La Universidad de Jaén cuenta con once centros de formación de enseñanzas de Grado y de Postgrado, y con seis de investigación, con los que se pretenden impulsar la transferencia de conocimiento, el desarrollo, la innovación, la investigación y la docencia de excelencia, en materias como: Ciencias de la Tierra; Energía y Medio Ambiente; Olivar y Aceites de Oliva; Tecnologías de la Información y Comunicación; Arqueología Ibérica, y Sistema Tierra de Andalucía.

Unidades de Investigación
- Instituto Universitario de Investigación en Arqueología Ibérica
- Instituto Universitario de Investigación en Olivar y Aceites de Oliva
- Instituto Interuniversitario de Investigación del Sistema Tierra de Andalucía (IISTA)
- Instituto Andaluz Interuniversitario en Data Science and Comutacional Intelligence (DaSCI)
- Instituto Universitario de Investigación en Biorrefinerías (I3B)
- Instituto Europeo de Sostenibilidad en Gestión (iESEG)
- Centro de Estudios Avanzados en Tecnologías de la Información y la Comunicación (CEATIC)
- Centro de Estudios Avanzados en Ciencias de la Tierra, Energía y Medio Ambiente (CEACTEMA)