubyはPerl譲りな部分が多いので、これら(とそっくりの配列、ハッシュ)はPerlにもあります。 配列はどの言語でも言語機能レベルで用意されてる話。 ハッシュは他の言語ではライブラリなどで用意されているでしょう。 なので、サクサクいきます。 Rubyバイブル[参考本1]によると
■はじめに - いろいろ思うところ - 最後に更新した日からはや5年の月日がたった。Rubyのバージョンも当時は1.4くらいだった気がする。 現在2008年2月28日のRubyの最新バージョンは1.9となりRubyを取り巻く社会的状況もだいぶ変わった気がする。 Ruby on Railsというキラーアプリも登場したこともあってか、世界的にユーザー数も増え、業務アプリケーションを Rubyで作成する人も多くなってきたのではないだろうか。 私個人の変化はというと、研究のデータ処理にもっぱらRubyを活用しているせいか、原核細胞がミトコンドリアと 共生しだして離れられなくなったのと同様に?すでにRubyなしでは研究を進められない状況に陥っている。 別にPerlでもPythonでも慣れれば似たような処理はできるだろうし、最近はPCの性能も高いのでどれをつかっても速度的に 劇的に変化すると
このような場合、内容がどうであってもトートロジーである。 日常会話で、寝ても覚めて、地球が転んだって、どう考えたって、そりゃ明らかだよ、というような場合、 「そりゃ、トートロジーだょ〜!!」 なんて、よく、よくつかったりする。 (ほんとかぁ!?) ================================================================== 10:44 03/01/21 ■遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm:GA) 参考:http://www.yama.info.waseda.ac.jp/~mori/study_history/genetic_algorithm/genetic_algorithm.html 自然選択がでてきたので、こちらもついでにご紹介。 進化計算といわれるものの基礎的な考え方にもなっているので。 参考:http:
最終更新日: 続々々Ruby入門 ■はじめに いったいどこまでいけば、入門が終わるのか… 私にも不明... こんなに大量の文字をメモ帳で打つ人はたぶんいないだろうなぁ… 知らない人のために。メモ帳で32KB(全角16384文字)以上の文字を打とうとすると突然「ピンッ」と音が鳴って「これ以上は書けません」とWindowsに怒られちゃう。 ということで4ページ目。 Rubyの真髄が終わったところで、つぎは核心にせまります!! 第1章 魔法の変数$_ とうとうでてきたな!このやろぉ! 影でこそこそなんだか嫌らしいキミこそ悪の根源?いやRubyの根源か? そんなあなたに独占インタビュー は「あなたはいったい何者?」 $_「私はいたって普通の組み込み変数よん。」 「ただいろんな雑用をみんなの知らないところでやってるだけでございます。」 ということで例題。 例題1-1 p
■はじめに 基本的なところが理解できたところで、肝心のオブジェクト指向のお話。 こちらも間違った記述もあるかもしれないので、参考程度に。 第1章 オブジェクト指向とは オブジェクト指向とは!! 簡単に一言で言うと、 ・操作対象すべてをオブジェクトで考える とでもいえるでしょうか。 じゃぁ、オブジェクトとは? という疑問が出てくると思いますが こちらも簡単に一言で言うならば ・データと操作を持っているモノ。 モノっていったいなんだ? と言われそうですが、椅子や机など物理的な目に見える「物」から、生物、人間、概念などもすべーーーてのモノ。 そういったモノがたくさん集まってプログラムが出来上がっているという考え。 C言語では「関数」が集まってプログラムができている、と考えていたでしょ? Rubyでは、「オブジェクト」が集まってプログラムができてると考えるわけです。
