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With Applications to Computer-Aided Drug Design, Cancer
Biology, Emerging Pathogens and Computational Toxicology
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Deep Learning in
Bioinformatics
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 Deep Learning in
Bioinformatics
Techniques and Applications in
Practice

Habib Izadkhah
Department of Computer Science
University of Tabriz
Tabriz, Iran
Academic Press is an imprint of Elsevier
125 London Wall, London EC2Y 5AS, United Kingdom
525 B Street, Suite 1650, San Diego, CA 92101, United States
50 Hampshire Street, 5th Floor, Cambridge, MA 02139, United States
The Boulevard, Langford Lane, Kidlington, Oxford OX5 1GB, United Kingdom
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ISBN: 978-0-12-823822-6

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Publisher: Mara Conner

Acquisitions Editor: Chris Katsaropoulos
Editorial Project Manager: Joshua Mearns
Production Project Manager: Nirmala Arumugam
Designer: Victoria Pearson
Typeset by VTeX
 To my wife Sepideh
and my children Amir Reza and Rose
This page intentionally left blank
Contents

Acknowledgments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xiii
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xv
CHAPTER 1 Why life science? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.2 Why deep learning? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.3 Contemporary life science is about data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
1.4 Deep learning and bioinformatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
1.5 What will you learn? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4
CHAPTER 2 A review of machine learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.2 What is machine learning? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
2.3 Challenge with machine learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
2.4 Overfitting and underfitting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.4.1 Mitigating overfitting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.4.2 Adjusting parameters using cross-validation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.4.3 Cross-validation methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.5 Types of machine learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.5.1 Supervised learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.5.2 Unsupervised learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
2.5.3 Reinforcement learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
2.6 The math behind deep learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.6.1 Tensors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
2.6.2 Relevant mathematical operations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
2.6.3 The math behind machine learning: statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.7 TensorFlow and Keras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.8 Real-world tensors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.9 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
CHAPTER 3 An introduction of Python ecosystem for deep learning . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.1 Basic setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.2 SciPy (scientific Python) ecosystem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.3 Scikit-learn . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.4 A quick refresher in Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.4.1 Identifier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3.4.2 Comments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3.4.3 Data type . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
3.4.4 Control flow statements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
3.4.5 Data structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
3.4.6 Functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
vii
viii Contents

3.5 NumPy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
3.6 Matplotlib crash course . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
3.7 Pandas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
3.8 How to load dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.8.1 Considerations when loading CSV data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.8.2 Pima Indians diabetes dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
3.8.3 Loading CSV files in NumPy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
3.8.4 Loading CSV files in Pandas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
3.9 Dimensions of your data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
3.10 Correlations between features . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
3.11 Techniques to understand each feature in the dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3.11.1 Histograms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
3.11.2 Box-and-whisker plots . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
3.11.3 Correlation matrix plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
3.12 Prepare your data for deep learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
3.12.1 Scaling features to a range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
3.12.2 Data normalizing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
3.12.3 Binarize data (make binary) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
3.13 Feature selection for machine learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
3.13.1 Univariate selection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
3.13.2 Recursive feature elimination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
3.13.3 Principal component analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
3.13.4 Feature importance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.14 Split dataset into training and testing sets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
3.15 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
CHAPTER 4 Basic structure of neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
4.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
4.2 The neuron . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
4.3 Layers of neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
4.4 How a neural network is trained? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
4.5 Delta learning rule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
4.6 Generalized delta rule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
4.7 Gradient descent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
4.7.1 Stochastic gradient descent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
4.7.2 Batch gradient descent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
4.7.3 Mini-batch gradient descent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
4.8 Example: delta rule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
4.8.1 Implementation of the SGD method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
4.8.2 Implementation of the batch method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
4.9 Limitations of single-layer neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
4.10 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
CHAPTER 5 Training multilayer neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
5.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
 Contents ix

5.2 Backpropagation algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96

5.3 Momentum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
5.4 Neural network models in keras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
5.5 ‘Hello world!’ of deep learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
5.6 Tuning hyperparameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
5.7 Data preprocessing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
5.7.1 Vectorization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
5.7.2 Value normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
5.8 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
CHAPTER 6 Classification in bioinformatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
6.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
6.1.1 Binary classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
6.1.2 Pima indians onset of diabetes dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
6.1.3 Label encoding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
6.2 Multiclass classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
6.2.1 Sigmoid and softmax activation functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
6.2.2 Types of classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
6.3 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
CHAPTER 7 Introduction to deep learning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
7.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
7.2 Improving the performance of deep neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
7.2.1 Vanishing gradient . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 132
7.2.2 Overfitting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
7.2.3 Computational load . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
7.3 Configuring the learning rate in keras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 151
7.3.1 Adaptive learning rate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
7.3.2 Layer weight initializers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
7.4 Imbalanced dataset . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
7.5 Breast cancer detection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
7.5.1 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
7.5.2 Introduction and task definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
7.5.3 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
7.6 Molecular classification of cancer by gene expression . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
7.6.1 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
7.6.2 Introduction and task definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163
7.6.3 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
7.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173
CHAPTER 8 Medical image processing: an insight to convolutional neural networks . . . . 175
8.1 Convolutional neural network architecture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175
8.2 Convolution layer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 176
8.3 Pooling layer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
8.4 Stride and padding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
8.5 Convolutional layer in keras . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
x Contents

8.6 Coronavirus (COVID-19) disease diagnosis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184

8.6.1 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
8.6.2 Introduction and task definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
8.6.3 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
8.6.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
8.7 Predicting breast cancer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
8.7.1 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
8.7.2 Introduction and task definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192
8.7.3 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
8.7.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
8.8 Diabetic retinopathy detection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
8.8.1 Goals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
8.8.2 Introduction and task definition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
8.8.3 Implementation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 203
8.8.4 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
8.9 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
CHAPTER 9 Popular deep learning image classifiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
9.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
9.2 LeNet-5 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
9.3 AlexNet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
9.4 ZFNet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
9.5 VGGNet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
9.6 GoogLeNet/inception . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228
9.7 ResNet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
9.8 DenseNet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
9.9 SE-Net . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
9.10 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
CHAPTER 10 Electrocardiogram (ECG) arrhythmia classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
10.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
10.2 MIT-BIH arrhythmia database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250
10.3 Preprocessing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250
10.4 Data augmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
10.5 Architecture of the CNN model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
10.6 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
CHAPTER 11 Autoencoders and deep generative models in bioinformatics . . . . . . . . . . . . 261
11.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 261
11.2 Autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
11.2.1 Encoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265
11.2.2 Decoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265
11.2.3 Distance function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265
11.3 Variant types of autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
11.3.1 Undercomplete autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
11.3.2 Deep autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
 Contents xi

11.3.3 Convolutional autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269

11.3.4 Sparse autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
11.3.5 Denoising autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 272
11.3.6 Variational autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 274
11.3.7 Contractive autoencoders . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
11.4 An example of denoising autoencoders – bone suppression in chest radiographs 284
11.4.1 Architecture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 288
11.5 Implementation of autoencoders for chest X-ray images (pneumonia) . . . . . . . 290
11.5.1 Undercompleted autoencoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293
11.5.2 Sparse autoencoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295
11.5.3 Denoising autoencoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 296
11.5.4 Variational autoencoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298
11.5.5 Contractive autoencoder . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 306
11.6 Generative adversarial network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
11.6.1 GAN network architecture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 308
11.6.2 GAN network cost function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
11.6.3 Cost function optimization process in GAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
11.6.4 General GAN training process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310
11.7 Convolutional generative adversarial network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
11.7.1 Deconvolution layer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
11.7.2 DCGAN network structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 314
11.8 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 318
CHAPTER 12 Recurrent neural networks: generating new molecules and proteins sequence
classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321
12.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 321
12.2 Types of recurrent neural network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 322
12.3 The problem, short-term memory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 323
12.4 Bidirectional LSTM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 325
12.5 Generating new molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 328
12.5.1 Simplified molecular-input line-entry system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
12.5.2 A generative model for molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 330
12.5.3 Generating new SMILES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 336
12.5.4 Analyzing the generative model’s output . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337
12.6 Protein sequence classification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 337
12.6.1 Protein structure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339
12.6.2 Protein function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339
12.6.3 Prediction of protein function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339
12.6.4 LSTM with dropout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344
12.6.5 LSTM with bidirectional and CNN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 344
12.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 346
CHAPTER 13 Application, challenge, and suggestion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
13.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
13.2 Legendary deep learning architectures, CNN, and RNN . . . . . . . . . . . . . . . . . 347
xii Contents

13.3 Deep learning applications in bioinformatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 348

13.4 Biological networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351
13.4.1 Learning tasks on graphs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 351
13.4.2 Graph neural networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 352
13.5 Perspectives, limitations, and suggestions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 353
13.6 DeepChem, a powerful library for bioinformatics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357
13.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 359
Acknowledgments

This book is a product of sincere cooperation of many people. The author would like to thank all those
who contributed in the process of writing and publishing this book. Dr. Masoud Kargar, Dr. Masoud
Aghdasifam, Hamed Babaei, Mahsa Famil, Esmaeil Roohparver, Mehdi Akbari, Mahsa Hashemzadeh,
and Shabnam Farsiani have read the whole draft and made numerous suggestions, improving the pre-
sentation quality of the book; I thank them for all their effort and encouragement.
I wish to express my sincere appreciation to the team at Elsevier, particularly Chris Katsaropoulos,
Senior Acquisitions Editor, for his guidance, comprehensive explanations of the issues, prompt reply
to my e-mails, and, of course, his patience. I would like to also thank Joshua Mearns and Nirmala
Arumugam, for preparing the production process and coordinating the web page, and the production
team. Finally, I thank “the unknown reviewers,” for their great job on exposing what needed to be
restated, clarified, rewritten, and/or complemented.

