Nadat in de GP van 1988 voor het eerst sinds jaren de 125cc-klasse was toegevoegd, was ze in 1989 weer verdwenen. Dat had waarschijnlijk te maken met de kritiek omdat men pas om 11.00 met de laatste zondagtrainingen begon en het programma pas na 18.00 uur was geëindigd. In plaats van te kijken naar andere organisatoren, zoals bijvoorbeeld de TT van Assen, waar vijf klassen aan de start kwamen, bracht men het programma dus terug naar drie klassen. Wel had men een uitstekende controle over de toegang tot het rennerskwartier. Een aantal personen werd tegengehouden met valse toegangskaarten. Via de nummers achterhaalde men een Duits en een Italiaans team waarvan de originelen gekopieerd waren en er werden enkele arrestaties verricht.
Kevin Schwantz pakte zijn vierde achtereenvolgende poleposition, voor Wayne Rainey, Eddie Lawson en Kevin Magee, maar de grote verrassing was de vijfde startplaats voor Randy Mamola. Cagiva had een grote sprong gemaakt door de achtervering helemaal te veranderen. De Öhlins-schokdemper was van een horizontale positie naar een bijna verticale gegaan en men had ook een nieuwe swingarm gebouwd. Men had wel nog een probleem omdat Randy ontstoken amandelen had en daardoor ook een lichte koorts had.
De 500cc-coureurs begonnen aan hun race in Rijeka in de wetenschap dat hun banden het zwaar zouden krijgen. Er ontstond al snel een driemans-kopgroep: Wayne Rainey, Eddie Lawson en Kevin Schwantz. Schwantz beperkte zich het grootste deel van de race tot het volgen van zijn voorgangers, maar toen Eddie Lawson een bocht te ruim nam en het gras in reed keek Rainey hem even na. Toen hij weer voor zich keek zat Schwantz voor hem. Rainey kon zich nog een keer terugvechten, maar Schwantz remde hem steeds weer uit voor de laatste linker bocht. Lawson had toch voldoende tijd gewonnen om ruim voor Kevin Magee derde te worden. Freddie Spencer parkeerde zijn Marlboro-Yamaha al in de eerste ronde tegen de vangrail, naar eigen zeggen door carburatieproblemen. Zijn teambaas Giacomo Agostini viel hem hier voor het eerst echter keihard af. Hij hield het op Spencer's motivatieproblemen.
Opnieuw scoorde Sito Pons een van zijn zeldzame polepositions voor Reinhold Roth en Jacques Cornu. De beste Yamaha-coureur was Luca Cadalora. Martin Wimmer viel in de laatste training en blesseerde zijn linkervoet. Daarom liet hij het schakelmechanisme omzetten naar de rechterkant van zijn machine. Jean-Philippe Ruggia, de topman van Yamaha, was niet tevreden. Nadat de Yamaha's in twee races op snelheid geklopt waren, bleken nu ook de stuurkwaliteiten minder te zijn dan die van Honda.
Na de start nam Reinhold Roth de leiding voor Didier de Radiguès, Sito Pons, Jacques Cornu, Loris Reggiani, Helmut Bradl, Daniel Amatriaín en Luca Cadalora. De kopgroep begon in de zesde ronde uit te dunnen toen Reggiani viel en De Radiguès met een lekkende versnellingsbak uitviel. Vier ronden later kwamen Cadalora en Bradl samen ten val. Uiteindelijk bleven Roth, Pons en Cornu vooraan over. Roth pakte bij het passeren van achterblijvers honderd meter voorsprong, maar hij had al vanaf de start problemen met zijn banden. Pons wist dat hij meer vermogen en meer grip had en pakte in de laatste bocht voor start/finish de leiding.
Stefan Dörflinger en Peter Öttl hadden niets aan hun goede startposities omdat ze zeer slecht wegkwamen. Na de eerste ronde lagen ze op de 18e en de 19e plaats, terwijl het veld werd aangevoerd door Bogdan Nikolov, Manuel Herreros en Herri Torrontegui. In de zevende ronde had Öttl de leiders echter al in zicht en in de tiende ronde passeerde hij in één beweging Torrontegui en Herreros. Torrontegui verloor tijd omdat hij voor de pitmuur stopte om zijn accu te verwisselen. Hij werd daardoor achtste, maar omdat hij niet in de pit gesleuteld had werd hij gediskwalificeerd. Het kostte hem ook zijn leiderspositie in het wereldkampioenschap. Öttl won voor Herreros en Dörflinger.
