Idi na sadržaj

UCKL1

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
UCKL1
Identifikatori
AliasiUCKL1
Vanjski ID-jeviOMIM: 610866 MGI: 1915806 HomoloGene: 101414 GeneCards: UCKL1
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 20 (čovjek)
Hrom.Hromosom 20 (čovjek)[1]
Hromosom 20 (čovjek)
Genomska lokacija za UCKL1
Genomska lokacija za UCKL1
Bend20q13.33Početak63,939,829 bp[1]
Kraj63,956,416 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za UCKL1
Genomska lokacija za UCKL1
Bend2|2 H4Početak181,210,942 bp[2]
Kraj181,226,685 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija aktivnost sa transferazom
nucleotide binding
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
ATP binding
kinase activity
uridine kinase activity
Ćelijska komponenta citoplazma
jedro
citosol
Biološki proces metabolizam
GO:0022415 viral process
pyrimidine nucleobase metabolic process
UMP salvage
CTP salvage
Fosforilacija
nucleoside metabolic process
pyrimidine nucleoside salvage
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)
NM_001193379
NM_017859
NM_001353475
NM_001353476
NM_001353477

NM_001353478
NM_001353479
NM_001353480
NM_001353481
NM_001353482

NM_026765
NM_001379005

RefSeq (bjelančevina)
NP_001180308
NP_060329
NP_001340404
NP_001340405
NP_001340406

NP_001340407
NP_001340408
NP_001340409
NP_001340410
NP_001340411

NP_081041
NP_001365934

Lokacija (UCSC)Chr 20: 63.94 – 63.96 MbChr 2: 181.21 – 181.23 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Uridin-citidin kinazoiki protein 1 je enzim koji je kod ljudi kodiran genom UCKL1.[5]

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Pomoću 2-hibridnog skrininga kvašćeve biblioteke limfoblastoidne cDNK s jedarnim antigenom-Epstein-Barr virusom (EBV) (EBNA3) kao mamcem, nakon čega i PCR analiza srčane biblioteke cDNK, Kashuba et al. (2002) klonirali su UCKL1, koji su nazvali F538. Izvedeni protein UCKL1 sadrži 548 aminokiselina. Njegova polovina na N-terminalu ima mjesto vezanja za ATP/GTP i dijeli sličnost s uridin kinazom-1 (UCK1; 609328) i UCK2 (609329), a njegova polovina s C-terminalm dijeli sličnost s uracil-fosforiboziltransferazama. Također su klonirali prerađenu varijantu UCKL1, kojoj nedostaje dio egzona 11. Ova varijanta kodira protein od 395 aminokiselina kojem nedostaje C-terminalna uracil-fosforiboziltransferazna regija. Northern blot analiza otkrila je sveprisutnu ekspresiju 2,4-kb transkripta UCKL1. Fluorescentna mikroskopija pokazala je citoplazmatsku lokalizaciju UCKL1 u transficiranim ćelijama bubrega majmuna.[6]

Funkcija gena

[uredi | uredi izvor]

Putem 2-hibridne analize kvasca i testovima vezivanja in vitro, Kashuba et al. (2002) pokazali su da je UCKL1 komunicirao s EBNA3, jedarnim antigenom povezanim s EBV transformacijom. EBNA3 je inducirao translokaciju UCKL1 iz citoplazme u jedro, u transficiranim ćelijama bubrega majmuna, a translokacija je ovisila o C-kraju UCKL1. Zaključili su da je UCKL1 dio puta spašavanja ribonukleotida i sugerirali da jedarna ekspresija UCKL1 izazvana EBNA3 može doprinijeti akumulaciji UTP, neophodnoj za transformaciju eksplozije i brzu proliferaciju.

Analizom 2-hibridnih kvasca, imunoprecipitacijom i analizama mutacija, Fortier i Kornbluth (2006) otkrili su da su prstenasti prsti molekule povezanih sa NKLAM ili IBRDC3, u interakciji s URKL1 u ljudskim embrionskim ćelijama bubrega. Interakcija je rezultirala smanjenim nivoom proteina i povećanom ubikvitinacijom URKL1. Konfokalna mikroskopija pokazala je da su URKL1 lokalizirani u jedru, a NKLAM u citosolu, u blizini vanjske membrane kada su transficirani sami. Međutim, kotransfekcija URKL1 i NKLAM rezultirala je njihovom kolokalizacijom u citosolu. Zaključili su da je URKL1 supstrat za NKLAM, E3 ligazu.[7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]
Simboli
1020304050
MAAPPARADADPSPTSPPTARDTPGRQAEKSETACEDRSNAESLDRLLPP
VGTGRSPRKRTTSQCKSEPPLLRTSKRTIYTAGRPPWYNEHGTQSKEAFA
IGLGGGSASGKTTVARMIIEALDVPWVVLLSMDSFYKVLTEQQQEQAAHN
NFNFDHPDAFDFDLIISTLKKLKQGKSVKVPIYDFTTHSRKKDWKTLYGA
NVIIFEGIMAFADKTLLELLDMKIFVDTDSDIRLVRRLRRDISERGRDIE
GVIKQYNKFVKPSFDQYIQPTMRLADIVVPRGSGNTVAIDLIVQHVHSQL
EERELSVRAALASAHQCHPLPRTLSVLKSTPQVRGMHTIIRDKETSRDEF
IFYSKRLMRLLIEHALSFLPFQDCVVQTPQGQDYAGKCYAGKQITGVSIL
RAGETMEPALRAVCKDVRIGTILIQTNQLTGEPELHYLRLPKDISDDHVI
LMDCTVSTGAAAMMAVRVLLDHDVPEDKIFLLSLLMAEMGVHSVAYAFPR
VRIITTAVDKRVNDLFRIIPGIGNFGDRYFGTDAVPDGSDEEEVAYTG

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000198276 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000089917 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: UCKL1 uridine-cytidine kinase 1-like 1".
  6. ^ Kashuba, E., Kashuba, V., Sandalova, T., Klein, G., Szekely, L. Epstein-Barr virus encoded nuclear protein EBNA-3 binds a novel human uridine kinase/uracil phosphoribosyltransferase. BMC Cell Biol. 3: 23, 2002. Note: Electronic Article. [PubMed]: 12199906
  7. ^ Fortier, J. M., Kornbluth, J. NK lytic-associated molecule, involved in NK cytotoxic function, is an E3 ligase. J. Immun. 176: 6454-6463, 2006. [PubMed]: 16709802.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]