SLX4IP
| SLX4IP | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | SLX4IP | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | OMIM: 615958 MGI: 1921493 HomoloGene: 49913 GeneCards: SLX4IP | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) |
| ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) |
| ||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 20: 10.44 – 10.64 Mb | Chr 2: 136.73 – 136.91 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Interaktivni protein SLX4 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom SLX4IP.[5]
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Interaktivni protein SLX4 (SLX4IP) postoji u monomernom obliku i komunicira sa SLX4 – XPF – ERCC1 multiproteinskim kompleksom, koji je odgovoran za sklop Hollidayeve resolvazne veze u ulozi popravka i održavanja DNK.[6]
Pokazano je da SLX4IP direktno komunicira s N-krajem proteina SLX4, koji ima ulogu u koordinaciji više različitih endonukleaza specifičnih za strukturu DNK.[7]
Također se pokazalo da je SLX4IP uključen u kontrolu alternativnog produženja telomera, putem akumulacije i interakcije sa proteinima SLX4, BLM i XPF.[8]
Lokacija i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Gen SLX4IP nalazi se na kratkom kraku (p) hromosoma 20, na položaju 12.2 (20p12.2).[9] Ljudski gen SLX4IP sadrži 14 egzona, pri čemu je cDNK sa 204.000 baznih parova, orijentisanih na plus lanac. Kodira protein od 408 aminokiselina, sa molekulskom masom od 45.552 Daltona.[10]
Utvrđeno je da je homolozi gena SLX4IP konzervirani u nekoliko neljudskih vrsta, uključujući miševe, pacove, žabe, kokoši, pse, rezus majmune i čimpanze.[11] Ortolozi za ljudski gen SLX4IP također su identificirani u 283 druga organizma. Protein SLX4IP eksprimiran je na najvišem nivou u koži i testisima, zajedno sa 26 drugih tkiva.[12]
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]Rak
[uredi | uredi izvor]Akutna limfoblastna leukemija
[uredi | uredi izvor]Pokazalo se da se somatska i monoalelna delecija 5' regije SLX4IP javlja kod 30% pacijenata sa akutnom limfoblastnom leukemijom dječje dobi (ALL) i u slučajevima ETV6/RUNX1–preuređenih akutnih limfoblastnih leukemija, gdje su delecije pronađene u više od 60% slučajeva.[13] Analizom tačakastih prekida SLX4IP, otkrivena je karakteristična nelegitimna V(D)J posredovana rekombinacija. Utvrđeno je da su ove delecije značajno pristrane prema muškom rodu.
Alternativno produživanje telomera
[uredi | uredi izvor]Da bi ćelije karcinoma zadržale sposobnost razmnožavanja bez ograničenja, mogu regulirati telomere svojih hromosoma, rekombinacijom putem postupka poznatog kao alternativno produživanje telomera (ALT).[14] Pokazalo se da ova rekombinacija zahtijeva akumulaciju SLX4IP u ALT telomerama, zbog antagonizacije promiskuitetne aktivnosti BLM.ref name=":0" /> BLM je odgovoran za produženje telomera jer je RecQ helikaza vitalna za homolognu rekombinaciju i replikaciju DNK.[15]
Međulančani unakrsni popravak
[uredi | uredi izvor]U DNK, međualnčane unakrsne veze (ICL) moraju se popraviti zbog njihove visoke toksičnosti, što često dovodi do bolesti kao što je Fanconijeva anemija.[16] SLX4IP ima ulogu u funkcionalnosti ICL popravka kompleksa SLX4-XPF-ERCC1, zahvaljujući istovremenom vezanju i SLX4 i XPF-ERCC1, što održava stabilnost kompleksa i promovira interakciju između SLX4 i XPF-ERCC1 regiona.[6][17] Kada je SLX4IP iscrpljen iz tretiranih ćelija, utvrđeno je da se akumuliraju u G2/M fazi ćelijskog ciklusa, gdje se redovito javlja rješavanje Holideyevih spajanja tokom popravke ICL.[17][18]
HIV-1
[uredi | uredi izvor]Pomoćni protein HIV-1 Vpr snažno zaustavlja napredovanje ćelija domaćina kroz njihov prirodni ciklus u prelaznoj fazi G2/M.[19] Utvrđeno je da je ovo zarobljavanje izazvano preranom aktivacijom kompleksa endonukleaza, specifičnog za strukturu SLX4, sa kojim SLX4IP direktno stupa u interakciju.[20] U ovom istraživanju otkriveno je i da je kompleks SLX4 uključen u regulaciju urođene imunosti, zbog njegove negativne regulacije proizvodnje interferona tipa 1, kako kada se spontano inducira, tako i kada posreduje HIV-1.[20]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000149346 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027281 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Entrez Gene: SLX4 interacting protein".
- ^ a b Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (juli 2009). "Mammalian BTBD12/SLX4 assembles a Holliday junction resolvase and is required for DNA repair". Cell. 138 (1): 63–77. doi:10.1016/j.cell.2009.06.030. PMC 2720686. PMID 19596235.
- ^ Fekairi S, Scaglione S, Chahwan C, Taylor ER, Tissier A, Coulon S, et al. (juli 2009). "Human SLX4 is a Holliday junction resolvase subunit that binds multiple DNA repair/recombination endonucleases". Cell. 138 (1): 78–89. doi:10.1016/j.cell.2009.06.029. PMC 2861413. PMID 19596236.
