Prof. Dr. Hasan MANDAL, Kurumun ve Yönetim Kurulunun Başkanıdır. 10/07/2018 tarihli ve 30474 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 3 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesi kapsamında; TÜBİTAK Başkanı Cumhurbaşkanı kararıyla, TÜBİTAK Yönetim Kurulu Üyeleri ve TÜBİTAK Başkan Yardımcıları ise Cumhurbaşkanı onayı ile atanır.
Başkanlık Makamına;
- Genel Sekreterlik
- Özel Kalem Müdürlüğü
- İç Denetim Birimi Başkanlığı
- Danışmanlar
- Hukuk Hizmetleri Başkanlığı
- Teknoloji Transfer Ofisi Başkanlığı
- Bilim, Teknoloji ve Yenilik Politikaları Daire Başkanlığı
- Uluslararası İşbirliği Daire Başkanlığı
- Kurumsal İletişim Daire Başkanlığı
- Teknoloji ve Yenilik Destek Programları Başkanlığı
- Araştırma Destek Programları Başkanlığı
- Bilim İnsanı Destek Programları Başkanlığı
- Bilim ve Toplum Başkanlığı,
Başkan Yardımcısı İsmail DOĞAN'a;
- Bilişim ve Bilgi Güvenliği İleri Teknolojiler Araştırma Merkezi (BİLGEM)
- Marmara Araştırma Merkezi (MAM)
- Savunma Sanayii Araştırma ve Geliştirme Enstitüsü (SAGE)
- Uzay Teknolojileri Araştırma Enstitüsü (UZAY)
- Raylı Ulaşım Teknolojileri Enstitüsü (RUTE)
- Ulusal Metroloji Enstitüsü (UME)
- Türkiye Sanayi Sevk ve İdare Enstitüsü (TÜSSİDE)
- Temel Bilimler Araştırma Enstitüsü (TBAE)
- Temiz Enerji, İklim Değişikliği ve Sürdürülebilirlik Araştırma Enstitüsü
- Ulusal Akademik Ağ ve Bilgi Merkezi (ULAKBİM)
- TÜBİTAK Ulusal Gözlemevi (TUG)
- Bursa Test ve Analiz Laboratuvarı (BUTAL)
bağlıdır.