Wikipedia

SUHW4

Protein cinkovog prsta 280D, znan i kao supresor homologa 4 dlakavih krila (vinska mušica), SUWH4, protein cinkovog prsta 634, ZNF634 ili KIAA1584, je protein koji je kod ljudi kodiran genom ZNF280D, sa hromosoma 15, sekvenca 21.3.[4][5]

SUHW4
Identifikatori
AliasiZNF280D
Vanjski ID-jeviMGI: 2384583 HomoloGene: 17151 GeneCards: ZNF280D
Lokacija gena (miš)
Hromosom 9 (miš)
Hrom.Hromosom 9 (miš)[1]
Hromosom 9 (miš)
Genomska lokacija za SUHW4
Genomska lokacija za SUHW4
Bend9|9 DPočetak72,182,142 bp[1]
Kraj72,271,059 bp[1]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija• vezivanje sa DNK
• vezivanje iona metala
• nucleic acid binding
• GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity
Ćelijska komponenta• jedro
Biološki proces• transcription, DNA-templated
• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez

54816

235469

Ensembl

ENSG00000137871

ENSMUSG00000038535

UniProt

Q6N043

Q68FE8

RefSeq (mRNK)

NM_001002843
NM_001002844
NM_001288588
NM_001288589
NM_017661

NM_146224
NM_001311105

RefSeq (bjelančevina)

NP_001002843
NP_001002844
NP_001275517
NP_001275518
NP_060131

NP_001298034
NP_666336

Lokacija (UCSC)n/aChr 9: 72.18 – 72.27 Mb
PubMed pretraga[2][3]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Aminokiselinska sekvenca

uredi

Dužina polipeptidnog lanca je 979 aminokiselina, a molekulska težina 109.285 Da.[6]

1020304050
MGDNPFQPKSNSKMAELFMECEEEELEPWQKKVKEVEDDDDDEPIFVGEI
SSSKPAISNILNRVNPSSYSRGLKNGALSRGITAAFKPTSQHYTNPTSNP
VPASPINFHPESRSSDSSVIVQPFSKPGYITNSSRVVSNKSSELLFDLTQ
DTGLSHYQGGPTLSMAGMSESSFLSKRPSTSEVNNVNPKKPKPSESVSGA
NSSAVLPSVKSPSVTSSQAMLAKGTNTSSNQSKNGTPFPRACPKCNIHFN
LLDPLKNHMKYCCPDMINNFLGLAKTEFSSTVNKNTTIDSEKGKLIMLVN
DFYYGKHEGDVQEEQKTHTTFKCFSCLKILKNNIRFMNHMKHHLELEKQS
SESWENHTTCQHCYRQFPTPFQLQCHIESTHTPHEFSTICKICELSFETE
HVLLQHMKDNHKPGEMPYVCQVCNYRSSSFSDVETHFRTSHENTKNLLCP
FCLKVIKIATPYMHHYMKHQKKGIHRCTKCRLQFLTCKEKMDHKTQHHRT
FIKPKQLEGLPPGTKVTIRASVGPLQSGASPTPSISASASTLQLSPPRTK
NITAKNPAKSNTSKPNTVKSNASKPNTSKPNGSKSKYKPKISNMQKKQST
LASSNKKSKVNTALRNLRYRRGIHKCIECCSEIKDFANHFPTYVHCSFCR
YNTSCSKAYVNHMMSFHSNRPSKRFCIFKKHSENLRGITLVCLNCDFLSD
VSGLDNMATHLSQHKTHTCQVVMQKVSVCIPTSEHLSELKKEAPAKEQEP
VSKEIARPNMAERETETSNSESKQDKAASSKEKNGCNANSFEGSSTTKSE
ESITVSDKENETCLADQETGSKNIVSCDSNIGADKVEKKKQIQHVCQEME
LKMCQSSENIILSDQIKDHNSSEARFSSKNIKDLRLASDNVSIDQFLRKR
HEPESVSSDVSEQGSIHLEPLTPSEVLEYEATEILQKGSGDPSAKTDEVV
SDQTDDIPGGNNPSTTEATVDLEDEKERS
Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

Gen

uredi

Postoji ukupno 24 moguća egzona u bilo kojoj varijanti gena ZNF280D.[7] ZNF280D je orijentiran na minus nit hromosoma 15 i obuhvata 288,396 kb.[8] Okolni geni lokusa uključuju TEX9, HMGB1P33, MNS1, LOC645877 i LOC145783.[9]

 
Položaj ljudskog ZNF280D i susjednih gena
 
Položaj ZNF280D lokusa na ljudskom hromosomu 15

iRNK

uredi

Za ZNF280D identificirane su najmanje 24 prerađene varijante.[10] Postoji sedam vjerovatnih alternativa promotora. Čini se da se iRNK razlikuju skraćivanjem 5' kraja, skraćivanjem 3' kraja, prisustvom ili odsustvom 12 kasetnih egzona, preklapanjem egzona s različitim granicama, preradom naspram zadržavanja pet introna.[10] Najduži oblik prerade sadrži 4428 bp.[11]

 
Najzastupljeniji alternativni oblici prerade iRNK gena ZNF280D.

