Tornet byggdes 1537 och rekonstruerades 1702 och fick då sin nuvarande höjd, 68 meter.
Tonsättaren Johann Sebastian Bach var körledare i kyrkan från 1723 till sin död 1750. En staty av Bach restes utanför kyrkan 1908.
Den 4 december 1943 förstördes tornet vid ett bombanfall av de allierade styrkorna vilket medförde att det fick repareras. Taket över de gotiskavalven är ett av de brantaste i Tyskland med en takvinkel på 63°.
Efter att Johanneskyrkan[1] förstörts under andra världskriget fördes Bachs kvarlevor från Johanneskyrkan till Thomaskyrkan 1950. Det nuvarande altaret som sattes in 1993 kommer från Paulinerkirche[2], universitetskyrkan i Lepzig, som revs 1968 av den kommunistiska regimen.
En staty föreställande Felix Mendelssohn som levde i Lepzig från 1835 till sin död 1847 invigdes den 18 oktober 2008 då den på nytt restes mittemot kyrkan vid firandet av minnet av tonsättarens 200-årsdag. Den 6 meter höga statyn av Gewandhausorkesterns ledare och tonsättare är i brons. Högtidstal hölls av Kurt Masur, också han tidigare dirigent för orkestern och av Burkhard Jung, borgmästare i Leipzig. Originalstatyn tillverkad av Werner Stein invigdes den 26 maj 1892, men togs ned av nazisterna på grund av Mendelssohns judiska härkomst.
I Thomaskyrkan finns två orglar. Den äldre är en romantisk orgel byggd av Wilhelm Sauer mellan 1885 och 1889. Eftersom denna inte lämpar sig för barockmusik byggdes en ny av Gerald Woehl mellan 1999 och 2000. Denna byggdes för att påminna om den som Bach spelade på i Paulinerkirche.
Kombinationer: Mezzoforte, forte, tutti, rörverk, piano-, mezzoforte-, forte- och tuttipedal med lås, handregister med tre inställbara kombinationer, rullsvällare mit lås.
Mendelssohn Bartholdy, Felix (1869). Felix Mendelssohn-Bartholdys reseminnen: skildrade i bref till anhöriga och vänner 1830-1832. Stockholm: Eklund. Libris1583096
Lemper, Ernst-Heinz (1954) (på tyska). Die Thomaskirche zu Leipzig.: Die Kirche Johann Sebastian Bachs als Denkmal deutscher Baukunst. Forschungen zur sächsischen Kunstgeschichte. Herausg. von Eberhard Hempel. Bd 3.. Leipzig. Libris2769734
Wolff Christian, red (2005) (på tyska). Die Orgeln der Thomaskirche zu Leipzig. Leipzig: Evang. Verl.-Anst. Libris10021060. ISBN 3-374-02300-2
Scheidemantel, Dirk (2003) (på tyska). Leipzig, Thomaskirchhof: Klerus, Bürger und Beamte. Archaeonaut, 1611-2628 ; 2. Dresden: Landesamt für Archäologie. Libris9161197. ISBN 3-910008-51-8
Orf, Wolfgang (1977) (på tyska). Die Musikhandschriften Thomaskirche Mss. 49/50 und 51 in der Universitätsbibliothek Leipzig. Quellenkataloge zur Musikgeschichte, 0079-905X ; 13 (1. Aufl.). Wilhelmshaven: Heinrichshofen. Libris5985626. ISBN 3-7959-0243-6
^Kirchliches Archiv Leipzig (Leipzig kyrkoarkiv): Taufbuch Thomas 1811-1817 (Dopbok för S:t Thomas 1811-1817), p. 156; se även tyskspråkiga wikipedias artikel om Richard Wagner