Les champignons endophytes et ceux associés aux

caries des arbres et du bois mort de Julbernardia

bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du Sud-est
du Gabon

Thèse

Inès Nelly Moussavou

Doctorat en sciences forestières

Philosophiæ doctor (Ph. D.)

Québec, Canada

© Inès Nelly Moussavou, 2021

 Les champignons endophytes et ceux associés aux
caries des arbres et du bois mort de Julbernardia
bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du Sud — est
du Gabon

Thèse

Inès Nelly Moussavou Boussougou

Sous la direction de :

Louis Bernier, directeur de recherche

Jean Bérubé, codirecteur de recherche
RÉSUMÉ

Les essences Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia

glaucescens (Irvingiaceae) et Scyphocephalium ochocoa (Myristicaceae)
de diamètres exploitables sont abondantes dans les peuplements
résiduels et abandonnés à cause de la présence de caries. L’étude des
champignons de carie du bois est utile compte tenu de leurs rôles dans la
dégradation des composés des parois des cellules vivantes du bois et de
la matière organique. L’objectif de cette thèse était d’utiliser les
techniques moléculaires pour identifier et étudier les champignons
associés aux caries des arbres vivants et du bois mort chez ces trois
essences forestières. L’identification des champignons polypores associés
à la carie des arbres, aux coursons de bois (bois mort), l’évaluation de
leurs capacités à dégrader le bois, ainsi que la comparaison de la diversité
fongique endophytique des arbres cariés ont été réalisées dans les
concessions forestières appartenant à trois sociétés forestières dans la
province de l’Ogooué-Lolo au Gabon. Le nombre de polypores
responsables des caries n’était pas exhaustif. Les séquences d’ADN
correspondant aux espèces de champignons polypores appartenant aux
ordres des Hymenochaetales et Polyporales ont été associées aux
polypores responsables de la carie des arbres sur pied. Ceux identifiés à
l’espèce étaient représentés par Amauroderma subresinosum, Fomitiporia
nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius,
Rigidoporus ulmarius et Tinctoporellus epimiltinus. Les espèces
Perenniporia sp. et Inonotus sp., ont été identifiées au niveau du genre.
Ces champignons ont été pour la plupart déjà identifiés au Gabon, mais
sont nouvellement identifiés chez les essences de notre étude. Les
espèces Hymenochaete murina et une nouvelle espèce d’Inonotus sp.,
font l’objet d’une première mention au Gabon. Par contre, vingt-huit (28)
ii
OTUs ont été obtenues sur le bois mort en utilisant les amorces
spécifiques aux Basidiomycètes (ITS1F – ITS4B) à partir des basidiomes.
Les polypores obtenus sur les coursons de bois étaient répartis au sein de
treize (13) familles, appartenant aux ordres des Corticiales,
Hymenochaetales, Polyporales, Russulales et Trechisporales. Quatorze
sont de nouvelles espèces rapportées et les genres sont connus pour 9
d’entre elles. Parmi les 28 espèces, seules 4 sont connues au Gabon. La
diversité en champignons sur les coursons de bois était plus élevée sur
les essences de Béli suivi du Sorro et sur les coursons du site de la SEEF
suivi de SBL. Les polypores A. subresinosum et F. gilva étaient communs
aux arbres debout et aux coursons de bois des trois essences. Le
champignon de carie brune P. noxius suivi de A. subresinosum
champignon de carie blanche (tous deux de croissance mycélienne rapide)
étaient les plus aptes à dégrader le bois tandis que le Sorro (S. ochocoa)
était plus résistant face aux champignons lignivores. Les données
obtenues avec l’utilisation des carottes de bois couplées à l’utilisation
d’amorces universelles pour les champignons (ITS1F–ITS4) lors de
l’amplification en chaine par polymérase (PCR), ont montré l’existence
d’une diversité relativement élevée en champignons endophytes dans
l’aubier sain des arbres cariés et correspondants à 62 Unités
Taxonomiques Opérationnelles (OTUs). Les genres Penicillium et
Pestalotiopsis étaient les plus abondants et communs aux trois essences.
Le Sorro contenait la plus grande diversité en champignons endophytes,
tandis que le site de CEB avait la plus grande diversité. Nos recherches
ont montré les différentes communautés fongiques associées aux caries
des arbres et du bois mort de ces essences forestières dans les forêts du
Sud-est du Gabon ainsi que la capacité des champignons lignivores à
dégrader le bois.

iii
ABSTRACT

The tree species Julbernardia bifoliolata (Cesalpiniaceae), Desbordesia

glaucescens (Irvingiaceae) and Scyphocephalium ochocoa
(Myristicaceae) with logging diameters are abundant in residual and
abandoned stands because of presence of wood rot. The study of wood
decay fungi is useful because of their roles in living wood cells and organic
matter decomposition. The aim of this thesis was to use molecular
techniques to identify and study fungi associated with decay of living trees
and dead wood in these three forest species. Identification of polypore
fungi associated with tree decay, logs, assessment of wood degradation
capacities, and comparison of endophytic fungal diversity were carried out
in forest concessions belonging to three forestry companies of Ogooué-
Lolo province in Gabon. Polypores fungi responsible of wood decay were
not exhaustive. DNA sequences corresponding to polypore fungal species
belonging to Hymenochaetales and Polyporales orders were associated to
polypores responsible for decay of trees. Those identified at species level
were represented by Amauroderma subresinosum, Fomitiporia
nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius,
Rigidoporus ulmarius and Tinctoporellus epimiltinus. Perenniporia sp. and
Inonotus sp. have been identified at the genus level. Most of these fungi
have already been identified in Gabon but are newly identified in the tree
species of our study. The species Hymenochaete murina and a new
species of Inonotus sp. are first mentioned in Gabon. On the other hand,
twenty-eight (28) OTUs were obtained from dead wood using primers
specific to Basidiomycetes (ITS1F - ITS4B) from basidiocarps. The
polypores obtained from logs were distributed within thirteen (13)
families, belonging to the orders of Corticiales, Hymenochaetales,
Polyporales, Russulales and Trechisporales. Fourteen are new species
iv
reported and 9 of them are known at the genus level. Among the 28
species, only 4 are known in Gabon. The diversity of fungi on logs was
higher on Béli species followed by Sorro and on logs from the SEEF site
followed by SBL. The polypores A. subresinosum and Fuscoporia gilva
were common in standing trees and tree species logs. The brown rot
fungus Phellinus noxius followed by the white rot fungus Amauroderma
subresinosum (both of rapid mycelial growth) were the most agressive to
degrade wood while Sorro (S. ochocoa) was more resistant to wood decay
fungi. Data obtained from wood cores coupled with the use of fungal
universal primers (ITS1F-ITS4) during polymerase chain reaction (PCR)
showed a relatively high diversity in endophytic fungi in the healthy
sapwood of decayed trees and matched to 62 Operational Taxonomic
Units (OTUs). The genera Penicillium and Pestalotiopsis were the most
abundant and common to the three species. Sorro exhibited the greatest
diversity in endophytic fungi, while the CEB site had the greatest diversity.
Research has shown the different fungal communities associated with tree
and wood decay of these species in the forests of south-eastern Gabon as
well as the ability of wood decay fungi to degrade the wood.

v
TABLE DES MATIÈRES

RÉSUMÉ ........................................................................................ ii
ABSTRACT .................................................................................... iv
TABLE DES MATIÈRES .................................................................... vi
LISTE DES TABLEAUX ................................................................... xii
LISTE DES FIGURES .................................................................... xiv
LISTE DES ABRÉVIATIONS ........................................................... xvi
REMERCIEMENTS ......................................................................... xx
AVANT-PROPOS......................................................................... xxvii

INTRODUCTION .............................................................................1
1. Contexte et problématique .........................................................1
2. Cadre de l’étude .......................................................................8
2.1. Localisation géographique du Gabon .........................................8
2.2. Climat, relief et types de sols ................................................. 11
2.3. Végétation et essences étudiées............................................. 12
2.3.1. Végétation .................................................................. 12
2.3.2. Essences forestières étudiées ........................................ 15
3. Revue de littérature ................................................................ 16
3.1. Introduction ........................................................................ 16
3.2. Les agents abiotiques de dégradation du bois en région tropicale
17
3.3. Les agents biotiques de dégradation du bois en région tropicale . 19
3.4. Les types de caries du bois .................................................... 22
3.5. Les caries des arbres ............................................................ 23
3.6. Les caries sur les bois immergés ............................................ 24
3.7. La dégradation des grumes ou du bois mort par les champignons
25
vi
3.8. Les mécanismes enzymatiques déployés par les champignons
lignivores .................................................................................... 27
3.9. Les facteurs de résistance et mécanismes de défense des arbres 28
3.10. Importance des endophytes des arbres tropicaux .................. 32
3.11. Les principaux pourridiés des régions tropicales rencontrés dans
le bassin du Congo et au Gabon ..................................................... 33
4. Objectifs et hypothèses de l’étude ............................................. 36
5. Approche méthodologique ........................................................ 37
5.1. Localisation du milieu d’étude et caractérisation des sites .......... 37
5.2. Techniques de collecte et traitement des échantillons ............... 39
5.3. Culture des isolats ................................................................ 43
5.4. Les traitements biomoléculaires ............................................. 43
5.4.1. Extractions d’ADN ........................................................ 44
5.4.2. Amplification génique ................................................... 45
5.4.3. Séquençage de l’ADN ................................................... 46
5.5. Analyse des données ............................................................ 46
5.5.1. Traitement des séquences d’ADN et identification ............ 46
5.5.2. Étude de la diversité spécifique ...................................... 47
5.5.3. Analyses taxonomiques moléculaires .............................. 47
5.5.4. Phylogénie moléculaire ................................................. 48
5.5.5. Analyses statistiques .................................................... 48
6. Principaux résultats et structure de la thèse ............................... 49
6.1 Principaux résultats .............................................................. 49
6.1.1 Analyses granulométriques des sites d’étude ................... 49
6.1.2 Diversité de champignons polypores associés à la carie des
arbres de Béli (julbernardia bifoliolata) sur pied .......................... 51
6.1.3 Diversité des champignons endophytes chez les essences
Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa ................................................................................. 52

vii
 6.1.4 Diversité des champignons polypores associés aux coursons
de bois des essences Julbernardia bifoliolata, Desbordesia
glaucescens et Scyphocephalium ochocoa .................................. 53
6.1.5 Activité de dégradation de quatre champignons de carie sur
des blocs de bois de Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep
(Desbordesia glaucescens) et de Sorro (Scyphocephalium ochocoa)
55
6.2 Structure de la thèse ............................................................ 56
7. Bibliographie .......................................................................... 56

CHAPITRE 1 Diversité de champignons polypores associés à la carie des

arbres de Béli (Julbernardia bifoliolata) sur pied ............................... 70
1.1. Résumé .............................................................................. 71
1.2. Abstract .............................................................................. 71
1.3. Introduction ........................................................................ 72
1.4. Matériel et méthodes ............................................................ 77
1.4.1. Collecte des échantillons ............................................... 77
1.4.2. Isolation, extraction d’ADN, amplification et séquençage ... 80
1.4.3. Analyses phylogénétiques ............................................. 82
1.5. Résultats ............................................................................. 83
1.5.1. Identification des polypores........................................... 83
1.5.2. Analyses phylogénétiques ............................................. 88
1.6. Discussion ........................................................................... 90
1.7. Conclusion .......................................................................... 95
1.8. Remerciements .................................................................... 97
1.9. Références bibliographiques .................................................. 97

CHAPITRE 2 Diversité des champignons endophytes chez les essences

Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa dans les forêts du sud-est du Gabon ................................. 105

viii
2.1. Résumé ............................................................................ 106
2.2. Abstract ............................................................................ 106
2.3. Introduction ...................................................................... 107
2.4. Matériel et méthodes .......................................................... 111
2.4.1. Sites et collecte des échantillons .................................. 111
2.4.2. Isolement, extraction, amplification et séquençage de l’ADN
113
2.4.3. Analyses des séquences.............................................. 115
2.4.4. Analyses de diversité des champignons ........................ 116
2.5. Résultats ........................................................................... 117
2.5.1. Identification des champignons endophytes isolés .......... 117
2.5.2. Composition taxonomique et diversité phylogénétique des
champignons endophytes ....................................................... 125
2.5.3. Richesse et diversité de champignons endophytes ......... 131
2.5.4. Comparaison de la diversité entre les trois essences
forestières et entre les sites échantillonnés .............................. 134
2.6. Discussion ......................................................................... 138
2.6.1. Richesse et diversité de champignons endophytes ......... 138
2.6.2. Comparaison et composition taxonomique des champignons
endophytes .......................................................................... 139
2.6.3. Double fonction pour les champignons endophytes des arbres
tropicaux ............................................................................. 141
2.7. Conclusion ........................................................................ 144
2.8. Remerciements .................................................................. 145
2.9. Annexe ............................................................................. 146
2.10. Références bibliographiques.............................................. 154

CHAPITRE 3 Diversité de champignons polypores associés aux coursons

de bois des essences Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa, dans les forêts du Sud-est du Gabon ...... 165
ix
3.1. Résumé ............................................................................ 166
3.2. Abstract ............................................................................ 167
3.3. Introduction ...................................................................... 168
3.4. Matériel et méthodes .......................................................... 171
3.4.1. Sites d’étude et collecte des échantillons ...................... 171
3.4.2. Extraction, amplification et séquençage de l’ADN ........... 173
3.4.3. Analyses des séquences.............................................. 174
3.4.4. Analyses de diversité des champignons ........................ 175
3.5. Résultats ........................................................................... 176
3.5.1. Distribution des communautés de champignons polypores par
type de coursons et selon les sites échantillonnés ..................... 176
3.5.2. Diversité de champignons polypores............................. 182
3.5.3. Comparaison entre les communautés de champignons
polypores des types de coursons et ceux des sites de prélèvement
186
3.6. Discussion ......................................................................... 189
3.7. Conclusions ....................................................................... 193
3.8. Remerciements .................................................................. 195
3.9. Références bibliographiques ................................................ 195

CHAPITRE 4 Activité de dégradation de quatre champignons de carie sur

des blocs de bois de Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep (Desbordesia
glaucescens) et de Sorro (Scyphocephalium ochocoa) ..................... 202
4.1. Résumé ............................................................................ 203
4.2. Abstract ............................................................................ 203
4.3. Introduction ...................................................................... 204
4.4. Matériel et méthodes .......................................................... 210
4.4.1. Collecte des échantillons ............................................. 210
4.4.2. Isolement des champignons, extraction, amplification et
séquençage de l’ADN ............................................................. 211
x
 4.4.3. Tests de croissance mycélienne ................................... 213
4.4.4. Caractéristiques du bois et perte de masse ................... 213
4.4.5. Caractéristiques du bois, données de perte de masse et
analyses statistiques ............................................................. 215
4.5. Résultats ........................................................................... 217
4.5.1. Les souches de champignons polypores et croissance
moyenne du mycélium........................................................... 217
4.5.2. Propriétés des blocs de bois ........................................ 219
4.5.3. Perte de masse des blocs de bois ................................. 222
4.6. Discussion ......................................................................... 229
4.7. Conclusion ........................................................................ 234
4.8. Remerciements .................................................................. 235
4.9. Références bibliographiques ................................................ 236

CONCLUSIONS ........................................................................... 246

1. Rappel de la problématique de recherche ................................. 246
2. Conclusions générales ........................................................... 247
3. Nouvelles perspectives de recherche ....................................... 258
4. Références bibliographiques ................................................... 260

BIBLIOGRAPHIE GÉNÉRALE ......................................................... 263

ANNEXES .................................................................................. 298

xi
LISTE DES TABLEAUX

Tableau 1. 1 Isolats des champignons polypores utilisés dans cette

étude, ayant obtenus une similitude d’au moins 90% et numéros
d’accession Genbank. ............................................................. 84
Tableau 2. 1 Champignons endophytes représentant chacune des OTUs
présentes dans le bois sain prélevé de trois essences forestières
gabonaises présentant de la carie et le nombre de séquences composant
chaque OTU à un seuil de 95%...............................................119
Tableau 2. 2 Indices d’abondance et de diversité de l’ensemble des
échantillons, par essence forestière et de chacun des sites échantillonnés
au seuil de 0,05 ...................................................................132
Tableau 2. 3 Comparaison des indices de similarités entre les essences
forestières et les sites de prélèvement au seuil de similarité 0,05.137
Tableau 3. 1 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTUs) obtenues,
identifications probables, nombre et répartition d’isolats de chacune des
OTUs par essence hôte au seuil de similarité 95%. ...................178
Tableau 3. 2 Comparaison entre les trois essences et les sites de
prélèvement au seuil de 0.05 et analyse de variance moléculaire.188
Tableau 4. 1 Isolats de champignons polypores récoltés, identification
probable par similitude de séquence dans GenBank, classe fongique et
type de carie, numéros d’accession Genbank des isolats utilisés dans cette
étude et moyennes de croissance journalière du mycélium à 28 °C sur
milieu MEA. .........................................................................218
Tableau 4. 2 Caractéristiques physiques des blocs de bois et moyennes
de pourcentage de perte de masse après 6 et 12 semaines d’exposition
aux champignons lignivores et les blocs témoins non soumis à la
dégradation. ........................................................................220
Tableau 4. 3 Résultats de l'ANOVA sur les pourcentages de perte de
masse avec le test de Dunett (transformation logarithmique) en présence
de blocs témoins. .................................................................223
Tableau 4. 4 Résultats de l'ANOVA sur les pourcentages de perte de
masse avec le test de Tukey (Transformation logarithmique) en absence
de blocs témoins. .................................................................224

xii
Annexes

Tableau A. 1 Endophytes identifiés dans les sites des concessions

forestières de SBL, CEB et SEEF dans la province de l’Ogooué-Lolo, chez
l’Alep (Desbordesia glaucescens), le Béli (Julbernardia bifoliolata) et le
Sorro (Scyphocephalium ochocoa) à partir de l’outil Blastn, leurs
pourcentages maximums d’identification et leurs numéros d’accession
dans GenBank. .....................................................................146
Tableau A. 2 Numéros d’accession des séquences du chapitre 1 : Les
champignons associés à la carie du Béli sur pied. .....................298
Tableau A. 3 Numéros d’accession des séquences du chapitre 2 :
Les champignons endophytes des essences Julbernardia bifoliolata,
Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium ochocoa..............301
Tableau A. 4 Numéros d’accession des séquences du chapitre 3 : Les
champignons polypores associés aux coursons de bois des essences
Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa. .............................................................................308
Tableau A. 5 Numéros d’accession des séquences du chapitre 4 : Activité
de dégradation des champignons de carie sur des blocs de bois de Béli
(Julbernardia bifoliolata), d’Alep (Desbordesia glaucescens) et de Sorro
(Scyphocephalium ochocoa)...................................................311

