Dzimis Vīnē, jaunību pavadīja Spānijā. Guva pieredzi militārā jomā, kad viņa tēvocis ķeizars Kārlis V 1544. gadā karoja pret Franciju, kā arī Šmalkaldenes līgas karā no 1546. līdz 1547. gadam. 1548. gadā Maksimiliāns apprecējās ar savu māsīcu Mariju, Kārļa V meitu. Kārlis V vēlējās, lai par ķeizaru kļūtu viņa dēls Filips Hābsburgs (vēlākais Spānijas karalis), tomēr pēc Kārļa nāves par ķeizaru ievēlēja Kārļa brāli Ferdinandu I — Maksimiliāna tēvu. Pēc tēva nāves viņa troņus mantoja Maksimiliāns II.
Politiski Maksimiliāns valdīšanas laikā lavierēja starp katoļu un protestantu nometnēm. Laulībā Maksimiliānam piedzima deviņi dēli un sešas meitas. Trīs no dēliem paši kļuva par Svētās Romas imperatoriem, bet divas meitas — par karalienēm (Spānijā un Francijā). 1575. gadā daļa Žečpospolitas augstmaņu Maksimiliānu ievēlēja par Polijas karali opozīcijā pret Stefanu Batoriju. Miris 1527. gadā, gatavojoties iebrukumam Polijā. Maksimiliāna II laikā tika sākta Šēnbrunnas pils celtniecība.