Protein

uredi

Sastav i domeni

uredi
 
Poravnavanje višestrukih sekvenci ortologa DUF4195 otkriva nisku konzervaciju.
 
Višestruko poravnavanje ortologa za pet domena cinkovog prsta otkriva visoku konzerviranost.

Dužina proteina ZNF280D je 979 aminokiselina.[12] Protein sadrži domen nepoznate funkcije (DUF4195), u rasponu od 45. do 230. aminokiseline.[12] DUF4195 (pfam13826) je porodica koja se nalazi na N-terminalu proteina kod Metazoa. koji nose PHD-slične domene cinkovog prsta; funkcija je nepoznata.[13] ZNF280D protein također sadrži pet visoko konzerviranih domena Cys2 His2-tipova cinkovog prsta. Cinkovi prsti imaju sposobnost vezanja DNK, što podržava spekulativnu ulogu ZNF280D kao transkripcijskog faktora.[14]

Molekulsja težina proteina je približno 109,3 kdal.[15] Analiza klaster naboja otkriva klaster negativnog naboja u blizini N-kraja između aminokiselina 16-43.[15] Klasteri naboja povezani su s funkcionalnim domenama ćelijskih faktora transkripcije, pružajući dalju podršku za ZNF280D kao mogući faktor transkripcije.[16]

SNP-ovi

uredi

Postoji niz SNP-ova koji su uočeni u ljudskoj populaciji.[17] Na donjoj slici navedeni su neki od najčešćih pojavljivanja.

 
Najučestaliji SNP-ovi u ljudskom genomu

Regulacija

uredi

Razina iRNK

uredi
 
Regija promotora ljudskog ZNF280D i mjesta vezanja predviđenog transripcijskog faktora

Predviđa se da će se određeni broj faktora transkripcije vezati za predviđenu promotorsku regiju.[18]

Proteinska razina

uredi

Protein ZNF280D sadrži 66 ostataka serina, 17 treonina i šest tirozina, a svi oni su potencijalna mjesta fosforilacija.[19]

 
Kandidati za fosforilaciju u ljudskkom proteinu ZNF280D.

Ostatak glicina na položaju 2 je vjerovatni kandidat za N-terminalnu acetilaciju.[20] Postoji sedam vjerovatnih sumoilacijskih lokacija.[21]

 
Vjerovatna mjesta sumoilacije proteina ZNF280D

Ekspresija

uredi
 
GEO analiza ekspresije profila proteina ZNF280D u ljudskim tkivima.

ZNF280D sveprisutno eksprimiran na relativno niskim nivoima u gotovo svim tkivima u ljudskom tijelu.[22]

U jednoj studiji, ekspresija ZNF280D je upoređena između endotelnih progenitornih ćelija u pupkovini i perifernoj krvi. Rezultati pokazuju da je ekspresija bila značajno veća u krvi pupkovine.Ovo podržava moguće uključivanje ZNF280D u embriondki razvoj ili ćelijsku diferencijaciju.[23]

 
Podaci o ekspresiji ZNF280D u endotelnim progenitornim ćelijama iz pupkovine i periferne krvi odraslih.

Evolucija

uredi

Za ljudski protein ZNF280D, identificiran je određeni broj ortologa i udaljenih homologa. Za njega, u ljudskom genomu postoje i četiri paraloga.[24]

