Dans Metal Slug Defense, le joueur contrôle une base située à gauche de l'écran, et son but est de détruire la base ennemie, située à droite de l'écran. Dès le début de la partie, un compteur représentant les points d'action du joueur se met à augmenter. Le joueur peut alors, monnayant un nombre variant de points d'action, invoquer des unités choisis au préalable de la partie. Chaque unité a des effets différents, ainsi qu'une attaque spéciale que le joueur peut déclencher en appuyant sur l'unité sus-dite lorsque cette dernière se met à devenir bleue. Les points d'action permettent aussi d'améliorer le compteur, afin que celui-ci augmente plus rapidement[1],[2],[3].
Le jeu se compose de missions à effectuer, dans lequel le joueur doit détruire la base ennemi, et peut délivrer des prisonniers. En complétant ces niveaux, il reçoit une monnaie d'échange, qui lui permettra d'augmenter le niveau de ses unités, de sa base, ainsi qu'à l'achat de nouvelles unités[3].