Шефік Джаферович народився в 1957 році в боснійському місті Завидовичі. Навчався в гімназії в Завидовичах. Після цього він закінчив юридичний факультет Сараєвського університету в 1979 році. Працював у судових установах і поліції в Завидовичах та Зениці до 1996 року. Одружений із Вілданою, має двоє дітей — Ясмін і Ясмина.