Habib Izadkhah

xiii
This page intentionally left blank
Exploring the Variety of Random
Documents with Different Content
de Bouillon, que les croisades ont commencé; c'est sous le
commandement d'un duc de Lorraine, Charles V, qu'elles ont fini. Et
comme nous avons arrêté l'Islam, nous avons servi de rempart, avec
le duc Antoine et les Guise, contre les protestants. Ces lotharingistes
s'exprimaient ainsi en haine du rationalisme, qu'ils accusaient de
substituer au culte chrétien de la justice l'idolâtrie de la force et du
succès. Léopold fit siennes leurs thèses. Il commença de vaticiner
que la Lorraine n'avait pas épuisé sa destinée et que cette héroïque
racine allait rejeter une pousse. Chaque fois qu'il passait sous la
colline de Sion, il ne manquait pas d'y monter pour solliciter les
inspirations de la Vierge protectrice de la Lorraine. Un jour de
l'année 1837, l'abandon où gémissait ce lieu sacré le frappa au
cœur; il contempla ce repos, cette patience, cette longue songerie
de la colline et jura d'en faire sortir une pensée armée, agissante, et
conquérante; de grandes ombres lui parlèrent et lui définirent avec
une force divine quelle œuvre souveraine lui était ici réservée.
Il se mit aussitôt en campagne, trouva de l'argent ou plutôt du
crédit, et, dans l'année même, acheta les divers lots de terre et de
bâtiments qui jadis avaient composé le domaine du pèlerinage. Saint
domaine! Territoire de la Vierge! Quand ce haut royaume fut entre
ses mains, il sentit avec violence qu'il avait été à l'étroit, comme un
aigle dans une cage, dans ses premières fondations, et qu'il trouvait
enfin l'air et l'espace que sa nature exigeait. Hinc libertas, s'écria-t-il,
reprenant sur le sommet de Sion la devise des Guise. «C'est d'ici que
part, que partira la liberté.» Et désormais pour lui, il ne s'agira plus
de relever simplement des abris de la contemplation, il veut
construire des ateliers spirituels où reformer une milice catholique,
où façonner pour tous les ordres de l'activité pratique des travailleurs
religieux. Il va peupler le monde avec des Lorrains qui seront le
ferment de Dieu. C'est un conservatoire du vieil esprit austrasien
qu'il veut créer sur la colline sainte, d'où partira une croisade
continuelle pour la vraie science contre le rationalisme.
Rien n'arrête cet étonnant improvisateur, rien ne l'inquiète. Il
n'admet pas que la plante lorraine ait pu dégénérer et devenir
impropre à faire quelque chose de grand. Il ne lui vient pas à l'esprit
d'examiner s'il reste dans nos campagnes beaucoup d'exemplaires
du puissant type lorrain, large d'épaules, haut de stature, épanoui de
visage et de propos, bizarre, audacieux, qui fournit à toutes les
armées de l'Europe de si beaux hommes d'armes. Il va de l'avant,
comme si l'esprit de cette terre était une essence d'une nature
absolument indestructible et qui continuât toujours d'agir. C'est qu'il
est animé, en vérité, ce fils de cultivateurs, par un mobile bien
autrement vrai et puissant que la philosophie historique dont il parle
le langage. Plus qu'un noble goût intellectuel, sa passion pour les
lieux saints est une concupiscence paysanne de posséder la terre.
Léopold, de toute bonne foi, prêche le sublime et veut transfigurer la
nature, mais le positivisme villageois, sous les traits de François et
de Quirin, trouve accès dans ses conseils. De là d'ailleurs, le réel
succès de leurs entreprises: ils y apportent des qualités de terriens,
une expérience, une aptitude. Les trois frères élèvent des bâtiments,
recrutent des novices et des religieux, des bons frères et des bonnes
sœurs, pour la gloire de la Croix et pour la renaissance de la
Lorraine,—comme simples cultivateurs ils eussent construit des
métairies et engagé des valets ou des filles de ferme.
Vers 1840, sous l'étiquette d'Institut des frères de Notre-Dame de
Sion-Vaudémont, la sainte montagne, grâce à l'impulsion des
messieurs Baillard, présentait l'image d'une ruche active et
industrieuse, où la prière et le travail se succédaient avec bonheur.
Beaux bâtiments conventuels, jardins vastes et bien entretenus,
ferme modèle au village de Saxon, pensionnat de jeunes gens,
grands ateliers pour menuisiers, maréchaux ferrants, charrons,
peintres et sculpteurs, tailleurs de pierre, tailleurs d'habits, maçons,
fabricants de bas au métier, et même une petite librairie pour la
propagande des bons livres. Aux jours de fêtes, de belles
cérémonies, des prédications émouvantes, des chants et de la
musique attiraient de toutes parts les fidèles éblouis autant
qu'édifiés. Et pour couronner la visite de Sion, une surprise
charmante était réservée aux plus distingués des pèlerins. Jamais les
prêtres ou les laïques considérables qui avaient suivi les pieux offices
ne s'en seraient retournés sans être descendus à Saxon. Là, dans la
paix profonde du village enfoui au milieu de ses vergers, à l'intérieur
de la courbe et pour ainsi dire dans le sein de la colline, ils
trouvaient les religieuses, assises sur des bancs à l'ombre de leur
couvent. Elles formaient un petit jardin virginal. C'étaient les sœurs
quêteuses, celles du moins qui, pour l'instant, se reposaient entre
deux voyages.
Ainsi dans les créations de ces Messieurs, il y avait de quoi
émouvoir toutes les sortes d'imagination. A cette époque, en
Lorraine, les souvenirs d'une indépendance proche et glorieuse
étaient encore vifs. Les sentiments qui transportaient Léopold
trouvaient de l'écho, sinon dans le haut personnel ecclésiastique, du
moins dans le petit clergé, issu tout entier des familles rurales les
plus attachées à la tradition. Ceux que laissaient insensibles ces
grandes vues patriotiques et religieuses admiraient les Baillard pour
leur prospérité éclatante et rapide. Les trois frères faisaient de l'or.
C'est la plus belle chose en tous lieux. Quand les gens montaient sur
la colline, en septembre, pour les fêtes de la nativité de la Vierge, et
que la superbe procession déployait son cortège, ils se montraient
les sœurs quêteuses et disaient: «Voilà celles qui rapportent des
mille et des mille…» Pourtant les paysans voyaient avec inquiétude
cet homme étrange, déjà accablé de charges, toujours tirer des
traites sur l'avenir. Bien souvent, au retour de Sion, les plus sages
répétaient le mot du père Baillard à son lit de mort: «Mon fils, tu
veux trop en faire.»
Juste prudence villageoise. Mais chacun meurt de son génie.
Napoléon veut toujours vaincre. Dans les forêts des Vosges et sur les
sommets qui séparent la Lorraine de l'Alsace, règne, depuis des
siècles, le monastère qui garde les reliques de sainte Odile. Ce haut
lieu protège l'Alsace, comme la colline de Sion la Lorraine. Pour
cinquante mille francs Léopold l'achète. Il prend possession du grand
couvent, de l'église, des chapelles, de l'hôtellerie, des écuries, d'une
quantité de terres et de prés, d'une admirable forêt et des reliques.
Et dans ce domaine princier il installe son jeune frère Quirin.
Voilà tout le pays d'entre Rhin et Meuse sous l'influence de
Léopold Baillard. C'est le grand Austrasien, le dernier des ducs de
Lorraine. Les trois frères se font connaître dans tout l'univers, on
peut dire. Infatigables et persuasifs, ils parcourent la France, le
Luxembourg, la Belgique, l'Angleterre en célébrant les services que
l'Institut des Frères de Notre-Dame de Sion-Vaudémont est appelé à
rendre au monde entier. Le cadet Quirin s'en va en Amérique
solliciter les Yankees, et Léopold pénètre jusqu'à la Burg impériale de
Vienne. Il y obtint une audience et des subsides. Quelle belle image
quand Léopold Baillard apparaît au pied du trône des Habsbourg-
Lorraine et qu'il s'adresse comme à son suzerain, au petit-fils des
comtes de Vaudémont! Lui, le chef spirituel de la sainte colline, il fait
appel au chef temporel. Démarche pleine de cœur et d'une
imagination magnifique!
Les Baillard eussent été invincibles s'ils s'étaient fait une idée du
monde moderne. Ils l'ignoraient totalement. Léopold ne tenait
compte des gens qu'autant qu'ils méritaient de prendre place dans le
coin d'un vitrail ou d'un tableau en attitude de donateurs. Il
parcourait le monde sans rien y remarquer que ce qui aurait pu, tant
bien que mal, figurer dans une biographie du Père Fourrier. Ils ne
virent pas se former contre eux une terrible coalition de leurs
supérieurs hiérarchiques avec les libéraux.
La libre pensée devait détester ces œuvres où le particularisme
lorrain s'alliait étroitement à l'idée catholique et qui formaient, à bien
voir, des citadelles contre le rationalisme. Quant à l'évêque
concordataire, pouvait-il goûter beaucoup cette religion locale? Il y
devinait des mouvements d'illuminisme, un fond trouble, qui apparut
quand ce singulier Léopold se crut favorisé d'un miracle en la
personne de sœur Thérèse Thiriet.
Les religieuses de Saxon, nous l'avons dit, étaient dévouées
corps et âme à Léopold Baillard. C'étaient des jeunes paysannes du
pays, qu'il avait d'abord placées auprès des religieuses de
Mattaincourt. Mais ces dames trouvèrent ces simples filles bien
grossières et les traitèrent en servantes. Léopold voyant qu'elles
