Die Begegnungen der ersten beiden Runden wurden in einem Spiel ausgetragen. Bei unentschiedenem Ausgang wurde das Spiel um zweimal 15 Minuten verlängert und gegebenenfalls durch ein Elfmeterschießen entschieden.
In der 3. Runde wurden alle Begegnungen in Hin- und Rückspiel ausgetragen. Bei Torgleichheit entschied zunächst die Anzahl der auswärts erzielten Tore, danach eine Verlängerung und schließlich das Elfmeterschießen.
In der anschließende Gruppenphase wurden die qualifizierten Mannschaften in vier Vierergruppen gelost. Die Teams spielten zweimal gegeneinander, einmal zuhause und einmal auswärts. Die Gruppensieger und -zweiten jeder Gruppe erreichten die nächste Runde. Das Viertel- und Halbfinale wurde, wie in der 2. Runde, in Hin- und Rückspiel ausgetragen.
In dieser Runde stiegen die Vereine, die in der First Division 2003/04 die Plätze neun, zehn und elf belegten, sowie die drei Aufsteiger aus der Second Division.
An der Gruppenphase nahmen die acht Sieger der 3. Runde und die acht besten Teams der First Division 2003/04. Davon wurden die Teams der Plätze eins bis vier (APOEL Nikosia, Omonia Nikosia, Apollon Limassol, AEL Limassol) jeweils als Gruppenkopf gesetzt. Die Mannschaften der Plätze fünf bis acht (Anorthosis Famagusta, Ethnikos Achnas, AE Paphos, Enosis Neon Paralimni) wurden in die vier Gruppen verteilt. Die Sieger der 3. Runde wurden ohne Einschränkungen zugelost.
Die Mannschaften jeder Gruppe spielten zweimal gegeneinander, einmal zu Hause und einmal auswärts. Die Gruppensieger und -zweiten jeder Gruppe kamen in die nächste Runde.
Am Viertelfinale nahmen alle Mannschaften teil, die sich aus der Gruppenphase qualifiziert hatten. Die Gruppensieger wurden gegen die Zweitplatzierten gelost, wobei die Gruppensieger das Rückspiel ausrichteten. Teams aus der gleichen Gruppe wurden nicht gegeneinander gelost.
Omonia Nikosia – Digenis Akritas Morphou
1:0 Musawengosi Mguni (45.)
Niederlande)