ジョリパット塗装した内装壁の上に巾木を取り付けたいのですが、壁はコンクリートです。

「壁が曲がっている」とは、板を当てると壁が反っているという事でしたら、壁の反りに合わせて板も反らせて、全体としては密着させないといけません。

普通に壁にコンクリートスクリューか、プラグを打ってネジで留めるのではいけないのでしょうか？

もし「シリコンコーキング剤」で留めるにしても
ジョリパッドを切り取る？　・・とは聞いたことがありません・・
私が知らなかっただけかもしれませんが・・

DIYで行うのですか?
板の幅の中央に数㎝程度の長さでシリコンをガンで押し出して載せます。
凹凸を充填しますのでたっぷりと、但し板を壁に押し付けてシリコンが伸びるても板からはみ出さない程度です。
もし心配なら、壁側にマスカーを貼ってマスキングしておくと良いですが、
はみ出しが多いとマスカーで綺麗にシリコンを切れるとは限りません。
マスカーは念の為程度で頼らない方が無難です。
シリコン自体は固まればとても接着力は強いですので、全面ではなく、適宜に数か所で留める程度で良いと思いますよ。

難題は、巾木の場合は床が有りますが、壁の場合は板の落下をどのように防止して支えるかですね。特に今は寒冷ですので、ある程度迄固化するのに丸一日か、それ以上掛かると思わないといけません。
許されるのでしたら、タッカー、或いは細いコーチスクリューにワッシャーを通し、ワッシャーで板を受ける様に天井のベニアに打って支える等か、
傷跡も残したくないのでしたら壁に角材でも立てて廻縁を支えておくか位しか思いつきません。
この辺は考えて下さい。

なお「変性シリコン」の必要は有りません。
変性シリコンは塗装が載るので価格もやや高いですが、今回は接着だけですので「シリコン」で十分です。

雑学：
木工ボンドは木材同士ではとても強い接着力が得られます。
接着してから剥がそうとしても、木片に割れて持っていかれる程です。
但し、木材の接着の用途のために「木工（ボンド）」です。
また、接着の目的であって、隙間の充填には使えません。

＞ジョリパットは簡単にカッターで切れるのでしょうか？

＞手先が器用でないので、
＞
巾木や廻り縁で隠れるところを切ってみれば良いです。
どうせ隠れますし、取れても下地のコンクリートが出てくるだけです。

ジョリパットが鏝ムラで波うっていて、部材とピッタリつかない部分は結局シーリング材などで埋めますよね？

カッターで簡単に切れることが確認できたら、先の説明で板幅で切っていって板をはめ込んだあとの境目は、シーリング材でもジョリパットででも埋めれば良いでしょう。
(当然マスキングはすることになりますが)

ジョリパットで埋めるなら巾木や廻り縁は壁塗るより先に納めてあった様に仕上がるので、見た目も良くなります。
板がジョリパットの塗り厚の中に隠れますからね。

ジョリパットが残っていなければ買わないといけませんが。

＞巾木を取り付けたいのですが、

＞使いたい部分は天井部分（天井はベニヤ）
＞
細かいことですが、それは巾木ではなく、廻縁ではないですかね？
壁と天井のぶつかる角。

それはさておき
＞ジョリパット塗装した内装壁の上に
＞壁はコンクリートです。
＞壁が曲がっているので、
＞
巾木、もとい廻縁(仮)の幅でジョリパットを削り落としてしまえば。
廻縁ということで話をすすめてみますが
巾木に使う板を天井に押し当てる(当然壁にも)。
板の下端辺にカッターを入れてジョリパットを切る(コンクリートに届くまでの深さ)。
ジョリパットをめくって撤去して板をはめ込む。
これならコンクリートに直着け出来るので接着剤が使えます。

現場と仕上げたい状態が不明なので、これで良いのかはわかりませんが。


＞木材を薄く取り付け、そこに木工ボンドでとめるとか、
＞コーキングはノリの代わりになりますでしょうか
＞
コーキング類でも接着剤代わりにはなります。
木材が「挽き板」と言って、厚さ3mm程度なら、変成シリコンを裏に塗付けて、一日くらい固定できるなら、曲がった面に適度に馴染んで形を保持するかもしれません。

コンクリートが厚いなら

プラグ打ってネジ止めとか

＞コンクリボンドも両面テープも全く効かない
コンクリ壁がまっすぐでなくて板材と密着しないから、って
事じゃないんですか？

接着剤は固まるまで押さえとく手もあるけど
粘着剤で「常に剥がす力がかかる」と徐々に剥がれるから
密着してないならよした方がいい

あと
コンクリボンドって木材にも着くんでしたっけ？

＞コーキングはノリの代わりに
シリコンコーキング剤は接着力もあるし
柔らかいものの接着面積が広ければそれなりの強度もありますよ