Protein Vrsta Datiranje divergencije od čovjeka (prije n miliona godina)[25] Pristupni broj u bazu NCBI Dužina sekvence (aminokiseline) Identitet sekvence E-vrijednost
ZNF280D Miš (Mus musculus) 92,3 NP_666336 974 76% 0
ZNF280D izoforma X1 Goveče (Bos taurus) 94.2 XP_002690904 974 88% 0
ZNF280D Afrički grmasti slon (Loxodonta africana) 987 XP_003418437 979 90% 0
ZNF280D izoforma X1 Kineska mehkooklopna kornjača (Pelodiscus sinensis) 296 XP_006112544 993 61% 0
ZNF280D Stepksi soko (Falco cherrug) 296 XP_005435548 939 60% 0
ZNF280D Prizemna sjenica (Pseudopdoces humilis) 296 XP_005521527 936 57% 0
ZNF280D izoforma X1 Kineski aligator (Alligator sinensis) 296 XP_006018037 277 50% 1E-64
ZNF280D Zapadna kandžasta žaba (Xenopus tropicalis) 371.2 XP_002940298 1071 49% 0
ZNF280D izoforma X1 Zebrica (Danio rerio) 400,1 XP_005166581 879 43% 2E-172
ZNF280D-liki protein Žarnjak (Saccoglossus kowalevskii) 661.2 XP_006811912 733 32% 5E-50
Protein cinkovog prsta 36 Morski mlaz (Ciona intestinalis) 722,5 NP_001041459 581 32% 7E-58
GL11474 Vinska mušica (Drosophila persimilis) 782.7 XP_002016218 1271 29% 5E-16
Protein cinkovog prsta Očni crv (Loa loa) 937.5 XP_003139663 495 33% 6E-19
Zap1p Pekarski kvasac (Saccharomyces cerevisiae S288c) 12158 NP_012479 880 33% 2E-7
Odabrani ortolozi i udaljeni homolozi ljudskog proteina ZNF280D
Paralog Pristupni broj Dužina sekvence (aminokiseline) Identitet sekvence E-vrijednost
ZNF280C NP_060136 737 68% 0
ZNF280B NP_542942 543 54% 0
ZNF280A NP_542778 542 49% 6E-148
ZNF280E (pogo transposable element with ZNF domain isoform 1) NP_055915 1410 44% 4E-134
Paralozi ljudskog proteina ZNF280D

Interakcije

uredi

Eksperimentalno je potvrđeno da ZNF280D komunicira sa proteinima CBX5 i CBX3.[26] Ovi proteini imaju ulogu u stvaranju heterohromatina, što predstavlja moguću funkcionalnu ulogu ZNF280D kao transkripcijskog represora.[27][28]

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000038535 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  3. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ Nagase T, Kikuno R, Nakayama M, Hirosawa M, Ohara O (august 2000). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XVIII. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Research. 7 (4): 273–81. doi:10.1093/dnares/7.4.271. PMID 10997877.
  5. ^ "Entrez Gene: SUHW4 suppressor of hairy wing homolog 4 (Drosophila)".
  6. ^ "UniProt, Q6N043". Pristupljeno 19. 7. 2021.
  7. ^ "Genetic Testing Registry". NCBI. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  8. ^ "GeneCards". Pristupljeno 7. 5. 2014.
  9. ^ "ZNF280D zinc finger protein 280D [Homo sapiens (human) ]". NCBI. Pristupljeno 9. 5. 2014.
  10. ^ a b "Homo sapiens complex locus ZNF280D, encoding zinc finger protein 280D and hypothetical LOC145783". NCBI AceView. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  11. ^ "Homo sapiens zinc finger protein 280D, mRNA (cDNA clone MGC:168023 IMAGE:9020400), complete cds". NCBI. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  12. ^ a b "Zinc finger protein 280D [Homo sapiens]". NCBI. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  13. ^ "pfam13836: DUF4195". NCBI. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  14. ^ Klug A (oktobar 1999). "Zinc finger peptides for the regulation of gene expression". Journal of Molecular Biology. 293 (2): 215–8. doi:10.1006/jmbi.1999.3007. PMID 10529348.
  15. ^ a b Brendel, Voker. "SAPS Statistical Analysis of PS". SDSC Workbench. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  16. ^ Brendel V, Karlin S (august 1989). "Association of charge clusters with functional domains of cellular transcription factors". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 86 (15): 5698–702. Bibcode:1989PNAS...86.5698B. doi:10.1073/pnas.86.15.5698. PMC 297697. PMID 2569737.
  17. ^ "SNP linked to Gene ZNF280D(geneID:54816) Via Contig Annotation". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2014.
  18. ^ "Genomatix". Genomatix. Arhivirano s originala, 2. 12. 2021. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  19. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (decembar 1999). "Sequence and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
  20. ^ Kiemer, Lars. "NetAcet: Prediction of N-terminal acetylation sites". NetAcet. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  21. ^ "SUMOplot™ Analysis Program". Pristupljeno 7. 5. 2014.
  22. ^ "GDS596 / 221213_s_at / ZNF280D". GEO Profile. NCBI. Pristupljeno 7. 5. 2014.
  23. ^ "ZNF280D – Endothelial progenitor cells from cord blood and adult peripheral blood". NCBI. Pristupljeno 9. 5. 2014.
  24. ^ "NCBI Basic Local Alignment Search Tool". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2014.
  25. ^ "TimeTree". TimeTree. Pristupljeno 10. 5. 2014.
  26. ^ "STRING input ZNF280D (Homo sapiens)". STRING. Pristupljeno 10. 5. 2014.
  27. ^ "CBX5 [Homo sapiens]". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2014.
  28. ^ "CBX3 [Homo sapiens]". NCBI. Pristupljeno 10. 5. 2014.

Dopunska literatura

uredi
Preuzeto iz "https://bs.wikipedia.org/w/index.php?title=SUHW4&oldid=3580613"