Bakatin valmistui Novosibirskin arkkitehtuurin ja rakennustekniikan valtionyliopistosta vuonna 1960 ja työskenteli kotiseuduillaan johtotehtävissä laajamittaisissa rakennushankkeissa vuosina 1961–1973. Hän liittyi kommunistipuolueeseen vuonna 1964 ja aloitti päätoimisen työskentelyn sen palveluksessa vuonna 1973. Bakatin ajoi vallan hajauttamista ja talouden rajoitettua liberalisointia. Vuonna 1986 hänet valittiin puolueen keskuskomitean jäseneksi, ja vuonna 1988 hän sai nimityksen sisäministeriksi. Gorbatšov erotti Bakatinin sisäministerin tehtävistä joulukuussa 1990, mutta nimitti hänet turvallisuusneuvostonsa jäseneksi. Bakatin nousi KGB:n johtoon elokuussa 1991 Neuvostoliiton vallankaappausyrityksen epäonnistumisen jälkeen. Hänen edeltäjänsä Vladimir Krjutškov kuului vallankaappausyrityksen tekijöihin. Bakatin lupasi pienentää KGB:n kokoa ja hillitä sen ylilyöntejä. Hän myös osoitti pyrkimystä läpinäkyvyyteen, joka vakuutti häntä haastatelleen John le Carrén. Bakatinia haastatteli myös William Safire, joka kuitenkin epäili Bakatinin huiputtavan reformisteja ja länsimaista lehdistöä käyttämällä sanoja, joita muut halusivat häneltä kuulla.[1]
Bakatin oli ehdokas Venäjän presidentinvaalissa 1991, mutta tuli viimeiseksi kuudesta ehdokkaasta 3,5 %:n ääniosuudella. Hän toimi Reforma-kansalaisjärjestön varapuheenjohtajana ja oli sijoitusyhtiö Baring Vostok Capital Partnersin neuvonantaja. Bakatin löysi KGB:n asiakirjoista vahvistuksen tiedolle, että NKVD oli teloittanut hänen opettajana työskennelleen isoisänsä pari kuukautta ennen hänen syntymäänsä vuonna 1937. Bakatinilla oli kaksi poikaa.[1]