Vrhovni zapovjednik (slovenskivrhovni poveljnik) Slovenske vojske je predsjednik Slovenije, dok se načelnik Glavnog stožera (slo. Generalštab) skrbi za njeno operativno djelovanje. Trenutačni načelnik je generalpukovnik Albin Gutman.
Od 2003. godine potpuno je profesionalizirana (ukinuto je obvezno služenje vojnog roka).
Slovenija ima vojnu povijest dugu više od stotinu godina. Ona se proteže iz vremena Austro-Ugarske Monarhije kada je Rudolf Maister bio major te vojske te sudjelovao u oslobađanju Maribora u studenom 1918. Nakon Države SHS i Kraljevine Jugoslavije, Slovenija je u SFRJ imala vlastitu Teritorijalnu obranu. Današnja slovenska vojska je nastala raspadom Jugoslavije 1991. godine a formirana je kroz tajnu strukturu zapovijedanja poznatu kao Manevarska struktura narodne zaštite (MSNZ). Formalno, slovenske oružane snage su osnovane 1993. nakon reorganizacije slovenske Teritorijalne obrane. Nakon te reorganizacije, obavezni vojni rok je trajao između 6 do 7 mjeseci, sve do 2003. kada je vojska u potpunosti profesionalizirana.