كانت انتخابات البرلمان الأوروبي لعام 1999 لجميع مقاعد البرلمان الأوروبي البالغ عددها 626 والتي أقيمت في خمسة عشر دولة عضو في الاتحاد الأوروبي وذلك في 10 و 11 و 13 يونيو 1999. كان إقبال الناخبين منخفضًا بشكل عام، باستثناء بلجيكاولوكسمبورغ، حيث التصويت إلزامي وحيث أجريت الانتخابات الوطنية في نفس اليوم. كانت هذه أول انتخابات أوروبية تشارك فيها النمساوفنلنداوالسويد جنبًا إلى جنب مع باقي الدول الأعضاء الأخرى وذلك بعد انضمامها للاتحاد الأوروبي في عام 1995 وصوتت حينها بشكل منفصل. أجريت الانتخابات التالية في عام 2004 .