In de jeugd kwam Kern uit voor het plaatselijke FV 08 Hockenheim, alwaar hij gescout werd door jeugdtrainers in dienst van Karlsruher SC. Bij die club ging hij in de jeugdelftallen spelen en in 2008 werd hij opgenomen in het belofteteam van de club. Na twee jaar daar mocht hij voor het eerst meedoen met het eerste elftal van Karlsruher. Op 24 september 2010 mocht Kern debuteren in de 2. Bundesliga, toen hij in het met 0–2 verloren uitduel tegen FSV Frankfurt in mocht vallen. In 2013, na het aflopen van zijn verbintenis, trok de middenvelder naar Astoria Walldorf. De verbintenis van Kern, inmiddels aanvoerder bij deze club, werd in april 2017 verlengd met twee jaar, tot medio 2019.[1] Deze verbintenis zat hij niet uit, want in de zomer van 2018 tekende hij voor twee seizoenen bij Waldhof Mannheim.[2] Een jaar later nam Bayern München hem over voor het tweede elftal.[3]