n'étaient pas heureuses les fit revenir, les organisa près de lui en
petite communauté, composa pour elles un règlement et les
employa pour ses quêtes. Elles lui vouèrent une grande
reconnaissance et reportèrent à lui seul toutes leurs pensées. Leur
métier même les y invitait. N'avaient-elles pas à faire son éloge tout
le jour? N'était-ce pas entre ses mains qu'elles apportaient l'argent,
et de sa bouche qu'elles attendaient une approbation? Entre elles
régnait une constante émulation pour lui plaire. Et tout cela avait
produit des personnes tout à fait rares, mais qui n'avaient en
définitive pour règle certaine que la seule volonté de Léopold. A leur
tête marchait la sœur Thérèse. Active, intelligente et gracieuse, cette
religieuse exceptionnelle avait fait le succès de Notre-Dame de Sion
à travers toute l'Europe. Léopold, qui vivait les yeux fixés sur la
biographie des saints, se figurait qu'elle tenait auprès de lui le rôle
admirable qu'a joué la mère Allix aux côtés de Pierre Fourrier. De
fait, elle était le grand instrument financier de son œuvre. Or il
advint qu'elle tomba malade, et durant plusieurs mois ne put bouger
de son lit. L'argent se faisait rare. Dans cette extrémité, Léopold ne
put résister à l'attrait du surnaturel, et considérant que la malade
avait tant fait pour Notre-Dame que celle-ci pouvait bien le lui
rendre, il la fit porter devant la statue miraculeuse. O merveille!
Aussitôt déposée dans le chœur de la chapelle, la religieuse se leva
et se mit à marcher.
L'évêque de Nancy ne voulut pas ordonner une enquête sur ce
miracle, et le médecin de Vézelise refusa un certificat à la malade.
Cet accord de l'Église et de la libre pensée contre les Baillard était
grave, mais eux, sans prendre souci des nuages qui s'amassaient
des deux côtés de l'horizon poussaient toujours de l'avant et se
livraient à un désir immodéré d'élévation.
Léopold Baillard avait l'âme très haute; le choix des œuvres
auxquelles il s'appliqua est à cet égard tout à fait révélateur. Mais
pour réaliser nos desseins les plus purs, nous sommes bien obligés
de recourir à des moyens humains qui peuvent être détestables. J'ai
tenu dans mes mains les comptes des Baillard; on y assiste, jour par
jour et morceau par morceau, à la constitution de chacun des beaux
domaines où ils satisfaisaient tout ensemble leur instinct de paysan
pour la terre et leur sentiment de l'idéal. C'est à la fois admirable et
bien fâcheux. Rien de plus inquiétant que certaines pages de ces
registres où l'on voit l'audace spéciale de ces Messieurs, et comment
des messes qui leur étaient payées trois francs, ils les revendaient,
les faisaient dire pour dix sous.
L'évêque, inquiet des bruits qui couraient sur les folles dépenses,
les charges et les expédients des trois prêtres, voulut s'immiscer
dans leurs affaires. Ils se crurent atteints dans leur honneur
sacerdotal et dans leurs intérêts vitaux. L'Institut qu'ils présidaient,
n'était-ce donc pas leur création? La Vierge ne leur avait-elle pas
donné des témoignages directs de sa complaisance? Ils ne voulaient
rien savoir de plus. Tout aussi bien qu'ils eussent été incapables de
se dégager des conceptions qui dominaient avant Descartes et
d'expliquer les problèmes de la vie autrement que par une
perpétuelle intervention divine, ils étaient incapables de comprendre
la prudence d'un chef ecclésiastique qui ne veut pas que de bonnes
intentions deviennent un sujet de scandale. Cette grande parole que
l'évêque laissa un jour échapper: «J'aimerais mieux que Léopold fût
un mauvais prêtre», ils ne pouvaient pas se l'expliquer. Ils ne
sentaient ni la nécessité, ni la beauté de la discipline. Sans l'avouer,
sans le savoir peut-être, ils se tenaient pour des forces autochtones
et rejetaient la hiérarchie. Il y a là un cas saisissant d'individualisme
religieux et xénophobe. Léopold Baillard, seigneur de Flavigny,
Mattaincourt, Sainte-Odile et Sion, c'est un féodal qui a conquis sa
terre et qui fait tête à son suzerain. Dix ans, ils menèrent la lutte,
une triple lutte, à la fois contre la libre pensée, contre la hiérarchie
ecclésiastique et contre leurs créanciers. L'évêque dut les
contraindre, chapitre par chapitre, leur demandant d'abord un
compte des aumônes qu'ils avaient recueillies, puis une déclaration
que tous leurs acquêts appartenaient à la congrégation, puis
l'engagement de lui soumettre leurs livres chaque année, enfin la
promesse de ne plus rien acheter sans autorisation. Autant de
persécutions que le ciel, jugeaient-ils, permettait pour les éprouver,
et auxquelles ils répondirent avec un génie d'hommes d'affaires
endettés. Ils firent sur tous leurs domaines une défense de
thaumaturges et de clercs d'avoué. Une position perdue, ils en
dressaient une autre. A suivre toute la série que j'ai pu reconstituer,
et Dieu sait qu'elle est variée! des brochures d'attaque et de défense
qui intéressent ce drame de leur ruine, on se trouve au milieu de
sentiments que l'on croirait éteints depuis deux ou trois siècles, et au
milieu d'affaires de banque, de négoce et de chicane qu'un avoué
seul pourrait bien comprendre. On se perd dans ce maquis de
mémoires et de répliques, d'apologies et de libelles. Mais on y voit
de très loin la faillite s'approcher à pas sûrs. Une dépense inouïe
d'efforts, les plus longs voyages et de folles inventions ne purent que
la retarder.
L'interdiction de faire des quêtes mit les Baillard dans
l'impossibilité de soutenir, au jour le jour, leurs frais immenses et de
remplir leurs engagements pour tous ces domaines achetés à crédit.
Les créanciers assiégèrent leur porte, les contraignirent à des ventes
désastreuses. Le domaine de Sainte-Odile, la ferme de Saxon, les
terres de Sion furent mis aux enchères. Ces grands biens, que l'on
estimait trois cent cinquante mille francs, ne firent pas cent vingt
mille, parce que les événements de 1848 venaient de déprécier les
terres et surtout les biens conventuels. Dans cette débâcle, le
patrimoine des Baillard disparut. Et par surcroît, leur honneur de
prêtre ne demeura pas intact. En effet, sur l'affiche de vente des
biens de Sainte-Odile, au scandale universel, on put voir, entre le
cheptel et les bâtiments des granges, les reliques de la sainte
patronne de l'Alsace livrées à l'encan.
C'est l'Église elle-même qui jugea nécessaire de venir donner à
son champion Léopold le coup de mort. Il subit un dur traitement,
un traitement injuste si l'on regarde ses états de service, mais qu'il
fallait qu'on lui appliquât pour protéger un plus vaste ensemble.
Dans le moment où se consommait la ruine matérielle de Léopold
Baillard, l'évêque lui enleva son titre de Supérieur général de la
Congrégation des Frères de Sion-Vaudémont, et fit connaître aux
religieux du couvent qu'ils eussent à descendre immédiatement de la
sainte colline.
Quel naufrage! A cinquante ans, à l'âge normal des récoltes, le
fondateur de Flavigny, de Mattaincourt, de Sainte-Odile, le Supérieur
des Frères de Sion-Vaudémont n'est plus rien que le curé de la toute
petite paroisse de Saxon, où l'assistent ses deux cadets François et
Quirin. De leur temporel, de tout ce qu'ils ont construit avec tant de
peine, à la sueur de leur front et au prix même de leur patrimoine,
c'est tout juste si les trois frères peuvent, sous le prête-nom de
quelques pauvres sœurs demeurées fidèles, sauver le couvent de
Sion pour leur servir d'abri. De leur spirituel, rien ne leur reste que le
droit de dire la messe, et voici que l'évêque, pour en finir, va le leur
arracher et déjà lève la main…
Léopold s'attarde au lieu de se courber. Il cherche à retenir ses
sujets, tous ces frères et toutes ces sœurs qui fuient sa ruine, qui
glissent sur les pentes de Sion, qui s'envolent comme des feuilles
d'automne. Voilà qu'il veut solliciter du peuple cette désignation, ce
droit mystique que ses chefs lui retirent. En 1848, il se présente à la
députation. Qu'il soit l'élu de la nation lorraine, ses forces matérielles
et morales seront radoubées, sa mission consacrée. Il échoue…
Alors, à bout de souffle et vraiment aux abois, les trois frères se
jettent aux pieds de leur évêque.
Le prélat vainqueur entonne l'Alleluia. Il proclame la bonne
nouvelle. Il pardonnera. Il daigne relever de toutes censures ces
trois enfants prodigues, mais pour retremper leurs esprits, pour les
laver de la poussière du siècle, selon un usage constant à l'issue de
ces grandes crises, il leur ordonne, en juillet 1850, d'aller faire une
retraite à la chartreuse de Bosserville. Il plonge ces âmes brûlantes
dans la tranquillité du cloître comme un fer rouge dans l'eau froide.
Ainsi finit la vie publique des trois frères Baillard. C'est à partir de
ce moment que s'installe sur eux ce silence hostile, ce mystère qui
m'avait tant frappé quand j'entendis, pour les premières fois,
prononcer à voix basse leurs noms. Suivons-les, entrons sur cette
arrière-scène de plus en plus obscurcie, où quelques rares témoins
les ont vus prolonger des vies de plus en plus singulières.
 CHAPITRE III
LA CHARTREUSE DE BOSSERVILLE

