המשלחת הראשונה של הונדורס למשחקים האולימפיים לנוער הייתה לאולימפיאדת הנוער סינגפור. המשלחת כללה ארבעה ספורטאים שהתחרו בשלושה ענפי ספורט. המשלחת לא הגיעה להישגים גבוהים בענפים ג'ודו, הרמת משקולות ושחייה. המשלחת לאולימפיאדת הנוער נאנג'ינג הייתה הגדולה ביותר שהונדורס שלחה עד כה ומנתה 21 ספורטאים שהתחרו בשלושה ענפי ספורט. נבחרת הנערים סיימה במקום החמישי בענף הכדורגל. כמו כן, המשלחת לא הגיעה להישגים גבוהים בענפים היאבקות ושחייה.