Marcano werd geboren in Santander en sloot zich aan in de jeugdopleiding van Racing Santander. Op 30 september 2007 maakte hij zijn profdebuut tegen UD Almería. In 2009 trok hij naar Villarreal CF, waar hij wegens gebrek aan speelminuten werd uitgeleend aan Getafe CF en het Griekse Olympiakos Piraeus. In 2012 werd Marcano voor vijf miljoen euro verkocht aan het Russische Roebin Kazan. In januari 2014 werd hij voor zes maanden uitgeleend aan Olympiakos Piraeus, waarvoor hij reeds eerder op uitleenbasis speelde. Op 11 augustus 2014 tekende de centrumverdediger een bij FC Porto, dat twee miljoen euro voor hem betaalde aan Roebin Kazan.