xiii
LISTE DES FIGURES

Figure 1 Localisation géographique du Gabon. ......................... 10

Figure 2 Classification et phylogénie des Basidiomycètes (Extrait de
Hibbett et al. (2007)) : classe des Agaricomycètes .................... 21
Figure 3 Localisation des sites SBL, CEB et SEEF ...................... 38
Figure 4 Localisation des coursons des essences forestières. ..... 40
Figure 5 Localisation des arbres échantillonnés. ....................... 42
Figure 6 Analyses granulométriques du sol (a) dans les sites de SEEF,
CEB et SBL et (b) répartition des essences de Béli, d’Alep et de Sorro
selon la texture du sol. ........................................................... 50
Figure 1. 1 Sites d’étude dans la province de l’Ogooué-Lolo, localisée
dans le Sud-est du Gabon.............................................................. 79
Figure 1. 2 Analyse phylogénétique des 70 isolats des champignons
polypores récoltés sur les arbres de Béli de l’étude ainsi que des
séquences de référence d’ITS de l’ADNr provenant de Genbank. La
méthode de distance du Neighbor-joining et le modèle de substitution p-
distance ont été utilisés, les valeurs de bootstrap affichées (supérieurs ou
égales à 70 %) ont été obtenues à partir de 1000 répétitions. Les
branches en gras montrent le regroupement des séquences au sein des
différents genres. ......................................................................... 89
Figure 2. 1 Localisation des sites et des arbres échantillonnés. .112
Figure 2. 2 Compositions en champignons endophytes chez les essences
et les sites échantillonnés (A) et répartition par essence (B) et par site
échantillonné (C). .................................................................123
Figure 2. 3 Relations phylogénétiques de 56 espèces de champignons
endophytes représentant chacune des OTUs constituant la richesse totale
des essences forestières Desbordesia glaucescens, Julbernardia bifoliolata
et Scyphocephalium ochocoa. L’arbre consensus a été généré selon la
méthode du Neighbor-Joining à partir de la région ITS des séquences,
avec un bootstrap évalué à 1000 répétions. Les branches (valeur du
bootstrap supérieure à 70%) épaisses représentent les 14 clades
regroupant les espèces par ordre taxonomique. .......................129
Figure 2. 4 Nombres cumulés d’OTUs de champignons endophytes en
fonction du nombre d’échantillons collectés au seuil de 0.05. Le trait plein
représente la courbe d’accumulation des OTUs pour l’ensemble des
xiv
échantillons des trois essences et les traits entrecoupés, les courbes
d’accumulation des OTUs pour chacune des trois essences de manière
individuelle. .........................................................................133
Figure 3. 1 Zone d’étude et localisation des coursons de bois d’Alep, de
Béli et de Sorro échantillonnés. ..............................................172
Figure 3. 2 Abondances relatives des OTUs des champignons polypores
pour les trois essences et les trois sites d’échantillonnage. ........181
Figure 3. 3 Arbre phylogénétique construit selon la méthode du
Neighbor-Joining avec les séquences obtenues par amplification de la
région ITS (ITS1 - 5.8S - ITS2). L’arbre consensus a été obtenu avec un
Bootstrap de 1000 répétitions, les valeurs supérieures ou égales à 70%
sont marquées sur les branches et les numéros d’accession des séquences
disponibles dans GenBank sont également mentionnés. ............183
Figure 3. 4 Indices de diversité de Shannon (H) (a, b), indices de
Simpson (D) (c, d), richesse observée (Sobs) et indice Chao_1 (e, f), par
essence, et site échantillonné. ................................................185
Figure 4. 1 Comparaison des moyennes de pourcentage de perte de
masse occasionnée par les champignons de dégradation du bois
Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Phellinus noxius et
Rigidoporus ulmarius sur les blocs de bois après 6 et 12 semaines
d’exposition en présence du mycélium, chez le Béli, l’Alep et le Sorro. Les
barres d'erreurs représentent les écarts types. Les lettres différentes
indiquent des moyennes de perte de masse qui diffèrent de façon
significative au seuil de signification 0,05. ...............................225
Figure 4. 2 Comparaisons des moyennes de perte de masse entre le Béli,
l'Alep et le Sorro à 6 et 12 semaines d'incubation en présence du
mycélium des champignons polypores de dégradation du bois F.
nobilissima, A. subresinosum, P. noxius et R. ulmarius. .............227
Figure 4. 3 Comparaisons de Moyennes des pourcentages de perte de
masse occasionnée par les souches de champignons polydore P. noxius,
A. subresinosum, F. nobilissima et R. ulmarius chez chacune des essences
forestières Béli, Alep et Sorro. Les lettres différentes indiquent des
moyennes de perte de masse qui diffèrent de façon significative au seuil
de signification 0,05..............................................................228

xv
LISTE DES ABRÉVIATIONS

ADN Acide Désoxyribonucléique

ADNr ADN ribosomique
ANPN Agence Nationale des Parcs Nationaux
AMC Affaires Mondiales Canada
AMOVA Analyses Moléculaires de Variance
ANOVA Analysis of Variance
BAD Banque Africaine de Développement
BC Indice de dissimilarité de Bray-Curtis
BLAST Basic Local Alignment Search Tool
CEB Compagnie Équatoriale des Bois
CENAREST Centre National de la Recherche Scientifique et
Technologique
CFL Centre de Foresterie des Laurentides
CHUL Centre Hospitalier de l’Université Laval / Centre
Hospitalier Universitaire de Libreville
CIRMF Centre International de Recherches Médicales de
Franceville
CODIT Compartmentalization of Decay in Trees
COMIFAC Commission des forêts d’Afrique Centrale
CTFT Centre Technique Forestier Tropical
D Indice de diversité de Simpson
EDTA Ethylene-diamine tetra-acetic acid
ENEF École Nationale des Eaux et Forêts
FDHS Forêt Dense Humide Sempervirente
FDHSC Forêt Dense Humide Semi-Caducifoliée
FDHSD Forêt Dense Humide Semi-Décidue
FFBC Fonds pour les forêts du Bassin du Congo

xvi
FOGRN-BC Formation en Gestion des Ressources Naturelles
dans le Bassin du Congo
GLM Generalized Linear Model / Modèle Linéaire
Généralisé
GPS Global Positioning System
H Indice de diversité de Shannon
IBIS Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes
INSAB Institut National Supérieur d’Agronomie et de
Biotechnologie
IRAF Institut de Recherche en Agronomie Forestière
IRET Institut de Recherche en Écologie Tropicale
ITS Internal Transcribed Spacer
MAECD Ministère des Affaires Étrangères, du Commerce et
du Développement Canada
MEA Malt Extract Agar
MH Indice de dissimilarité de Morisitha-Horn
MINEF Ministère des Eaux et Forêts
NCBI National Center for Biotechnology Information
PCR Polymerase Chain Reaction ou amplification en
chaine par polymérase
PDA Potato Dextrose Agar
OIBT Organisation Internationale des Bois Tropicaux
OTU Operational Taxonomic Unit ou unité taxonomique
opérationnelle
PEFOGRN-BC Projet Élargi de Formation en Gestion des
Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo
RIFFEAC Réseau des Institutions de Formation Forestière et
Environnementale de l’Afrique Centrale
RNCan Ressources Naturelles Canada
SAS Statistical Analysis System

xvii
SBL Société des Bois de Lastourville
SEEF Société Équatoriale d’Exploitation Forestière
s. l. Sensu lato
Sobs Richesse Observée
TAE Tris Acetate EDTA
URES Unité de Recherche en Écologie de la Santé
WGS 84 World Geodetic System 1984
W.P. Weight Percent

xviii
En la mémoire de mes proches disparus, qui ont
attendu et basculés vers l’au-delà avant
l’aboutissement de cette œuvre : Ma mère, feue
Élisabeth NGUEBA et mon père, feu Grégoire
BOUSSOUGOU qui m’ont inculqué toutes ces
valeurs; mon parrain, feu Raphiou WORA
KOUMAKPAYI, qui a posé ces jalons ayant
permis de tracer le chemin de ma vie, dans
lequel j’ai planté des arbres et dont les fruits
sont visibles aujourd’hui; feu Serge CORBET,
mon conjoint de septembre 2001 au 8 février
2012, pour son amour, son implication
financière aux collectes des échantillons et son
enthousiasme à l’aboutissement de cette thèse
de doctorat ont été déterminants.

xix
REMERCIEMENTS

Cette thèse a été réalisée dans le cadre de la formation des formateurs

de l’École Nationale des Eaux et Forêts (ENEF) du Gabon, financée
principalement par le Projet d’appui à la Formation des Formateurs en
Gestion des Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo (FOGRN-BC),
exécuté par l’Université Laval. J’adresse ainsi ma profonde gratitude à
l’Université Laval, au projet FOGRN-BC et à l’ENEF - Gabon.

Pour intégrer la cohorte des étudiants boursiers du Gabon, feu Professeur

Ibrahim Souleymane SAMBO, ancien chef de département sciences
fondamentales de l’ENEF ainsi que Monsieur Athanase BOUSSENGUE,
ancien directeur général de l’ENEF ont favorisé ma candidature, je leur
témoigne ma profonde reconnaissance.

J’adresse toute ma reconnaissance à Suzanne BRAIS, de l’Université du

Québec en Abitibi-Témiscamingue, pour la confiance renouvelée en me
permettant de m’inscrire en thèse, après ce passage en maîtrise à l’UQAT
sous sa direction et dont les échanges ont marqué d’une empreinte
indélébile ma carrière dans la recherche scientifique.

L’équipe technique du projet FOGRN/PEFOGRN et le personnel

administratif de l’Université Laval, le Pr Damase KHASA directeur du
projet, dont la collaboration avec ce dernier remonte à l’année 2003,
Gilles COTTERET, Marie-France GÉVRY, Stéphanie DUBÉ-DESROSIERS et
Jacynthe LEBLANC, qui continuent d’appuyer les écoles forestières du
bassin du Congo. Merci pour la disponibilité et l’encadrement dont vous
avez su faire preuve.

Le sujet de recherche développé dans cette thèse, qui s’inscrit en grande

partie dans la discipline de pathologie forestière fait partie des spécialités
xx
ciblées par le projet FOGRN-BC. La thématique abordée a été inspirée des
enseignements reçus au niveau Baccalauréat, plus précisément au cours
de botanique — systématique de la section Ingénieur des Techniques des
Eaux et Forêts à l’ENEF – Gabon, dispensé par feu Édouard MINTSA et
également grâce au concours de Paulin NSO NKA de la Compagnie
Équatoriale des Bois (CEB), aujourd’hui CEB – Precious Wood, je leur
adresse toute ma reconnaissance.

Mes sincères remerciements à l’Organisation Internationale des Bois

Tropicaux (OIBT) qui m’a octroyé une bourse d’études en 2013. Cette
bourse (ref 026 - 13 S) m’a permis de financer un voyage au Canada et
de réaliser des expériences sur le chapitre 4 de ma thèse, qui nécessitait
un approfondissement.

Mes remerciements aux directeurs d’exploitations des sociétés forestières

dans lesquelles j’ai effectué ma collecte de données, pour le soutien
logistique apporté, il s’agit de messieurs Stéphane BLASCO et de Damien
DESPORT de la Société Équatoriale d’Exploitation Forestière (SEEF), de
Monsieur Serge MICHEL de la Société des Bois de Lastourville (SBL) et de
messieurs Philippe JEANMART et Patrick GEOFFROY de la Compagnie
Équatoriale des bois (CEB).

Mes remerciements au directeur général du CIRMF, le Dr Jean-Paul

GONZALEZ de m’avoir accepté dans son institution, le Dr Lucas SIKA
également du CIRMF et le Dr Christophe PAUPY de leur encadrement au
sein de l’Unité de Recherche en Écologie de la Santé (URES) pendant les
manipulations de laboratoire. Votre contribution a été capitale pour le
succès dans la collecte des échantillons sur le terrain et dans la réussite
de cette thèse, je vous en suis très reconnaissante.

xxi
Mes remerciements au Pr Alfred NGOMANDA du CENAREST (Centre
National de la Recherche Scientifique et Technologique), ancien directeur
de l'Institut de Recherche en Écologie Tropicale (IRET) de son acceptation
dans le laboratoire de biologie moléculaire de l’IRET. Au sein de ce
laboratoire, la collaboration et la disponibilité du Dr Étienne OKOMO
OKOUÉ ont contribué à l’élaboration de cette thèse.

L’aboutissement de ces travaux de thèse n’aurait pas été mené à terme

sans le soutien inconditionnel de mes directeurs de thèse à qui j’adresse
mes vifs remerciements :

Pr Louis BERNIER, mon Directeur de thèse, de m’avoir accepté dans son

équipe de recherche. Vous avez été patient, compréhensif et attentif à
l’adaptation à ma nouvelle spécialité : la pathologie forestière malgré le
formatage de mes connaissances antérieures à une spécialité acquise à la
maîtrise lors de mon passage à l’Université du Québec en Abitibi-
Témiscamingue. J’ai su prouver durant mes séjours à Québec, à travers
ma volonté et la détermination dans le travail de continuer cette
expérience qu’est la thèse de doctorat. À vos côtés, j’ai pu mesurer vos
aptitudes à rechercher le travail bien fait, la discipline et la rigueur.
L’autonomie que vous savez insuffler aux membres de votre équipe de
recherche a contribué largement à ma formation. Je vous témoigne toute
mon estime, ma profonde reconnaissance et mon entière admiration.

Dr Jean BÉRUBÉ, codirecteur de thèse, de m’avoir accueilli dans son

équipe au Centre de Foresterie des Laurentides (CFL). Dans son
laboratoire j’ai acquis toute l’autonomie dont j’ai su faire preuve, lors la
collecte des échantillons, durant la période de terrain, ainsi que le succès
dans les manipulations de laboratoire lors de mon passage au CIRMF et à
l’IRET. Avec vous, j’ai fait mes premiers pas dans la bio-informatique, j’ai
xxii
appris à traiter les données de séquences d’ADN et la soumission dans les
banques de gène de champignons. Je vous adresse toute ma gratitude et
ma profonde reconnaissance.

Pr Auguste NDOUTOUME, codirecteur de thèse, de m’avoir accepté dans

son laboratoire à Institut de Recherches Agronomiques et Forestières
(IRAF). Les exigences des thèses nord-américaines ont souvent un
impact sur la durée de formation des étudiants et vous m’avez fait
confiance durant toutes ces années. Vous n’avez ménagé aucun effort
pour m’assurer un confort au sein de votre institution, j’ai obtenu des
facilités notamment pour les documents administratifs relatifs à la collecte
de données. L’accueil chaleureux au sein de l’équipe du Laboratoire de
Protection des Végétaux ainsi que les collaborations avec les autres
étudiants de masters et de doctorats d’autres disciplines m’ont permis de
maintenir la dynamique de recherche rencontrée dans les universités du
Nord. Je vous adresse toute ma gratitude et ma profonde estime.

Ma reconnaissance envers Julie DUBÉ du CFL, Ressources naturelles

Canada (RNCan), avec qui j’ai appris à flirter avec les techniques de
biologie moléculaire et à la culture des champignons polypores. Mes
remerciements à Josée DUFOUR et Donna MAZEROLLE, de l’équipe de
Louis BERNIER au pavillon Marchand de l’Université Laval, pour la
disponibilité et la bonne humeur. Je n’oublie pas Mario BOUTIN, du service
de la laverie au 2e étage du pavillon Marchand, qui nous a quitté
subitement le 16 juin 2019, pour la promptitude, la serviabilité qu’il a
toujours témoignée envers les étudiants.

Ma gratitude au Dr Flore KOUMBA PAMBO, du laboratoire de

biotechnologie à l’IRAF qui m’a facilité la collecte des échantillons au

xxiii
Gabon en mettant à ma disposition les documents administratifs
permettant la sortie des échantillons du territoire national.

Toute ma reconnaissance à tous ceux qui se sont impliqués dans

l’aboutissement de ces travaux de thèse, particulièrement dans la collecte
des échantillons et les manipulations de laboratoire, il s’agit des
techniciens de terrain, MIKOUANGA Sylvestre Espoir de la SEEF, Léonard
MBÉLAKOUDOU et Alain NYAMANGOYE de la SBL, Boniface ENGAMBA de
la CEB et des techniciens de laboratoire, Boris MAKANGA et Patrick
YANGARI du Centre International de Recherche Médicale de Franceville
(CIRMF).

Durant ce périple, j’ai partagé des moments enrichissants avec les

étudiants, les collègues de travail, le personnel administratif des
institutions par lesquels je suis passée à qui j’adresse mes sincères
remerciements:

À mes condisciples du laboratoire de pathologie forestière et de l’IBIS au

pavillon Marchand de l’Université Laval, Dr Érika SAYURI, Lauriane
VARAIN, Jean-François BOURDON, Dr Élie RAHERISON, Dr Atef SALHI, Dr
Cindy DASYLVA et les autres pour le soutien mutuel durant ces années de
thèse. Les stagiaires Vanessa LOPES et Daniele ARRIEL du Brésil avec qui
j’ai pu perfectionner les analyses phylogénétiques. Le stagiaire
Postdoctoral André COMEAU, grâce à qui j’ai pu maîtriser le logiciel Mothur
pour les analyses de diversité à partir des séquences d’ADN. Ma profonde
reconnaissance pour vos contributions diverses dans la qualité de cette
thèse.

Aux étudiants des projets FOGRN et PEFOGRN-BC avec qui la

collaboration sur le campus de l’Université Laval a contribué à renforcer

xxiv
les liens de famille et la convivialité qui sont des valeurs propres à
l’Afrique, il s’agit de Elvire JIOTSA, Dr Marie NYANGE NDAMBO, Nelly
NGUDIE, Roland Jacks ÉKILA, Dr Jean-Bosco MBAGOU, Armand Yvon
MENGOME ANGO, Lambert ONDO NDONG, Dr Papy Claude BOLIALE
BOLALUEMBE, Dr Tolérant LUBALEGA, feu Florent KANGUEJA et les
autres. Les relations entretenues avec chacun de vous et les multiples
marques de sympathie apportées lors des épreuves difficiles ont contribué
à façonner la personne que je suis.

À mes condisciples de l’IRAF, Corinne Coretta OYE ANDA, Dr Sandrine

Mariella BAYENDI LOUDIT, Myrianne Flore ANDEIME EYENE, Ernest
ABAGA OBIANG, Hendrix MBENG, tous du laboratoire de protection des
végétaux, à Mireille KOUMBA, épouse MBOUMBA du laboratoire
d'hydrobiologie et d'ichtyologie, Natacha EFFOUA TOMO du laboratoire de
zootechnie et les autres. La bonne ambiance et les marques de soutien
témoignées par les uns et les autres ont contribué à me stimuler dans le
travail et à ne pas abandonner, car Dieu seul sait combien de fois l’idée
de tout lâcher m’a maintes fois traversé l’esprit, simplement merci.

À mes compatriotes à Québec, Élise EKEMEYONG MEYÉ, Jean Claude

NYAMA, Tancrède ROPIVIA, Michel NKA ETOMO, Christian LOUEMBÉ
ONGUELÉ, Antona BAKITA, Dr Jacob HOMBAYA, Dr Bernard SEGNA, Dr
Grégoire NDOLLY et les autres. Merci pour les moments de convivialité
partagés et qui m’ont fait oublier le stress que nous vivions entre les
quatre murs des résidences universitaires.

Au staff dirigeant de l’ENEF-Gabon, le Dr NKOUMAKALI Bruno (Directeur

Général de l’ENEF), le Dr LIWOUWOU Jean Félicien (Directeur des Études
de l’ENEF), NZIENGUI Geovanne Aymar (Chef de Département Sciences

xxv
Fondamentales par Intérim), merci de m’avoir couvert sur le plan
administratif, durant le séjour du dépôt de cette thèse.

À mes collègues du MINEF, KOMBILA Marius, MANEMBÉ Serge Morel, MBA

ENGONE Claude et MAPAGA Delphin pour les soutiens multiformes
apportés et qui ont facilité l’aboutissement de cette recherche.

Mes remerciements à mes amies, avec qui j’ai partagé mes joies et mes
malheurs, MANOMBA BOUSSOUGOU épouse IBOUANGA (Gabon), Nirisoa
RAHERINAINA (Québec), Véronique POUABOU (Gabon), Nathalie
BOULOUDI épouse KIBADI (Gabon), sans votre soutien moral, l’issue
n’aurait peut-être pas été celle-là.

À mon grand frère Jules MBOMBÉ SAMAKI, qui m’a épaulé durant mon
stage au CIRMF, tes précieux conseils et tes soutiens multiformes ont
contribué largement à mon épanouissement, simplement : « diboty di
neni1 ».

À Mike Jocelyn Zacharie FOURY NZOUBOU, merci de ton amour

inconditionnel, ton soutien moral et financier incessant depuis décembre
2015 car tu as stimulé mon combat pour la finalisation de cette thèse.

Enfin, je viens remercier solennellement tous mes parents pour le soutien

continuel, l’amour et les encouragements témoignés au quotidien dans
toutes les épreuves traversées tout au long de ma vie.

1
Grand merci en langue punu du Gabon

xxvi
AVANT-PROPOS

Cette thèse avec insertions d’articles a été réalisée dans le cadre de la

formation des formateurs de l’École Nationale des Eaux et Forêts (ENEF)
du Gabon, appuyée par le Réseau des Institutions de Formations
Forestières des États de l’Afrique Centrale (RIFFEAC), financée par le
Projet d’appui à la Formation des Formateurs en Gestion des Ressources
Naturelles dans le Bassin du Congo (FOGRN-BC), exécuté par l’Université
Laval et financé lui-même par les Affaires Mondiales Canada (AMC),
anciennement Ministère des Affaires Étrangères, du Commerce et du
Développement Canada (MAECD Canada).

Le sujet de recherche qui s’inscrit en grande partie dans la discipline de

Pathologie Forestière fait partie des spécialités ciblées par le projet
FOGRN-BC. La thématique abordée a été inspirée des enseignements
reçus au niveau Baccalauréat, plus précisément au cours de Botanique -
Systématique de la section Ingénieur des Techniques des Eaux et Forêts
à l’ENEF – Gabon. Au cours de ces enseignements, le Professeur MINTSA
Edouard rappelait que : « les arbres d’Alep (Desbordesia glaucescens)
étaient toujours creux et pourris et que la plupart du temps, les arbres de
cette essence n’étaient plus soutenus que par leurs contreforts ». Cette
assertion du Professeur MINTSA a été décisive pour le choix de l’étude
des champignons de carie. L’association des autres essences à l’étude
n’aurait pu se faire sans le concours des techniciens de terrain et de leurs
connaissances des écosystèmes forestiers et associations forestières.
L’association du Béli (Julbernardia bifoliolata) et du Sorro
(Scyphocephalium ochocoa) à l’étude des champignons de caries a été
proposée par Paulin NSO NKA de la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB)

xxvii
à Bambidie. Selon ce dernier, l’Alep, le Sorro et le Béli partagent le même
habitat et présentent également des caries apparentes.

