Bovendien won Helguera in 2001 en 2003 met Real Madrid de Spaanse landstitel. Lange tijd gold Helguera als een vaste waarde, eerst als verdedigende middenvelder en later als centrale verdediger. Onder trainer Fabio Capello verloor hij in het seizoen 2006-2007 echter zijn basisplaats. Ook bij Valencia CF kon hij geen basisplek meer bemachtigen, waarna in december 2008 zijn contract werd ontbonden.
Helguera was tevens international. Hij speelde 47 interlands voor het Spaans nationaal elftal, waarin Helguera drie keer doel trof. Zijn debuut was op 18 november1998, toen hij in de rust inviel voor Vicente Engonga in het vriendschappelijke duel tegen Italië (2-2). Op 8 september 2004 speelde Helguera tegen Bosnië zijn laatste interland. Hij behoorde tot de Spaanse selecties voor het EK 2000, het WK 2002 en het EK 2004.