De club werd in 1915 gevormd door een fusie tussen Irún Sporting Club en Racing Club de Irún. Racing won in 1913 al de Spaanse beker.
Samen met andere Baskische clubs Athletic Bilbao, Real Sociedad en Arenas Club de Getxo was Real Unión een van de stichtende leden van de Primera División. Tijdens de Tweede Spaanse Republiek werd de naam veranderd in Union Club de Irún. Na vier seizoenen in de hoogste klasse degradeerde de club en slaagde er niet in om terug te keren. Er werden negen seizoenen in de Segunda División A doorgebracht. Real Unión speelde veertig seizoenen in de Spaanse vierde klasse, de Tercera División. Real Unión won in 2009 het kampioenschap van de regionale groep 1 van de Segunda División B en promoveerde via de play-offs naar de Segunda División A. Een jaar later volgde degradatie.
Ricardo García Arias
· 
· 