Les travaux présentés dans cette thèse ont été réalisés sous la direction
de Louis BERNIER, Professeur titulaire au Département des sciences du
bois et de la forêt de l’Université Laval. Le Professeur Auguste
NDOUTOUME, de l’IRAF et le Docteur Jean BÉRUBÉ du Service Canadien
des Forêts ont assuré la codirection.

Cette thèse comporte quatre (4) chapitres qui sont des articles
représentant des chapitres rédigés sous forme de manuscrits
scientifiques. Ces articles dont je suis l’auteure principale seront soumis
dans des revues scientifiques différentes. Les coauteurs dans les quatre
(4) articles sont Louis BERNIER, Jean BÉRUBÉ et Auguste NDOUTOUME.

La collecte et le traitement des échantillons (carottes des arbres et

basidiomes de champignons), les extractions d’ADN, les analyses
biomoléculaires (PCR, électrophorèses, séquençage), le traitement et
l’analyse des séquences d’ADN (traitement des séquences sur Mothur,
reconstruction des arbres phylogénétiques sur MEGA5, MAGA6 et MEGA
X), la soumission des séquences dans GenBank, la culture des
champignons sur milieux gélosés, les tests microbiologiques sur les blocs
de bois, l’Analyse de variance (ANOVA) sur SAS, l’interprétation des
résultats et la rédaction des articles ont été réalisés par Inès Nelly
MOUSSAVOU BOUSSOUGOU, sous la supervision de Louis BERNIER, Jean
BÉRUBÉ et Auguste NDOUTOUME. Ces derniers ont largement contribué
à travers les corrections successives. La caractérisation granulométrique
des sols a été faite en utilisant la méthode de la pipette de Robinson par
le Dr Maurice OGNALAGA de l’Institut National Supérieur d’Agronomie et
de Biotechnologies (INSAB).
xxviii
Le premier article (chapitre 1) a fait l’objet d’une première soumission
dans Comptes rendus Biologies en juillet 2016. En juillet 2017, n’ayant
pas obtenu de réponse de l’éditeur, nous l’avons retiré pour soumission
future dans une revue spécialisée. Une version anglaise du chapitre sera
proposée à la soumission dans la revue Forest Pathology, sous la
référence : MOUSSAVOU BOUSSOUGOU, I. N., BÉRUBÉ, J., NDOUTOUME,
A., & BERNIER, L. (2019). Diversity of polypore fungi associated with
decay in Beli (Julbernardia bifoliolata) trees in Gabon.

Une version anglaise du deuxième article (chapitre 2) sera soumise à

Fungal Ecology, sous la référence : MOUSSAVOU BOUSSOUGOU, I. N.,
NDOUTOUME, A., BERNIER, L., & BÉRUBÉ J. (2019). Diversity of
endophytic fungi of Beli, Alep and Sorro tree species in southeastern
forests of Gabon.

Une version anglaise du troisième article (chapitre 3) sera soumise à

Fungal Diversity, sous la référence : MOUSSAVOU BOUSSOUGOU, I. N.,
BÉRUBÉ, J., & NDOUTOUME, A., BERNIER, L., (2019). Diversity of
polypore fungi associated with logs of Beli (Julbernardia bifoliolata), Alep
(Desbordesia glaucescens) and Sorro (Scyphocephalium ochocoa) in
southeastern forests of Gabon.

Une version antérieure du quatrième article (chapitre 4) avait été

proposée à la soumission dans International Biodeterioration and
Biodegradation (IBB) en 2017 qui a interrompu les échanges pour des
raisons inconnues. Une version remaniée sera soumise dans la revue
Holzforschung, sous la référence : MOUSSAVOU BOUSSOUGOU, I. N.,
BERNIER, L., NDOUTOUME, A., BÉRUBÉ J. (2019). Degradation activity
of decay fungi on Beli (Julbernardia bifoliolata), Alep (Desbordesia
glaucescens) and Sorro (Scyphocephalium ochocoa) wood blocks.
xxix
INTRODUCTION

1. Contexte et problématique

Ces travaux de recherche s’inscrivent dans un vaste projet mis en place

dans le cadre du Réseau des Institutions de Formation Forestière et
Environnementale de l’Afrique Centrale (RIFFEAC). Ce dernier a pour rôle
central de mettre en place des pôles régionaux de spécialisation dans le
cadre de la formation dans les écoles forestières du Bassin du Congo. Ces
orientations proviennent de la Commission des forêts d’Afrique Centrale
(COMIFAC) et ont pour but de former des personnels capables de
répondre aux nouvelles exigences de la gestion durable des forêts du
bassin du Congo. Il s’agit principalement de répondre aux trois (3) axes
transversaux du Plan de convergence de la COMIFAC 2015 – 2025
adoptés en conseil des Ministres de la COMIFAC à savoir (COMIFAC
2014) : i) la Formation et renforcement des capacités; ii) la recherche-
développement; et iii) la Communication, la sensibilisation, l’information
et l’éducation. La formation des formateurs des institutions de formation
forestières a été entreprise par le Projet d’appui à la Formation en Gestion
des Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo (FOGRN-BC) exécuté
par l’Université Laval au Canada et financé par Affaires Mondiales Canada
(anciennement Ministère des Affaires Étrangères, du Commerce et du
Développement Canada). Ce premier projet FOGRN-BC a pris fin en
Décembre 2013 et a fait place à un autre appelé projet d’appui au
Programme Élargi de Formation en Gestion des Ressources Naturelles
dans le Bassin du Congo (PEFOGRN-BC), financé par le Fonds pour les
Forêts du Bassin du Congo (FFBC) administré par la Banque Africaine de
Développement (BAD). Le projet PEFOGRN-BC a été exécuté par le
RIFFEAC de 2011 à 2014 et l’Université ainsi que le

1
Centre d'enseignement et de recherche en foresterie de Sainte-Foy inc.
(CERFO) ont agi comme agences techniques de mise en œuvre du projet
respectivement pour les volets universitaire et technique.

Parmi les pôles régionaux de spécialisation, la pathologie forestière avait

été retenue dans le cas du Gabon et le Cameroun. Ces recherches
s’inscrivent dans cette discipline et traitent des champignons endophytes
et ceux associés aux caries2 des arbres et du bois mort de Julbernardia
bifoliolata (Béli), Desbordesia glaucescens (Alep) et Scyphocephalium
ochocoa (Sorro) dans les Forêts du sud-est du Gabon.

Outre la pathologie forestière, ces travaux intègrent également la

mycologie et la microbiologie du bois. La pathologie forestière est une
sous-discipline de la phytopathologie; elle étudie les maladies des arbres
et les agents qui les causent, dans le but de les contrôler. La mycologie
est la science qui étudie les champignons. La microbiologie du bois, quant
à elle, désigne l’étude des microorganismes à l’instar des bactéries, des
champignons microscopiques, des protistes, etc., en relation avec les
maladies et les dégâts causés dans le bois. Dans notre étude, les espèces
forestières Béli, Alep et Sorro sont affectées par les caries des arbres. Ces
essences avec un diamètre exploitable sont observables en abondance
dans les peuplements résiduels après coupe. Aussi, les agents de caries
du bois sont en majorité des champignons et, parmi ces derniers, les
polypores sont observés de façon récurrente sur les arbres.

2
La carie du bois est une décomposition enzymatique des cellules et tissus du bois
causée par les champignons lignivores. Cette décomposition entraine une modification
de la texture, couleur et résistance du bois; le bois ainsi carié perd ses propriétés
physiques et chimiques ainsi que sa masse.

2
Au Gabon, les recherches sur les caries des essences exotiques en
plantations comme l’hévéa ont déjà été entreprises (Guyot, 1997). Les
travaux de recherche réalisés sur les champignons en général concernent
les travaux de thèses de doctorat sur les champignons comestibles dans
le nord du Gabon (Eyi Ndong, 2009) et ceux saprophytes traitant de
l'étude de la diversité taxonomique et écologique des polypores
(Yombiyeni, 2014). Le domaine de la microbiologie du bois au Gabon est
un domaine vierge et des recherches devraient être entreprises compte
tenu du secteur de la transformation du bois qui prend de l’ampleur dans
ce pays.

L’exploitation du bois au Gabon est l’activité économique la plus

importante après celle pétrolière. D’après les informations contenues
dans le tableau de bord de l’économie (Direction Générale de l'Économie
et de la Politique Fiscale, 2015), la décision gouvernementale du 5
novembre 2009 d’interdire l’exportation du bois sous forme de grumes, a
permis d’accroitre le nombre d’entreprises de transformation locales.
Ainsi, entre 2011 et 2013, la croissance moyenne annuelle de la
production enregistrée par les industries du bois était 11,6 %. En 2014,
l’augmentation de la production des industries de transformation du bois
a été de 11,1 %, soit 720 654 m3 de bois par rapport à l’année
précédente. En 2019, l’activité forestière a été en hausse. La production
du bois a augmenté de 5,7% par rapport à l’année précédente (Direction
Générale de l'Économie et de la Politique Fiscale, 2019); la production
industrielle en 2019 était de 1 134 109 m3. Cette augmentation est due à

3
la forte consommation du bois d’Okoumé (Aucoumea klaineana Pierre)3
plutôt que le bois divers4 affecté par le trafic scandaleux du Kévazingo
(Guibourtia tessmannii)5. Fort de cela, le gouvernement est favorable aux
recherches pour améliorer les pratiques en aménagement forestier afin
d’assurer la pérennité des ressources forestières. Les recherches en
foresterie couramment effectuées concernent la caractérisation
écologique des forêts, l’aménagement forestier, ainsi que des études sur
la biologie des principales essences forestières exploitées (Chaudhary et
al., 2016; Doucet, 2003; Fuhr et al., 1998; Medjibe et al., 2011;
Memiaghe et al., 2016; Sasaki et al., 2016). Les études sur les
pathologies des arbres ont souvent été limitées à l’essence commerciale
principale du Gabon, soit l’Okoumé (Aucoumea klaineana Pierre) (Deval,
1976). Cependant, comme tous les végétaux, les essences forestières
sont sujettes aux maladies. Le Gabon possède une soixantaine d’espèces
forestières indigènes qui font l’objet d’une exploitation intensive et pour
certaines de ces essences, les problèmes de caries ont souvent été
rapportés. Les relevés sur les ravageurs des arbres ont été effectués dès
1944 dans le cadre des recherches en sylviculture et amélioration
génétique du Centre Technique Forestier Tropical (CTFT) sur les plants
d’Okoumé en pépinière et en plantation (Grison, 1979). En milieu naturel,

3
L’Okoumé est l’essence principale exploitée au Gabon à cause de sa régénération
rapide. Cette essence est utilisée pour la fabrication du contreplaqué.

4
Bois Divers est un terme qui regroupe toutes les essences commerciales du Gabon
autre que l’Okoumé.

5
Kévazingo (Guibourtia Tessmannii) est une essence de la famille des Fabacées de forte
densité dont la commercialisation fait l’objet de trafics intenses au Gabon. Le prix du
mètre cube de cette essence varie entre 600 et 1800 Euros en fonction de la qualité du
bois.

4
aucune étude à proprement parler sur les champignons pathogènes des
essences commerciales du Gabon n’a été menée jusque-là.

Lors de l’exploitation du bois, les tiges affectées par la carie sont coupées
et abandonnées dans les parterres de coupe, ce qui crée un biais au
niveau des volumes estimés par les exploitants forestiers. Les caries sont
visibles également sur les souches après abattage sous forme de carie de
bois de cœur. Ce phénomène est très fréquent chez l’Alep, où les vieux
individus ne sont plus supportés que par les contreforts (White &
Abernethy, 1996). Les caries de cœur ont été également observées sur
les arbres de Béli de diamètre exploitable. Ces caries constituent une
source de pertes économiques (Schwarze & Jeffery, 2004).

Les caries du bois se définissent comme des décompositions

enzymatiques des parois des cellules du bois accompagnées de
changements plus ou moins prononcés dans les propriétés chimiques et
physiques du bois. Il est vrai que la carie détériore une partie de la
matière ligneuse potentiellement utilisable, mais c’est un processus
essentiel qui contribue au recyclage de la matière organique. Les caries
présentes sur les arbres vivants peuvent être occasionnées non
seulement par des champignons parasites (pathogènes), mais également
par des saprophytes. Ces derniers colonisent les tissus morts du bois,
notamment, les cellules du duramen et n’interfèrent pas dans la
croissance et le fonctionnement physiologique de l’arbre. Par contre,
lorsqu’elles sont causées par des champignons pathogènes lignivores,
elles affectent la physiologie de l’arbre en s’attaquant aux cellules du
cambium (tissus responsables de la croissance en diamètre) et peuvent
entrainer la mort des arbres (Dobbertin et al., 2001; Paolo et al., 2002).
La carie causée par des champignons pathogènes lignivores provoque des

5
réactions dans l’arbre caractéristiques de la présence d’une maladie dans
l’hôte et s’accompagne des signes et symptômes. Sur les arbres de Béli
debout, nous avons observé la présence de divers basidiomes de
champignons polypores. Outre les caries observées sur les arbres debout
au niveau du tronc, les arbres de Béli sont souvent impliqués dans les
chablis en forêt. Les racines des arbres renversés par le vent sont cariées.
Les attaques racinaires des arbres sont généralement l’œuvre des
pourridiés. Ces derniers sont causés par des champignons parasites.
Toutefois, les basidiomes de champignons étaient difficilement
observables sur les essences d’Alep et de Sorro. C’est ainsi que dans le
chapitre 1 de cette thèse, nous nous sommes intéressés à la diversité de
champignons polypores associés à la carie des arbres de Béli (Julbernardia
bifoliolata) sur pied. Cependant, la plupart des champignons de la famille
des Polyporacées peuvent vivre à l’intérieur de l’arbre sans produire des
carpophores (Annesi et al., 2003). Les champignons sont présents dans
l’arbre sous forme d’hyphes et fructifient difficilement. La deuxième
méthode utilisée consistait à prélever des carottes de bois sur des arbres
présentant des signes de carie pour échantillonner les champignons
compte tenu de la rareté des basidiomes chez l’Alep et le Sorro pour
l’amplification d’ADN de champignons extrait à l’aide d’amorces
universelles de champignons. Cette méthode nous a permis d’obtenir la
flore endophytique diversifiée des essences à l’étude constituant ainsi le
chapitre 2 de cette thèse. Ce volet de recherche traitait de la diversité de
champignons endophytes chez les essences J. bifoliolata, D. glaucescens
et S. ochocoa.

L’origine des basidiomes de champignons présents sur le bois abattu peut

provenir d’hyphes latents présents dans le bois d’aubier (Boddy, 2001).
Selon cette dernière, les champignons présents à l’état de latence
6
peuvent faire partie du premier cortège de champignons une fois les
essences abattues. Ainsi, l’identification des champignons polypores a été
faite à partir des basidiomes récoltés sur les essences d’arbres debout
d’une part et d’autre part sur les grumes (coursons de trois mètres de
longueur) coupées et déposées le long des chemins forestiers pour les
champignons de carie du bois. Dans ce chapitre 3, il s’est donc agi
d’observer la diversité des champignons polypores associés à la
décomposition des coursons de bois des essences de Béli, d’Alep et de
Sorro.

Par la suite, pour tester la capacité à dégrader les cellules du bois des
champignons polypores associés à la carie des arbres sur pied, nous avons
observé en laboratoire l’activité de dégradation du bois par des
champignons de carie à travers le chapitre 4 : Activité de dégradation de
quatre champignons de carie sur des blocs de bois de Béli (J. bifoliolata),
d’Alep (D. glaucescens) et de Sorro (S. ochocoa).

L’identification morphologique des espèces chez les champignons

forestiers peut se faire par des clés de détermination des espèces
développées par des chercheurs et mycologues. Ces dernières font appel
à une série de critères descriptifs (Boulet, 2003). Cependant pour les
amateurs, les clés d’identification morphologiques peuvent être difficiles
à maîtriser et engendrer des erreurs d’identification entre des espèces qui
présentent les mêmes caractéristiques. Il existe donc des limites aux
techniques d’identification classique. Pour éviter les erreurs, il est possible
de coupler l’identification morphologique à l’identification moléculaire.
Ainsi, pour éviter les pertes de temps dans nos recherches, les techniques
d’identification biomoléculaires ont été adoptées pour la détermination
des espèces de champignons. L’identification des champignons

7
responsables de carie du bois par les méthodes morphologiques nécessite
la présence de la fructification du champignon. Or, il n’est pas toujours
évident d’observer la présence de basidiomes. Aussi, les outils de biologie
moléculaire sont de plus en plus utilisés et permettent une meilleure
fiabilité des résultats d’identification.

2. Cadre de l’étude

2.1. Localisation géographique du Gabon

Le Gabon est un petit pays forestier du Bassin du Congo, qui couvre une
superficie de 267 667 km². La superficie forestière est estimée à 23,6335
millions d’ha (88,3 %) de la superficie totale du pays (Sannier, 2014). Il
est traversé par l’Équateur et est géographiquement localisé entre 8°50'
E — 14°50' E et 2° N — 3° 50' 1" S (système WGS 84). Il est bordé par
l’océan Atlantique à l’Ouest et possède des frontières communes avec le
Cameroun et la Guinée – Équatoriale au Nord, puis le Congo-Brazzaville
à l’Est et au Sud (Fig. 1). Il possède plusieurs cours d’eau dont le plus
long est le fleuve Ogooué, suivi des fleuves Nyanga, Ivindo, Ngounié et
Komo. À cause de la grande diversité floristique et faunique existante au
Gabon, le gouvernement a érigé 10 % de la superficie de son territoire en
parcs nationaux. Le Gabon possède treize parcs nationaux gérés par
l’Agence Nationale des Parcs Nationaux (ANPN). Sur la base de la
présentation d'un dossier technique, l’ANPN peut autoriser à l’intérieur
des parcs, les activités de recherche scientifique, les activités
d'exploitation à des fins touristiques, la circulation d'engins à moteur et
l'atterrissage d'aéronefs, l'abattage et la capture d'animaux, la
destruction et la collecte de plantes et de minéraux, les travaux de

8
terrassement ou constructions nécessaires à la gestion d'un parc national
ainsi qu'aux activités touristiques, culturelles, d'éducation ou de
recherche après étude d'impact environnemental (Direction des
Publications Officelles, 2007).

9
Figure 1 Localisation géographique du Gabon.

10
 2.2. Climat, relief et types de sols

Le climat du Gabon est de type équatorial, il est chaud et humide, avec

une moyenne de précipitation de 2 897 mm de pluies et 25,9 °C de
moyenne thermique annuelle (Drouineau & Nasi, 1999). On reconnait au
Gabon l’existence de quatre saisons distinctes et alternées, dont deux
saisons de pluies et deux saisons sèches. La grande saison sèche survient
entre juin et septembre, suivie de la petite saison sèche entre décembre
et janvier (Doucet, 2003). Toutefois, les rythmes de saisons (saison sèche
versus saison des pluies) varient de façon régionale avec des variations
spatiales nord, centre et sud-ouest du pays (Drouineau & Nasi, 1999).

On distingue trois grands ensembles géomorphologiques au Gabon, soit

les plaines côtières représentées par le bassin sédimentaire côtier, les
plateaux représentés par les plateaux du Nord et les plateaux Batékés du
Sud-Est et les montagnes qui séparent les deux derniers et représentées
par les monts de Cristal au Nord-ouest, le mont Mayombe et Massif du
Chaillu au Sud (Drouineau & Nasi, 1999). Le bassin sédimentaire est
composé de sédiments côtiers allant du Primaire au Néogène déposé sur
un socle Précambrien-Archéen (Drouineau & Nasi, 1999). Les plateaux
Batékés, également composés de sédiments, sont constitués de grès et
sables continentaux formés au Tertiaire. Les plateaux du Nord situés dans
le Woleu-Ntem sont constitués par la formation d’une vaste pénéplaine
avec l’affleurement du vieux socle Précambrien-Archéen à l’Est. On
retrouve également un dépôt de sédiments du Protérozoïque dans la
vallée de l’Ogooué et la Nyanga. Sur le bord Ouest du socle Précambrien-
Archéen, on retrouve les reliefs des monts de Cristal. Dans le Sud-ouest,
on retrouve le Massif du Chaillu, le mont Mayombe et les monts Ikoukou
qui ont un socle de type cristallin ou sédimentaire.