La chartreuse de Bosserville est un des plus nobles monuments

qui décorent la Lorraine. Dressée non loin de Nancy, sur des
terrasses auprès de la Meurthe, elle réalise l'idée d'une belle solitude
monastique, mais d'une solitude où rien n'est farouche. La rivière qui
la baigne entraîne naturellement l'âme à la rêverie, tandis que la
dignité de son bâtiment et son vaste domaine de bois invitent au
recueillement. Rien n'égale la douceur et la majesté nue de ses
cloîtres, le Grand Cloître et celui, plus petit, qui sert de cimetière. Ce
dernier n'est qu'un gazon où de légers renflements sont plantés
d'une trentaine de croix en bois noir, sans aucune inscription. Les
Pères y viennent prendre, à certains jours, une courte récréation où
il est permis de causer, et c'est pourquoi ce petit cloître s'appelle
encore le Colloque.
En invitant les Baillard à se rendre dans ce vénérable séjour,
l'évêque se trouvait avoir choisi, avec la sagesse d'un vrai prélat,
l'abri qui pouvait le mieux convenir à la convalescence de volontés
épuisées. La retraite devait durer trente jours, qui furent en effet,
pour François et pour Quirin, le temps de repos dont ils avaient
besoin après une tension douloureuse de tant d'années. Ce repos, ils
le prennent avec l'insouciance de bons soldats, heureux de penser à
autre chose qu'à leurs ennuis. Quirin a trouvé son asile dans la vieille
bibliothèque. Toujours préoccupé des grandes savanes de l'Ouest
américain, où il a passé plusieurs années et qui lui ont appris qu'un
point d'eau est un trésor, il a demandé au Père bibliothécaire
l'ouvrage de l'abbé Paramelle concernant la recherche des sources,
et l'ayant lu il déclare:
—La fortune de Saxon est là.
Le bon François, lui, s'adonne aux travaux manuels de la maison
avec les frères convers, auprès de qui, très vite, sa simplicité
cordiale et rustique conquiert une petite popularité. Voyez-le dans la
cuisine qui répare le grand tournebroche actionné par un petit
personnage en costume de moine. Le Frère cuisinier a négligé cette
plaisante mécanique.
—A quoi bon? dit-il, il n'y a ici que les malades qui mangent de la
viande, et les Pères ne sont jamais malades. L'air est si pur!
—Mais quand vous avez des hôtes?… réplique François. Et puis
moi—et il riait de son franc rire—je ne suis pas chartreux!
Après des déboires qui les avaient atteints physiquement, les
deux cadets se refaisaient dans cette bienfaisante monotonie du
cloître, comme des surmenés dans une cure de repos. Quant à leur
aîné, il est d'une autre essence; il a passé ces quelques semaines
dans sa chambre à se laisser glisser au plus profond de la détresse.
C'est un soir d'enterrement, quand l'orphelin se retrouve seul. Sous
le silence prodigieux du couvent, il est comme un malade qui, la
nuit, à l'heure où les bruits de la rue se sont tus, perçoit les
battements de son cœur. Des souvenirs, des idées, toujours les
mêmes, lui tiennent compagnie, nets et pressants comme des
fantômes, il voit la haute figure de Sion sur la colline, Sainte-Odile
au milieu des bois et riche de ses prairies, Mattaincourt dans un
fond, plus sévère, épaulé contre son église, et Flavigny rieuse au
bord de la rivière. Non seulement il se rappelle ces beaux séjours,
mais il se souvient des dispositions de son âme pendant le temps
qu'il y passa. Il les revoit éclairés et colorés comme ils l'étaient dans
les minutes les plus hautes de sa carrière d'apôtre, depuis le premier
jour qu'il aborda ces grands sites jusqu'aux heures de la
catastrophe. C'est un riche et douloureux trésor qu'il possède dans
l'âme et dont il tire, pour se faire souffrir, une foule d'images
admirables d'éclat. Ces lieux privilégiés lui semblent autant de
violons, hier d'un chant magique, abandonnés sans voix sur la
prairie. Tout se compose devant lui avec une intensité fiévreuse. Il
entend, voit son passé comme une suite de strophes intenses et
desséchées, de palmes rigides dans le désert, de pierres levées sur
une lande. Ces visions forment autant d'arguments dont il presse,
dont il assiège Dieu. «Je voulais de grandes et belles choses,
pourquoi m'avoir abandonné, Seigneur?»
Et ce cri de détresse poussé sans cesse par la voix intérieure
donnait à sa bouche et à ses yeux une si farouche expression de
tristesse que le Père préposé par le Prieur pour exercer auprès des
Messieurs Baillard le devoir de l'hospitalité, le bon Père Magloire,—
un aimable Tourangeau pourtant, très sociable, bon latiniste et que
sa grande culture avait paru désigner comme plus capable qu'un
autre de tenir compagnie au fameux Supérieur de Sion.—après
vingt-huit jours, n'avait pas encore osé engager avec lui une vraie
conversation.
Léopold approchait du terme de sa retraite, et ses obsessions
allaient grandissant. Autour de Bosserville les grands vents
tourmentent le ciel et balayent la Lorraine, dont le cœur sommeille.
Au bout de la prairie, la petite ville de Saint-Nicolas couvre de fumée
sa cathédrale déchue, que personne ne songe plus à plaindre; la
rivière s'écoule indifférente et pressée; Nancy au couchant travaille,
sans plus s'inquiéter de ce patriote sacrifié que des vieux Lorrains
ensevelis dans les caveaux de la chapelle ducale. Et lui, pour se
soustraire au torrent de ses visions trop nettes et trop fortes,
pareilles à ces démons qui voltigent autour des religieux solitaires, il
se réfugie dans les Saintes Écritures: il y allait chercher un alibi pour
sa pensée. La nuit qui devait être l'avant-dernière de son séjour, il
prit l'Ancien Testament, et l'ayant ouvert au hasard il lut: Il y avait
dans la terre d'Us un homme nommé Job; cet homme était intègre,
droit, craignant Dieu et éloigné du mal. Il lui naquit sept fils et trois
filles et il possédait sept mille brebis, trois mille chameaux, cinq
cents paires de bœufs, cinq cents ânesses et de nombreux
domestiques…
Ces lignes éclatèrent en traits de feu sous ses yeux. Comme tous
les détails du poème s'accordaient bien avec sa tragique aventure!
Cet homme d'Us, c'était lui. Cette prospérité du plus opulent des
Orientaux, ç'avait été la sienne; et poursuivant sa lecture il vit avec
saisissement qu'il pouvait s'approprier tous les moments de ce
poème éternel du juste persécuté. Comme Job, n'avait-il pas été
riche, puis dénoncé, puis ruiné et enfin livré à la froide sagesse de
ses collègues? N'était-ce pas de lui qu'il avait été murmuré à l'évêché
avec un âpre sentiment de jalousie: Vous avez béni l'œuvre de ses
mains, et ses troupeaux se répandent de tous côtés sur la terre? Oui
bien, les Sœurs et les Frères de Sion s'étaient répandus à tous les
coins de l'horizon, mais Dieu avait sacrifié son serviteur en disant: Je
te livre tout ce qui lui appartient. Et successivement tous les
messagers du malheur étaient venus le trouver. Sa puissante
imagination les mettait tous d'une manière sensible, quasi en chair
et en os, devant ses yeux: rationalistes ricaneurs conduits par le
médecin de Vézelise et le journaliste de Mirecourt, curés de la plaine
qui s'éloignent le bras tendu et le regard détourné, créanciers qui
montent en longue file la colline, parents des saintes filles de Sion
qui viennent les arracher au bercail… et toujours, pour finir, la même
pénible vision des Frères et des Sœurs descendant, pour ne plus
jamais les remonter, les sentiers de la colline.
Ah! les amis de Job, les a-t-il assez connus, ces personnages qui
se présentent avec des paroles de consolation et qui cachent là-
dessous le sarcasme! Parmi tous ces curés qui jadis, les jours de
fête, gravissaient les sentiers de Sion et venaient s'asseoir à sa table
heureuse, combien s'en est-il trouvé pour lui rester fidèles et le
défendre?
