ユーザー間のソフト共有の制限

インストールしたアプリケーションそのものについて。

PC にインストールしたアプリケーションは他のユーザーからも利用可能です。

アプリケーションの設定について。
設定情報をユーザーの領域に保存するのか、PC レベルでしか保存しないのか、アプリケーション次第です。
昨今のまともなアプリケーションであれば、共通情報は PC レベルで保存し、ユーザー毎の設定はユーザー領域に保存します。
規模が小さいアプリケーションや、「インストール不要」などのアプリケーションの場合は PC レベルでしか保存しないことが多いです。

デスクトップ上のショートカットが連動してしまう件。
質問者が自分のデスクトップに手動で作成したショートカットなら、C:\Users\質問者のアカウント\Desktop に保存されるので、他のユーザーのデスクトップにも表示されることはありません。
アプリケーション、またはそのインストーラーが作成したショートカットなら C:\Users\Public\Desktop に作成されることが多く、全てのユーザーのデスクトップに表示されます。
C:\Users\Public\Desktop に作成されたショートカットは全員のデスクトップに表示されるので、それなりの権限を持っているアカウントであれば削除できてしまいます。
削除すれば他のユーザーのデスクトップからも消えます。
あえて自分でこのショートカットを削除し、自分のデスクトップにあらためてショートカットを作成すれば良いかと思います。

インストールしたソフトの影響を他のユーザーに与えたくない場合は、そのソフトのインストール画面で、「このユーザーのみにインストールする」という意味合いの選択肢があれば、それを選択します。

通常、セットアップ用のインストーラーを使ってインストールするソフトは、他のユーザーと設定を共有しないものが多いですが、解凍するだけで使えるソフトは、そのフォルダ内に設定を保存する場合も多いので、その場合はソフトのフォルダごと分けると良いかと思います。

又、そのソフトのポータブル版があるなら、それを使うのも良いかと思います。

デスクトップのショートカットの問題につきましては、No.1さんがおっしゃっているフォルダにあるショートカットを、そのソフトを使用するユーザーのデスクトップにコピーして、元のショートカットは削除すると良いでしょう。

まとめると、「どこにショートカットが作成されるのか」「どこに設定が保存されるのか」を把握し、共有したい場合はそこを同じにし、共有したくない場合はそこが別になるように調節するという事です。