CFAP298
| CFAP298 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CFAP298 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 615494 MGI: 1915251 HomoloGene: 10941 GeneCards: CFAP298 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | n/a | Chr 16: 90.72 – 90.73 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Cilijski i flagelno vezani protein 298 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom CFAP298 sa hromosoma 21. Zanimljiv je i zbog povezanosti s raznim bolestima. Utvrđen je u visokim razinama u koštanoj srži pacijenata s negativnom prognozom akutne mijeloidne leukemije i abnormalnim kariotipom.[4][5][6] Muški pacijenti s Alzheimerovom bolešću pokazali su smanjenje ekspresije CFAP298 u njihovim krvnim ćelijama.[7][8] Gen CFAP298 nalazi se unutar kritične regije za Downov sindrom.[9] Nema jasnih paraloga kod ljudi, ali gen ima homologe široko kozervirane među životinjama, gljivama i algama.
Gen
[uredi | uredi izvor]CFAP298 je gen na hromosomu 21, na sekvenci 21q22.1. Ukupno je pronađeno trinaest varijanti transkripta, ali samo jedanaest onih koji kodiraju proteine.[10] Najčešći oblik CFAP298 iRNK ima 1.427 baznih parova, raspoređenih u sedam egzona. Njegovi najbliži susjedi na hromosomu su TCP10L, EVA1C, LOC100506185, OR7E23P i SYNJ1.
Ekspresija gena
[uredi | uredi izvor]Primarna sekvenca CFAP298 nalazi se u velikim količinama u većini tkiva. Neka od njih sa značajno manjom ekspresijom su ganglije, srce i jetra.[11] Sumnja se da se CFAP298 nalazi u mozgu rano u razvoju zbog dva aheatno-štitna kompleksna homologna mjesta vezivanja faktora transkripcije koja se nalaze u promotoru.[12]
Protein
[uredi | uredi izvor]Primarna sekvenca CFAP298 sastoji se od 290 aminokiselina mase 33.093 kDa. Izoelektrična tačka je 7,283, ali se smanjuje na 5,86 ako je potpuno fosforiliran.[13] Masena spektroskopija|Masenom spektroskopijom]] pronađeno je nekoliko posttranslacijskih modifikacija: pet mjesta fosforilacije, jedno mjesto metiliranja, jedno mjesto ubikvitinacije i jedno acetilacijsko mjesto.[13] Većina ovih modifikacija dešava se u drugoj polovini proteina.
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 290 aminokiselina, a molekulska težina 33 224 Da.[5]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MVLLHVKRGD | ESQFLLQAPG | STELEELTVQ | VARVYNGRLK | VQRLCSEMEE | ||||
| LAEHGIFLPP | NMQGLTDDQI | EELKLKDEWG | EKCVPSGGAV | FKKDDIGRRN | ||||
| GQAPNEKMKQ | VLKKTIEEAK | AIISKKQVEA | GVCVTMEMVK | DALDQLRGAV | ||||
| MIVYPMGLPP | YDPIRMEFEN | KEDLSGTQAG | LNVIKEAEAQ | LWWAAKELRR | ||||
| TKKLSDYVGK | NEKTKIIAKI | QQRGQGAPAR | EPIISSEEQK | QLMLYYHRRQ | ||||
| EELKRLEEND | DDAYLNSPWA | DNTALKRHFH | GVKDIKWRPR |
Struktura
[uredi | uredi izvor]Većina proteina sastoji se od domena DUF2870. Ovaj domen se prvenstveno nalazi u homolozima CFAP298, ali i u drugim nekarakterističnim proteinima[14] i sadrži većinu mjesta koje se mijenjaju nakon translacije. Predviđeno je da se protein sastoji uglavnom od alfa-heliksa i da mu nedostajei beta-listovi.[15]
Lokalizacija
[uredi | uredi izvor]Pokazalo se da se CFAP298 nalazi u citosolu i nukleusu,[16] ali je predviđeno, iako sa manjom snagom, da se nalazi i na citoskeletu, peroksisomima i mitohondrijama.[17]
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Pomoću masene spektrometrije, nađene su interakcije sa SUMO2,[18] identificirane su proteinske posttranslacijske modifikacije nalik ubikvitinu i ubikvitinu C[19]. Preko dvo-hibridnih eksperimenta, otkrivena je interakcija sa MAPK6, kinaznim proteinom.[20]
Nedavne studije
[uredi | uredi izvor]Studija na zebricama pokazala je da se CFAP298 nalazi u visokim koncentracijama u Kupfferovim vezikulama i da je unutarćelijski lokaliziran na baznom tijelu cilija.[21] Zebricim mutant u homologu CFAP298 ima defekte u pokretljivosti cilija.[21] Osim toga, pokretne cilije kod mutanata zebrice i ksenopusa CFAP298 su nepokretne i pogrešno polarizirane, što sugerira da CFAP298 igra ulogu u polaritetu ravnih ćelija kao i u polaritetu motki.[22]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022972 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Bullinger L, Döhner K, Bair E, Fröhling S, Schlenk RF, Tibshirani R, et al. (april 2004). "Use of gene-expression profiling to identify prognostic subclasses in adult acute myeloid leukemia". The New England Journal of Medicine. 350 (16): 1605–16. doi:10.1056/NEJMoa031046. PMID 15084693. S2CID 13205096.