D'un nouvel élan, il s'enfonçait dans sa lecture et sa douleur: Je
proteste contre la violence, nul ne me répond; j'en appelle, nul ne
me rend justice. Dieu m'a privé de ma gloire, il a enlevé la couronne
de ma tête, il me démolit de toutes parts, il a arraché comme un
arbre mon espérance.
 A ce moment une cloche tinta, elle appelait les Chartreux au
grand office de nuit… Aussitôt, dans leurs petits logis, les Pères
allument leurs lanternes, et chacun d'eux commence à réciter l'office
de la Vierge. Ah! qu'Elle daigne protéger le curé de Sion et ses
frères! Tandis que le pauvre Léopold s'enfièvre et envenime sa plaie,
chaque cellule ressent sa détresse et prie en sa faveur le ciel…
La cloche tinte une seconde fois. A travers les cloîtres obscurs, le
capuchon rabattu sur la tête, leur lanterne à la main, les moines
gagnent la chapelle, que n'éclaire aucune lumière, sauf la veilleuse
du Saint-Sacrement. Les uns après les autres, tous arrivent au
chœur, révérends pères, profès en habits blancs, novices aux chapes
noires. Ils se prosternent et s'étant relevés sonnent quelques coups
de la cloche dont la corde pend auprès de l'autel, cloche au son
merveilleux, la célèbre cloche d'argent des Chartreux.
Maintenant, rangés dans leurs stalles, les Pères ouvrent les gros
antiphonaires et dirigent sur les pages notées la mince lumière de
leurs lanternes. Les voix graves s'élèvent dans la nuit glaciale, sans
qu'aucun orgue les soutienne. Le plain-chant loue, gémit, supplie. A
l'heure où les ténèbres couvrent le monde, ces religieux veillent et
prient pour réparer les crimes et tous les désordres nocturnes. Ils
prient spécialement pour trois prêtres tourmentés qu'ils savent là,
derrière eux, dans la tribune réservée aux étrangers.
Durant trois heures, nul mouvement ne troublera le cours
majestueux de leurs intercessions, nul mouvement, sinon parfois
toutes les lanternes qui s'éteignent ou se cachent, et la petite lampe
du sanctuaire jetant seule ses vacillantes clartés dans le chœur où
l'on distingue des fantômes blanchâtres. Grand drame immobile et
par là d'autant plus émouvant, grand drame tout gonflé de volontés
et de rêves d'une qualité héroïque. Il nous ramène sur nous-mêmes,
nous convainc de mépriser toutes les puissances du dehors et de
chercher le triomphe dans notre monde intérieur. Il célèbre en
images violentes l'emprise de la volonté sur toutes les forces qui
assiègent la conscience des meilleurs. En même temps il nous
soumet à un ordre, nous dispense de chercher notre voie et nous
introduit dans l'harmonie divine, comme chacune de ces notes se
place dans ce concert à la louange de l'Éternel.
Léopold est debout entre ses deux frères demi-somnolents. Il ne
laisse rien échapper de ce profond tableau, de ces couleurs de nuit
et de feu. Cette psalmodie vient le chercher jusque sur les bords du
désespoir et le ramène au combat. Ces proses dans ces ténèbres
accourent le frapper et le soulever comme des vagues. Mais si elles
l'excitent, elles ne le disciplinent pas. Il demeure fermé à ce qu'il y a
de meilleur dans l'office surnaturel qui s'accomplit là sous ses yeux
et qui tend à faire régner un ordre souverain sur les parties les plus
indomptées de l'âme. Pas plus que la paix de Bosserville n'a refroidi
son cœur, cette grande image de discipline monastique ne l'invite à
baisser la tête. C'est le contraire qui arrive. Et sur cette imagination
trop frémissante, cette incomparable mise en œuvre de tout ce qui
peut agir sur l'âme religieuse n'a pour effet que d'éveiller en lui sa
nature humaine la plus profonde, l'homme de désir qu'il a toujours
été.
Cœur gonflé, angoisse, douleur irradiée jusqu'aux parties les plus
mornes et les plus obscures de l'être, prodigieux empoisonnement
des amoureux déçus et des ambitieux trahis par le sort! D'un coup
de talon, du fond de l'abîme, Léopold veut remonter, retrouver l'air
pur, l'espace libre, le vaste ciel, un nouveau destin, sa revanche.
Léopold à cette minute, c'est le Mort dressé et sculpté par Ligier
Richier pour servir d'affirmation héroïque à ceux qui, plutôt que
d'abdiquer l'espérance, nient les lois de la vie. Comme le squelette
de Bar-le-Duc qui ne se rend pas, qui rejette son suaire, qui en
appelle à Dieu contre la destruction, qui tend vers le ciel son cœur
intact et toujours vif, Léopold s'écrie: «Vois mon cœur incorrompu,
Seigneur; juge-le, dis s'il mérite de vivre…»
A force de frapper, soutenu par l'enthousiasme et l'amour, à la
porte de la compassion divine, Léopold l'allait voir s'ouvrir.
Est-ce l'aube déjà ou sa mémoire surexcitée qui lui fait distinguer
vaguement sur les murailles, dans leurs grands cadres, les portraits
des saints fondateurs d'ordre? Ils sont là une dizaine: Ignace de
Loyola, avec ses premiers compagnons; saint Romuald, le fondateur
des Camaldules; saint Bernard, favorisé d'une vision de la Vierge;
saint François d'Assise, instituteur des Frères Mineurs; saint Benoît
au Mont-Cassin; saint Nicolas Albergate, chartreux, quand il reçoit le
chapeau de cardinal; enfin saint Thomas d'Aquin, qui meurt dans
l'abbaye de Fossa-Nova. Et parmi ces formes incertaines, celle que
l'esprit de Léopold saisit pour ne plus s'en détacher, c'est l'image de
sainte Roseline, des Religieuses Chartreusines, que le peintre a
représentée vêtue de l'étole et du manipule, ornements réservés aux
prêtres, mais que la prieure des Chartreusines a le privilège de
porter deux fois, le jour de son installation et sur son lit mortuaire.
Et cette image lui en rappelle une autre infiniment agréable à son
esprit, plus précieuse que tout ce qu'il a laissé derrière lui, où il met
toute sa confiance dans l'avenir, l'image de sœur Thérèse, la
première de ses quêteuses, celle qui sur la colline fut favorisée d'un
miracle.
Que d'injustes méfiances et de persécutions ces personnages
vénérés n'ont-ils pas dû souffrir dans l'Église même et du fait de
leurs supérieurs hiérarchiques! Mais pour eux comme pour Job,
l'heure de la justice, un jour, a sonné. Et l'esprit de Léopold, ramené
au texte biblique, se délecte du dernier verset:
Jehovah bénit les derniers temps de son serviteur plus encore
que ses premiers temps, et il posséda quatorze mille brebis, six mille
chameaux, mille paires de bœufs et mille ânesses. Et il eut sept fils
et trois filles…
L'office a cessé, les religieux regagnent leurs petites maisons.
Léopold dit à ses frères:
—Suivez-moi dans ma chambre.
Et la porte refermée sur eux trois, il commence de leur expliquer,
par l'exemple de Job et du Bienheureux Pierre Fourrier, que Dieu ne
les a abaissés que pour les éprouver:
—C'est un fait constant dans toutes les vies de saints, insiste-t-il,
que la plus haute prospérité succède immédiatement aux pires
catastrophes.
François et Quirin le regardent avec stupeur.
 Ils sont en vérité très différents de leur aîné, ces deux frères.
François représente assez bien un chevalier rustaud, ou plutôt un
écuyer loyal et emporté, tout en mouvement, bon pour se dévouer,
mais de petit jugement. Son gros visage enfantin et d'une confiance
joyeuse inspire de la sympathie. Quirin est plus terre à terre. Tout ce
qu'il y a de positif à l'ordinaire chez les Lorrains, et que la nature
n'avait pas employé pour pétrir ses deux aînés, semble lui être resté
pour compte et d'une manière excessive. Léopold était vraiment leur
chef, et il l'eût été de bien d'autres. Il continuait de parler; son
visage sec tremblait d'animation et ses yeux brillaient. Quand il se
tut, Quirin, d'un ton tout laïque, qui faisait un contraste affreux avec
les paroles inspirées de son aîné, déclara:
—C'est bon, c'est bon, nous parlerons de Job une autre fois…
