LIM domen
| |||||||||
| Strukture LIM domena iz Pinč proteina. Atomi cinka su prikazani sivo. | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | LIM | ||||||||
| Pfam | PF00412 | ||||||||
| InterPro | IPR001781 | ||||||||
| PROSITE | PDOC50178 | ||||||||
| SCOP | 1ctl | ||||||||
| Superfamilija | 1ctl | ||||||||
| |||||||||
LIM domeni su proteinski strukturni domeni, koji se sastoje od dva susedna domena cinkovog prsta, razdvojena sa dve hidrofobne aminokiseline.[1] Oni su dobili ime po njihovom otkriću u proteinima Lin11, Isl-1 i Mec-3.[2] Pokazano je da proteini koji sadrže LIM domen učestvuju u citoskeletalnoj organizaciji, razvoju organa i onkogenezi. LIM domeni posreduju protein-protein interakcije koje su kritične za ćelijske procese.
LIM domeni imaju visoko divergentne sekvence, izuzev pojedinih ostataka. Divergencija sekvenci omogućava postojanje mnoštva različitih mesta vezivanja u istom osnovnom domenu. Konzervirani ostaci učestvuju u vezivanju cinka ili su hidrofobna osnova proteina. LIM domeni imaju sledeću sekvencu:
[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-19-[W]-[H]-[X]2-4-[C]-[F]-[LVI]-[C]-[X]2-4-[C]-[X]13-20-C-[X]2-4-[C]
LIM domeni se često javljaju u umnošcima, kao što je to slučaj kod proteina TES i LMO4. Oni takođe mogu da budu vezani za druge domene, čime se omogučava vezivanje i sortiranje, npr. LIM kinaze.
- ↑ Kadrmas JL, Beckerle MC (2004). „The LIM domain: from the cytoskeleton to the nucleus”. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 5 (11): 920–31. DOI:10.1038/nrm1499. PMID 15520811.
- ↑ Bach I (2000). „The LIM domain: regulation by association”. Mech. Dev. 91 (1–2): 5–17. DOI:10.1016/S0925-4773(99)00314-7. PMID 10704826.