Первое историческое упоминание о городе датируется 1565 годом. Статус города Салантай получил в 1746 году. Со времен вхождения города в состав Великого княжества Литовского Салантай был центром еврейских поселений. В 1765 году в городе и его окрестностях насчитывалось 279 евреев. После вхождения в состав Российской империи город стал частью Цельшчикого уезда Ковенской губернии. По состоянию на 1847 год Салантская еврейская община насчитывала 999 человек. Согласно переписи населения в 1897 году из 2449 жителей города 1106 были евреями[1]. В 1950—1959 годах Салантай был центром Салантайского района.