Puis avec aigreur et clarté, comme eût pu le faire un avoué, il
exposa qu'il ne leur restait absolument qu'une ressource, c'était
d'abandonner la colline pour toujours.
—J'en mourrais, dit Léopold avec une expression admirable de
vérité.
—Allons donc, s'écria Quirin, tu ne connais pas l'Amérique!
—Il faut relever Sion, reprit Léopold se parlant à lui-même.
Mais Quirin brutalement:
—Tu l'avais relevée, et c'est toi qui l'as détruite.
Et il se mit à récriminer.
François ne put en entendre davantage.
—Assez, Quirin! s'écria-t-il. Homme de peu de foi et de moins de
mémoire! Pour que vous parliez ainsi, il faut que vous ayez le cœur
bien peu élevé. Avez-vous donc oublié tout ce que notre frère a fait
pour nous?
Léopold les écoutait, tous deux debout, et lui assis, ses larges
mains aux ongles noirs étendues comme mortes sur sa soutane
couverte de taches. A son habitude, son regard passait au-dessus de
ses interlocuteurs, et au coin des lèvres il avait un sourire
inexplicable, un mince sourire orgueilleux et acquiesçant. Quand ils
se turent, il les regarda avec cette autorité qui exerçait sur eux une
sorte de fascination, et le feu secret qui semblait avoir desséché tout
son être jetait des flammes par ses yeux.
—Toute maison divisée contre elle-même périra. Demeurons unis,
et la colline nous sauvera. Ce qu'on nous a pris, c'est l'eau qui jaillit
de la fontaine, mais la fontaine nous demeure. Ne suis-je pas
toujours le chef du pèlerinage? N'avons-nous pas gardé les meilleurs
instruments de Marie, la meilleure de nos quêteuses?…
Et là-dessus, il se mit à rappeler les voyages les plus productifs
qu'avait faits Thérèse Thiriet et certain jour où elle avait écrit:
«Notre Dame nous protège, envoyez-moi votre ceinture à or.» Il
racontait tout cela comme un pêcheur rappelle les beaux coups
d'épervier qu'il a faits ou bien un chasseur ses battues, mais avec le
pouvoir d'ouvrir, derrière les images prosaïques qu'il mettait au
premier plan, de larges trouées de rêve.
Quirin l'observait avec des yeux où l'inquiétude se mêlait à un
vague espoir. Il surveillait les mouvements de la pensée de son frère,
comme il eût surveillé les coups de bêche d'un chercheur de trésors:
—Ah! oui, dit-il, les quêtes! Si nous avions toujours la ressource
des quêtes! Mais Monseigneur nous les a défendues.
—Monseigneur! Monseigneur! reprit Léopold avec une violence
soudaine, il ne peut pourtant pas nous barrer la voie que Dieu nous
a tracée. Le ver de terre lui-même se remue quand on l'écrase. Nous
avons fait plus que Monseigneur pour la Vierge, et s'il a pu tromper
le ciel un instant, c'est Elle qui se chargera d'y défendre ses
chevaliers. Mon frère, lisez dans les vies des saints toutes les
épreuves qu'ils eurent à subir. Vous verrez qu'ils en rapportent
toujours de magnifiques moissons. Pour moi, j'ai fait le ferme propos
que jamais mon cœur ne sera coupable d'un péché contre
l'espérance.
Mais le bon François, maintenant, bâillait sans respect pour les
sublimités de Léopold:
—Ah! déclara-t-il ingénument, que j'avalerais volontiers une
bonne tasse de café au lait!
 Léopold les laissa partir. Il se mit au lit, souffla sa bougie et se
réfugia vers Dieu. Du fond de sa détresse, il le supplia de lui envoyer
un signe, comme tant de fois les saints en avaient reçu, un signe
auquel il reconnût qu'il ne s'était pas trompé et qu'il pouvait avoir
confiance dans son cœur.
Telle était son exaltation et son idée toute simple des moyens de
Dieu qu'il retourna son lit, de façon à surveiller la porte, car il était
persuadé qu'un signe viendrait, et si la Vierge ou le Seigneur
daignaient se déranger en personne, ils pouvaient entrer sans
ouverture, mais s'ils déléguaient un messager, il voulait le voir dès le
seuil. En même temps il ne cessait de répéter la lamentation du
patriarche foudroyé: Le Très-Haut m'a renversé dans la boue, je suis
confondu avec la poussière et la cendre. Je crie vers toi, ô Dieu, et
tu ne m'exauces pas.
Soudain, il sentit quelque chose entrer dans sa chambre et
s'arrêter auprès de son lit. Une sueur d'effoi couvrit tout son corps,
mais il ne pensa pas à lutter, ni à appeler. Ce qu'il sentait là, près de
lui, vivant et se mouvant, c'était abstrait comme une idée et réel
comme une personne. Il ne percevait cette chose par aucun de ses
sens, et pourtant il en avait une communication affreusement
pénible. Les yeux fermés, sans un mouvement, il ressentait un
déchirement douloureux et très étendu dans tout son corps, et
surtout dans la poitrine. Mais plus encore qu'une douleur, c'était une
horreur, quelque chose d'inexprimable, mais dont il avait une
perception directe, une connaissance aussi certaine que d'une
créature de chair et d'os. Et le plus odieux, c'est que cette chose, il
ne pouvait la fixer nulle part. Elle ne restait jamais en place, ou
plutôt elle était partout à la fois, et s'il croyait par moment la tenir
sous son regard, dans quelque coin de la chambre, elle se dérobait
aussitôt pour apparaître à l'autre bout.
Deux minutes après que cette chose mystérieuse était entrée,
elle se retira; elle s'échappa avec une rapidité presque instantanée à
travers la porte fermée.
Léopold respira profondément. Il rouvrit les yeux et ne vit rien
autour de lui. La sensation horrible avait disparu.
 Au bout de quelques instants, il se leva et alla rejoindre ses
frères.
Il les trouva qui dormaient.
Alors il revint dans sa chambre et se recoucha. Mais à peine
avait-il éteint qu'aussitôt la chose inexprimable se réinstalla près de
lui, et accompagnée de la même horrible sensation. Cette fois, il
concentra toute sa force mentale pour sommer cette chose de partir,
si elle était du Diable, sinon de lui dire la parole de Dieu. Il ne reçut
aucune réponse. Et comme elle avait déjà fait, la présence s'évanouit
au bout d'un court temps. Mais cette fois, Léopold s'élança vivement
à la porte et cria dans le couloir:
—Fais tout ce que tu voudras, émissaire de Dieu; tais-toi, dérobe-
toi, mauvais serviteur; je saurai bien m'arranger pour que tu me
rejoignes et sois obligé d'accomplir ton message.
Au moment où le petit jour parut, Léopold, affreusement déçu de
n'avoir pas reçu le mot d'ordre qu'il implorait, quitta sa chambre et
se mit à errer sous le Grand Cloître.
Les vingt-sept petites maisons abritées par de grands toits
rouges, de l'effet le plus touchant, enfermaient la prairie d'arbres à
fruits. La ligne simple des arceaux, le calme du verger, la lumière
matinale composaient une douceur, un repos dont jouissaient, sans
les troubler, quelques petits oiseaux sur les mirabelliers. Au milieu du
clos, le puits symbolique signifiait l'abondance des grâces et de la
charité. Mais tout ce bel ordre et cette paix ne pouvaient rien, à
cette minute, sur le malheureux prêtre.
Le Père Magloire, que l'imminence du départ de Léopold ne
laissait pas sans remords, et qui l'épiait malgré lui, entendit ce dur
pas résonner sur les dalles. Il vint le rejoindre, et apprenant qu'il ne
pouvait pas dormir, il lui offrit de faire un tour dans le domaine. Le
bonhomme avait de la finesse, et très vite il sentit que son hôte
traversait une crise plus aiguë. «Qui sait, songea-t-il, si ce n'est pas
le dernier effort du Mauvais Esprit? C'est maintenant qu'il faut lui
parler.» Mais il était timide, et son effort d'apostolat n'aboutit qu'à lui
dire:
 —Monsieur Baillard, je voudrais avoir votre avis sur nos nourrins.
Les nourrins ou petits cochons à l'engrais étaient les favoris de
pas mal de Pères dans le couvent—affection toute désintéressée,
puisque aucune viande ne paraît jamais dans l'écuelle du Chartreux.
Léopold acquiesça, avec cet habituel sourire poli sous lequel il