- ^ a b Greiner J, Schmitt M, Li L, Giannopoulos K, Bosch K, Schmitt A, et al. (decembar 2006). "Expression of tumor-associated antigens in acute myeloid leukemia: Implications for specific immunotherapeutic approaches". Blood. 108 (13): 4109–17. doi:10.1182/blood-2006-01-023127. PMID 16931630. S2CID 15937337.
- ^ Bullinger L, Ehrich M, Döhner K, Schlenk RF, Döhner H, Nelson MR, van den Boom D (januar 2010). "Quantitative DNA methylation predicts survival in adult acute myeloid leukemia". Blood. 115 (3): 636–42. doi:10.1182/blood-2009-03-211003. PMID 19903898. S2CID 13349367.
- ^ Maes OC, Xu S, Yu B, Chertkow HM, Wang E, Schipper HM (decembar 2007). "Transcriptional profiling of Alzheimer blood mononuclear cells by microarray". Neurobiology of Aging. 28 (12): 1795–809. doi:10.1016/j.neurobiolaging.2006.08.004. PMID 16979800. S2CID 8185187.
- ^ Maes OC, Schipper HM, Chertkow HM, Wang E (juni 2009). "Methodology for discovery of Alzheimer's disease blood-based biomarkers". The Journals of Gerontology. Series A, Biological Sciences and Medical Sciences. 64 (6): 636–45. doi:10.1093/gerona/glp045. PMID 19366883.
- ^ Moncaster JA, Pineda R, Moir RD, Lu S, Burton MA, Ghosh JG, et al. (maj 2010). "Alzheimer's disease amyloid-beta links lens and brain pathology in Down syndrome". PLOS ONE. 5 (5): e10659. Bibcode:2010PLoSO...510659M. doi:10.1371/journal.pone.0010659. PMC 2873949. PMID 20502642.
- ^ Ensembl http://ensembl.org
- ^ C21orf59 GDS596 GEOprofil
- ^ "Genomatix". Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 15. 2. 2022.
- ^ a b "Cilia- and flagella-associated protein 298". Phosphosite.
- ^ Conserved Domains
- ^ SDSC PELE
- ^ Hu YH, Warnatz HJ, Vanhecke D, Wagner F, Fiebitz A, Thamm S, et al. (juni 2006). "Cell array-based intracellular localization screening reveals novel functional features of human chromosome 21 proteins". BMC Genomics. 7: 155. doi:10.1186/1471-2164-7-155. PMC 1526728. PMID 16780588.
- ^ "PsortII".
- ^ Golebiowski F, Matic I, Tatham MH, Cole C, Yin Y, Nakamura A, et al. (maj 2009). "System-wide changes to SUMO modifications in response to heat shock". Science Signaling. 2 (72): ra24. doi:10.1126/scisignal.2000282. PMID 19471022. S2CID 33450256.
- ^ Kim W, Bennett EJ, Huttlin EL, Guo A, Li J, Possemato A, et al. (oktobar 2011). "Systematic and quantitative assessment of the ubiquitin-modified proteome". Molecular Cell. 44 (2): 325–40. doi:10.1016/j.molcel.2011.08.025. PMC 3200427. PMID 21906983.
- ^ Vinayagam A, Stelzl U, Foulle R, Plassmann S, Zenkner M, Timm J, et al. (septembar 2011). "A directed protein interaction network for investigating intracellular signal transduction". Science Signaling. 4 (189): rs8. doi:10.1126/scisignal.2001699. PMID 21900206. S2CID 7418133.
- ^ a b Schottenfeld, Jodi (2008). The role of PKD2 and C21ORF59 in patterning the left-right axis of the zebrafish embryo (Thesis). OCLC 236339661. Gale A195982386.
- ^ Jaffe KM, Grimes DT, Schottenfeld-Roames J, Werner ME, Ku TS, Kim SK, et al. (mart 2016). "c21orf59/kurly Controls Both Cilia Motility and Polarization". Cell Reports. 14 (8): 1841–9. doi:10.1016/j.celrep.2016.01.069. PMC 4775428. PMID 26904945.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Denoeud F, Kapranov P, Ucla C, Frankish A, Castelo R, Drenkow J, et al. (juni 2007). "Prominent use of distal 5' transcription start sites and discovery of a large number of additional exons in ENCODE regions". Genome Research. 17 (6): 746–59. doi:10.1101/gr.5660607. PMC 1891335. PMID 17567994.
- Hu YH, Warnatz HJ, Vanhecke D, Wagner F, Fiebitz A, Thamm S, et al. (juni 2006). "Cell array-based intracellular localization screening reveals novel functional features of human chromosome 21 proteins". BMC Genomics. 7: 155. doi:10.1186/1471-2164-7-155. PMC 1526728. PMID 16780588.
- Rush J, Moritz A, Lee KA, Guo A, Goss VL, Spek EJ, et al. (januar 2005). "Immunoaffinity profiling of tyrosine phosphorylation in cancer cells". Nature Biotechnology. 23 (1): 94–101. doi:10.1038/nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (oktobar 1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Maruyama K, Sugano S (januar 1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- Lokacija ljudskog genoma CFAP298 i stranica sa detaljima o genu CFAP298 u UCSC Genome Browseru.