CNOT2
Podjedinica 2 CCR4-NOT transcripcijskog kompleksa je protein koji je kod ljudi kodiran genom CNOT2.[5][6] To je podjedinica ICCR4-Not kompleksa deadenilaze. Alesi et al. (2017) navode da se gen CNOT2 nalazi na u hromosomskom segmenti hromosoma 12, 15q15, a Uehara et (2019) navode da gen CNOT2 sadrži 21 egzon.[7][8]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 540 aminokiselina, a molekulska težina 59.738 Da.[9]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MVRTDGHTLS | EKRNYQVTNS | MFGASRKKFV | EGVDSDYHDE | NMYYSQSSMF | ||||
| PHRSEKDMLA | SPSTSGQLSQ | FGASLYGQQS | ALGLPMRGMS | NNTPQLNRSL | ||||
| SQGTQLPSHV | TPTTGVPTMS | LHTPPSPSRG | ILPMNPRNMM | NHSQVGQGIG | ||||
| IPSRTNSMSS | SGLGSPNRSS | PSIICMPKQQ | PSRQPFTVNS | MSGFGMNRNQ | ||||
| AFGMNNSLSS | NIFNGTDGSE | NVTGLDLSDF | PALADRNRRE | GSGNPTPLIN | ||||
| PLAGRAPYVG | MVTKPANEQS | QDFSIHNEDF | PALPGSSYKD | PTSSNDDSKS | ||||
| NLNTSGKTTS | STDGPKFPGD | KSSTTQNNNQ | QKKGIQVLPD | GRVTNIPQGM | ||||
| VTDQFGMIGL | LTFIRAAETD | PGMVHLALGS | DLTTLGLNLN | SPENLYPKFA | ||||
| SPWASSPCRP | QDIDFHVPSE | YLTNIHIRDK | LAAIKLGRYG | EDLLFYLYYM | ||||
| NGGDVLQLLA | AVELFNRDWR | YHKEERVWIT | RAPGMEPTMK | TNTYERGTYY | ||||
| FFDCLNWRKV | AKEFHLEYDK | LEERPHLPST | FNYNPAQQAF |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Proteinski kompleks kvasca CCR4-NOT globalni je regulator transkripcije RNK- polimeraze II. Sastoji se djelimično od CCR4, NOT1 do NOT5 i CAF1 (također se naziva i POP2). Pretražujući baze podataka o sekvencama, Albert et al (2000) identificirali su ljudske EST-ove koji kodiraju homologe kvasca NOT1, NOT2, NOT3, NOT4 i CAF1. Sastavili su ljudsku NOT2 cDNK koja sadrži kodirajuću sekvencu cijele dužine. Izvedeni ljudski NOT2 protein od 540 aminokiselina dijeli 26% ukupnog identiteta sekvence sa proteinom NOT2 kvasca od 191 aminokiseline. U usporedbi s kvascem NOT2, ljudski NOT2 ima N-terminalni nastavak. Ljudski NOT2 sadrži N-terminal navodno bipartitni signal jedarne lokalizacije. Koristeći 2-hibridni test kvasca, pokazali su da rekombinantni ljudski NOT2 može stupiti u interakciju s kvačevim NOT1 i N-terminalnim krnjim ljudskim proteinom NOT1. Nije značajno stupio u interakciju s ljudskim NOT3 ili kvaščevim CCR4.[10]
Northern blot analiza otkrila je transkript NOT2 od 3,2 kb u svim ispitivanim ljudskim tkivima, kao što su mozak, srce, pluća, jetra, bubrezi, tankom i debelo crijevo, te slezena, timus, leukociti periferne krvi, skeletni mišići i posteljica. Poput ekspresije ljudskih NOT1, NOT3 i CALIF, NOT2 je imao visoku razinu u mozgu, bubrezima i posteljici, a vrlo nisku u skeletnim mišićima i debelom crijevu. Otkrili su da rekombinantni ljudski NOT2 ne može nadopuniti temperaturno osjetljivi fenotip, koji mu daje mutacija kvasca not2-1.