Met Wayne Gardner (beenbreuk) ging het verhoudingsgewijs goed. Hij had in de weken voor de Grand Prix alweer getraind op het Automotodrom Grobnik en van Dr. Costa toestemming gekregen om in de TT van Assen te starten. Niall Mackenzie was weer fit genoeg om te rijden, maar had nog wel veel last van zijn gebroken knieschijf en botjes in zijn hand. Bubba Shobert revalideerde van zijn ernstige hoofdverwonding bij zijn ouders in Lubbock (Texas), Bruno Bonhuil had een groot aantal breuken opgelopen in Hockenheim. Hij was geopereerd aan een gebroken arm, maar had ook een gebroken borstbeen en een gebroken dijbeen. Hij werd verzorgd in het ziekenhuis van Reims. Fabio Barchitta was er het ernstigst aan toe. Hij was in Hockenheim gedeeltelijk verlamd geraakt en er was geconstateerd dat een zenuw tussen twee rugwervels geklemd zat. Het was nog niet duidelijk of hij volledig zou genezen.
Een totaal onbekende rijder kwalificeerde zich als zesde in de 80cc-klasse, volgens Weekblad Motor ene I. Alvares, die in de uitslagen helemaal niet meer voorkwam. Nog vreemder was zijn machine, een CJB. Dat was de machine van de geblesseerde Nederlander Kees Besseling en "CJB" stond voor Cees Jan Besseling. Mogelijk had Besseling zijn machine toen al verkocht, want tijdens de TT van Assen maakte hij bekend te zullen stoppen.
Giacomo Agostini zat met zijn handen in het haar. Toen zijn beste rijder en wereldkampioen Eddie Lawson plotseling naar Honda was vertrokken had hij als noodgreep een beroep gedaan op Freddie Spencer. Als tweede rijder had hij voor veel geld Niall Mackenzie ingehuurd. Mackenzie was de enige overgebleven (semi-) toprijder en kon vragen wat hij wilde, wetende dat Agostini over veel geld van Marlboro beschikte. Spencer presteerde echter ver onder de maat en Mackenzie had in Duitsland een knieschijf en een hand gebroken. Agostini viel Spencer in Joegoslavië keihard af en stak zijn teleurstelling niet onder stoelen of banken. Hij deed nog voor de helft van het seizoen een aanbod aan Wayne Gardner en Wayne Rainey.
↑Tadahiko Taira reed net als in het seizoen 1988 niet alle races. Zo kon hij meer tijd doorbrengen met zijn gezin en in Japan testwerk verrichten voor Yamaha. Hij werd vervangen door Norihiko Fujiwara.
↑Kevin Magee had na de finish van de GP van de Verenigde Staten een ernstig ongeval veroorzaakt door achter een blinde heuvel een burnout te maken. Daardoor werd hij aangereden door Bubba Shobert. Magee brak daarbij een onderbeen, Shobert hield er een ernstige hoofdwond aan over. Hij was een tijdje in coma gehouden, maar werd intussen thuis door zijn ouders verzorgd. Het Cabin-Honda-team had Rob McElnea als vervanger aangetrokken.
↑Reed in de 500cc-klasse alleen in Groot-Brittannië
↑Reed alleen in Groot-Brittannië als vervanger van de geblesseerde Mick Doohan.
↑Masahiro Shimizu reed slechts de vijfentwintigste tijd, waarschijnlijk omdat dit nog niet de training was waarin hij voluit ging. Voor hij de kans kreeg in een latere training zijn tijd te verbeteren, werd hij in de stad Rijeka met zijn auto van achteren aangereden, waardoor hij een nekblessure opliep.
↑Alberto Rota viel in de training en kon door een diepe vleeswond in zijn arm niet starten.
↑Reed in de 250cc-klasse alleen in Japan en de Verenigde Staten
↑Reed alleen in Japan, Frankrijk, Groot-Brittannië en Zweden.
↑De Venezolaanse Yamaha-importeur Venemotos kwam niet meer in aanmerking voor fabrieks-Yamaha's en daarom was Carlos Lavado brodeloos. Hij had in de GP van Japan gereden met een Honda van een plaatselijke sponsor, maar had nu eigen materiaal gekregen. Er was spake van een JJ Cobas-Rotax, die bij de douane was achtergehouden waardoor Lavado nog niet genoeg had kunnen trainen om aan de Grand Prix deel te nemen. Nu werd bekend dat hij vanaf de TT van Assen de beschikking krijgen over de Rudy Project-Aprilia van de zwaar geblesseerde Fabio Barchitta.