Weeks non venne scelto da nessuna squadra nel corso del draft del 2008; partecipò al minicampo di prova pre-stagionale dei Detroit Lions ma non firmò nessun contratto con loro. In conseguenza di ciò Weeks rimase lontano dal football durante le stagioni 2009 e 2010. Il 28 aprile 2010 firmò un contratto con gli Houston Texans e prese parte al ritiro pre-campionato.
Il 5 marzo 2012 Weeks rinnovò il contratto con i Texans ed il 7 settembre 2015 firmò un nuovo contratto quadriennale da 3,9 milioni di dollari, sempre con i Texans[1].
Il 19 gennaio 2016 venne reso noto che Weeks era stato selezionato per il Pro Bowl[2].
^(EN) Texans Jon Weeks added to Pro Bowl, su houstontexans.com, 19 gennaio 2016. URL consultato il 20 gennaio 2018 (archiviato dall'url originale il 21 gennaio 2018).