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Sessions et al. (2009) identificirali su faktore domaćina insekata potrebne za razmnožavanje virusa denga, sprovođenjem skrininga interferencijske RNK za čitav genom, u ćelijama D. melanogaster, koristeći dobro uspostavljenu 22.632 dvolančanu RNK biblioteku. Ovaj pregled identificirao je 116 kandidatskih faktora domaćina virusa denga (DVHF). Iako su neki prethodno bili povezani s flavivirusima, većina DVHF-ova je nedavno umiješana u širenje virusa denga. DVHF-i dvokrilaca imali su 82 lahko prepoznatljiva ljudska homologa i, koristeći ciljani kratki skrining interferencijske RNK, pokazali su da su 42 ljudska DVHF-a. To uključuje NPR2, SEC61B, TMEM214, TAZ, EXDL2 i CNOT2. Zaključili su da ovo preklapanje ukazuje na značajno očuvanje potrebnih faktora između dvokrilca i ljudskih domaćina.[11]
Molekulska genetika
[uredi | uredi izvor]Kod 13-godišnjeg dječaka s poremećajem intelektualnog razvoja, s nazalnim govorom, dismorfnim licem i promjenjivim skeletnim anomalijama , Alesi et al (2019) identificirali su de novo heterozigotnu 85-kb intragenskuu deleciju unutar gena CNOT2. Delecija je pronađena analizom hromosomskih mikronizova. Ispitivanje ExAC baze podataka pokazalo je da se varijante gubitka funkcije u genu CNOT2 ne toleriraju. Iako funkcionalne studije varijanti i studije ćelija pacijenata nisu provedene, sugerirali su da je za fenotip odgovorna haploinsuficijencija CNOT2.[12]
Kod šestogodišnjeg japanskog dječaka sa IDNADFS-om, Uehara et al. (2019) identificirali su de novo heterozigotnu nonsens mutaciju u genu CNOT2 (K316X). Mutacija, koja je pronađena sekvenciranjem cijelog egzoma i potvrđena Sangerovim sekvenciranjem, nije pronađena u ExAC bazi podataka niti u 2.048 kontrolnih japanskih osoba. Funkcionalne studije varijante i studije ćelija pacijenata nisu provedene, ali predviđeno je da će varijanta rezultirati nonses mutacijom posredovanim raspadom iRNK i haploinsuficijencijom.
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000111596 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020166 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Albert TK, Lemaire M, van Berkum NL, Gentz R, Collart MA, Timmers HT (Mar 2000). "Isolation and characterization of human orthologs of yeast CCR4-NOT complex subunits". Nucleic Acids Res. 28 (3): 809–17. doi:10.1093/nar/28.3.809. PMC 102560. PMID 10637334.
- ^ "Entrez Gene: CNOT2 CCR4-NOT transcription complex, subunit 2".
- ^ Alesi, V., Loddo, S., Grispo, M., Riccio, S., Montella, A. C., Dallapiccola, B., Ulgheri, L., Novelli, A. Reassessment of the 12q15 deletion syndrome critical region. Europ. J. Med. Genet. 60: 220-223, 2017. PubMed: 28159701
- ^ Uehara, T., Tsuchihashi, T., Yamada, M., Suzuki, H., Takenouchi, T., Kosaki, K. CNOT2 haploinsufficiency causes a neurodevelopmental disorder with characteristic facial features. Am. J. Med. Genet. 179: 2506-2509, 2019. PubMed: 31512373
- ^ "UniProt, Q9NZN8". Pristupljeno 8. 8. 2021.
- ^ Albert, T. K., Lemaire, M., van Berkum, N. L., Gentz, R., Collart, M. A., Timmers, H. T. M. Isolation and characterization of human orthologs of yeast CCR4-NOT complex subunits. Nucleic Acids Res. 28: 809-817, 2000. PubMed: 10637334
- ^ Sessions, O. M., Barrows, N. J., Souza-Neto, J. A., Robinson, T. J., Hershey, C. L., Rodgers, M. A., Ramirez, J. L., Dimopoulos, G., Yang, P. L., Pearson, J. L., Garcia-Blanco, M. A. Discovery of insect and human dengue virus host factors. Nature 458: 1047-1050, 2009. PubMed: 19396146
- ^ Alesi, V., Loddo, S., Cali, F., Orlando, V., Genovese, S., Ferretti, D., Calacci, C., Calvieri, G., Falasca, R., Ulgheri, L., Drago, F., Dallapiccola, B., Baban, A., Novelli, A. A heterozygous, intragenic deletion of CNOT2 recapitulates the phenotype of 12q15 deletion syndrome. Am. J. Med. Genet. 179A: 1615-1621, 2019. PubMed: 31145527
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Zhang QH, Ye M, Wu XY, et al. (2001). "Cloning and functional analysis of cDNAs with open reading frames for 300 previously undefined genes expressed in CD34+ hematopoietic stem/progenitor cells". Genome Res. 10 (10): 1546–60. doi:10.1101/gr.140200. PMC 310934. PMID 11042152.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Zwartjes CG, Jayne S, van den Berg DL, Timmers HT (2004). "Repression of promoter activity by CNOT2, a subunit of the transcription regulatory Ccr4-not complex". J. Biol. Chem. 279 (12): 10848–54. doi:10.1074/jbc.M311747200. PMID 14707134.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Shi J, Nelson MA (2005). "The cyclin-dependent kinase 11 interacts with NOT2". Biochem. Biophys. Res. Commun. 334 (4): 1310–6. doi:10.1016/j.bbrc.2005.07.026. PMID 16039607.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, et al. (2005). "Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network". Nature. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Jayne S, Zwartjes CG, van Schaik FM, Timmers HT (2006). "Involvement of the SMRT/NCoR-HDAC3 complex in transcriptional repression by the CNOT2 subunit of the human Ccr4-Not complex". Biochem. J. 398 (3): 461–7. doi:10.1042/BJ20060406. PMC 1559471. PMID 16712523.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma CNOT2 i stranica sa detaljima o genu CNOT2 u UCSC Genome Browseru.