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Sotiris Vayenas (guitare), Spiros Antoniou (basse, chant), et Christos Antoniou (guitare) forment le groupe en mars 1990 à Athènes en Grèce. Adepte d'un death metal symphonique, Septic Flesh trouve son inspiration dans les mythologies grecque, égyptienne et moyen-orientale.
Enfants de PerséphoneSeptic Flesh sort les albums Mystic Places of Dawn (1994) et Esoptron (1995), avant de s'adjoindre la voix de soprano de Natalie Rassoulis pour Ophidian Wheel (1997) et A Fallen Temple (1998). Forgotten Paths en 1999 est une compilation qui témoigne des débuts du groupe.
Pyramide de GizehLes fans d'Anubis et autres Gilgamesh ont encore le temps de sortir Revolution DNA (1999) et Sumerian Daemons (2003) avant de se séparer. Le groupe revient en 2007 pour un festival en Grèce avant de mettre en chantier le pharaonique Communion avec l'apport d'un orchestre symphonique et d'un choeur de trente-deux chanteurs. Depuis cette réunion, leur nom s'écrit Septicflesh.