11
Sur le plan pédologique, le bassin sédimentaire possède des sols sableux,
acides et pauvres chimiquement avec des conditions xériques pendant la
saison sèche. Sur les plateaux du Nord-est, on retrouve des sols profonds
avec une forte teneur en argile, mais qualifiés de pauvres. Sur les
plateaux Batékés, la texture du sol est également sableuse. Dans le Sud-
ouest, à cause de l’érosion des sols des monts Ikoukou, les sols sont de
type sédimentaire schisto-gréseuse. Ces sols sont qualifiés de profonds
et fertiles à cause de l’abondance des argiles et des limons fins dus au
relief marqué (Drouineau & Nasi, 1999).

2.3. Végétation et essences étudiées

2.3.1. Végétation

Parmi les régions phytogéographiques de l’Afrique décrites par Monod en

1957 et Troupin en 1966, le Gabon est situé dans la région Guinéo-
Congolaise, caractérisée par une forêt Ombrophile aux espèces
sempervirentes et semi-caducifoliées (De Namur, 1990). Selon ce
dernier, cette région est composée de forêts denses avec plusieurs
variantes et de savanes. On retrouve la Forêt Dense Humide
Sempervirente (FDHS), également qualifiée de Forêt Ombrophile Guinéo-
Congolaise Sempervirente Littorale Hygrophile (White, 1986). Cette forêt
est dominée par les essences de la famille des Césalpiniacées, une
association des essences Saccoglottis gabonensis et Aucoumea klaineana
(De Namur, 1990). Outre la FDHS, on trouve la Forêt Dense Humide
Semi-Décidue (FDHSD) ou Semi-Caducifoliée (FDHSC) dans le Nord-est
du Gabon et ayant comme essences caractéristiques Triplochiton
scleroxylon ou Terminalia superba. Ensuite, on rencontre les futaies

12
claires avec de grands arbres au sous-bois composé de plantes rameuses
des familles des Marantacées et des Zingibéracées, la forêt inondée avec
des essences aux racines échasses ainsi que des palmiers grimpants
appartenant aux genres Ancistrophyllum, Eremospalha et Calamus. Enfin,
les formations de savanes qui sont rencontrées dans la zone côtière et
dans les forêts sous forme d’enclaves. Cette classification des forêts est
proche de celle faite par Maley (1990). Ce dernier reconnait deux grands
ensembles, les forêts sempervirentes et les forêts semi-caducifoliées.
Cette classification non stricte souffre de l’hétérogénéité des espèces
floristiques présentes et, de ce fait, la caractérisation des forêts a été
réaménagée et basée sur la dominance des espèces forestières. Selon
Maley (1990), on retrouve la forêt sempervirente à Gilbertiodendron
dewevrei, la forêt littorale à Lophira alata, la forêt à Okoumé (Aucoumea
klaineana), ainsi que les formations forestières clairsemées à
Marantaceae et Zingiberaceae.

Les espèces forestières sont reliées à des environnements spécifiques

(vallées, montagnes, régions côtières, etc.). Les types forestiers existants
au Gabon peuvent être différenciés selon les reliefs (monts de Cristal,
mont du Chaillu, etc.). En partant de l’océan atlantique, on reconnait les
forêts littorales, orientales et continentales (Senterre, 2005). Selon ce
dernier, les grands ensembles forestiers existants sont les forêts
littorales, orientales, les forêts sous influence littorale et/ou orientale, les
forêts continentales et les forêts submontagnardes.

La forêt gabonaise est placée dans le centre d’endémisme Guinéo-

Congolais (White, 1986) et renferme les refuges pour des xérophytes et
des orophytes (Reitsma et al., 1992).

13
La caractérisation des forêts a été également faite sur la base de la
dynamique et de l’évolution des forêts dans le temps. Les changements
climatiques et les pressions anthropiques provoquent une colonisation des
espaces (savanes et jachères) par des essences forestières où on assiste
à l’accroissement des espaces boisés (Maley, 1990; White & Abernethy,
1996). Dans l’ouvrage de White et Abernethy (1996), outre les bosquets,
les savanes et les forêts-galeries, on distingue trois types de forêts : la
forêt jeune, la forêt à Marantacées ou forêt secondaire et la forêt mature.
La forêt jeune résulte de la colonisation des espaces ouverts et des
savanes. Elle est caractérisée par la présence de jeunes peuplements de
trois essences en particulier, soit l’Okoumé (Aucoumea klaineana),
l’Azobé (Lophira alata) et l’Ozouga (Sacoglotis gabonensis). La forêt à
Marantacées ou forêt Secondaire est caractérisée, quant à elle, par la
présence au sol d’une végétation d’herbacées composées principalement
des espèces de la famille des Marantacées et de Zingibéracées. Les
nouvelles espèces résultant de la colonisation des forêts jeunes
permettent le changement du couvert forestier. Enfin, la forêt mature est
la résultante du changement du couvert forestier qui se densifie et ayant
entrainé la disparition progressive de la végétation herbacée. Elle est
caractérisée par un sous-bois clair et une végétation classique de forêt
pluviale composée de plusieurs espèces forestières avec un couvert
forestier formant des mosaïques. Les arbres sont particulièrement grands
et ont de gros diamètres. Par exemple, l’Azobé est une essence qui peut
atteindre 60 m de hauteur et 150 cm de diamètre et l’essence Guibourtia
tessmannii (Kévazingo) qui fait l’objet de fortes convoitises et vendue au
marché noir peut atteindre plus de 2 m de diamètre (White & Abernethy,
1996).

14
 2.3.2. Essences forestières étudiées

Les essences forestières Julbernadia bifoliolata, Desbordesia glaucescens

et Scyphocephalium ochocoa ont été largement décrites dans l’ouvrage
de White & Abernethy (1996). L’espèce D. glaucescens (Irvingiaceae) est
un arbre commun de la forêt à Marantacées. Selon White & Abernethy
(1996), ses fruits ailés sont dispersés par le vent, l’écorce est pâle et
rugueuse et son houppier est particulièrement coloré. Les arbres de cette
espèce peuvent atteindre des hauteurs de 50 mètres et sont pourvus de
contreforts spectaculaires et minces. Les grumes servent de buses à
cause du cœur attaqué et rongé par les champignons de carie. L’espèce
S. ochocoa (Myristicaceae) est un arbre de la forêt mature pouvant
atteindre deux mètres de diamètre et 35 mètres de hauteur. Elle est
également pourvue de hauts contreforts. Son écorce est rouge foncé et
tachetée de lichens pâles, qui se desquame en écailles. L’espèce J.
bifoliolata (Cesalpiniaceae) est un grand arbre de la forêt Mature avec des
hauteurs de près de 40 mètres. Son écorce mince et lisse est très
appréciée des écureuils volants qui s’en nourrissent. Cette espèce est
également pourvue de contreforts minces. Le fruit est une gousse
déhiscente qui projette des graines à une vingtaine de mètres. Le bois a
une couleur jaunâtre pâle avec des grains brun sombre. Les essences de
Béli sont dominantes dans la localisation des gites pour les anomalures
(Anomalurus spp.) à cause de la présence de carie des arbres (Julliot et
al., 1998).

15
3. Revue de littérature

3.1. Introduction

Le bois possède plusieurs rôles, celui de support ou soutien mécanique de

l’arbre, de transport de la sève brute et de stockage des réserves des
arbres. Il comprend trois principaux composés qui sont la lignine, la
cellulose et les hémicelluloses. C’est le premier composé, la lignine qui
confère au bois sa rigidité et qui permet à l’arbre de renforcer sa
résistance face aux agents de dégradation du bois. De point de vue
chimique, la lignine possède trois unités de monomères, l’Hydroxyphényl,
la guaïacyle et la syringyle. La guaïacyle et la syringyle sont les
monomères principaux (Higuchi et al., 1977; Ros et al., 2007; Schwarze
& Jeffery, 2004). Les conifères contiennent presque exclusivement la
lignine guaïacyle tandis que les feuillus contiennent les deux types de
lignine guaïacyle et syringyle. La cellulose est le principal composant du
bois, c’est un polysaccharide constitué de chaines de glucose. Tout
comme la cellulose, les hémicelluloses composent également les parois
des cellules du bois, et contiennent d’autres monomères de sucres comme
les xyloses, mannoses ou galactoses.

La dégradation du bois est un processus conduisant à un changement non

attendu des propriétés physiques et mécaniques du bois. Elle est causée
aussi bien par des agents abiotiques (conditions climatiques), que
biotiques (microorganismes). Au sein des arbres vivants attaqués par les
agents de dégradation, les fonctions physiologiques de l’arbre peuvent se
trouver affectées. De même, le bois en tant que matériau devient
inutilisable. Par ailleurs, les composés du bois étant dégradés, on assiste
souvent à une délignification des tissus du bois.

16
La délignification est une disparition de la lignine au sein des tissus du
bois. C’est un processus qui peut se faire de façon volontaire à l’aide des
produits chimiques industriels, par exemple lors de la fabrication des
pâtes à papier. Elle peut également se faire de façon naturelle grâce aux
enzymes des organismes vivants comme les champignons.

Les régions tropicales sont caractérisées par une grande diversité

faunique et floristique. Les champignons qui sont des agents biotiques de
dégradation du bois sont abondants dans ces régions. Les conditions
climatiques sont également favorables à la dégradation des bois en région
tropicale.

3.2. Les agents abiotiques de dégradation du bois en région

tropicale

Le bois exposé aux agents atmosphériques subit plusieurs types de

dommages, parmi lesquels, la décoloration des bois, la dégradation
photochimique, le lessivage des produits solubles du bois et des
dommages mécaniques liés à l’humidification et au séchage alterné des
bois (Zabel & Morrell, 1992). Ces agents abiotiques sont responsables de
la détérioration des grumes et des produits du bois, ils favorisent
également la colonisation par les agents de dégradation biotique. La
dégradation par les agents abiotiques altère principalement la valeur
esthétique des bois, d’où la nécessité de les protéger par des produits de
préservation.

17
Les bois des essences tropicales exposés à la lumière du soleil subissent
une dégradation photochimique. Les travaux de recherche des effets de
la lumière sur le bois ont montré que la lumière du soleil provoque un
changement de couleur du bois (Baar & Gryc, 2012; Tolvaj et al., 2011).
La surface des bois exposée à lumière devenait foncée dès les premières
heures d’exposition (Baar & Gryc, 2012). La lumière agit également sur
la lignine et les extractibles du bois (Sudiyani et al., 2003; Yamauchi et
al., 2004). Selon Yamauchi et al. (2004), l’action de la lumière combinée
à celle de la pluie provoque une fracture des groupes phényle par la
lumière et la lixiviation des produits dépolymérisés.

La température également a une influence sur la dégradation des bois en

forêt tropicale. Les travaux de recherche de Chambers et al. (2000) ont
montré une forte corrélation entre la température moyenne annuelle et le
taux de décomposition des gros débris ligneux des essences tropicales.
Toutefois, l’influence de la température dans la détérioration des bois est
également reliée à la nécessité de ce facteur dans les processus
biologiques.

Les champignons Basidiomycètes utilisent l’oxygène de l’air en milieu

terrestre pour dégrader le bois. Par contre dans les bois immergés,
saturés en eau il y a peu d’oxygène disponible. Ces bois exposés aux
conditions d’humidité sont généralement dégradés par les champignons
de caries molles. Les bactéries font également partie des agents qui
dégradent le bois saturé en eau.

18
 3.3. Les agents biotiques de dégradation du bois en région
tropicale

La dégradation des bois est causée par plusieurs agents, dont les
bactéries, les insectes et les champignons. Durant le processus de carie,
les champignons cohabitent dans le bois avec les insectes, les nématodes,
les bactéries, les protozoaires et même les algues et les mousses (Zabel
& Morrell, 1992).

Les attaques par les bactéries ont lieu essentiellement dans les milieux
humides ou durant le transport des grumes par voies maritime et fluviale
(Singh et al., 1987; Williams & Amburgey, 1987).

Les attaques dues aux insectes en régions tropicales se font aussi bien
sur les arbres vivants que sur les grumes ou bois morts. Plusieurs familles
d’insectes ont été recensées dans les plantations tropicales africaines. Il
s’agit par exemple des Acridiens, Bostryches, Cérambycidés, Coléoptères,
Gryllidés, Hémiptères, Lépidoptères, Platypodidés, Psylles, Scolytidés,
Ténébrionidés et Termites (Isoptères) (Brunck, 1965). Selon ce dernier,
les animaux ne sont pas en reste et participent également dans la
dégradation des arbres debout. Parmi les espèces impliquées, on retrouve
les antilopes, buffles, éléphants, rongeurs et singes.

Les champignons jouent un rôle majeur et sont considérés comme les

agents les plus importants dans le processus de dégradation du bois. Les
champignons adoptent deux principales stratégies de nutrition lors de la
dégradation des bois, ils sont parasites (ou pathogènes) et/ou
saprophytes. Outre ces deux stratégies, les champignons adoptent une
attitude symbiotique où le champignon et son hôte tirent des bénéfices
mutuels. Les champignons pathogènes (parasites) sont capables

19
d’attaquer les tissus vivants. Les champignons saprophytes dégradent le
bois sur les substrats non vivants comme le bois mort et les bois de
duramen composé de cellules mortes.

Dans la classification des champignons, l’embranchement des

Basidiomycota (phylum) est très hétérogène, il regroupe des espèces
affichant une diversité de formes et de tailles. Les champignons du
phylum Basidiomycota impliqués dans la décomposition du bois
appartiennent aux ordres des Agaricales (champignons pourvus de
chapeaux à lamelles), Aphyllophorales (champignons dépourvus de
lames) et Tremellales (champignons globuleux à ellipsoïdes avec des
cloisons verticales ou diagonales) (Gilbertson, 1980). Selon ce dernier,
les champignons appartenant aux deux premiers ordres sont souvent
retrouvés sur les arbres vivants. Parmi les espèces de l’ordre des
Aphyllophorales, on retrouve les champignons polypores souvent
impliqués dans le processus de carie du bois. Ces champignons dont le
nombre est estimé à 25 000 espèces (Zjawiony, 2004) sont répandus sur
l’ensemble de la planète (Hawksworth, 2001). Les polypores sont pourvus
de pores ou tubes au niveau de l’hyménophore. Ils appartiennent à la
classe des Agaricomycètes (Fig. 2) et sont disséminés au sein des ordres
des Corticiales, Gloeophyllales, Hymenochaetales, Polyporales,
Russulales et Thelephorales (Gibertoni, 2009; Hibbett et al., 2007).
Plusieurs études sur les champignons polypores en région tropicale ont
été menées. Les travaux de Ryvarden and Johansen (1980) sur les
polypores de l’est de l’Afrique ont permis de recenser les polypores
appartenant à quatre principales familles à l’instar des Corticiaceae,
Ganodermataceae, Hymenochaetaceae et Polyporaceae. Toutefois, très
peu d’études sur les espèces appartenant à ces familles ont été réalisées
au Gabon et dans le Bassin du Congo.
20
Figure 2 Classification et phylogénie des Basidiomycètes (Extrait de
Hibbett et al. (2007)) : classe des Agaricomycètes

21
 3.4. Les types de caries du bois

Il existe trois types de caries du bois causées par les champignons, soit
les caries molles, les caries blanches et les caries brunes. Ces caries se
distinguent par le type de composé du bois qu’elles affectent et l’aspect
qu’elles provoquent sur le bois lors de la dégradation ainsi que par les
organismes en cause (notamment leur arsenal d’enzymes capables de
dégrader le complexe lignocellulosique).

Les caries molles, observables en milieux humides, sont causées en

grande partie par des Deutéromycètes6. Il s’agit des bois en contact direct
avec le sol ou des bois immergés. Les champignons de caries molles
dégradent plus particulièrement la cellulose du bois et causent de faibles
dégradations de la lignine (Schwarze & Jeffery, 2004). Sur le bois, on
observe des tunnels de formes angulaires dont les ouvertures sont en
forme de V ou de diamant dans le bois (Schwarze & Jeffery, 2004; Worrall
et al., 1997).

Les caries blanches, tout comme les caries brunes, sont causées en
majorité par les champignons du phylum Basidiomycota. Ceux causant
les caries blanches dégradent particulièrement la lignine, tandis que la
cellulose et l’hémicellulose sont dégradées faiblement dans les mêmes
proportions (Blanchette, 1991; Highley & Dashek, 1998; Tuor et al.,
1995). Le bois prend une texture fibreuse et une couleur pâle (Highley &
Dashek, 1998). Les caries blanches sont causées également par certains

6
Les Deutéromycètes ne constituent pas un groupe naturel. Il s’agit d’un pseudo-
embranchement qui n’est plus reconnu dans la taxonomie moderne. Les données
moléculaires démontrent que la majorité des Deutéromycètes sont en fait des
Ascomycètes.

22
champignons du phylum Ascomycota comme ceux appartenant à l’ordre
des Xylariales (Schwarze & Jeffery, 2004; Worrall et al., 1997). On
observe une récurrence de ce type de caries sur les arbres feuillus
(Schwarze & Jeffery, 2004; Tuor et al., 1995).

Contrairement aux champignons de caries blanches, ceux de caries

brunes dégradent la cellulose et l’hémicellulose en particulier et modifient
la structure de la lignine (Green & Highley, 1997; Highley & Dashek,
1998). Cela se traduit par une couleur beaucoup plus foncée du bois
accompagnée de perte de masse et de perte prononcée de résistance
mécanique du bois (Green & Highley, 1997). Le bois acquiert une texture
cubique qui se transforme en une masse pulvérulente brune (Grosclaude,
1993).

3.5. Les caries des arbres

Les caries des arbres changent d’appellation selon les parties de l’arbre
carié. On reconnait les caries racinaires, de la tige, de l’aubier et du cœur
de l’arbre.

➢ Les caries affectant les grosses racines des arbres : Ce sont des
maladies également connues sous le nom de pourridiés des arbres.
Celles-ci sont causées par des champignons pathogènes.
L’incidence des attaques par les pathogènes responsables de
pourridiés conduit à l’affaiblissement de l’hôte et à la mort de
l’arbre.
➢ Les caries de la tige ne sont autres que des dégradations du bois
situées au niveau de la tige des arbres.

23
 ➢ La carie de l’aubier est une carie située au niveau de l’aubier. Ce
dernier contient des cellules vivantes et les caries sont
généralement causées par des agents pathogènes.
➢ Les caries de cœur, comme leur nom l’indique, sont situées au
niveau du duramen. Les cellules du duramen n’étant pas actives,
les caries sont causées souvent par des champignons saprophytes.

3.6. Les caries sur les bois immergés

Les bois immergés connaissent également le phénomène de dégradation

des bois. En région tropicale, le stockage des grumes dans l’eau et le
transport des grumes par voie fluviale sont souvent utilisés. Les agents
de caries couramment rencontrés dans ces milieux sont les champignons
du phylum Ascomycota (incluant les espèces décrites comme
deutéromycètes) et les bactéries (Bucher et al., 2004; Kim & Singh, 2000;
Tsui et al., 2000). Les champignons causent des caries molles et tolèrent
l’humidité élevée, ainsi que l’absence d’oxygène (Kim & Singh, 2000).
Dans les milieux humides, on observe une diversité de champignons
marins associée aux caries du bois (Hyde & Goh, 1998; Tsui et al., 2000).
Des recherches réalisées en Australie dans les forêts tropicales ont permis
de recenser 15 espèces de champignons du phylum Ascomycota, 23
espèces de champignons du phylum Deuteromycota et une espèce
appartenant au phylum Basidiomycota (Hyde & Goh, 1998). Selon ces
derniers, les espèces dominantes étaient Candelabrum brocchiatum,
Trichocladium linderi, Canalisporium pulchrum, Pleurothecium
recurvatum et Helicosporium griseum. À Hong-kong, dans la baie de Tai
Ho, trente-trois espèces du phylum Ascomycota et vingt-deux espèces du
phylum Deutéromycota ont été identifiés, les plus récurrents étaient les

24
espèces Aniptodera chesapeakensis, Ascosalsum unicaudata, Lignincola
laevis, Lophiostoma bipolare et Neptunella longirostris. Plusieurs espèces
de champignons marins ont été observées à Singapour sur les essences
de palétuviers Avicenia (Tan et al., 1989). Ces derniers ont observé une
récurrence des champignons Halosarpheia retorquens, Lignincola laevis,
Didymosphaeria enalia, Lulworthia sp., Aigialus parvus, Aniptodera
marina et Halocyphina villosa. Les espèces Torula herbarum et Ophioceras
dolichostomum ont été rapportées comme étant capables de s’attaquer à
la lignine du bois au même titre que les espèces des champignons du
phylum Basidiomycota responsables de carie blanche (Bucher et al.,
2004).

