La saison 2006 du Championnat du Pérou de football est la 78e édition du championnat de première division au Pérou. La compétition regroupe les douze meilleures équipes du pays.
La saison est scindée en deux tournois indépendants :
Tournoi ouverture : les équipes sont regroupées au sein d'une poule unique où elles s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Le club en tête du classement se qualifie pour la finale nationale.
Tournoi clôture : les équipes sont regroupés au sein d'une poule unique où elles s'affrontent deux fois, à domicile et à l'extérieur. Le club en tête du classement se qualifie pour la finale nationale, sauf s'il a déjà remporté le tournoi ouverture, auquel cas il est automatiquement sacré champion.
Un classement cumulé des deux tournois permet de déterminer le troisième club qualifié pour la Copa Libertadores 2007 ainsi que les deux clubs participant à la Copa Sudamericana 2007 mais aussi les deux clubs relégués en fin de saison en Segunda División (la table de calcul sur les trois dernières saisons est abandonnée).
C'est le club de l'Alianza Lima qui remporte la compétition après avoir gagné le tournoi d'Ouverture puis battu le Cienciano del Cusco en finale du championnat. C'est le 22e titre de champion du Pérou de l'histoire du club.