最終更新日: 正規表現を極める!! 待ってろょ。いつかおまえを見つけてやるからな!(仮) ■はじめに 正規表現。Regular Expression。1956年にStephen Kleene氏が論文の中でオートマトンとの同値性を紹介したのが起源、だそうです。 で、まあ、簡単に何をするものかというと、 ・文字列の中から特定のパターンを探すために使われる『記法』 のことを言います。 通常、正規表現だけが単独で使われることはなく、他のプログラミング言語の中で使われます。 有名なところで言うと、良くホームページで見かける掲示板を作るのに使われるPerl言語の中で、使われていたりします。 なぜ、正規表現を使うかと言うと、 プログラムやデータはテキスト(文字)で書かれている場合が多くて、 ワードとかに付いている検索、置換機能じゃしょぼすぎて、複雑な検索ができない。 単に文字を探し出すだ
最終更新日: デザインパターン ■はじめに Erich Gammma,Richard Helm,Ralph Johnson,John Vlissidesの4人(通称GoF:the Gang of Four)の「オブジェクト指向における再利用のためのデザインパターン」という本は有名です。 ある種の良く使うコーディングテクニックを23個のパターンにまとめたものです。「パターン化」というテクニックは、非常に便利です。私たちも日常知らず知らずのうちに「パターン化」を行っています。何度も仕事をこなしていくうちに「経験」という形で体の中にそのノウハウが身についていくのはまさに「パターン化」ではないでしょうか? オブジェクト指向プログラミング言語を使ったときの良く使うパターン23個が掲載されているわけですが、いかんせんムズかしい。 そこで出てきた救世主本が「Java言語で学ぶデザインパターン」結
最終更新日: XP入門 ひそかなMyブーム「テスティングファースト」 ■はじめに 今、私の中でちょっとしたブームが起きてる。そぅ!XP。WindowsXPぢゃないよ。もちろん、Officeでも。。。 XP(ExtremeProgramming)とは、ソフトウェアの世界においてオブジェクト指向開発プロセスとして最近有名なものの一つです。 XPのほかには、RUP(Rational Unified Process)などが有名。 開発プロセスとは、�@ああやって、�Aこうやって、�Bこうやりましょう。。。という指標のようなもの。 「哲学」的な要素も含まれているかも。 今月発売の技術評論社JAVAPRESS[24]に特集がのってました。「eXtremeProgrammingテスト技法(日本XPユーザグループちょ)」も買っちゃいました。 XP関係の本も多数出版されていますし、検索すればかな
最終更新日: リフレクション 「自分自身を自分で変えちゃうのかょッ(仮)」 ■はじめに 何かが変化するとき、直接の原因となるものに外的要因と内的要因がある、ように思う。 たとえば、 輪ゴムが伸びる。 水が氷に変わる。 草や木が成長する。 細胞分裂。 [�T] 無機的なモノがその形を変える場合、えてして、外力が働く必要があるように思える。 [�U] 生命的なモノが変化する場合、そのモノを構成する分子間での協調的な動作の結果、自発的に全体の形が変る、気がする。 (何をもって「生命的」かというのは難しい問題ですが) さて、 [�T]はトップダウン的。中央集権的。[�U]はボトムアップ的。分散強調的。ともいえるだろうか? 我々が普段何か「モノづくり」というときには、[�T]トップダウン的につくる。それを構成している部品(モジュール)が何かを考えて、部品を作り、それら組み立てる。アイボ
最終更新日: RubyUnit入門 研究の息抜きに… ■はじめに わかりやすい本も出ているがサクッとまとめておく。 プログラムを作っているとき、それが正しく動くかどうかを遂一チェックしながら作業を進める。そうしない人もいるかも知れないけどたいていはプログラムが完成する前に何度となく各部分の動作を確認する。ちょっと作ってはちょっと動作確認、ちょっと作っては・・・とやってく。 一気にコードを何百行もカリカリカリカリ書いた後にさぁーコンパイル。動くかナァ。。。なんてしない。やっちゃいけない。絶対に一発で動くわけがない。 多くの場合、その動作確認のために使ったプログラムは捨てられる。そうしない人もいるかも知れないけど、私は捨ててしまう。それか、テストコードもプログラム作成と並行して複雑になって行くかのどっちか。テスト動作を確認したら、安心して次のコードをせっせと作って行く。プログラムは積木
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