Гизен се наоѓа на реката Инерсте и непосредно северно од Гизенер Берге на височина од 70-100 метри. Општината се граничи почнувајќи од североисток на десно со Харзум, Хилдесхајм, Нордштемен и Зарштет. Местоположбата на Инерсте во октомври 2007 година се покажала како проблематична поради огромните поплави, кои предизвикале штети во местата Гизен и Арберген.