Von Alfthanin vanhemmat olivat kuvernööri, vapaaherra George von Alfthan ja Ebba Mathilda Geschwend. Hän pääsi ylioppilaaksi 1882 ja valmistui filosofian kandidaatiksi 1885. Hänestä tuli lääketieteen kandidaatti 1887, lääketieteen lisensiaatti 1892 sekä lääketieteen ja kirurgian tohtori 1904. Von Alfthan toimi Helsingin yliopiston anatomisen laitoksen vt. assistenttina 1892–1900 ja Naantalin kylpylaitoksen ylilääkärinä 1893–1919. Hänet ylennettiin lääkintämajuriksi 1918.[1]