Mobiloma
Il mobiloma comprende tutti gli elementi genetici mobili di una cellula, i quali possono muoversi all'interno o tra genomi diversi. A seconda del meccanismo con cui si spostano e al tipo di sequenza, tali elementi possono essere suddivisi in diverse categorie: elementi trasponibili, plasmidi, batteriofagi e ribozimi auto-splicing[1]. Negli eucarioti la categoria maggiormente rappresentata è quella degli elementi trasponibili, mentre nei procarioti possono essere rappresentate anche le altre categorie, le quali permettono scambio di materiale genetico tra genomi diversi.
Metodi di analisi
[modifica | modifica wikitesto]Le tecniche più utilizzate per lo studio del mobiloma sono: l’ultracentrifugazione a gradiente di cloruro di cesio etidio bromuro (CsCl-EB)[2], la derivazione bioinformatica di contig/geni correlati a plasmidi[3][4], il Transposon Aided Capture (TRACA)[5], e la degradazione di DNA lineare con esonucleasi seguito da Multiple Displacement Amplification (MDA)[6][7].
Importanza
[modifica | modifica wikitesto]Poiché contribuiscono ad aumentare la variabilità genetica di un dato organismo, gli elementi genetici mobili possono avere importanza nell'evoluzione ed adattamento di una specie, rappresentando inoltre il principale meccanismo di trasferimento genico nei procarioti.
Note
[modifica | modifica wikitesto]- ^ (EN) Janet L. Siefert, Horizontal Gene Transfer: Genomes in Flux, collana Methods in Molecular Biology, Humana Press, 2009, pp. 13–27, DOI:10.1007/978-1-60327-853-9_2, ISBN 9781603278539. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ Vladimir Sentchilo, Antonia P Mayer e Lionel Guy, Community-wide plasmid gene mobilization and selection, in The ISME Journal, vol. 7, n. 6, 2013-06, pp. 1173–1186, DOI:10.1038/ismej.2013.13. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ B. Palenik, Q. Ren e V. Tai, Coastal Synechococcus metagenome reveals major roles for horizontal gene transfer and plasmids in population diversity, in Environmental Microbiology, vol. 11, n. 2, 2009-2, pp. 349–359, DOI:10.1111/j.1462-2920.2008.01772.x. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ Yingfei Ma, Ian T. Paulsen e Brian Palenik, Analysis of two marine metagenomes reveals the diversity of plasmids in oceanic environments, in Environmental Microbiology, vol. 14, n. 2, 2012-2, pp. 453–466, DOI:10.1111/j.1462-2920.2011.02633.x. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ Brian V. Jones e Julian R. Marchesi, Transposon-aided capture (TRACA) of plasmids resident in the human gut mobile metagenome, in Nature Methods, vol. 4, n. 1, 2007-1, pp. 55–61, DOI:10.1038/nmeth964. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ Aya Brown Kav, Goor Sasson e Elie Jami, Insights into the bovine rumen plasmidome, in Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 109, n. 14, 3 aprile 2012, pp. 5452–5457, DOI:10.1073/pnas.1116410109. URL consultato l'11 luglio 2019.
- ^ Tue Sparholt Jørgensen, Zhuofei Xu e Martin Asser Hansen, Hundreds of Circular Novel Plasmids and DNA Elements Identified in a Rat Cecum Metamobilome, in PLoS ONE, vol. 9, n. 2, 4 febbraio 2014, DOI:10.1371/journal.pone.0087924. URL consultato l'11 luglio 2019.
