Filipenko debuteerde in 2006 in de A-selectie van BATE Borisov. In januari 2008 trok hij naar het Russische Spartak Moskou. Die club leende hem uit aan Tom Tomsk, Sibir Novosibirsk en zijn eerdere werkgever BATE Borisov.[2] In februari 2012 keerde de centrumverdediger definitief terug bij BATE Borisov. Met die club werd hij vier jaar op rij landskampioen. Op 5 januari 2015 maakte Filipenko transfervrij de overstap naar het Spaanse Málaga CF, waar hij een contract tekende tot medio 2016.[1]