dissimulait la plus haute idée de soi-même, et selon sa coutume il
passa de plein-pied, avec une parfaite aisance, de ses mysticités aux
préoccupations les plus plates. Il se mit à marcher au côté du petit
vieillard à la tête chauve et à l'œil doux, à peu près comme
Napoléon Ier à côté du maire de l'île d'Elbe. Ils circulèrent dans la
vaste clôture, le père Magloire montrant les terres, les vignes, la
houblonnière, le petit bois de chêne où les religieux ont dressé une
grande croix. Ces riches dépendances, ces cultures si bien protégées
par des murs, ce personnel nombreux rappelaient au déchu sa ferme
de Saxon. Le bon père Magloire sentait l'amertume de son
compagnon, et il ne trouvait pas les mots nécessaires. Cependant,
comme ils approchaient de l'étable, il insinua:
—On a causé de vous, Monsieur le Supérieur, dans toute la
Lorraine.
L'autre répondit d'un coup de boutoir:
—Dans toute la Lorraine! Que dites-vous? Dans toute la France!…
Mais il ne s'agit pas de moi, voyons vos nourrins.
Ils étaient arrivés en effet à la porcherie. Léopold regarda les
bêtes sans bienveillance et dit durement:
—Je regrette que vos frères n'aient pas visité notre ferme de
Saxon; ils y auraient vu des étables…
Cependant les nourrins, qui avaient reconnu le bon Père, se
pressaient autour de lui en reniflant, et la joie qu'il en tirait
l'empêchait d'enregistrer ces paroles désagréables. Mais Léopold
insistait:
—Ces bêtes sont en mauvais état. On les nourrit mal. Pour faire
venir à bien un nourrin, il faut lui donner du petit lait. C'est ce que je
faisais à Saxon. Les résultats de notre ferme modèle, avant que
Monseigneur crût devoir intervenir, étaient de premier ordre. Mais
vous, mes Pères, ne vous mêlez pas de l'élève du cochon, vous
buvez le petit lait!
Le père Magloire ne put s'empêcher de marquer son
mécontentement. Il répondit:
—Je ne doute pas que ces petites bêtes ne trouveraient du profit
à suivre le régime que vous préconisez, mais pour nous, il nous
serait difficile de renoncer à la simplicité de nos anciens Pères. Notre
premier soin doit être de mettre en pratique ces paroles de la
Sainte-Écriture: «Mourons dans notre simplicité.»
Sur ces mots, il referma la porte de l'étable et s'excusa en disant
à Léopold qu'il lui eût bien volontiers tenu compagnie davantage,
mais qu'il fallait qu'il allât cultiver son petit jardin, et qu'il pensait
que Monsieur Baillard ne trouverait pas mauvais qu'il sacrifiât
l'occasion de s'instruire sur le grand élevage à la nécessité de bêcher
une petite plate-bande dont il avait la charge.
Comme le bon Père regagnait sa cellule, il rencontra le Père
Abbé, qui lui demanda où il allait et où il avait laissé le curé Baillard:
—Je l'ai laissé, dit-il, qui circule dans nos étables et qui trouve à
blâmer partout, et j'ai pris congé de lui pour aller bêcher mon jardin,
et aussi, je l'avoue, parce que ses dédains me blessent pour notre
cher couvent.
—Vraiment reprit le Père Abbé, je vous rappellerai ce que disait
un jour saint François de Sales: vous vous entendez fort à la seule
culture qui importe, celle des âmes! Vous aurez toujours assez de
loisir pour tirer parti de votre jardin, mais ce pauvre monsieur
Baillard ne fait que passer au milieu de nous, et il ne faut pas
ajourner d'essayer de bien agir sur lui.
Le père Magloire fit demi-tour et, du même pas, s'en fut à la
recherche de Léopold. Il ne le trouva plus aux étables. Le frère
porcher lui dit qu'il s'en était allé dans la direction du bois.
Incontinent le père Magloire se dirigea de ce côté; il traversa le
potager, les prairies, et comme le discours de l'abbé avait évoqué en
lui l'image du grand évêque de Genève, il se rappelait que le saint
avait fait jadis un acte pareil. «Je suis donc un petit François de
Sales aujourd'hui, pensait-il, et je puis dire, moi aussi: Ecce elongavit
fugiens et mansit in solitudine. Voilà qu'il s'est éloigné en fuyant et
qu'il est resté dans la solitude.» Il trouva Léopold qui se promenait
dans la partie la plus mélancolique de la petite chesnaie, et il lui dit
tout bellement:
—Monsieur le Supérieur, je viens de rencontrer le Révérend Père
Abbé qui m'a dit que j'avais fait une impertinence en vous laissant
seul et que je ne manquerais pas de trouver, derrière ma cellule,
mon jardin, autant de fois que je voudrais, mais que nous n'avions
pas tous les jours le restaurateur de Sion, de Flavigny, de
Mattaincourt et de Sainte-Odile. Je l'ai cru et je m'en viens tout droit
vous prier d'excuser ma sottise, car je vous avoue que ignorans feci.
A ces mots, les traits contractés de Léopold Baillard s'attendrirent
et deux larmes coulèrent de ses yeux. Sur ce visage de fiévreux
apparut l'expression la plus touchante d'une tristesse en quête d'une
consolation. Léopold, contraint de plier devant les représentants de
Dieu, en appelait depuis vingt jours à Dieu même. Et soudain ces
bonnes paroles, qui semblaient lui tomber du ciel, venaient fondre sa
dureté. Toute trace d'orgueil disparut de sa figure pour ne plus
laisser voir que cette face de son âme qui aspirait à l'amour. Le bon
père Magloire en fut ébloui, et devinant que toute explication
blesserait un cœur si malade, il eut un geste plus humain que
religieux, et lui serra simplement la main.
Tous deux se turent quelques minutes, puis comme ils rentraient
dans la Chartreuse, Léopold la montrant d'un geste:
—Cette maison, mon Père, savez-vous comment elle a été
construite? Par notre duc Charles IV, avec les pierres de nos
forteresses lorraines, quand Richelieu nous contraignit à les détruire.
Eh bien! moi aussi, on m'a ordonné de détruire de grandes
forteresses lorraines que j'avais relevées de mes mains…
Et il les ouvrait toutes grandes, ajoutant:
—Comment voulez-vous que j'aie pu trouver la paix ici?
 Jamais le bon Chartreux n'avait entendu de semblables paroles.
Son imagination, déconcertée par un pareil rapprochement, se
réfugia dans un humble conseil dont il ne pouvait pas soupçonner les
redoutables conséquences.
—Votre retraite touche à sa fin, monsieur Baillard. Allez-vous
rentrer tout droit à Saxon? A votre place, j'essayerais d'un petit
voyage. Il ne faut pas, comme vous faites, écorcher votre plaie. Il
n'est bruit dans les journaux que d'un homme extraordinaire, un
certain Pierre Michel Vintras et de son Œuvre de la Miséricorde. Il
passe pour un grand prophète. C'est du moins la qualité que lui
attribue monsieur Madrolle, dont je vous prêterai les brochures et
que j'appelle le Jérémie de la France. L'Œuvre de la Miséricorde
serait l'accomplissement de la promesse faite aux hommes par le
Sauveur de leur envoyer Élie pour rétablir et reconstituer toutes
choses. Que valent ces idées? Là-dessus, je fais toutes réserves, car
on dit que ce Vintras n'est pas tendre pour Nos Seigneurs les
Évêques. Mais enfin, il donne un beau et grand rôle au cœur.
Intelligent comme vous l'êtes, vous devriez aller voir.
Léopold ne répondit rien. Il s'enfonça dans une immense rêverie.
Le mot générateur de toute une nouvelle vie venait d'être prononcé.
Quelques jours plus tard, la retraite des trois frères Baillard
atteignit à sa fin, et le temps arriva pour eux de rejoindre leur poste
sur la colline de Sion. Mais Léopold, sitôt les portes de la Chartreuse
ouvertes, tourna le dos à la Lorraine pour s'en aller d'un vol rapide
tout droit sur Tilly, auprès de Vintras. La lecture de l'ouvrage de M.
Madrolle, Le voile levé sur le système du monde, venait de l'exciter
prodigieusement, et comme le lui avait conseillé l'imprudent père
Magloire, il allait voir, laissant à ses deux frères le soin de gouverner
en son absence sa paroisse de Saxon et le pèlerinage.
 CHAPITRE IV
IPSE EST ELIAS QUI VENTURUS EST

