La società è stata fondata nel 1992 come AKOL ma già dall'anno successivo ha assunto il nome della città di Ščëlkovo. L'affiliazione alla società calcistica "Spartak" risale al 1997 ed è proseguita fino al 2009 quando la sezione di calcio a 5 è ritornata indipendente, aggiustando nell'occasione la propria denominazione in "Sparta". Tra il 2002 e il 2009 lo Spartak Ščëlkovo ha disputato sette stagioni di Superliga, giungendo secondo nell'edizione 2004-05. L'unico trofeo della sua bacheca è la Coppa di Russia vinta nel 2005. Al termine della stagione 2011-12 la società ha annunciato lo scioglimento della squadra, che nel frattempo era scesa in Vysšaja Liga.