Idi na sadržaj

HMG20A

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
HMG20A
Identifikatori
AliasiHMG20A
Vanjski ID-jeviOMIM: 605534 MGI: 1914117 HomoloGene: 32399 GeneCards: HMG20A
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 15 (čovjek)
Hrom.Hromosom 15 (čovjek)[1]
Hromosom 15 (čovjek)
Genomska lokacija za HMG20A
Genomska lokacija za HMG20A
Bend15q24.3Početak77,420,412 bp[1]
Kraj77,485,607 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[2]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za HMG20A
Genomska lokacija za HMG20A
Bend9|9 BPočetak56,325,893 bp[2]
Kraj56,404,220 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
protein heterodimerization activity
vezivanje sa DNK
GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
vezivanje identičnih proteina
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta jedro
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II
negative regulation of neuron differentiation
transcription, DNA-templated
negative regulation of protein sumoylation
GO:0031497, GO:0006336, GO:0034724, GO:0001301, GO:0007580, GO:0034652, GO:0010847 chromatin organization
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001304504
NM_001304505
NM_018200

NM_025812

RefSeq (bjelančevina)

NP_001291433
NP_001291434
NP_060670

NP_080088

Lokacija (UCSC)Chr 15: 77.42 – 77.49 MbChr 9: 56.33 – 56.4 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Visokomobilni protein grupe 20A je protein koji je kod ljudi kodiran genom HMG20A.[5][6]

Sumoy et al. (2000) potvrdili su mapiranje gena HMG20A u hromosomu 15q24, fluoroscentnom in situ hibridizacijom i hibridnom radijacijskom analizom.[7]

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Pretragom baze podataka EST pomoću sekvence dobijene iz klona na hromosomu 15q24, Sumoy et al. (2000) identificirali su novog člana porodice HMG, kojeg su označili kao HMG20A. cDNK HMG20A pune dužine kodira izvedeni protein od 347 aminokiselina.[7] Northern blot analizom otkriveni su dvas glavna transkripta od približno 4 i 9 kb i jedva uočljivi transkript od 1,5 kb. Transkript od 4 kb eksprimira se gotovo posvuda, sa najvećom ekspresijom u slezeni, sjemenicima i srcu i nižim nivoima u leukocitima periferne krvi. Ekspresija mozga je uglavnom jednolična, sa većom ekspresijom u malom mozgu i nižim nivoima u kičmenoj moždini u subtalamusnom jezgru. Transkript od 9 kb različito se eksprimira u slezini, testisima, leukocitima i mozgu i jedva ga je moguće otkriti u drugim tkivima.

Pored toga, Sumoy et al. (2000) utvrdili su da gen HMG20A sadrži 10 egzona.[7]

Aminokiselinska sekvenca

[uredi | uredi izvor]

Dužina polipeptidnog lanca je 47 aminokiselina, a molekulska težina 40.144 Da.[8].

1020304050
MENLMTSSTLPPLFADEDGSKESNDLATTGLNHPEVPYSSGATSSTNNPE
FVEDLSQGQLLQSESSNAAEGNEQRHEDEQRSKRGGWSKGRKRKKPLRDS
NAPKSPLTGYVRFMNERREQLRAKRPEVPFPEITRMLGNEWSKLPPEEKQ
RYLDEADRDKERYMKELEQYQKTEAYKVFSRKTQDRQKGKSHRQDAARQA
THDHEKETEVKERSVFDIPIFTEEFLNHSKAREAELRQLRKSNMEFEERN
AALQKHVESMRTAVEKLEVDVIQERSRNTVLQQHLETLRQVLTSSFASMP
LPGSGETPTVDTIDSYMNRLHSIILANPQDNENFIATVREVVNRLDR
Simboli

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140382 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000032329 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Sumoy L, Carim L, Escarceller M, Nadal M, Gratacòs M, Pujana MA, Estivill X, Peral B (Jun 2000). "HMG20A and HMG20B map to human chromosomes 15q24 and 19p13.3 and constitute a distinct class of HMG-box genes with ubiquitous expression". Cytogenetics and Cell Genetics. 88 (1–2): 62–7. doi:10.1159/000015486. PMID 10773667.
  6. ^ "Entrez Gene: HMG20A high-mobility group 20A".
  7. ^ a b c Sumoy, L., Carim, L., Escarceller, M., Nadal, M., Gratacos, M., Pujana, M. A., Estivill, X., Peral, B. (2000). "HMG20A and HMG20B map to human chromosomes 15q24 and 19p13.3 and constitute a distinct class of HMG-box genes with ubiquitous expression". Cytogenet. Cell Genet. Zanemaren tekst "pages 62-67" (pomoć); Zanemaren tekst "PubMed: 10773667" (pomoć); Nepoznati parametar |Volume= zanemaren (prijedlog zamjene: |volume=) (pomoć)CS1 održavanje: upotreba parametra authors (link)
  8. ^ "UniProt, Q9NP66". Pristupljeno 14. 7. 2021.

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]

V anjski linkovi

[uredi | uredi izvor]

HMG20A detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.