Перший раунд: 12 найгірших збірних (згідно з рейтингом ФІФА) були розбиті на пари згідно жеребу і грали один з одним два матчі на своєму полі і на полі суперника. 6 переможців проходили до другого раунду.
Другий раунд: 6 переможців першого раунду і 34 інших збірних згідно жеребом розбивалися на 8 груп, в рамках яких проводився традиційний двоколовий турнір.
Вісім переможців груп і чотири найкращі збірні, які посіли другі місця, отримували путівки у фінальний турнір Кубка Азії 2019 і проходили у третій раунд кваліфікації до фінального турніру чемпіонату світу 2018.
Чотири найгірші збірні, що зайняли другі місця, вісім збірних, що зайняли треті місця, і чотири найкращі збірні, що зайняли четверті місця, проходили в Третій раунд відбору до фінального турніру Кубка Азії 2019.
Решта 12 збірних повинні були грати в раунді плей-оф за право взяти участь у третьому раунді відбору до фінального турніру Кубка Азії 2019.
Раунд плей-оф: 11 збірних (збірна Індонезії була дискваліфікована), які посіли останні місця в груповому турнірі другого раунду, розігрували 8 путівок у третій раунд.
1-й етап: 10 команд були розбиті на пари, які грали один з одним два матчі на своєму полі та на полі суперника. 5 переможців проходили до третього раунду.
2-й етап: 5 команд, що програли в матчах 1-го етапу, і приєднана до них збірна Бутану грали один з одним два матчі на своєму полі та на полі суперника. 3 переможці проходили до третього раунду.
Третій раунд: 24 збірних (16 з другого раунду і 8 з раунду плей-оф) за жеребом були розбиті на 6 груп, в рамках яких проводився двоколовий турнір. Дві найкращі команди з кожної групи безпосередньо виходили у фінальну частину Кубка Азії 2019 року.
У відбірковому турнірі стартували команди від 46 членів АФК, в тому числі вперше з 2004 року — збірна Бутану. Вони були розділені на дві частини відповідно до рейтингоу ФІФА на січень 2015 року.
Незважаючи на те, що ОАЕ була країною-господаркою Кубка Азії 2019 і збірна цієї країни була кваліфікована у фінальну частину турніру автоматично, вона все одно брала участь у кваліфікаційному турнірі, оскільки він був поєднаний з відбором на чемпіонат світу.
Жеребкування першого раунду відбулася 10 лютого 2015 о 15:30 MST (UTC+8) в Куала-Лумпурі[2]. Перші матчі відбулися 12 березня, матчі-відповіді — 17 березня 2015 року.
За результатами жеребкування сформовано 8 груп по 5 команд у кожній. Матчі розпочалися 11 червня 2015 року. У кожній групі були проведені двоколові турніри. Переможці груп, а також найкращі 4 команди, що посіли другі місця, безпосередньо виходять у фінальну частину Кубка Азії.
1: 30 травня 2015 року ФІФА оголосила, що Футбольній асоціації Індонезії (PSSI) було призупинено членство в організації, по причині втручання уряду країни у футбольні справи. 3 червня 2015 року АФК підтвердила, що збірна Індонезії відсторонена від участі у відбірковому турнірі. Матчі за її участю скасовані. [1] [Архівовано 17 квітня 2016 у Wayback Machine.]
2: 16 жовтня 2015 року ФІФА оголосила про призупинення членства Асоціації футболу Кувейту через зміни в спортивному законодавстві країни.[2] [Архівовано 7 січня 2019 у Wayback Machine.]
3: 13 січня 2016 року було прийнято рішення присудити збірній М'янми технічну перемогу 3:0 у матчі проти збірної Кувейту, який був запланований на 17 листопада 2015 року. Причиною стала дискваліфікація Асоціації футболу Кувейта.[3] [Архівовано 7 квітня 2018 у Wayback Machine.]
4: 6 квітня 2016 року було прийнято рішення присудити збірним Лаосу та Південної Кореї технічні перемоги 3:0 у матчах проти збірної Кувейту, які були заплановані на 24 та 29 березня 2016 року. Причиною стала дискваліфікація Асоціації футболу Кувейта.[4] [Архівовано 14 березня 2017 у Wayback Machine.]
Через те, що ФІФА дискваліфікувало збірну Індонезії, у групі F лишилося 4 збірні у порівнянні зі всіма іншими групами, в яких по 5 збірних. Таким чином, результати матчів проти збірних, які посіли 5 місце в групах, не враховуються при визначенні чотирьох найкращих збірних, котрі посіли другі місця.
Одинадцять найгірших команд другого раунду розіграли 8 путівок до третього раунду, а три невдахи отримали шанс поборотись за Кубок Солідарності 2016 року.
Матчі пройшли в два етапи, кожен за принципом «вдома і в гостях». Перший етап — 2 та 7 червня 2016 року, другий етап — 6 вересня та 11 жовтня 2016 року. Жеребкування цього раунду відбулося 7 квітня 2016 року о 15:00 MYT (UTC+8) в будинку АФК в Куала-Лумпурі, Малайзія.[5]
До п'яти команд, що програли на 1-му етапі, за результатами жеребкування додалося збірна Бутану. 6 команд склали 3 пари. Переможці пар вийшли в третій відбірковий раунд. Переможені остаточно вибули з відбіркового турніру.
24 збірних, що пройшли з другого раунду і раунду плей-оф, за жеребом були розбиті на 6 груп, в рамках яких проводився двоколовий турнір. Дві найкращі команди з кожної групи вийшли у фінальну частину Кубка Азії.
Збірна Кувейту була дискваліфікована, а збірна Гуаму відмовилася від участі. Їх місця зайняли фіналісти Кубка Солідарності АФК 2016 року збірні Непалу і Макао[7], які таким чином повернулись до відбору незважаючи на виліт у першому раунді.