Il campionato italiano di calcio di Eccellenza 2008-2009 è stato il sesto livello del campionato italiano di calcio per la stagione 2008-2009, e il primo di livello regionale. Era costituito da 28 gironi gestiti direttamente dai comitati regionali della Lega Nazionale Dilettanti.
^abcdefgpromossa per aver vinto i Play-Off Nazionali
^abcA fine campionato la Virtus Latina 1ª nel girone B e Football Club Latina 2ª nel girone A e vincitrice dei play-off nazionali, si sono fuse nell'Unione Sportiva Latina e il titolo sportivo del Football Club Latina viene ceduto alla neonata Football Club Rondinelle Latina con sede ad Aprilia, mentre a fine campionato la vecchia A.C.D. Aprilia ha cambiato denominazione in S.S.D. Vigor Cisterna con sede a Cisterna di Latina.