El Torneo Argentino A 2006-07 fue la duodécima edición de este torneo, correspondiente a la tercera división del fútbol argentino. Se desarrolló entre el 12 de agosto de 2006, con el inicio de la Fase Campeonato del Torneo Apertura, y el 5 de julio de 2007, con la final de vuelta por el ascenso. En ella participaron veinticuatro equipos provenientes de doce provincias, divididos en tres zonas de ocho participantes. Fue el primer torneo para clubes indirectamente afiliados en contar con la transmisión de partidos por televisión nacional.
Club Sportivo Desamparados de San Juan se consagró campeón. Sin embargo, su pésima actuación en el Torneo Clausura (en el que cosechó 13 puntos de 42 en juego), sumada a la quita de diez puntos sufrida (ver Escándalo de arreglo de partidos), lo situaron en zona de promoción, perdiendo la posibilidad de jugar por el ascenso. Su lugar fue ocupado, según lo establecido en el reglamento, por Independiente Rivadavia, mejor ubicado en la tabla general acumulada.
Guillermo Brown, como campeón del Torneo Clausura, e Independiente Rivadavia, como mejor posicionado en la tabla general (debido a que el campeón del Apertura Desamparados finalizó la temporada en zona de promoción), disputaron la final por el ascenso. Independiente obtuvo la ventaja de definir la serie en su estadio por el total de puntos acumulados.
Esta temporada estuvo empañada por dos escándalos de arreglo de partidos, que alteraron el normal desarrollo de la competición.
El primero involucró a Central Norte y 9 de julio, que se enfrentaban en la última fecha del Torneo Clausura 2007. El primer equipo, ya con la seguridad de haber descendido por el triunfo de Talleres (gracias a una prolongación extrarreglamentaria del entretiempo, ya que los partidos eran simultáneos), le concede intencionalmente a 9 de Julio un penal sobre el final del partido ( le concede el árbitro ), permitiéndole así clasificar a la ronda final y evitando del mismo modo un avance de su clásico rival, Juventud Antoniana. El partido terminó 1-0 gracias a dicho penal, pero luego de la difusión televisiva de imágenes de las conversaciones mantenidas entre ambos técnicos durante el encuentro se desató un escándalo. El Consejo Federal decidió el reemplazo de 9 de julio por Juventud Antoniana en la fase final, la quita de seis puntos a ambos equipos involucrados en vistas a la siguiente temporada, la suspensión de ambos técnicos (Víctor Riggio y Jorge Solterman) por el plazo de cinco años dentro y fuera del país, así como también la suspensión provisoria de la terna arbitral encabezada por Juan Dardanelli.
Sólo tres días después, en un partido que enfrentaba a Desamparados con San Martín de Mendoza, la situación se repitió de modo similar. Para el primer equipo, que actuaba como visitante y había resultado campeón del Torneo Apertura 2006, una derrota implicaba, debido a su pésima actuación en el Clausura, caer en zona de promoción, lo cual no sólo significaba perder el derecho a jugar la final por el ascenso al Nacional B sino también la posibilidad de descender al Torneo Argentino B. En caso de que ello ocurriese, su lugar en la final sería tomado por Independiente Rivadavia (primero en la tabla acumulada), uno de los rivales regionales de San Martín. El equipo local, por su parte, necesitaba empatar para evitar también la zona de promoción. Por lo tanto, un empate beneficiaba a ambos en doble sentido: Desamparados evitaba la promoción y jugaba por el ascenso y San Martín evitaba también dicha instancia e impedía a su rival el acceso a la final. El gran perjudicado era Juventud Unida, que quedaba relegado a la promoción. El partido se desarrolló de modo muy irregular y terminó en un empate en 0. Días después, Juventud Unida presentó una queja y, con posterioridad, un video en el que se veía a León Bustos, jugador de San Martín, admitiendo que el equipo sanjuanino les había ofrecido un incentivo de $30.000 para no ganar el partido. El Consejo Federal decidió darles por perdido el partido por 1 a 0 y aplicarles una quita de nueve puntos a ambos conjuntos, lo cual condenó a San Martín al descenso directo y a Desamparados a jugar la promoción y por tanto perder la posibilidad de ascender (beneficiando así a Gimnasia y Esgrima de Mendoza y Juventud Unida, que fueron desplazados de los últimos lugares). De este modo, Independiente Rivadavia jugó por el ascenso.
Una posterior apelación de Desamparados, entre acusaciones de boicot para beneficiar a la lepra entre el CFFA y Daniel Vila, presidente de Independiente Rivadavia y del Grupo América, dueña de los derechos televisivos del torneo desde esa temporada, con acusaciones y evidencias supuestamente falsas hechas por Gabriel Anello y otros periodistas de los medios del grupo.[2][3] Esto mantuvo en suspenso el partido de ida de la final por el ascenso entre Independiente Rivadavia y Guillermo Brown de Puerto Madryn y el partido por la promoción del propio club ante Deportivo Maipú, que debían jugarse el 18 de junio. Sin embargo, el 28 de junio la AFA confirmó su decisión.