3.7. La dégradation des grumes ou du bois mort par les

champignons

La dégradation du bois ayant commencé sur le bois des arbres debout par
les champignons pathogènes et saprophytes, elle continue de se faire sur
le bois abattu ou mort (Boddy, 2001). Selon cette dernière, la
décomposition du bois mort est initiée par les propagules pré existant
dans l’aubier du bois avant abattage ou encore par la colonisation du bois
par les spores ou les hyphes de champignons.

Les champignons saprophytes débarrassent la forêt des débris ligneux en

collaboration avec d’autres microorganismes (Blanchette, 1991; Frey et
al., 2003). Lors de la dégradation des débris ligneux, les éléments
minéraux sont recyclés dans le sol (Boddy & Watkinson, 1995). La
dégradation des grumes obtenues à partir des arbres fraichement coupés

25
est semblable à celle du bois mort provenant d’un arbre naturellement
mort (Lindhe & Lindelöw, 2004).

La colonisation des grumes pour la dégradation des bois peut dépendre

de plusieurs facteurs, dont l’humidité, l’âge ou le stade de décomposition
du bois. Le contact direct du bois avec le sol augmente la quantité en eau
disponible dans le substrat. L’humidité dans le bois fournit au champignon
l’eau dont il a besoin pour sa croissance. Un rondin en contact direct avec
le sol est favorable à la colonisation de ce dernier par les champignons
saprophytes (Busse, 1994; Lindblad, 1998). Schmit (2005) a observé que
des buches de bois plus jeunes étaient colonisées beaucoup plus par des
champignons saprophytes par rapport à des buches plus âgées. De
même, un bois présentant des caries moins apparentes hébergerait plus
d'espèces de champignons qu’un bois ayant des caries avancées
(Lindblad, 1998; Schmit, 2005).

Les régions tropicales recèlent une grande diversité d’espèces de

champignons polypores impliqués dans le processus de dégradation
(Lodge et al., 1995). Les données des études réalisées sur les
champignons saprophytes des bois en régions tropicales proviennent
notamment du bassin amazonien et des forêts de l’Asie. Ryvarden est l’un
des pionniers en matière de recherches sur les champignons saprophytes
en Afrique (Ryvarden, 1998; Ryvarden & Iturriaga, 2003; Ryvarden &
Johansen, 1980; Ryvarden & Watling, 1996). Des recherches
mycologiques ont été focalisées sur les champignons polypores (Dai,
2012; Ryvarden, 1978, 1998; Ryvarden & Iturriaga, 2003; Ryvarden &
Johansen, 1980; Ryvarden & Watling, 1996). Au Gabon, les travaux de
thèse de Yombiyeni (2014) ont permis d’identifier jusqu’à 105 espèces de
champignons appartenant aux familles des Ganodermataceae,

26
Hymenochaetaceae et Polyporaceae sur tout type de substrat. Dans le
chapitre 3 de cette thèse, nous avons utilisé les techniques moléculaires
pour étudier la diversité des polypores récoltés sur des coursons de bois
(bois mort) des essences forestières J. bifoliolata, D. glaucescens et S.
ochocoa. Dans cette étude, les séquences d’ADN étaient reparties au sein
de 28 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTUs). Les espèces
appartenaient à 13 familles, soient, les Corticiaceae, Fomitopsidaceae,
Ganodermataceae, Hericiaceae, Hydnodontaceae, Hymenochaetaceae,
Incertyae sedis, Meruliaceae, Phanerochaetaceae, Polyporaceae,
Punctulariaceae, Schizoporaceae et Stereaceae.

3.8. Les mécanismes enzymatiques déployés par les

champignons lignivores

Les hyphes des champignons pénètrent les tissus du végétal sain soit par
le biais de la formation des structures spéciales appelées appressoria7
(Dalman, 2010), ou au moyen des ouvertures comme des blessures
causées par des agents biotiques ou abiotiques. Ce sont les composés du
bois, la cellulose, hémicellulose et lignine, qui sont la cible des
champignons lignivores. Ceux-ci sont pourvus de systèmes enzymatiques
leur permettant de contourner les systèmes de défense des arbres et de
dégrader le bois.

Les champignons dégradent les composants des parois cellulaires du bois

par un processus d’oxydation en déployant des enzymes connues sous le

7
Structures développées par les hyphes des champignons lignivores en exerçant une
pression sur la paroi cellulaire de son hôte pour pénétrer dans celle-ci.

27
nom de phénol-oxydases. Ce sont notamment la lignine peroxydase, la
manganèse peroxydase et les laccases (Baldrian, 2006; Eggert et al.,
1996; Tuor et al., 1995). La lignine peroxydase et la manganèse
peroxydase appartiennent au groupe des peroxydases et dégradent moins
bien la lignine, tandis que les laccases sont les vrais phénols-oxydases,
car elles dépolymérisent plus facilement la lignine (Tuor et al., 1995). Les
champignons de carie blanche sont reconnus pour dégrader l’ensemble
des composés du bois et plus particulièrement la lignine. Chez ces
derniers, on distingue trois groupes de champignons de carie blanche
selon les enzymes déployées lors de la dégradation. Ce sont les groupes
des Lignine Peroxydase – Manganèse Peroxydase, Lignine Peroxydase –
Laccases et Manganèse Peroxydase – Laccases (Hatakka, 1994).

La dégradation de la cellulose et hémicellulose bien que jamais complète,

est l’apanage des champignons responsables de la carie brune. La
cellulose étant enveloppée par l’hémicellulose, ces champignons
commencent par décomposer, grâce aux cellulases, les sucres contenus
dans les hémicelluloses (xylose et mannose) avant de s’attaquer aux
glucoses contenus dans la cellulose (Kirk & Highley, 1973). Pour dégrader
la cellulose du bois, les champignons produisent des cellulases,
principalement des glucanases et des cellobiohydrolases (Klyosov, 1990;
Schmidhalter & Canevascini, 1992).

3.9. Les facteurs de résistance et mécanismes de défense des

arbres

La capacité de résistance face à la dégradation du bois varie d’une essence

à l’autre. Elle peut dépendre de facteurs comme la durabilité de l’essence,

28
de la densité du bois, du contenu en lignine dans le bois et des substances
extractibles.

La durabilité est la capacité d’un bois à résister aux attaques des

microorganismes. En effet, lors de la croissance de l’arbre, le bois est sans
cesse renouvelé et certains tissus assurent la protection du végétal. La
croissance secondaire8 du bois dans un arbre est contrôlée par deux types
de méristèmes9, l’assise subéro-phellodermique (au niveau de l’écorce) et
l’assise libéro-ligneuse (au niveau de l’aubier). Ainsi, la résistance face
aux attaques des microorganismes est garantie premièrement par
l’écorce de l’arbre qui joue un rôle de barrière protectrice. Elle est
également pourvue par les cellules méristématiques du cambium contenu
dans l’aubier qui assurent le renouvellement des tissus du bois. Dans
l’aubier, les cellules de parenchyme sont encore actives sur le plan
métabolique et permettent à celui-ci de réagir facilement aux agressions
extérieures par la production de structures et de composés de défense. Il
y a par exemple la formation des thylles à l’intérieur des vaisseaux et des
cellules des fibres du bois pour empêcher la progression des hyphes de
champignons. En revanche, au niveau du duramen les cellules de
parenchyme ne sont plus actives, les réactions face aux attaques des
pathogènes sont assurées par la présence de substances phénoliques ou
extractibles du bois abondant dans cette région du bois.

8
Croissance en diamètre de l’arbre. La croissance primaire étant la croissance en
hauteur du végétal.
9
Amas de cellules indifférenciées capables de se diviser (mitoses) puis de se
différencier en acquérant une structure et une fonction.

29
Plusieurs théories ont été développées pour expliquer les défenses
physiologiques de l’arbre face aux agressions extérieures. Il y a par
exemple le concept de circonscription de la carie ou pourriture dans un
arbre (Compartimentalization of decay in trees, en abrégé CODIT)
développé sous forme de modèle par Alex Shigo (Pearce, 1996; Schwarze
& Jeffery, 2004; Shigo, 1984; Shigo & Marx, 1977). D’après ce modèle,
la carie serait circonscrite aux moyens de quatre (4) murs. Le premier
mur freine la progression longitudinale du pathogène et est assuré par la
formation des thylles et des gommes au sein des vaisseaux et
ponctuations du bois. Les deuxième et troisième murs concernent les
progressions radiales vers l’intérieur du bois et tangentielles ou latérales
du pathogène. Le quatrième mur, contrairement aux trois autres murs,
se forme après infection; il est localisé dans le même plan que le cambium
et assure la continuité de la croissance de l’arbre (Pearce, 1996). Selon
ce dernier, d’autres mécanismes dits passifs et micro environnementaux
comme le contenu élevé en eau et le faible taux en oxygène dans les
vaisseaux de xylème sont capables d’empêcher la progression des
pathogènes. D’ailleurs Boddy et Rayner (1983) attribuent les réactions de
défense des arbres au contenu en eau dans les tissus et ont remis en
cause le modèle CODIT. Pour ces derniers, les caries observées au niveau
du duramen s’expliquent par la diminution du contenu en eau entre les
tissus de l’aubier et ceux du duramen.

La durabilité du bois est également associée à la densité du bois. Cette

dernière est la valeur de la masse sèche du bois divisée par le volume
frais de la pièce de bois. Les valeurs de densité du bois sont généralement
comprises entre 0 et 1.5 g.cm-³ (Chave et al., 2009). Selon ces derniers,
les valeurs de densité sont très variables entre les espèces forestières et
selon les parties considérées de l’arbre. Les bois ayant une forte densité
30
affichent une forte résistance face à la carie et ont une valeur financière
beaucoup plus élevée que des bois de faible densité (Larjavaara & Muller-
Landau, 2010), par exemple les essences Bubinga (Guibourtia
tessmannii) et Padouk (Pterocarpus soyauxii) qui sont durables et très
durables aux attaques des champignons de carie, ont respectivement des
densités moyennes de 0.92 et 0.79, avec des valeurs moyennes de coût
du mètre cube d’environ 580 et 350 euros.

Comme nous l’avons mentionné précédemment, la lignine est le composé

qui donne au bois sa rigidité. Chez les feuillus, les essences plus riches en
lignine guaïacyle sont plus résistantes aux champignons de carie que
celles ayant de fortes proportions de lignine syringyle (Syafii et al., 1988).

La présence des produits phénoliques ou extractibles du bois joue un rôle

dans la lutte contre la propagation des pathogènes dans le bois (Eslyn et
al., 1981; Grosclaude, 1993; Scalbert, 1992; Scheffer, 1966). Selon
Scheffer (1966), les produits phénoliques se regroupent au sein des
terpènes, des flavonoïdes, des tropolones et des stilbènes ou tannins. Ces
extractibles sont à l’origine de la coloration du bois. Selon Chave et al.
(2009), les bois colorés seraient plus résistants que les bois clairs. Les
études réalisées sur les extractibles des essences tropicales ont révélé
l’existence de plusieurs composés provenant des bois tropicaux. Chez
Tectona grandis, six composés (deoxylapachol, tectoquinone, 2-
hydroxymethylanthraquinone, 3'-OH-deoxyisolapachol, hemitectol et
tectol) inhibant les champignons de carie blanche et de carie brune ont
été isolés (Sumthong et al., 2008). Les travaux d’Eslyn et al. (1981) ont
démontré l’efficacité des composés Obtusaquinone, Obtusastyrène et
Lapachol isolés à partir des essences Dalbergia retusa, D. obtusa et

31
Tabebuia guayacan contre les champignons de carie et testés sur du bois
de Pinus ponderosa.

3.10. Importance des endophytes des arbres tropicaux

Les champignons endophytes appartiennent en majorité au phylum

Ascomycota. Ce sont des champignons microscopiques présents à
l’intérieur des végétaux. Ils accomplissent une partie ou la totalité du
cycle de développement de leur vie sans causer de symptômes apparents
à leur hôte (Sieber, 2007), avec lequel ils entretiennent une relation
symbiotique. Les endophytes sont présents à l’état de latence dans toutes
les parties de l’arbre et sont considérés comme les premiers colonisateurs
de l’aubier des arbres (Boddy, 2001).

Les endophytes sont connus pour protéger les plantes contre les agents
pathogènes. Les champignons des genres Curvularia, Fusarium,
Pestalotiopsis, Tolypocladium et Trichoderma ont montré leur capacité à
contrecarrer le pathogène Phytophthora palmivora, agent responsable
des maladies de pourritures noires des cabosses de cacao (Hanada et al.,
2010). Cette protection contre les maladies résulterait de la production
de métabolites secondaires ou substances bioactives par les champignons
endophytes (Mejía et al., 2008; Wang et al., 2012). Les bénéfices de ces
substances sont également étendus aux humains, car ces molécules
constituent des substances antibactériennes (Radić & Štrukelj, 2012), à
l’instar des antibiotiques naturels dont les forêts tropicales constituent un
foyer important (Li et al., 2009).

Les régions tropicales sont reconnues pour abriter la plus grande diversité
de ces champignons endophytes (Arnold & Lutzoni, 2007; Debdulal,
32
2011). Cette diversité peut varier en fonction de l’espèce hôte ou de la
localisation géographique de prélèvement (Arnold et al., 2000; Raviraja,
2005). Certaines espèces de champignons endophytes semblent toutefois
se spécialiser en fonction de la partie de la plante échantillonnée (Wu et
al., 2013). L’étude comparative de structure de communauté de
champignons endophytes isolés à partir de feuilles ou du bois d’aubier
chez l’hévéa (Hevea brasiliensis) a permis de déceler une plus grande
richesse de champignons endophytes isolés à partir du bois d’aubier
(Gazis & Chaverri, 2010).

L’étude de la diversité des champignons endophytes chez les essences

forestières Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du sud-est du Gabon (chapitre
2) a montré une diversité de champignons endophytes et une dominance
de la présence des champignons endophytes appartenant aux genres
Pestalotiopsis et Penicillium sur les arbres cariés de ces trois essences.

3.11. Les principaux pourridiés des régions tropicales

rencontrés dans le bassin du Congo et au Gabon

Les pourridiés encore appelés caries des grosses racines sont des
maladies causées par les champignons et qui attaquent le cambium
(Laflamme, 2005). Ces pourridiés sont attribués pour la plupart aux
champignons polypores et à certains champignons du genre Armillaria.
Les caries des racines et des tiges des arbres ont été étudiées en régions
tropicales. Les recherches se rapportant aux pourridiés ont été réalisées
particulièrement sur les arbres de plantations utilisés pour la production
de fibres ligneuses à l’instar des essences d’Eucalyptus sp., d’Acacia

33
mangium, de Teck (Tectona grandis), l’Hévéa (Hevea brasiliensis) utilisé
pour la production du caoutchouc ou encore sur les palmiers à huile
(Elaeis guineensis). Les agents de caries des racines et de la tige le plus
souvent rapportés en Asie sont les espèces Ganoderma philippii et
Phellinus noxius sur Acacia mangium et Eucalyptus pellita (Agustini et al.,
2014; Eyles et al., 2008; Irianto et al., 2006). Dans les pays du Bassin
du Congo, très peu d’études sur les pourridiés des arbres ont été
réalisées. Quelques études sur les attaques cryptogamiques des arbres
dues aux agents de carie ont été rapportées sur les essences forestières
en plantation, à l’instar de Fomes spp. sur Lophira alata au Cameroun
(Brunck, 1965). Les caries sur les arbres d’hévéas sont attribuées à
plusieurs espèces de champignons à l’instar de Armillaria spp. et
Rigidoporus lignosus (Mallet et al., 1985). En République Démocratique
du Congo (Ex Congo belge), les caries dues à Armillaria mellea ont été
observées sur les palmiers à huile plantés dans les zones forestières
(Wardlaw, 1950).

Au Gabon, les recherches sur les pourridiés concernent celles réalisées

sur les hévéas en plantations. Les travaux de Guyot (1997) du Centre
d’appui technique à l’hévéaculture font état de Armillaria heimii qui cause
des caries des racines sur les arbres d’Hévéa. Ce pathogène a été isolé
dans plusieurs sites au Gabon (Mitzic, Bitam, Kango et Koumameyong).
Outre l’Armillaire, le champignon R. lignosus a été également isolé
(Enjalric & Ngoua Assoumou, 1998; Guyot, 1997). Ce dernier est
communément rencontré dans les plantations établies en zone forestière
(Geiger et al., 1986), il est le principal pathogène des hévéas établis dans
ce type d’écosystème (Tran van, 1985). Les recherches sur les essences
forestières ont été réalisées sur Tectona grandis, celles – ci ont permis
d’identifier Armillaria mellea comme agent de pourridié (Brunck, 1965).
34
Cependant, on note très peu de relevés des agents de carie sur les arbres
en forêt naturelle. Le chapitre 1 de cette thèse traitant de la diversité des
champignons polypores associés à la carie des arbres de Béli (J.
bifoliolata) sur pied rapporte l’existence de P. noxius comme agent
associé à la carie dans les forêts du sud-est du Gabon, un pathogène très
récurrent chez les essences forestières en Asie. Ces travaux mentionnent
également l’existence de plusieurs autres agents de carie des racines et
des tiges dont les ravages ont déjà été également rapportés dans les
autres régions tropicales du monde, à l’instar de Amauroderma
subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete
murina, Rigidoporus ulmarius et Tinctoporellus epimiltinus.

Les techniques d’aménagement utilisées en régions tropicales, par

exemple la coupe sélective, et la diversité de champignons polypores
existante dans ces régions sont à l’origine de la diversité d’agents
responsables des pourridiés. En effet, les souches des arbres coupés dans
un peuplement et colonisées par des spores de champignons constituent
des portes d’entrée pour les champignons de carie vers les arbres sains
environnants. La propagation du mycélium dans les arbres environnants
se fait par le contact des racines des arbres. C’est le cas du champignon
R. lignosus qui colonise les hévéas sains par l’entremise des rhizomorphes
provenant des souches ou des débris ligneux enfouis dans le sol. La
propagation s’effectue également par le contact racinaire d’un arbre
d’Hévéa infecté avec les racines d’un arbre sain (Nandris et al., 1987).

35
4. Objectifs et hypothèses de l’étude

Le but de notre recherche était d’étudier la diversité fongique, plus

précisément les endophytes et les champignons polypores (parasites et
saprophytes), associée aux caries du bois des essences forestières J.
bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa.

L’objectif principal de cette thèse doctorale était d’utiliser les techniques

moléculaires pour identifier et étudier les champignons endophytes et
ceux associés aux caries du bois chez les essences forestières J.
bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa. Pour ce faire, nous avons fait
appel aux techniques moléculaires basées sur le séquençage de l’ADN.
Nous avons identifié et comparé la diversité en champignons endophytes,
celle des polypores récoltés sur les arbres debout d’une part et ceux sur
le bois mort d’autre part, des trois essences à l’étude. Ensuite, nous avons
comparé les pertes de masse occasionnées par les champignons de carie
sur les blocs de bois des trois essences en laboratoire.

L’étude des communautés fongiques des endophytes et celles associées

aux caries des essences forestières exploitables avaient pour but de :

(i) Identifier les champignons par les techniques moléculaires;

(ii) Comparer les diversités fongiques entre les essences
forestières et entre les sites de prélèvement;
(iii) Évaluer la capacité de dégradation du bois des champignons
de carie sur le bois des différentes essences.

36
5. Approche méthodologique

5.1. Localisation du milieu d’étude et caractérisation des sites

Nos sites d’étude étaient localisés dans la province de l’Ogooué-Lolo et

plus précisément proches de la ville de Lastourville (12°43' E de Longitude
et 50' S de Latitude). La superficie de la province représente environ 10 %
de la superficie totale du pays (25 380 km²). Les forêts de l’Ogooué-Lolo
sont de type sempervirent (FDHS) contrairement à celles du Nord qui sont
des forêts semi-caducifoliées.

Nous avons échantillonné dans trois sites différents (Fig. 3). Il s’agissait
des concessions forestières appartenant à la Société des Bois de
Lastourville (SBL), la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB) et la Société
Équatoriale d’Exploitation Forestière (SEEF). La collecte des échantillons
a été faite dans les zones en cours d’exploitation ou les zones récemment
exploitées et les arbres prélevés étaient situés dans une bande de 50
mètres de la bordure des routes forestières.

