Nella stagione 2011-2012 il debutto stagionale del Modena avviene il 13 agosto nel Secondo Turno della Coppa Italia allo Stadio Alberto Braglia vincendo (4-0) contro il Frosinone con tripletta di Giuseppe Greco e il gol di Marco Turati. Al Terzo Turno, sempre in casa, sfida la Reggina, battuta col punteggio (2-1), decisive le reti di Greco e Di Gennaro.
Gli emiliani si sono qualificato al Quarto Turno dove hanno incontrato il Chievo Verona venendo sconfitti (3-0) e così eliminati dalla competizione.
Il campionato cadetto inizia con due sconfitte consecutive contro la Reggina e il Bari. Il 14 novembre 2011 dopo la sconfitta interna contro l'Empoli l'allenatore Cristiano Bergodi viene esonerato. Al suo posto viene chiamato l'allenatore della Primavera Agatino Cuttone, che esordisce nel pareggio esterno (2-2) contro la Juve Stabia. Ma una serie di risultati negativi (tra cui la sconfitta a Verona ed il pareggio interno con la Reggina) hanno convinto la società emiliana a richiamare lo stesso Bergodi dai primi di marzo, con i canarini quint'ultimi con 25 punti, un solo punto sulla zona Play-out, si tratta di un ritorno efficace, perché guida positivamente la squadra fino alla fine del campionato, raccogliendo un buon dodicesimo posto finale con 52 punti.
Preparatore atletico: Marco Oneto (fino al 14 novembre 2011 e dal 26 febbraio 2012), Christian Freghieri, (Ivano Tito) (dal 14 novembre 2011 al 26 febbraio 2012)
Magazziniere: Andrea Carra, Claudio Pifferi
Responsabile settore giovanile: Daniele Albinelli
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Responsabile sanitario: Fabrizio Corghi
Medico sociale: Lorenzo Segre e Alessandro Valent
Massaggiatori: Corrado Pizzarotti, Enrico Corradini, Andrea Martinelli
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