Arrière ces yeux médiocres qui ne savent rien voir, qui décolorent
et rabaissent tous les spectacles, qui refusent de reconnaître sous
les formes du jour les types éternels et, sous une redingote ou bien
une soutane, Simon le magicien et le sorcier moyenâgeux! Ils
amoindriraient l'intérêt de la vie. Qu'est-ce donc, disent-ils avec
dédain, que ce Vintras, cet enfant naturel, élevé par charité à
l'hôpital de Bayeux, successivement commis libraire à Paris, ouvrier
tailleur à Gif et à Chevreuse, marchand forain, domestique chez des
Anglais à Lion-sur-Mer, commis chez un marchand de vins à Bayeux,
puis en dernier lieu associé à la direction d'une petite fabrique de
carton à Tilly-sur-Seulles, et qui reçoit un beau jour la visite de
l'archange saint Michel! Cela ne mérite pas de retenir une minute
notre attention. Un mauvais drôle de trente-quatre ans, dont toute la
science se borne à la lecture, à l'écriture et au calcul, à qui
l'Archange, sous la forme d'un beau vieillard, vient annoncer que le
Ciel lui confie une mission, qui prétend réformer l'Église, qui se dit le
prophète Élie réincarné! Laissez-nous rire de pitié. Certainement
nous sommes en présence d'un aliéné doublé d'un escroc… Soit! Va
pour escroc et aliéné, mais pourtant autour de ce Vintras des gens
s'amassent. Ils disent: Ipse est Elias qui venturus est; voici le
prophète Élie, l'organe de Dieu, qui va régénérer le christianisme.
 … Oui, mais vient-il de Dieu? se demande Léopold Baillard, dans
la diligence qui l'emporte de Lorraine en Normandie. Vais-je trouver
l'appui que j'ai imploré du Ciel? Va-t-il me tromper aussi, comme
cette chose mystérieuse qui est entrée dans ma chambre pour me
décevoir? Pourtant, cette charité du père Magloire ressemblait tant à
la réponse! Pourquoi m'a-t-il nommé Vintras, si ce n'est parce que le
salut est là?
Cette question s'interposait pour lui entre les paysages et sa
sensibilité. D'ailleurs, qu'auraient pu lui représenter les étapes de ce
voyage, sinon des images de sa vie passée, des quêtes fructueuses
à Bar-le-Duc, Vitry, Château-Thierry, Meaux, à Paris même, à Évreux.
Ce qu'il voudrait, sur l'impériale de la diligence qui le secoue le long
des routes, c'est faire parler de Vintras celui-ci ou celui-là. Mais ce
nom, la première fois qu'il le prononce, en traversant les plaines de
Champagne, n'éveille même pas un regard d'étonnement dans les
yeux du bourgeois, à figure pourtant fine, qu'il a choisi parce qu'il a
su que c'était un professeur du collège de Reims allant prendre ses
vacances dans un village normand.
—Oh! vous savez, monsieur l'Abbé, lui répond le professeur, je
respecte toutes les opinions, mais je suis un fils de Voltaire.
Il n'est pas plus heureux aux approches de Paris avec un commis
voyageur en ornements d'église, un Marseillais qui a essayé aussitôt
de lui placer un chemin de croix de la Société fondée en ce temps-là,
—ô ironie!—par Savary duc de Rovigo, Villemessant et Jules Barbey
d'Aurevilly.
—Ça m'intéresse, donnez-moi donc l'adresse, monsieur l'Abbé. Il
aurait peut-être besoin de quelques petites choses, ce monsieur
Vintras.
Léopold Baillard aurait pu se renseigner à Paris, mais il ne fait
qu'y passer. Il redoute d'y rencontrer quelques-unes des personnes
qui l'accueillaient si bien autrefois, quand il quêtait aux Oiseaux, par
exemple, chez les filles du Bienheureux Père Fourrier. Il ne veut pas
entendre les conseils de soumission qu'on lui donnerait
certainement. La diligence roule toujours. Les rubans de queue
succèdent aux rubans de queue, comme les postillons d'alors
disaient en parlant des routes. C'est seulement à Caen que,
descendu dans la rotonde par un temps de pluie, il se trouve en tête
à tête avec un chanoine dont la physionomie, bonasse et fine à la
fois, lui rappelle celle du père Magloire. Après avoir dit chacun leur
bréviaire, les deux prêtres ont commencé par parler du temps, de la
prochaine récolte, de l'esprit des populations.
—Il paraît que vous avez un saint dans votre pays? se hasarde à
demander Baillard.
—J'espère que nous en avons plusieurs, répond le chanoine; mais
les saints sont comme les diamants: ils se cachent.
—Oh! celui-là est célèbre.
—Et qui donc?
—Mais Vintras, le Voyant de Tilly.
La figure du prêtre normand exprima soudain l'horreur profonde
et le dédain tout ensemble.
—Vintras! dit-il. On vous a dit cela, et vous l'avez cru! Vous ne
savez donc pas que Monseigneur de Bayeux l'a fait condamner à
cinq ans de prison pour escroquerie, et qu'il n'a été relâché que par
le juif Crémieux, devenu ministre à la révolution? Et pourquoi? Pour
lancer dans le diocèse un ennemi de l'Église, un instrument de
Satan. Je ne vous engage pas à faire son éloge à Caen, monsieur
l'Abbé! On l'y a connu domestique.
—Notre-Seigneur, répondit Léopold, s'est bien servi des
publicains. Ce qu'il a été n'importe pas.
—Mais ce qu'il est? répliqua le chanoine. Un scandale vivant, qui
d'ailleurs ne durera pas, quand un gouvernement d'ordre sera enfin
revenu. Oh! le coquin est adroit; il joue la comédie de l'humilité et
de la pauvreté; il ne veut rien devoir qu'à son travail; il a une petite
place, soi-disant dans une fabrique de carton, que dirige un niais de
ses amis. Mais il faut voir ce que sa seule présence a fait de cette
charmante petite ville normande de Tilly, infestée maintenant
d'escrocs et d'aliénés comme lui. Il y a là un certain Charvaz, un
malheureux, monsieur l'Abbé, curé de Montlouis, du diocèse de
Tours, un interdit; un certain Le Paraz, un interdit encore; et des
vieilles filles qui vont perdre là leurs quatre sous; et des infirmes
persuadés qu'ils vont être miraculés. C'est du vilain monde, allez,
monsieur l'Abbé. Et tout cela spécule, vocifère, emprunte, ne paye
pas ses dettes, blasphème, monsieur l'Abbé, blasphème toute la
journée. Et le soir! Le soir, il y a pis que les blasphèmes, dit-il en
baissant la voix; nous savons qu'il y a eu des sacrilèges. Enfin!
l'Église a connu ces tristesses dans tous les temps. Rappelez-vous
les convulsionnaires de Saint-Médard. Peut-être compte-t-on parmi
eux des âmes de bonne foi. Dieu leur fasse miséricorde!
La conversation tomba. Le prêtre normand observait son
compagnon avec une curiosité méfiante maintenant. Visiblement, il
était étonné de l'expression qu'avait prise la physionomie, si
frappante déjà de Léopold, pendant qu'il lui donnait ces
renseignements, et de l'espèce d'avidité avec laquelle il les avait
écoutés, sans donner cependant aucun signe d'acquiescement.
Comme il était arrivé au terme de sa route:
—Voilà ma paroisse, dit-il, monsieur l'Abbé, en nommant un
village. Si jamais vous la traversez, je serai trop heureux de vous
montrer notre église, et je m'appelle le chanoine Lambert… Puis-je
savoir, ajouta-t-il, avec qui j'ai eu l'honneur…
—L'abbé Léopold Baillard, curé de Saxon, répliqua le Lorrain.
Il eût considéré comme une espèce de lâcheté de ne pas
répondre franchement à la curiosité de son interlocuteur.
L'exclamation aussitôt réprimée du chanoine lui prouva qu'il était
connu et que ses démêlés avec son évêque étaient arrivés jusque-là.
Il se redressa plus fièrement, tandis que l'autre, sans rien ajouter,
s'inclinait avec une politesse froide.
Léopold le vit s'éloigner de la diligence d'un pas hâtif, et
remarqua qu'au détour de la route il se retourna pour le regarder
avec une espèce d'inquiétude, où il y avait comme de l'épouvante.
Qu'est-ce que cela prouve? se disait-il. Tous les saints ont été
calomniés. Pourquoi Vintras, s'il est un saint, comme l'a dit Magloire,
ne le serait-il pas? Son entourage est ignoble: pourquoi pas? Tout
prophète doit avoir ses pharisiens, ses grands prêtres et ses Pilate à
sa poursuite. Dieu est constant dans ses desseins. S'il a choisi jadis,
comme l'a dit saint Paul, pour sauver le monde ce qu'il y avait de
plus vil et de plus méprisable, pourquoi ne choisirait-il pas
aujourd'hui, pour le renouveler, un malheureux, un coupable même,
afin que les qualités de son opération divine en soient plus
manifestes? Son évêque l'a fait condamner? Et le mien? Est-ce qu'il
ne m'a pas condamné?
Ce raisonnement et d'autres semblables n'empêchaient pas que
les propos du chanoine Lambert l'eussent singulièrement travaillé
quand il descendit à Tilly. C'était le soir. Il demanda une chambre
dans l'unique auberge. On lui en donna une dont la fenêtre ouvrait
au couchant. Le suintement rouge du ciel à l'horizon lui parut d'un si
funèbre augure qu'il referma la croisée, ouverte d'abord pour voir la
campagne, et il descendit s'asseoir à une petite table d'hôte, autour
de laquelle riaient haut quelques habitués.
Les propos grossiers de ces individus laissèrent le prêtre
indifférent jusqu'au moment où, un vieux monsieur de mine falote
étant entré dans la salle, un d'eux l'interpella:
—Eh bien? monsieur le Baron, est-ce aujourd'hui que le roi Louis
XVII revient?
—Monsieur, dit le baron, le roi reviendra à la date qui a été
annoncée.
—Ma foi, si je vois ça, intervint un autre, je crois à votre Vintras.
—Monsieur, dit celui qu'ils avaient appelé baron, monsieur Vintras
ne s'est jamais trompé. Les archanges lui parlent.
—Ils prennent quelquefois la figure des gendarmes, les
archanges, observa un troisième.
—Monsieur, repartit le baron indigné, si vous connaissiez comme
moi les circonstances du procès qu'un indigne évêque a fait à
monsieur Vintras, vous ne parleriez pas ainsi.
—Il a tout de même été condamné, dit un autre convive.