- ^ Panier S, Maric M, Hewitt G, Mason-Osann E, Gali H, Dai A, et al. (oktobar 2019). "SLX4IP Antagonizes Promiscuous BLM Activity during ALT Maintenance". Molecular Cell. 76 (1): 27–43.e11. doi:10.1016/j.molcel.2019.07.010. PMC 6863466. PMID 31447390.
- ^ "SLX4IP SLX4 interacting protein [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Pristupljeno 31. 10. 2019.
- ^ "SLX4IP - Protein SLX4IP - Homo sapiens (Human) - SLX4IP gene & protein". www.uniprot.org. Pristupljeno 31. 10. 2019.
- ^ "Gene: SLX4IP (ENSG00000149346) - Summary - Homo sapiens - Ensembl genome browser 98". asia.ensembl.org. Pristupljeno 31. 10. 2019.
- ^ Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P, Kampf C, Djureinovic D, Odeberg J, et al. (februar 2014). "Analysis of the human tissue-specific expression by genome-wide integration of transcriptomics and antibody-based proteomics". Molecular & Cellular Proteomics. 13 (2): 397–406. doi:10.1074/mcp.M113.035600. PMC 3916642. PMID 24309898.
- ^ Meissner B, Bartram T, Eckert C, Trka J, Panzer-Grümayer R, Hermanova I, et al. (februar 2014). "Frequent and sex-biased deletion of SLX4IP by illegitimate V(D)J-mediated recombination in childhood acute lymphoblastic leukemia". Human Molecular Genetics. 23 (3): 590–601. doi:10.1093/hmg/ddt447. PMID 24045615.
- ^ Bryan TM, Englezou A, Dalla-Pozza L, Dunham MA, Reddel RR (novembar 1997). "Evidence for an alternative mechanism for maintaining telomere length in human tumors and tumor-derived cell lines". Nature Medicine. 3 (11): 1271–4. doi:10.1038/nm1197-1271. PMID 9359704. S2CID 10220776.
- ^ Bhattacharyya S, Keirsey J, Russell B, Kavecansky J, Lillard-Wetherell K, Tahmaseb K, et al. (maj 2009). "Telomerase-associated protein 1, HSP90, and topoisomerase IIalpha associate directly with the BLM helicase in immortalized cells using ALT and modulate its helicase activity using telomeric DNA substrates". The Journal of Biological Chemistry. 284 (22): 14966–77. doi:10.1074/jbc.m900195200. PMC 2685679. PMID 19329795.
- ^ Hashimoto S, Anai H, Hanada K (1. 5. 2016). "Mechanisms of interstrand DNA crosslink repair and human disorders". Genes and Environment. 38 (1): 9. doi:10.1186/s41021-016-0037-9. PMC 4918140. PMID 27350828.
- ^ a b Zhang H, Chen Z, Ye Y, Ye Z, Cao D, Xiong Y, et al. (novembar 2019). "SLX4IP acts with SLX4 and XPF-ERCC1 to promote interstrand crosslink repair". Nucleic Acids Research. 47 (19): 10181–10201. doi:10.1093/nar/gkz769. PMC 6821277. PMID 31495888.
- ^ McHugh PJ, Sarkar S (maj 2006). "DNA interstrand cross-link repair in the cell cycle: a critical role for polymerase zeta in G1 phase". Cell Cycle. 5 (10): 1044–7. doi:10.4161/cc.5.10.2763. PMID 16687932.
- ^ Connor RI, Chen BK, Choe S, Landau NR (februar 1995). "Vpr is required for efficient replication of human immunodeficiency virus type-1 in mononuclear phagocytes". Virology. 206 (2): 935–44. doi:10.1006/viro.1995.1016. PMID 7531918.
- ^ a b Laguette N, Brégnard C, Hue P, Basbous J, Yatim A, Larroque M, et al. (januar 2014). "Premature activation of the SLX4 complex by Vpr promotes G2/M arrest and escape from innate immune sensing". Cell. 156 (1–2): 134–45. doi:10.1016/j.cell.2013.12.011. PMID 24412650.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Svendsen JM, Smogorzewska A, Sowa ME, O'Connell BC, Gygi SP, Elledge SJ, Harper JW (juli 2009). "Mammalian BTBD12/SLX4 assembles a Holliday junction resolvase and is required for DNA repair". Cell. 138 (1): 63–77. doi:10.1016/j.cell.2009.06.030. PMC 2720686. PMID 19596235.
- Ghosal G, Leung JW, Nair BC, Fong KW, Chen J (oktobar 2012). "Proliferating cell nuclear antigen (PCNA)-binding protein C1orf124 is a regulator of translesion synthesis". The Journal of Biological Chemistry. 287 (41): 34225–33. doi:10.1074/jbc.M112.400135. PMC 3464530. PMID 22902628.
- Warnatz HJ, Schmidt D, Manke T, Piccini I, Sultan M, Borodina T, et al. (juli 2011). "The BTB and CNC homology 1 (BACH1) target genes are involved in the oxidative stress response and in control of the cell cycle". The Journal of Biological Chemistry. 286 (26): 23521–32. doi:10.1074/jbc.M111.220178. PMC 3123115. PMID 21555518.