تولى الحكم بعد وفاة والدهِ وكان عمره آنذاك ست سنوات، وضعت أفونسو الخامس تحت وصاية والدته وفقاً لوصية والده الراحل كانت والدته أجنبية ولم يحظى هذا الخيار بشعبية بحيث ارتقت المعارضة ودون أي حليف هام في الارستقراطية البرتغالية نافس ألفونسو الأول كونت بارسيلوس شقيق دوارتي الأول (غير الشقيق) كان محل الملكة لا يمكن الدفاع عنه، وفي 1439 أعطى كورتيس البرتغالي (برلمان المملكة) الوصاية لإنفانتي بيدرو، دوق كويمبرا العم آخر للملك الشاب بدلاً من الملكة، ازدهرت البلاد تحت حكمه، كونت بارسيلوس كان عدو شخصي له (على الرغم من كونهما أشقاء) في نهاية المطاف أصبح كونت بارسيلوس العم المفضل للملك في 1442، بحيث أعطى لهُ أراضي وشكل لهُ دوقيته «دوقية براغانزا»، وأصبح بيدرو أقوى رجل في البرتغال وواحداً من أغنى الرجال في أوروبا، ولتأمين موقفهِ كوصي زوج ابنته إيزابيلا في 1445 من الملك.
مع 9 يونيو1448 بَلَغَ الملك وسلم بيدرو سلطته إلى أفونسو الخامس، وفي 15 سبتمبر من نفس العام ألغى أفونسو الخامس جميع القوانين والمراسيم التي اقرت تحت الوصاية، وأصبح الوضع غير مستقر، وفي السنة التالية بعد أن اكتشف أن هذه إقرارات كانت كاذبة أعلن أفونسو الخامس بيدرو من المتمردين، وهزم جيشه في معركة ألفاروبيرا التي قتل فيها عمه، وبعد هذه المعركة، أصبح «دوق براغانزا» المسيطر بحكم الواقع في البلاد.
ثم تحول أفونسو الخامس اهتمامه إلى شمال أفريقيا، في عهد جده جواو الأول فتحت سبتة ولكن ارجعت إلى الحظيرة المغربية في عهد والده، ولكن الملك الجديد يريد اعادة توسيع الفتوحات، فغزا الجيش الملك في القصر الصغير1458وطنجة (بين كر وفر عدة مرات بين 1460و1464)، وفتح أصلية (1471) وبهذه الإنجازات مُنح له لقب الأفريقي، كما دعم الملك استكشاف المحيط الأطلسي بقيادة عمه الأمير هنري الملاح ولكن بعد وفاة إنريكي سنة 1460، لم يواصل أفونسو هذه الاستكشافات وكان أفونسو الخامس ملك سلبي إدارياً لم يقوم بـ مراجعة القوانين أو تطوير التجارة، وبدلاً من ذلك قام لحفاظ على تراث والده وجده.
في 1452 أصدر البابانيقولا الخامسمرسوم البابوي بحيث مُنح له الحق اعتبار أسرى من المسلمين والوثنيين رقيق للعبودية بالوراثة وهذه الموافقة مددت في بمرسوم رومانوس بونتيفكس من 1455 (أيضا عن طريق نيكولاس الخامس). وجاءت هذه مراسيم البابوية ليكون بمثابة تبرير للحقبة اللاحقة لتجارة الرقيق والاستعمار الأوروبي.
عندما أصبحت الحملات في أفريقيا تتوسع أكثر فأكثر، وجد أفونسو الخامس حديقة جديدة لطموحه في شبه الجزيرة الإيبيرية المجاورة قشتالة بحيث ثارت فضيحة ضخمة مع الآثار السياسية بين الأسرة الحاكمة، في عام 1474 توفي نسيبه الملك إنريكي الرابع ملك قشتالة دون وريث ذكر من زواجه الثاني بحيث كان لديهم ابنة الوحيدة خوانا ولكنها طعن في أبويته، بحيث كانت الشائعات تبرر بأن الملك كان عاجزاً، فالملكة خوانا من البرتغال ربما كانت في علاقة عاطفية مع نبيل المسمى بلتران دي لا كويفا ميلاد الأميرة خوانا في 1462 وبسبب انفصال والديها اعتبرت غير شرعية وعند وفاة الملك نافستها عمتها الملكة المستقبلية إيزابيلا الأولى من قشتالة، ولكن أفونسو الخامس وكانت حريصة على التدخل في هذا الخلاف في قشتالة، وفي 1475 تزوج من ابنة أخته خوانا لا بلترانيخا التي اعتبر الوريثة الشرعية للتاج، ولما كانت أمها «التي هي أخته» الزانية قد كان أفونسو الخامس طموحاً لحماية شرف العائلة، بحيث أعلن نفسه ملك قشتالة وليون وكان على استعداد للدفاع عن حقوق زوجته، بعد معركة تورو[1] الغير حاسمة في 1476 ضد الملك فرناندو الخامس زوج إيزابيلا الأولى ملكة قشتالة ذهب إلى فرنسا الحصول على المساعدة من لويس الحادي عشر ولكنه وجد نفسه مخدوع من قبل ملك الفرنسي وعاد إلى البرتغال في 1477 في الروح المعنوية منخفضة للغاية بحيث همت عليه الاكتئاب لدرجة سقط في حزن عميق، وتخل عن التاج لصالح ابنه جواو الثاني وتقاعد بدير في سنترا، ولكن سرعان ترجع عن ذلك وبقي التاج له حتى وفاته في 1481، وكان قد نُعي وفاته في البلاد من الناس الذين أحبوه، وبدأ النبلاءيخشون من يخلفه، بحيث خلفه ابنه المتبقي جواو الثاني.
البرتغال.svg){kind=small}
مملكة البرتغال 
.svg){kind=small}
.svg)