Dans le site de SBL, les basidiomes de champignons ont été collectés dans
la zone du chantier 19. Cette zone avait déjà fait l’objet d’exploitation de
grumes une vingtaine d’années avant notre passage; il s’agissait d’une
forêt secondaire. Par contre, les sites des sociétés CEB et SEEF étaient
des forêts matures et vierges n’ayant pas encore fait l’objet d’exploitation
du bois.

37
Figure 3 Localisations des sites SBL, CEB et SEEF
38
 5.2. Techniques de collecte et traitement des échantillons

L’identification des champignons a été faite à partir des carottes de bois

dans un premier temps, puis à partir des basidiomes récoltés sur les
arbres de Béli debout et sur les coursons de bois de trois mètres de
longueur appartenant aux trois essences forestières et disposés sur le
bord des chemins forestiers dans les trois sites d’étude (Fig. 4).

Les carottes de bois ont été prélevées sur les trois essences forestières
(J. bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa) à l’aide de la sonde de
Pressler (HAGLOFS MEK. AB, Mora, Suisse). La sonde était aseptisée à
l’alcool et à la flamme avant tout prélèvement. Une fois la carotte
obtenue, cette dernière était placée dans un tube stérile de 14 ml,
étiqueté et entreposé dans la glacière avant le transfert au congélateur.
Les basidiomes de champignons collectés étaient entreposés dans des
sacs de papier et étiquetés. Les étiquettes indiquaient le numéro de
l’échantillon, le lieu de récolte et le nom de l’essence. Au laboratoire, les
carottes de bois et les basidiomes de champignons étaient découpés en
petits morceaux, pesés (environ 20 mg) et broyés pour les analyses
moléculaires.

Un échantillon unique de sol était prélevé au pied de l’arbre pour l’analyse

granulométrique du sol à l’aide d’une tarière de sol Edelman de 25 cm de
profondeur. La couche de matière organique était soigneusement enlevée
avant de prélever la carotte de sol. Vingt (20) échantillons ont été
sélectionnés par essence et par site pour l’analyse. L’analyse
granulométrique a été effectuée au laboratoire des sciences des sols de
l’Institut National Supérieur d’Agronomie et de Biotechnologies (INSAB).

39
Figure 4 Localisation des coursons des essences forestières.
40
Le but d’une analyse granulométrique est de révéler la texture d’un sol.
Cette analyse est basée sur la loi de Stockes qui repose sur la vitesse de
sédimentation des particules séparées et dispersées par destruction de
leur ciment tel que : le calcaire, la matière organique et autres particules
métalliques. Le fractionnement de ces particules se fait par l'intermédiaire
de la pipette de Robinson qui permet la détermination des fractions
argileuses et limoneuses fines. Ensuite, les sables fins et grossiers sont
mesurés par tamisage, tandis que la détermination des limons grossiers
se fait par calcul à partir des résultats obtenus (Baize, 1988).

Les points GPS ont été également prélevés au pied des arbres
échantillonnés à l’aide du GPSMAP62ST (Garmin, Schaffhouse, Suisse)
pour des fins d’établissement de cartes des sites (Fig. 5).

41
Figure 5 Localisation des arbres échantillonnés.
42
 5.3. Culture des isolats

La culture des champignons polypores a été faite à partir des morceaux

de basidiomes frais collectés sur les arbres de Beli en forêt.

En effet, les boites de Petri contenant du milieu gélosé à base de Malt

Extract Agar (MEA) à 2% et de Potato Dextrose Agar (Becton, Dickinson
and Company, Sparks, USA) à 39 g/l, ont été préparées en laboratoire
puis acheminées sur le terrain. Ces milieux étaient additionnés
d’antibiotiques (chloramphénicol et streptomycine à 30 mg/l) pour éviter
les contaminations bactériennes, de Benlate et de Dichloran à 2 mg/l pour
favoriser l’isolation des champignons Hyménomycètes dont font partie les
polypores (Worrall, 1991). Le mycélium était purifié par repiquage
successif dans de nouveaux milieux.

Des tests de croissance du mycélium des isolats obtenus ont été effectués
sur un milieu à base de Malt Extract Agar (MEA). Les boites étaient
incubées à 28 °C, dans une obscurité constante.

Les expériences de perte de masse ont été guidées par le protocole de

standard européen de préservation du bois (BS EN, 1997). Les blocs de
bois ont été soumis au mycélium des différents isolats dans des chambres
de cultures stériles constituées de pots Mason de 500 ml et contenant
50 ml de milieu MEA et d’antibiotiques (streptomycine et
chloramphénicol).

5.4. Les traitements biomoléculaires

La caractérisation des champignons dans nos recherches s’est faite en

utilisant les techniques biomoléculaires. Il s’agissait, d’une part,
43
d’extraction d’ADN génomique, d’amplification par la technique de
réaction de polymérisation en chaine (PCR) et de séquençage de l’ADN en
vue d’identifier les spécimens et, d’autre part, de tests de dégradation du
bois en présence du mycélium de champignons.

5.4.1. Extractions d’ADN

Nous avons extrait l’ADN de champignons à partir des carottes de bois et

des basidiomes de champignons (Jasalavich et al., 2000; Råberg et al.,
2005; Vilgalys & Hester, 1990). L’extraction d’ADN à partir du bois a déjà
fait l’objet d’étude chez les essences tropicales (Asif, 2005). Toutefois, les
échantillons doivent nécessairement être bien broyés avant l’extraction
de l’ADN avec des grains de quartz par exemple (Vainio & Hantula, 2000)
ou de l’azote liquide (Asif, 2005). D’autres méthodes requièrent qu’on
cultive du mycélium à partir des carottes de bois préalablement stérilisés
à la flamme, directement dans les boites de Petri sur un milieu de culture
(Johannesson & Stenlid, 1999; Swedjemark & Stenlid, 1993). Ainsi,
l’extraction d’ADN peut se faire soit à partir des cultures obtenues par la
méthode in vitro ou directement à partir des échantillons biologiques
prélevés (Bougnoux & Espinasse, 2003). Ce sont les gènes de l’ADN
ribosomique qui sont ciblés. La région ITS de l’ADNr est couramment
utilisée dans les études d’écologie moléculaire des champignons (Peay et
al., 2008). Cette région est également utilisée en systématique
moléculaire pour l’identification des espèces et même à l’intérieur de
l’espèce. En effet, la petite sous-unité ribosomique (18S) et la grande
sous-unité (28S), étant séparées par une unité intermédiaire de 5.8 S
sont intercalées par deux espaceurs géniques appelés ITS1 et ITS2
(Espaceurs Internes Transcrits). Les unités de transcription constituées
44
des séquences 5.8S, 18S, 28S, ITS1 et ITS2 sont, pour leur part, séparées
par l’IGS (Espaceur Intergénique). Selon Bougnoux et Espinasse (2003),
les séquences nucléotidiques des régions ITS ou IGS de deux espèces
appartenant à un même genre ne sont pas strictement identiques; de ce
fait, le polymorphisme de ces régions est utilisé pour l’identification des
espèces de champignons.

5.4.2. Amplification génique

La PCR permet d’obtenir d’importantes quantités de fragments d’ADN à

partir d’une petite quantité de matériel biologique. Au cours de cette
phase, l’ADN est répliqué, puis passe par plusieurs étapes, qui sont : la
dénaturation, l'hybridation avec des amorces et l'élongation. Les amorces
ou marqueurs moléculaires sont spécifiques aux régions ITS qu’on veut
amplifier (Bougnoux & Espinasse, 2003; Kumar & Shukla, 2005). Les
combinaisons d’amorces ITS1F-ITS4 et ITS1F-ITS4B sont adaptées pour
l’identification des champignons en général et également des
champignons Basidiomycota (Gardes & Bruns, 1993). Dans nos
recherches, nous avons utilisé la combinaison d’amorces ITS1F – ITS4
pour l’ADN extrait à partir des carottes de bois et la combinaison
d’amorces ITS1F-ITS4B pour les basidiomes de champignons. Toutefois,
l’amplification de l’ADN du matériel végétal vivant à partir de la
combinaison d’amorces ITS1F – ITS4 conduit souvent à l’identification des
champignons endophytes des végétaux. Les champignons endophytes
accomplissent la totalité ou une partie de leur cycle de vie à l'intérieur
d'une plante et vivent en symbiose avec la plante hôte.

45
Les produits PCR ont été révélés par électrophorèse sur gel d’agarose à
1.5 % coloré au bromure d’éthydium. Les amplicons ont été envoyés à la
plateforme d’analyses génomiques de l’Institut de Biologie Intégrative et
des Systèmes de l’Université Laval ou celle du Centre Hospitalier de
l’Université Laval (CHUL) pour le séquençage de l’ADN.

5.4.3. Séquençage de l’ADN

Le séquençage permet d’obtenir un enchainement de nucléotides des

fragments d’ADN. La technique de séquençage utilisée dans notre étude
était la technique Sanger. À l’heure actuelle, plusieurs autres techniques
de séquençage permettent d’analyser un grand nombre d’échantillons et
d’aller chercher une plus grande diversité, à l’instar du pyroséquençage
(Goldberg et al., 2006; Tedersoo et al., 2010) ou du séquençage par
synthèse sur plateforme Illumina (Taylor et al., 2016).

5.5. Analyse des données

5.5.1. Traitement des séquences d’ADN et identification

Les séquences provenant du séquençage ont été corrigées, assemblées

et éditées à l’aide de plusieurs logiciels dont Sequence Scanner V1
(http://www.bioinfo.ulaval.ca/seq/fr/outilsseq) et BioEdit v. 7.0.9.9 (Hall,
1999). Elles ont été comparées aux séquences existantes dans GenBank
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) et interrogées à l’aide de l’algorithme
nucléotide BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) (Altschul et al.,
1990).

46
Des alignements multiples ont été effectués à l’aide du programme
ClustalW (Thompson et al., 1994) avant la construction des arbres
phylogénétiques.

5.5.2. Étude de la diversité spécifique

L’étude de diversité consistait à regrouper les espèces entre elles et à les

dénombrer. Dans notre étude, nous avons évalué la richesse, la diversité
et l’abondance en espèces fongique par essence et par site. La richesse
en espèces a été évaluée en utilisant les courbes cumulatives, d’une part,
et en calculant l’indice de Chao1, qui est un indice non paramétrique,
estimateur de la richesse (Gotelli & Chao, 2013) d’autre part. Les indices
de diversité utilisés étaient ceux de Shannon — Weaver et de Simpson.
L’abondance en espèces fongique a été comparée entre sites et essences
hôtes en utilisant les indices estimés de Bray-Curtis et de Morisita-Horn.

5.5.3. Analyses taxonomiques moléculaires

Les analyses de taxonomie moléculaire ont consisté à regrouper les

séquences les plus proches par Unités Taxonomiques Opérationnelles
(OTU). Une OTU n’est autre qu’un regroupement des séquences d’ADN du
même gène pour une espèce à un niveau taxonomique précis ou niveau
de similarité.

Dans notre étude, ce regroupement en OTUs a été réalisé à l’aide de

Mothur (Schloss et al., 2009) en se basant sur la délimitation des espèces
au seuil de signification de 95 % pour la région ITS de l’ADNr (Arnold &
Lutzoni, 2007).
47
 5.5.4. Phylogénie moléculaire

Les arbres phylogénétiques ont été construits dans le but d’observer la

diversité et l’agencement des séquences. La méthode de construction
utilisée dans cette étude était celle du Neighbor – joining. Cette dernière
est une méthode basée sur les distances phylogénétiques qui regroupe
les séquences d’une OTU en minimisant la longueur des branches à
chaque regroupement (Saitou & Nei, 1987). Les analyses phylogénétiques
ont été effectuées à l’aide du logiciel MEGA version 5.2 et MEGA X
(Tamura et al., 2011; Kumar et al., 2018). La fiabilité des arbres
phylogénétiques a été déterminée en déterminant les valeurs de
Bootstrap par rééchantillonnage.

5.5.5. Analyses statistiques

Pour les données moléculaires, les tests d’Analyses de Variance

Moléculaires (AMOVA) ont été effectués pour comparer les moyennes de
diversité des populations des champignons (Anderson, 2001; Excoffier et
al., 1992). Ces dernières ont été calculées au seuil de signification 0.05,
en utilisant le logiciel Mothur.

Pour les données de dégradation de bois, les pertes de masse ont été
comparées en utilisant une Analyse de Variance (ANOVA); les données
ont été traitées en utilisant la procédure GLM, à un niveau de probabilité
de 0,05. Les analyses statistiques ont été menées avec le logiciel SAS 9.2
(SAS Institute Inc., Cary, NC, USA).

48
6. Principaux résultats et structure de la thèse

6.1 Principaux résultats

6.1.1 Analyses granulométriques des sites d’étude

La texture des sols échantillonnés était très variable entre les sites. Les
arbres collectés avaient poussé sur des sols à textures de type tantôt
sablo-argileux ou argilo-sableux (Fig. 6a). Les sols des sites situés plus
au Nord (SEEF et CEB) étaient beaucoup plus argileux. Les textures
sableuses et limoneuses (L-S-A) étaient faiblement représentées. Dans le
site de SEEF, les arbres échantillonnés avaient poussé sur des sols
beaucoup plus argilo-sableux et argileux. Les textures sableuses et sablo-
argileux étaient faiblement représentées à la SEEF. Par contre, dans le
site de CEB, la majorité des arbres échantillonnés étaient sur un substrat
sablo-argileux et argileux, la texture argilo-sableuse était moins
fréquente par rapport aux deux autres textures. Dans ces deux sites, les
textures varient entre du sablo-argileux à argileux en passant par la
texture argilo-sableuse. Dans le site de SBL il y avait une forte dominance
des textures de type Sablo-argileux que de type Argilo-sableuse.

49
 a)

b)

Figure 6 Analyses granulométriques du sol (a) dans les

sites de SEEF, CEB et SBL et (b) répartition des essences
de Béli, d’Alep et de Sorro selon la texture du sol.

50
La répartition des essences par rapport à la texture des sols était
également variable (Fig. 6b). Les arbres de Béli et de Sorro sont adaptés
à des sols argileux. Les arbres de Béli échantillonnés étaient localisés sur
des sites sablo-argileux, argilo-sableux et argileux dans l’ensemble. Les
arbres d’Alep étaient localisés beaucoup plus sur des sols sablo-argileux
qu’argilo-sableux et encore moins sur des sols argileux. Des individus
d’Alep ont été échantillonnés sur des sols sableux. Toutefois, les textures
sablo-argileuse et argilo-sableuse sont représentées chez les trois
essences.

Les sols argileux ont la capacité d’emmagasiner l’eau, les cations du sol
et possèdent une grande disponibilité en nutriments. L’eau contenue dans
les argiles occupe toute la porosité du sol et limite de ce fait la circulation
de l’air dans le sol. Les sols argileux sont responsables de l’asphyxie des
racines.

6.1.2 Diversité de champignons polypores associés à la carie des

arbres de Béli (julbernardia bifoliolata) sur pied

Sur les Béli échantillonnés, nous avons pu identifier à l’espèce six

champignons polypores associés à la carie des arbres. Il s’agissait des
espèces Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia
gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius.
Toutefois, la liste obtenue n’est pas exhaustive, car d’autres taxons
fongiques ont été identifiés au niveau du genre (Perenniporia sp. et
Inonotus sp.) et une espèce non identifiée (Uncultured fungus). L’arbre
phylogénétique montrait une répartition en neuf (9) clades des
champignons polypores selon le statut générique des espèces associées

51
à la carie des arbres de Béli. L’ensemble des champignons appartenait à
deux grands groupes, à l’instar des ordres des Hymenochaetales et des
Polyporales. Il en ressort que les champignons de cette étude sont
identifiés pour la première fois chez le Béli. Les espèces Hymenochaete
murina et Inonotus sp. font l’objet d’une première mention au Gabon.

6.1.3 Diversité des champignons endophytes chez les essences

Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa

La majorité des champignons endophytes identifiés dans cette étude

appartient au groupe des Ascomycota; dans le chapitre 2, les Ascomycota
des genres Pestalotiopsis et Penicillium étaient les plus abondants.
L’échantillonnage d’arbres de Béli (J. bifoliolata), d’Alep (D. glaucescens)
et de Sorro (S. ochocoa) a permis d’obtenir soixante-deux (62) OTUs au
seuil de similarité 95 %. Il y avait trente-sept (37) OTUs identifiées à
l’espèce. L’analyse phylogénétique montrait une répartition en 14 clades
bien distincts de l’ensemble des OTUs, ceux les plus représentatifs étant
les ordres des Diaporthales, Eurotiales, Hypocréales, Pleosporales,
Saccharomycetales et Xylariales. Il y avait très peu d’OTUs communes
aux trois essences et ces OTUs étaient représentées par les espèces
Cladosporium cladosporioides, Nigrospora orizae, Penicillium
sclerotiorum, Pestalotiopsis heterocornis et Pestalotiopsis mangiferae. Par
contre, beaucoup d’OTUs étaient spécifiques à chacune des essences,
l’Alep (13), le Béli (16) et le Sorro (19).

Les valeurs des indices de Shannon-Weaver et de Simpson pour

l’ensemble (respectivement 3,11 et 0,12) traduisaient une diversité

52
relativement élevée chez l’ensemble des espèces et dans tous les sites
échantillonnés. Le Sorro avait des valeurs d’indice les plus élevées
(respectivement 2,83 et 0,09). La valeur des indices était plus élevée
dans le site du Chantier CEB (respectivement 2,83 et 0,1). Toutefois, les
différences entre les moyennes de valeurs d’indices (p > 0,05) n’étaient
pas significatives.

6.1.4 Diversité des champignons polypores associés aux coursons

de bois des essences Julbernardia bifoliolata, Desbordesia
glaucescens et Scyphocephalium ochocoa

Le regroupement en OTUs de l’ensemble des séquences a donné un total

de 28 OTUs. Parmi celles-ci, quatorze sont de nouvelles espèces
rapportées au Gabon. Neuf ont été identifiées au niveau du genre (Fomes
sp. 1, Fomes sp. 2, Ganoderma sp, Hericium sp. 1, Stereum sp. 1,
Stereum sp. 2, Trametes sp. 1, Trametes sp. 2 et Vuilleminia sp.) et 5
non identifiées (Corticiales sp., Ganodermataceae sp. 1,
Ganodermataceae sp. 2, Meripilaceae sp. et Uncultured Trechisporales
sp.). En revanche, les espèces Amauroderma subresinosum, Fuscoporia
gilva, Phellinus calcitratus, Pycnoporus puniceus sont connues au Gabon.

Les espèces de champignons polypores dominants étaient Flavodon flavus

(OTU1), Fomitopsis meliae (OTU2) et Fomes sp. (OTU5), toutes récoltées
sur le Béli. Il y avait également les espèces Vuilleminia sp. (OTU3),
récoltées sur l’Alep et le Sorro, suivi des espèces Stereum sp. 1 (OTU4),
récoltées sur l’Alep.

La détermination des indices de diversité à l’aide de Mothur a révélé que

la richesse en espèces de champignons polypores était beaucoup plus
53
grande chez le Béli (Sobs= 19). Dans les sites, la richesse était plus grande
dans le chantier SEEF (Sobs=16), plus au Nord. L’indice de Shannon-
Weaver global était élevé pour l’ensemble des espèces d’arbres et des
sites (H=3,15). Le Béli possédait la plus grande diversité en champignons
(2,70) ; il était suivi par le Sorro (2,09) et enfin l’Alep (1,81). En
revanche, les indices de diversité entre les trois sites ont montré que le
Chantier SEEF possédait la plus grande diversité (2,65). Ce site était suivi
de celui du Chantier SBL (2,22) et enfin du Chantier CEB (2,01).

Les indices de dissimilarité de BC et de MH montraient tous deux que

l’Alep et le Béli (respectivement 0,92 et 0,96) étaient les moins similaires
entre eux, suivis des paires Béli et Sorro (respectivement 0,89 et 0,90),
puis par Alep et Sorro (respectivement 0,85 et 0,82). Pour les sites, les
chantiers CEB et SBL étaient les moins similaires entre eux
(respectivement 0,90 et 0,95). Ils étaient suivis des paires CEB et SEEF
(respectivement 0,89 et 0,93) et SBL et SEEF (respectivement 0,83 et
0,77). Ces différences ont été confortées par les analyses moléculaires de
variance (AMOVA). En effet, pour les essences comme pour les sites
échantillonnés, les différences étaient significatives (p <0,001).

