Ensembl
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Ensembl是一項生物信息學研究計劃，旨在開發一種能夠對真核生物基因組進行自動詮釋（automatic annotation）並加以維護的軟件。該計劃由英國維康基金桑格研究院及歐洲分子生物學實驗室所屬分部歐洲生物信息研究所共同協作運營，這是為了回應人類基因組計劃即將完而於1999年啟動的[1]。在存在10年之後[2]，Ensembl的目標仍然是為遺傳學家，分子生物學家和其他研究人員研究我們自己的物種和其他脊椎動物和模式生物的基因組而提供集中的資源。Ensembl是幾個知名的基因組瀏覽器之一，用於檢索基因組學信息。
相似的數據庫和瀏覽器還有美國國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，簡稱NCBI）和加州大學聖克魯茲分校的UCSC基因組瀏覽器。
軟件及數據
[編輯]該計劃開放所有源信息，所有由該計劃所產生的數據及軟件都可以免費及自由地從網絡上獲取並使用。
該計劃所開發並使用的大部分軟件是用Perl語言編寫的，並基於BiopPerl的基礎框架。其他基因組計劃亦可輕易使用Perl語言的應用程式接口（Application programming interface，API）。比方說，可以使用它對基因或者克隆目錄進行詮釋。
目前已有物種
[編輯]軟件使用
[編輯]參閱
[編輯]- 美國國家生物技術信息中心（NCBI）
- UCSC基因組瀏覽器
參考資料
[編輯]- ^ Flicek, Paul; Amode, M. Ridwan; Barrell, Daniel; Beal, Kathryn; Brent, Simon; Chen, Yuan; Clapham, Peter; Coates, Guy; Fairley, Susan. Ensembl 2011. Nucleic Acids Research. 2011-1, 39 (Database issue): D800–D806 [2021-03-07]. ISSN 0305-1048. PMC 3013672
. PMID 21045057. doi:10.1093/nar/gkq1064. （原始內容存檔於2021-04-14）.
- ^ Flicek, Paul; Aken, Bronwen L.; Ballester, Benoit; Beal, Kathryn; Bragin, Eugene; Brent, Simon; Chen, Yuan; Clapham, Peter; Coates, Guy. Ensembl’s 10th year. Nucleic Acids Research. 2010-1, 38 (Database issue): D557–D562 [2021-03-07]. ISSN 0305-1048. PMC 2808936 . PMID 19906699. doi:10.1093/nar/gkp972. （原始內容存檔於2021-05-25）.
外部連結
[編輯]- 官方網站
- Vega（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- Pre-Ensembl
- Ensembl genomes（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- UCSC Genome Browser（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- NCBI（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- Ensembl: Browsing chordate genomes on EBI Train OnLine（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
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