Spermatogenezi-pridruženi protein 2 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom SPATA2.[5]

SPATA2
Identifikatori
AliasiSPATA2
Vanjski ID-jeviOMIM: 607662 MGI: 2146885 HomoloGene: 4407 GeneCards: SPATA2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 20 (čovjek)
Hrom.Hromosom 20 (čovjek)[1]
Hromosom 20 (čovjek)
Genomska lokacija za SPATA2
Genomska lokacija za SPATA2
Bend20q13.13Početak49,903,391 bp[1]
Kraj49,915,529 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 2 (miš)
Hrom.Hromosom 2 (miš)[2]
Hromosom 2 (miš)
Genomska lokacija za SPATA2
Genomska lokacija za SPATA2
Bend2|2 H3Početak167,323,053 bp[2]
Kraj167,334,807 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije


Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija GO:0001948, GO:0016582 vezivanje za proteine
molekularna funkcija
Ćelijska komponenta citoplazma
jedro
fibrillar center
Biološki proces multicellular organism development
Ćelijska diferencijacija
Spermatogeneza
regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway
regulation of inflammatory response
regulation of necroptotic process
protein K63-linked deubiquitination
protein linear deubiquitination
GO:0010703, GO:0010702 programirana ćelijska smrt
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_001135773
NM_006038

NM_170756
NM_001356523

RefSeq (bjelančevina)

NP_001129245
NP_006029

NP_001343452
NP_739562

Lokacija (UCSC)Chr 20: 49.9 – 49.92 MbChr 2: 167.32 – 167.33 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Kloniranje i ekspresija

uredi

Sekvenciranjem klonova dobijenih iz frakcionirane biblioteke cDNK mozga, Nagase et al. (1998) klonirali su SPATA2, koji su označili KIAA0757. Izvedeni protein sadrži 520 aminokiselina. RT-PCR ELISA otkrila je nisku do umjerenu ekspresiju u svim testiranim tkivima, uključujući testise. Graziotto et al. (1999) izolirali su fragment SPATA2, koji su označili kao PD1, i pojačali su cDNK pune dužine, pomoću 5-obazne RACE biblioteke cDNK testisa. Izvedeni protein s 520 aminokiselina ima izračunatu molekulsku masu od 58,4 kD i dijeli oko 33% identiteta sa RBM, proteinom koji veže RNK i koji je uključen u spermatogenezu. SPATA2 je visoko hidrofilni. Nema signalni peptid, bogat je serinom i sadrži 17 ostataka cisteina koji se pretežno nalaze u C-terminalnom domenu. SPATA2 također ima nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacije, ali nema mjesta N-glikozilacije.

Northern blot analizom otkriven je obilni prijepis od 2,7 kb i rjeđa trankripcija od 4,0 kb, s najvećom ekspresijom u testisima. Slabija ekspresija otkrivena je u slezeni, zatim timusu i prostati. SPATA2 normalno nije otkriven u leukocitima maternice, tankog i debelog crijeva ili periferne krvi. Western blot analizom ekstrakata ćelija testisa, otkriven je protein s prividnom molekulskm masom od 60 kD, kao i manje obilan protein od 46 do 48 kD. Ekspresija oba proteina, posebno manjeg , smanjena je u nekoliko testikulopatija. Imunohistohemijska analiza otkrila je SPATA2 u citoplazmi Sertolijevih ćelija. SPATA2 nije otkriven u spermatogenim ćelijama i Leydigovim ćelijama, a jedra su bila negativna u svim tipovima ćelija.[6][7]

Aminokiselinska sekvenca

uredi
Simboli
1020304050
MGKPSSMDTKFKDDLFRKYVQFHESKVDTTTSRQRPGSDECLRVAASTLL
SLHKVDPFYRFRLIQFYEVVESSLRSLSSSSLRALHGAFSMLETVGINLF
LYPWKKEFRSIKTYTGPFVYYVKSTLLEEDIRAILSCMGYTPELGTAYKL
RELVETLQVKMVSFELFLAKVECEQMLEIHSQVKDKGYSELDIVSERKSS
AEDVRGCSDALRRRAEGREHLTASMSRVALQKSASERAAKDYYKPRVTKP
SRSVDAYDSYWESRKPPLKASLSLRKEPVATDVGDDLKDEIIRPSPSLLT
MASSPHGSPDVLPPASPSNGPALLRGTYFSTQDDVDLYTDSEPRATYRRQ
DALRPDVWLLRNDAHSLYHKRSPPAKESALSKCQSCGLSCSSSLCQRCDS
LLTCPPASKPSAFPSKASTHDSLAHGASLREKYPGQTQGLDRLPHLHSKS
KPSTTPTSRCGFCNRPGATNTCTQCSKVSCDACLSAYHYDPCYKKSELHK
FMPNNQLNYKSTQLSHLVYR

Reference

uredi
  1. ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000158480 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000047030 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ "Entrez Gene: SPATA2 spermatogenesis associated 2".
  6. ^ Graziotto, R., Foresta, C., Scannapieco, P., Zeilante, P., Russo, A., Negro, A., Salmaso, R., Onisto, M. cDNA cloning and characterization of PD1: a novel human testicular protein with different expressions in various testiculopathies. Exp. Res. Commun. 248: 620-626, 1999.
  7. ^ Nagase, T., Ishikawa, K., Suyama, M., Kikuno, R., Miyajima, N., Tanaka, A., Kotani, H., Nomura, N., Ohara, O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro. DNA Res. 5: 277-286, 1998. [PubMed]: 9872452

Dopunska literatura

uredi