54
 6.1.5 Activité de dégradation de quatre champignons de carie sur
des blocs de bois de Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep
(Desbordesia glaucescens) et de Sorro (Scyphocephalium
ochocoa)

Les isolats de champignons A. subresinosum, F. nobilissima, P. noxius et

R. ulmarius ont été cultivés en laboratoire pour les tests de perte de
masse sur les blocs de bois des essences de Béli, d’Alep et de Sorro. Le
mycélium des isolats n’avait pas la même vitesse de croissance sur milieu
MEA en laboratoire, P. noxius et F. nobilissima avaient une moyenne de
croissance de 1,2 cm/j, celle de A. subresinosum était de 0,9 cm/j, tandis
qu’elle était seulement de 0,2 cm/j pour R. ulmarius.

La comparaison des moyennes de perte de masse à l’aide du test de

Dunnett a montré qu’il y avait un effet souche de champignons. De plus,
l’analyse à l’aide du test de Tukey a montré une différence significative
de perte de masse entre les quatre espèces de champignons. Après six
semaines d’exposition au mycélium de champignon, il y a une différence
de perte de masse significative entre l’isolat de l’espèce P. noxius et les
autres isolats. Par contre, après 12 semaines, la différence de perte de
masse entre P. noxius, A. subresinosum et les deux autres espèces étaient
significatives.

Il y avait également un effet significatif de l’essence utilisée (P<0,0001).

Les pertes de masse ont été plus élevées chez l’Alep, suivi du Béli et enfin
du Sorro. Le champignon P. noxius dégradait beaucoup plus rapidement
le bois d’Alep que A. subresinosum. Par contre, la dégradation par F.
nobilissima et R. ulmarius était plus faible. Le même patron a été observé
chez les blocs de bois de Sorro. La différence de pertes de masse
occasionnée par les souches P. noxius et de A. subresinosum sur les blocs
55
de bois de Béli n’était pas significative. Celles occasionnées par F.
nobilissima et R. ulmarius différaient significativement des pertes de
masse occasionnées par P. noxius et A. subresinosum.

6.2 Structure de la thèse

La démarche de présentation des travaux de cette thèse se structure sur

quatre (4) chapitres ci-dessous énumérés :

Chapitre 1 : Diversité de champignons polypores associés à la carie des

arbres de Béli (Julbernardia bifoliolata) sur pied.

Chapitre 2 : Diversité de champignons endophytes chez les essences

Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa dans les forêts du sud-est du Gabon.

Chapitre 3 : Diversité des champignons polypores associés aux coursons

de bois des essences Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du sud-est du Gabon.

Chapitre 4 : Activité de dégradation de quatre champignons de carie sur

des blocs de bois de Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep (Desbordesia
glaucescens) et de Sorro (Scyphocephalium ochocoa).

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69
CHAPITRE 1 Diversité de champignons polypores associés à la
carie des arbres de Béli (Julbernardia bifoliolata) sur pied

Inès Nelly MOUSSAVOU BOUSSOUGOU1,4, Jean BÉRUBÉ2, Auguste

NDOUTOUME3, Louis BERNIER1

1Université Laval, Centre d’Étude de la forêt (CEF), Département des

sciences du bois et de la forêt, Institut de Biologie Intégrative et des
Systèmes (IBIS), Pavillon Charles-Eugène Marchand, 1030 avenue de la
Médecine, local 2263, G1V 0A6, Québec, Canada. Tel: (418) 656-7655

2Ressources naturelles Canada, Centre de foresterie des Laurentides,

1055, rue du PEPS, C.P. 10380, succ. Sainte-Foy, G1V 4C7, Québec,
Canada. Tel : (418) 648-7174

3Institut de Recherche Agronomique et Forestière, BP 2246, Gros-

Bouquet, Libreville, Gabon. Tel : (241) 7760 9268 / 6626 1554

4École Nationale des Eaux et Forêts, Département Aménagement des

Forêts et Environnement, BP 3960, Cap-Estérias, Libreville, Gabon. Tel:
(241) 7460 1392 / 6678 8615

La version anglaise de ce chapitre sera soumise pour publication dans la

revue Forest Pathology.

70
 1.1. Résumé

L’essence Julbernardia bifoliolata (Béli) est exploitée et utilisée en

menuiserie au Gabon. Les arbres de Béli de diamètres exploitables sont
abondants dans les peuplements résiduels et abandonnés à cause de la
présence de caries. L’objectif de notre étude était d’identifier par les
techniques moléculaires les champignons polypores associés aux caries
du Béli. Les basidiomes ont été récoltés dans trois concessions forestières.
Nous avons extrait l’ADN génomique et amplifié la région de l’espaceur
interne transcrit (ITS) de l’ADNr à l’aide des amorces ITS1F et ITS4B
spécifiques aux Basidiomycètes, puis les séquences ont été comparées à
celles de la base de données Genbank. Les séquences de champignons
identifiées à l’espèce étaient représentées par Amauroderma
subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete
murina, Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius. Ces champignons ont
été pour la plupart déjà identifiés au Gabon, mais sont nouvellement
identifiés chez le Béli. L’espèce Hymenochaete murina et une nouvelle
espèce d’Inonotus sp. font l’objet d’une première mention au Gabon.

Mots clés : Béli, Hymenochaetales, Identification moléculaire,

Polyporales.

1.2. Abstract

Julbernardia bifoliolata (Beli) timbers are exploited and used in carpentry

in Gabon. Beli trees with exploitable diameters are abundant in residual
stands and abandoned on forest floors because of rot caused by fungi.
The aim of our study was to use molecular techniques to identify polypore
fungi associated with Beli decay. Basidiocarps were harvested in three
71
forest concessions. We extracted genomic DNA and amplified the Internal
Transcribed Spacer (ITS) region of rDNA gene using ITS1F and ITS4B
primers specific to the basidiomycetes. Sequences were compared with
those in the Genbank database. Sequences identified at species level were
represented by Amauroderma subresinosum, Fomitiporia nobilissima,
Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina, Phellinus noxius and Rigidoporus
ulmarius. Most of these fungi have already been identified in Gabon but
are newly identified in Beli. The species Hymenochaete murina and a new
Inonotus sp. are mentioned for the first time in Gabon.

Keywords: Béli, Hymenochaetales, Molecular identification, Polyporales.

1.3. Introduction

Le Béli (Julbernardia bifoliolata) est une essence commune et dominante

des forêts matures gabonaises appartenant à la famille des
Cesalpiniaceae (Gesnot et al., 1996). La présence de caries sur les arbres
de Béli de diamètre exploitable observée dans les peuplements résiduels
des concessions forestières de la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB)
de Bambidie, de la Société des Bois de Lastourville (SBL) et de la Société
Équatoriale d’Exploitation Forestière (SEEF) de Milolé pourrait être
récurrente dans d’autres concessions forestières du sud-est du Gabon.
Ces caries compromettent l’activité de commercialisation de bois de cette
essence. Dans ces concessions forestières, on a observé de façon
récurrente une diversité morphologique de basidiomes de champignons
polypores présents sur les troncs des arbres debout et qui laissent penser
qu’il existerait une diversité de champignons polypores associés à la carie
des arbres de Béli.

72
Anciennement connu sous le nom scientifique Paraberlinia bifoliolata
Pellegr., le Béli appartient au groupe monophylétique des espèces
forestières du genre Julbernardia (Breyne & Evrard, 1975). Il possède des
contreforts, son écorce est brune, parfois grise et rugueuse, ce qui lui
vaut sa séparation par les botanistes et les prospecteurs forestiers en Béli
brun et gris. Une tranche sur l’arbre révèle une couleur jaunâtre pâle du
bois et le fruit est une gousse déhiscente qui projette des graines à une
vingtaine de mètres (White & Abernethy, 1996; White, 1994). L’écorce
est consommée par les écureuils volants qui s’en nourrissent. Le bois strié
de Béli est apprécié sur le plan local; il est utilisé en menuiserie pour la
fabrication des meubles. Les feuilles et les fruits sont également appréciés
des singes (Brugière et al., 2002). Une étude de la présence de cette
essence avec les caractéristiques du milieu a révélé que le Béli est une
espèce grégaire qui affectionne les bas de pente (Doucet & Brugière,
1999).

Le Béli présente souvent des trous, ce qui fait de lui une essence
dominante dans la localisation des gites des anomalures (Julliot et al.,
1998). Toutefois, ces trous fréquents témoignent également de la
présence de caries sur les arbres debout qui atteignent à la fois les racines
et la tige. De même, l’on observe souvent de gros sujets de Béli dépéris
ou des arbres morts sur pied. Cela entraine souvent comme conséquence
l’implication récurrente de ceux — ci dans les chablis en forêt. Il n’est pas
rare d’observer de gros sujets de Béli abattus dont le cœur est
complètement carié. On observe également les symptômes
caractéristiques de la présence de pourridiés chez le Béli, à l’instar de
l’humidification de l’écorce à cause de l’écoulement d’un liquide incolore
qui noircit l’écorce d’une part et de l’écoulement de sève blanche à
jaunâtre qui coagule sur le tronc d’autre part et de l’apparition de
73
branches adventives sur le tronc ainsi que la formation de nœuds
caractéristiques des réactions de l’arbre et des cellules du bois face à
l’attaque des champignons pathogènes à l’exemple des champignons
responsables de pourridiés. Outre ces symptômes, on observe la présence
de basidiomes de champignons polypores à la base de l’arbre et sur le
tronc des arbres. Ces signes et symptômes visibles sur les arbres sont
communs à beaucoup d’espèces forestières infectées par les champignons
de carie (Desprez-Loustau et al., 2006).

En régions tropicales, les champignons responsables de pourridiés des

essences forestières exploitables ont déjà fait l’objet d’étude (Mallet et
al., 1985; Nandris et al., 1988). En Amérique latine par exemple, les
recherches réalisées en Argentine sur une large diversité d’essences hôtes
en forêts naturelles et en plantations, ont permis de répertorier jusqu’à
87 espèces de champignons polypores différents (Rajchenberg & Robledo,
2013). Ces champignons possèdent pour la plupart une large gamme
d’hôtes et ont également une distribution cosmopolite. C’est le cas du
champignon pathogène Phellinus noxius, agent de la carie brune, qui a
été identifié sur près de 200 espèces d’arbres-hôtes représentant 59
familles (Ann et al., 2002). Les espèces forestières plantées dans les
régions tropicales pour la production de fibre ligneuse, en l’occurrence,
Eucalyptus sp., Acacia mangium et Tectona grandis sont également
parasitées par les champignons de carie P. noxius et Ganoderma sp.
(Agustini et al., 2014; Eyles et al., 2008; Glen et al., 2009; Mohd Farid et
al., 2005). En Afrique subsaharienne, où la culture de l’Hévéa (Hevea
brasiliensis) est très répandue à cause de son importance économique,
l’examen de la littérature sur les maladies affectant cette essence
rapporte que cette dernière est parasitée par les champignons
responsables de pourridiés. Chez cette essence, il a été retrouvé non
74
seulement la présence de P. noxius mais également Rigidoporus lignosus
et Ganoderma sp., très récurrents dans cette région et respectivement
agents du pourridié blanc et du pourridié rouge (Mallet et al., 1985;
Nandris et al., 1988; Ogbebor et al., 2013; Ogbebor et al., 2014). Au
Gabon, les recherches menées dans les plantations d’Hévéa à Mitzic dans
le nord du Gabon associent également le champignon polypore R. lignosus
aux pourridiés des arbres de l’Hévéa (Guyot & Flori, 2002). Outre les
polypores, les champignons appartenant à l’ordre des Agaricales et du
genre Armillaria ont été également détectés dans les plantations d’Hévéa
au Gabon (Guyot, 1997; Mallet et al., 1985).

Les polypores sont reconnus sur le plan systématique comme des

champignons pourvus de pores au niveau de l’hyménophore. Ils
appartiennent à la classe des Agaricomycètes et se retrouvent au sein de
plusieurs ordres, dont les Corticiales, Gloeophyllales, Hymenochaetales,
Polyporales, Russulales et Trechisporales (Gibertoni, 2009; Hibbett et al.,
2007). Selon qu’ils adoptent un mode de vie saprophyte ou parasite, sur
les arbres vivants, ils attaquent le cœur des arbres composé de cellules
mortes et arrivent à compromettre la croissance et le développement en
attaquant les cellules vivantes du bois (Gilbertson, 1980). Ils
occasionnent deux types de caries des cellules du bois à savoir : la carie
blanche et la carie brune (Gilbertson, 1980; Worrall et al., 1997). Ceux
causant les caries blanches arrivent à décomposer tous les constituants
du bois et plus particulièrement la lignine, tandis que ceux responsables
de carie brune s’attaquent spécifiquement aux composés cellulosiques
(celluloses et hémicellulosiques) du bois et laissent la lignine modifiée.
Sur le plan macroscopique, les polypores présentent une diversité de
formes du chapeau, ils peuvent être de forme résupinée, étalé-réfléchie,
réfléchie-sessile ou réfléchie-stipitée (Binder et al., 2013; Boulet, 2003).
75
L’étude des structures microscopiques révèle l’existence de deux
principaux types d’hyphes chez des polypores, les hyphes générateurs et
les hyphes végétatifs (Boulet, 2003). Les hyphes végétatifs se subdivisent
à leur tour en hyphes squelettiques et ligatifs (Boulet, 2003; Ryvarden &
Johansen, 1980). Ces différents hyphes permettent de regrouper les
polypores, selon le type qu’ils renferment, en polypores monomitiques
(dotés d’hyphes générateurs uniquement), dimitiques (dotés des hyphes
squelettiques ou ligatifs en plus d’hyphes générateurs) et trimitiques
lorsque le système d’hyphes comporte les hyphes générateurs et les deux
types d’hyphes végétatifs (Boulet, 2003; Cunningham, 1954; Ryvarden &
Johansen, 1980). Ainsi, la prise en compte des caractéristiques
morphologiques et anatomiques comme le système d’hyphes, la forme et
la dimension des spores, la coloration aux réactions des tests macro et
microchimiques dans les études taxonomique et phylogénétique chez les
champignons, ont permis d’affiner la taxonomie et la classification
phylogénétique des polypores (Wagner & Fischer, 2001; Zhao et al.,
2013). Outre ces caractéristiques, les données moléculaires basées sur
les séquences d’ADN sont utilisées aujourd’hui de façon de plus en plus
courante.

Les études basées sur les données moléculaires ont recours au

séquençage de la région ITS (Internal Transcribed Spacer) de l’ADN
ribosomique (ADNr) nucléaire et/ou mitochondrial des champignons
(Binder & Hibbett, 2002; Hibbett et al., 2007; Hibbett et al., 2005;
Larsson et al., 2004). La région ITS est reconnue pour être variable au
niveau intra spécifique et permet de ce fait l’identification même au niveau
infra spécifique (Bridge, 2002; Nilsson et al., 2008). Par ailleurs, le
recours aux techniques moléculaires pour l’identification des espèces de
champignons de carie des arbres à partir du séquençage de la région ITS
76
de l’ADNr a déjà donné des résultats satisfaisants (Schmidt et al., 2012;
Schmidt & Moreth, 2002). De même, le recours aux inférences
phylogénétiques dans les recherches antérieures réalisées à partir de
l’ADNr a contribué à résoudre les incertitudes phylogénétiques et à
améliorer la taxonomie chez les champignons (Hong et al., 2002).

L’objectif principal de notre étude était d’identifier par les outils

moléculaires les champignons polypores associés aux arbres de Béli sur
pied ainsi que d’estimer la diversité phylogénétique des spécimens
obtenus. Ces recherches constituent une première étude réalisée sur les
champignons polypores associés à l’espèce forestière commerciale J.
bifoliolata au Gabon.

1.4. Matériel et méthodes

1.4.1. Collecte des échantillons

Les échantillons de basidiomes de champignons polypores ont été

prélevés sur les arbres de Béli (Julbernardia bifoliolata) sur pied ayant en
moyenne 1,07 m (SE=±0.0399) de diamètre. La collecte a eu lieu dans
trois concessions forestières correspondantes à des permis forestiers
attribués aux compagnies d’exploitation de grumes de la Société des bois
de Lastourville (SBL), de la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB) et la
Société Équatoriale d’Exploitation Forestière (SEEF).

Les concessions de ces sociétés étaient situées dans la province de

l’Ogooué-Lolo et localisées géographiquement entre 1° 0’ 0’’ S de latitude
et 12° 30’ 00’’ E de longitude (Fig. 1.1). La collecte s’est déroulée pendant
les mois de mai et juin 2012. Nous avons collecté 102 carpophores de

77
polypores sur les sujets de Béli cariés dans l’ensemble des sites, dont 30
à SBL, 35 à CEB et 37 à la SEEF.

78
Figure 1. 1 Sites d’étude dans la province de l’Ogooué-Lolo, localisée
dans le Sud-est du Gabon

79
 1.4.2. Isolation, extraction d’ADN, amplification et séquençage

Le traitement des échantillons et les analyses moléculaires ont été réalisés

dans la ville de Libreville, précisément dans les locaux du laboratoire de
biologie moléculaire de l’Institut de Recherche en Écologie Tropicale
(IRET) du Centre National de la Recherche Scientifique et Technologique
du Gabon (CE.NA.RE.S.T.). Les basidiomes étaient coupés en petits
morceaux à l’aide de lames, pesés (environ 20 mg) et transférés dans des
tubes de 2 ml contenant des billes de tungstène de 3 mm de diamètre
(Qiagen Inc, Toronto, Canada). Les échantillons étaient broyés deux fois
à l’aide du broyeur Mini-BeadBeater-1 (Biospec Products, Bartlesville,
USA) à la fréquence de 25 Hz pendant 2 min. La première fois pour
réduire les échantillons en plus petits morceaux et la seconde fois avec
400 µl de tampon de lyse AP1 provenant de la trousse d’extraction Qiagen
DNeasy Plant, 3.9 µl d’enzyme RNAse A (Qiagen) et 0.5 µl de réactif DX
(Qiagen).

Après le broyage des morceaux de carpophores, nous avons procédé aux

extractions d’ADN en suivant les étapes fournies dans le protocole
d’isolement de l’ADN des tissus végétaux contenu dans le kit d’extraction
Qiagen. Le volume total d’élution obtenu avec le tampon AE (Qiagen) était
de 2x 50 µl.

Les amplifications d’ADN par la méthode de Réaction en Chaine par

Polymérase (PCR) ont été réalisées au laboratoire de biologie moléculaire
du Centre d’étude de la forêt (CEF) hébergé à l’Institut de Biologie
Intégrative et des Systèmes (IBIS) du Pavillon Marchand de l’université
LAVAL à Québec (Canada). Les amplifications de l’ADN ribosomique de la
région comprise entre ITS1 —5.8S — ITS2 (Bougnoux & Espinasse, 2003)
ont été faites en utilisant les amorces ITS 1F et ITS4B (Integrated DNA
80
Technologies, Coralville, USA) qui sont des amorces spécifiques pour
l’identification des Basidiomycota (Gardes & Bruns, 1993). Le volume total
de l’amplification était de 25 µl et comprenait : 12,5 µl de tampon Premix
Ex TAq Hot Start Version (Takara Bio, Mountain View, USA), 8,5 µl d’eau
stérile Invitrogen (Life Technologies, Carlsbad, USA) et 1 µl de chacune
des amorces. Dans chaque tube, 2 µl d’extrait d’ADN génomique
complétaient le volume total de la PCR. Les échantillons ont été placés
ensuite dans le thermocycleur MJ Research Tetrad PTC-225 (GMI,
Ramsey, USA.) et soumis au programme suivant : 1 cycle de dénaturation
initiale à 94 °C pendant 2 min 30 s, 40 cycles comprenant une
dénaturation à 94 °C pendant 15 s, un appariement des amorces
(annealing) à 57 °C pendant 30 s et une extension à 72 °C pendant 90 s,
puis une extension finale à 72 °C pendant 10 min. Pour vérifier la
présence d’amplicons, un gel d’agarose de 1.5 % a été préparé avec du
TAE (Tris Acetate EDTA) 1X. Dans chaque puits, 3 µl de produit PCR
mélangé à 2 µl de bleu de dépôt 6X ont été déposés, pour un volume total
de 5 µl. Nous avons utilisé le marqueur de poids moléculaire Low Mass
Ladder Invitrogen (Life Technologies) pour déterminer la taille des
échantillons. Les échantillons ont migré sous 85 V pendant 1h 30. Le gel
a été coloré au bromure d’éthidium (0.5 μg/ml) pendant 10 min et
visualisé sous lumière UV dans le GelDoc-It Imaging System (UVP,
Upland, USA).

Les produits PCR positifs ont été séquencés dans les laboratoires de la
plateforme d’analyses génomiques de l’IBIS à l’université Laval au Canada
et traités selon la technique d’électrophorèse capillaire sur plateforme ABI
3130XL (Applied Biosystems, Foster City, USA).

81
 1.4.3. Analyses phylogénétiques

Les séquences ont été éditées à l’aide du logiciel BioEdit version 7.0.9.0
(Hall, 1999). La banque de données génomique Genbank de NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) a été interrogée à l’aide de l’algorithme
Blastn (Altschul et al., 1997) pour la recherche des séquences similaires.
Les séquences ayant eu un pourcentage de similarité supérieur ou égal à
90 % ont été retenues. Un alignement multiple a été effectué à l’aide du
programme ClustalW (Thompson et al., 1994). Les relations
phylogénétiques ont été estimées en utilisant les séquences alignées, par
la méthode d’analyse de distance de Neighbor-joining (Saitou & Nei,
1987). L’option de p-distance a été choisie comme modèle de substitution
pour le calcul des distances évolutives (Nei & Kumar, 2000). Toutes les
positions ambiguës ont été retirées pour chaque paire de séquence et le
test phylogénétique a été effectué avec une analyse de bootstrap (Hillis
& Bull, 1993) de 1000 répétitions effectuées au hasard. La reconstruction
phylogénétique de l’arbre a été réalisée à l'aide du logiciel MEGA version
X (Kumar et al., 2018).

Cette analyse phylogénétique a été réalisée afin d’observer l’agencement

des séquences d’ITS de l’ADNr d’identités différentes provenant des sujets
cariés de Béli. Les séquences de chacune des espèces générées par cette
étude ont été déposées dans Genbank avec les numéros d’accession
suivants : KU981303 — KU981372.

82
 1.5. Résultats

1.5.1. Identification des polypores

Lors de la collecte d’échantillons, cent deux (102) carpophores de

champignons ont été récoltés dans les trois sites et traités en laboratoire.
De ces analyses, 70 séquences ont été retenues après obtention des
résultats du séquençage dont 8 à SBL, 30 à SEEF et 32 à CEB (Tableau
1.1). Les comparaisons effectuées dans Genbank nous ont permis
d’obtenir des similitudes à des pourcentages variables. Les identités
probables déduites de ces pourcentages correspondent à 53 séquences
au niveau de l’espèce, à l’instar de Amauroderma subresinosum,
Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina,
Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius. Treize séquences ont été
identifiées au niveau du genre (3 Perenniporia sp. et 10 Inonotus sp.),
une séquence l’a été au niveau de l’ordre (Hymenochaetales sp) et trois
autres identifiées comme non cultivées (Uncultured fungus). Le
champignon R. ulmarius était présent dans les trois sites et représentait
à lui seul près de 59 % des séquences soumises. Quant aux carpophores
de Inonotus sp., ils représentaient 14 % des séquences et tout comme
les espèces Uncultured fungus et Perenniporia sp., elles ont été trouvées
dans les sites des chantiers CEB et SEEF. Les autres espèces, très peu
représentées, ont été identifiées dans un seul site. L’espèce F. nobilissima
a été collectée au chantier SBL et P. noxius à CEB. Quant aux espèces A.
subresinosum, F. gilva et H. murina, ils ont été collectés dans le permis
de la SEEF. Les espèces identifiées dans cette étude appartenaient aux
familles des Ganodermataceae, Hymenochaetaceae, Meripilaceae et
Polyporaceae.

83
Tableau 1. 1 Isolats des champignons polypores utilisés dans cette étude, ayant obtenus une similitude
d’au moins 90% et numéros d’accession Genbank.

Identité
# accession Genbank
Sites # des isolats Réponse Blast (%) probable

SEEF-Milole isolate ENEF1 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981303

isolate ENEF2 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981304

isolate ENEF3 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981305

isolate ENEF4 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981306

isolate ENEF5 Amauroderma subresinosum (96) Amauroderma subresinosum KU981307

isolate ENEF7 Fuscoporia gilva (95) Fuscoporia gilva KU981309

isolate ENEF8 Fuscoporia gilva (95) Fuscoporia gilva KU981310

isolate ENEF9 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981311

isolate ENEF10 Hymenochaete murina (96) Hymenochaete murina KU981312

isolate ENEF11 Hymenochaete murina (96) Hymenochaete murina KU981313

isolate ENEF16 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981318

isolate ENEF17 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981319

isolate ENEF18 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981320

isolate ENEF19 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981321

isolate ENEF20 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981322

84
 isolate ENEF21 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981323

isolate ENEF22 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981324

isolate ENEF23 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981325

isolate ENEF57 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981359

isolate ENEF58 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981360

isolate ENEF59 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981361

isolate ENEF60 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981362

isolate ENEF61 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981363

isolate ENEF62 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981364

isolate ENEF63 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981365

isolate ENEF64 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981366

isolate ENEF65 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981367

isolate ENEF66 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981368

isolate ENEF67 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981369

isolate ENEF70 Uncultured fungus (93) Meripilus sp. 1 KU981372

CEB-Milole isolate ENEF12 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981314

isolate ENEF13 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981315

isolate ENEF14 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981316

isolate ENEF15 Inonotus obliquus (90) Inonotus sp. 1 KU981317

isolate ENEF24 Perenniporia sp. (93) Perenniporia sp. 1 KU981326

isolate ENEF25 Phellinus noxius (97) Phellinus noxius KU981327

isolate ENEF26 Phellinus noxius (97) Phellinus noxius KU981328

isolate ENEF34 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981336

85
isolate ENEF35 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981337

isolate ENEF36 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981338

isolate ENEF37 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981339

isolate ENEF38 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981340

isolate ENEF39 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981341

isolate ENEF40 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981342

isolate ENEF41 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981343

isolate ENEF42 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981344

isolate ENEF43 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981345

isolate ENEF44 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981346

isolate ENEF45 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981347

isolate ENEF46 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981348

isolate ENEF47 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981349

isolate ENEF48 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981350

isolate ENEF49 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981351

isolate ENEF50 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981352

isolate ENEF51 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981353

isolate ENEF52 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981354

isolate ENEF53 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981355

isolate ENEF54 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981356

isolate ENEF55 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981357

isolate ENEF56 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981358

isolate ENEF68 Uncultured fungus (99) Meripilus sp. 1 KU981370

isolate ENEF69 Uncultured fungus (99) Meripilus sp. 1 KU981371

86
SBL_Chantier19 isolate ENEF6 Fomitiporia nobilissima (99) Fomitiporia nobilissima KU981308

isolate ENEF27 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981329

isolate ENEF28 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981330

isolate ENEF29 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981331

isolate ENEF30 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981332

isolate ENEF31 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981333

isolate ENEF32 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981334

isolate ENEF33 Rigidoporus ulmarius (99) Rigidoporus ulmarius KU981335

87
 1.5.2. Analyses phylogénétiques

La taille des séquences produites dans cette étude variait entre 522 et
852 paires de bases.

Nous avons utilisé 70 séquences ITS de l’ADNr de bonnes qualités issues

de notre étude pour produire l’arbre phylogénétique auxquelles ont été
associées des séquences de références issues du Gabon et des régions
tropicales provenant toutes de Genbank, à l’instar de Amauroderma
subresinosum (KP965914 et JQ409358), Fomitiporia nobilissima
(GU461966, GU461967 et KP965915), Fuscoporia gilva (KP771705),
Hymenochaete murina (KJ769183), Inonotus obliquus (MN318441), I.
nidus-pici (MN318440), I. andersonii (MN318443), Meripilus sp.
(KR349636), Perenniporia sp. (KP012910), Phellinus noxius (HQ400698
et KP965916), et Rigidoporus ulmarius (KP965917, KJ559445,
AY593868). L’arbre phylogénétique a été reconstruit par la méthode du
Neighbor-joining. Les séquences de notre étude combinées à celles
provenant de Genbank formaient 9 clades bien distincts et fortement
soutenus au sein de l’arbre phylogénétique (Fig. 1.2). Les séquences
étaient regroupées selon le statut générique. Il s’agit des genres
Amauroderma, Fomitiporia, Fuscoporia, Hymenochaete, Inonotus,
Meripilus, Perenniporia, Phellinus et Rigidoporus.

L’ensemble des séquences récupérées dans Genbank et provenant

également des basidiomes prélevés sur J. bifoliolata étaient placées
proches des séquences similaires de notre étude dans l’arbre
phylogénétique.

88
 KU981338

KU981352

KU981350

KU981354
83
KU981351

KU981353

KP965917 | Rigidoporus ulmarius Gabon

KU981357

71
KU981348

77 KU981356

KU981345

KU981344

KU981343

KU981340

KU981349

KU981358

KJ559445 | Rigidoporus ulmarius voucher N407 Cameroon

KU981336

90 KU981355

KU981341

KU981347

KU981342
Rigidoporus genus
KU981367

KU981369

KU981368

KU981365

KU981337

KU981361

KU981362

KU981359

KU981339

KU981364

AY593868 | Rigidoporus ulmarius UK

KU981329

KU981331

KU981332
70
KU981335

KU981334
100 KU981330

KU981333

KU981363

KU981346

KU981360

KU981366

96 KU981327
96 80
KU981328
100 Phellinus genus
HQ400698 | Phellinus noxius isolate FRIM638 Malaysia
78 KP965916 | Phellinus noxius Gabon

KP771705 | Fuscoporia gilva voucher UOC-MINNP-MK71 Sri Lanka

100
KU981309 Fuscoporia genus

Figure 1. 2 Analyse phylogénétique

100 KU981310

73 KU981370

des 70 isolats des champignons

KU981371
100 Meripilus genus
KU981372

polypores récoltés sur les arbres de

KR349636 | Meripilus sp. BAB-5175 India

100 KU981324

Béli de l’étude ainsi que des

97
KU981325
87 Perenniporia genus
KU981326

séquences de référence d’ITS de

KP012910 | Perenniporia sp. 1 GMB-2014 voucher MEL:2382729 Australia

100 KP965914 | Amauroderma subresinosum Gabon

100

l’ADNr provenant de Genbank. La

JQ409358 Amauroderma subresinosum strain ML288 Malaysia

KU981306
99

100
KU981305

KU981303
Amauroderma genus
méthode de distance du Neighbor-
83
KU981304

97 KU981307
joining et le modèle de substitution
100
100 KU981312

KU981313 Hymenochaete genus

p-distance ont été utilisés, les
94
KJ769183 | Hymenochaete murina isolate KS-F3 Singapore

GU461966 | Fomitiporia nobilissima strain MUCL 47580 Gabon

valeurs de bootstrap affichées
(supérieurs ou égales à 70 %) ont
100
GU461967 | Fomitiporia gabonensis strain MUCL 51291 Gabon
94
100 Fomitiporia genus
KU981308

KP965915 | Fomitiporia nobilissima Gabon

MN318443 | Inonotus andersonii voucher JV1209 66 Costa Rica

été obtenues à partir de 1000
répétitions. Les branches en gras
100
98 MN318440 | Inonotus nidus-pici voucher JV0107 6 Czech Republic

MN318441 | Inonotus obliquus voucher JV0408 36 Czech Republic

100
KU981314

KU981316
montrent le regroupement des
100
KU981315

KU981318
séquences au sein des différents
Inonotus genus
KU981320

KU981323
genres.
KU981321

KU981319

KU981317

KU981311

KU981322

FJ664597 | Armillaria mellea voucher PDA 84-103.1

89
Les dix isolats identifiés dans Genbank comme Inonotus obliquus sont une
nouvelle espèce appartenant au genre Inonotus provenant de notre
échantillonnage. La figure 1.2 indique qu’ils appartiennent au genre
Inonotus, mais pas aux espèces connues de ce genre.

1.6. Discussion

Les basidiomes échantillonnés dans cette étude et identifiés à l’espèce

appartiennent aux espèces suivantes : A. subresinosum, F. nobilissima,
F. gilva, H. murina, P. noxius et R. ulmarius. Trois autres taxons ont été
également identifiées au niveau du genre: Inonotus sp., Meripilus sp. et
Perenniporia sp.).

L’espèce R. ulmarius (Meripilaceae) représentait plus de la moitié des

champignons prélevés sur les arbres de Béli debout. Aussi sa présence
était récurrente dans les trois sites de la région où nous avons mené notre
étude. C’est une espèce très répandue en Amérique du Nord et reconnue
comme un pathogène des ormes (Ulmus spp.) qui infecte l’arbre par les
blessures où elle cause la carie du tronc (Pegler & Waterston, 1968).
Rigidoporus ulmarius est une espèce cosmopolite qui a déjà été observée
dans les forêts tropicales. Dans ces régions, elle a été également identifiée
comme étant responsable de la carie blanche dans le cœur des arbres
(Rajchenberg & Robledo, 2013). Dans les forêts tropicales de l’Amérique
latine, ce champignon a été retrouvé aussi bien sur les arbres debout que
sur le bois mort d’une espèce forestière de la famille des Lauraceae
(Cockle et al., 2012). En Afrique centrale, R. ulmarius a été identifiée au
Cameroun sur le bois mort (Laessøe et al., 1996; Roberts & Ryvarden,
2006). Au Gabon, il a été observé dans la réserve d’Impassa (Yombiyeni,

90
2014). L’identification de R. ulmarius sur les arbres de Béli est inédite au
Gabon. La présence de R. ulmarius sur le bois mort peut être due à la
présence de propagules du champignon pathogène pré existant dans
l’aubier des arbres vivants (Boddy, 2001; Parfitt et al., 2010; Zabel &
Morrell, 2012).

Contrairement à R. ulmarius, l’espèce A. subresinosum est reconnue dans

la littérature comme étant un champignon responsable de pourridiés,
causant la carie blanche et qui a également été observée en régions
tropicales sur les arbres vivants (Agustini et al., 2014; Aime et al., 2003;
Glen et al., 2009; HaiSheng et al., 2008). Le champignon A. subresinosum
tout comme P. noxius, est un pathogène responsable de pourridiés qui
occasionne des pertes énormes dans les plantations forestières. Les
travaux d’Agustini et al. (2014) font mention des pertes occasionnées par
P. noxius et qui ont entrainé la mort de 47 % des arbres dans une
plantation de Eucalyptus pellita en 2007. Amauroderma subresinosum est
responsable de pourridiés dans les plantations forestières d’Acacia
mangium et d’Eucalyptus pellita (Agustini et al., 2014; Glen et al., 2009).
Les recherches de Moussavou et al., (non publiées) sur les polypores de
coursons ont identifié A. subresinosum dans le cortège de champignons
polypores du bois mort au début de l’exposition. On pourrait s’attendre
au fait que ce champignon soit également un pathogène dont les
propagules étaient préexistantes dans le bois. Aussi bien A. subresinosum
que P. noxius ont déjà fait l’objet de mention au Gabon, en revanche,
l’observation de ces espèces sur les arbres de Béli n’a jamais été
mentionnée.

Une nouvelle espèce d’Inonotus sp., collectée dans les sites de CEB et de
SEEF a montré une similitude à 90% avec d’autres espèces du genre

91
Inonotus et il semble que cela soit une nouvelle espèce endémique à
l’Afrique. Ces isolats avec des séquences ayant leur plus proche similarité
avec I. obliquus pourraient être une nouvelle espèce proche d’I. obliquus.
Ce dernier est un champignon pathogène reconnu en Amérique du Nord
comme étant responsable de caries chancreuses et de carie de l’aubier
sur les bouleaux (Blanchette, 1982). Selon ce dernier, I. obliquus serait
un pathogène qui pénètre l’hôte par les blessures de l’écorce et envahit
progressivement les cellules saines de l’aubier. Par ailleurs, les pressions
occasionnées par les animaux sur l’écorce des arbres de Béli pourraient
constituer des voies de contamination pour ce champignon et provoquer
des caries chancreuses dans l’arbre.

Les autres espèces de la famille des Hymenochaetaceae identifiées sur le

Béli, à l’instar de Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, et
Hymenochaete murina ont été obtenues à partir d’une ou de deux
séquences uniquement. Les espèces F. gilva et H. murina ont déjà été
identifiées comme étant des pathogènes des arbres en régions tropicales
(Ann et al., 2002; Burcham et al., 2015; Dai et al., 2007; GuoFu &
MeiQing, 2000; Mohd Farid et al., 2005; Rajchenberg & Robledo, 2013).
Chez les champignons appartenant au genre Fomitiporia, on retrouve
couramment des agents pathogènes qui envahissent les arbres vivants,
s’installent dans le cœur des arbres pour les affaiblir et les rendre
vulnérables au vent (Larsson et al., 2006).

Le champignon F. gilva est reconnu comme un pathogène opportuniste

qui colonise le bois par les blessures des arbres vivants et s’en prend aux
sujets affaiblis, malades ou stressés (Boulet, 2003). En région tropicale,
il a déjà été retrouvé en Asie sur le genre Castanopsis où il est responsable
de la carie blanche dans le cœur du bois (Dai et al., 2007). F. gilva a déjà

92
fait l’objet d’une première mention au Gabon (Yombiyeni, 2014),
l’identification de ce dernier sur le Béli est par contre nouvelle.

Le champignon H. murina, quant à lui, est un agent de carie blanche (Dai,

2010) dont la pathogénie a été démontrée sur l’espèce forestière Khaya
senegalensis (Burcham et al., 2015). Selon ces derniers, les pertes de
masse observées lors des tests in vitro chez H. murina sont faibles par
rapport à celles provoquées par le champignon P. noxius. L’identification
de H. murina sur les arbres de Béli fait l’objet d’une première mention
chez les espèces forestières du Gabon.

Le champignon F. nobilissima, quant à lui, a déjà été identifié au Gabon,

comme étant un champignon de carie blanche sur le bois mort de l’espèce
forestière Gilbertiodendron dewevrei (Amalfi et al., 2010). Cependant, la
littérature ne fait pas mention des problèmes de caries occasionnées par
cette espèce sur des arbres vivants. Toutefois, beaucoup d’espèces de
champignons appartenant au genre Fomitiporia ont déjà été identifiées
comme étant responsables de la carie chez les arbres vivants (Bruno &
Sparapano, 2006; Cloete et al., 2014; Dai et al., 2007; Terashima, 2013).
Pour cette étude, le champignon F. nobilissima répertorié comme
champignon associé aux arbres vivants est une première mention au
Gabon.

Le champignon P. noxius est une espèce qui a été couramment recensée

chez les espèces forestières et ornementales d’Asie (Ann et al., 2002; Ann
et al., 1999; Mohd Farid et al., 2005; Sahashi et al., 2012). Elle a déjà
été identifié au Gabon (Yombiyeni, 2014). Cette dernière possède une
large gamme d’hôtes chez les feuillus et les essences des forêts tropicales
et subtropicales où elle cause des caries des racines et du tronc des arbres
(Ann et al., 2002; Bolland, 1984; Chang, 1992, 1995; Hodges & Tenorio,
93
1984; Nandris et al., 1987a). Le champignon P. noxius a même déjà été
répertorié sur les arbres de la famille des Cesalpiniaceae (Ranadive et al.,
2012). Contrairement aux autres champignons répertoriés dans cette
étude qui sont des champignons de carie blanche, P. noxius est un
champignon responsable de carie brune (Ann et al., 2002; Ann et al.,
1999; Nandris et al., 1987b).

De ce qui précède, plusieurs champignons polypores sont associés à la

carie des arbres de Béli sur pied. Ces polypores causent en majorité une
carie blanche du bois. L’espèce P. noxius était le seul polypore qui cause
la carie brune répertoriée sur les arbres de Béli. Les espèces A.
subresinosum et P. noxius sont des pathogènes primaires répertoriés
comme étant responsables de caries racinaires ou pourridiés. Ces deux
champignons polypores sont reconnus comme des pathogènes
redoutables des arbres. Les autres espèces, outre F. nobilissima qui
n’avait pas été identifiée auparavant sur les arbres vivants au Gabon, sont
des agents pathogènes secondaires responsables des caries du tronc. La
récurrence de l’espèce R. ulmarius observée sur les arbres de Béli et dans
tous les sites peut être attribuable à l’âge des arbres étant donné les gros
diamètres des sujets échantillonnés. Cette récurrence peut être
également due à la présence de l’inoculum de ce champignon dans
l’ensemble des sites. D’autre part, les séquences identifiées à des niveaux
taxonomiques supérieurs comme Perenniporia sp., Hymenochatales sp.,
et Uncultured fungus démontrent que la liste des espèces susceptibles de
coloniser les arbres de Béli n’est pas exhaustive.

94
 1.7. Conclusion

Les basidiomes ont été récoltés sur les arbres de Béli cariés présentant
des cavités, des écoulements de sève ou exsudats ou des branches
adventives sur les troncs. Ces signes et symptômes sont révélateurs de
la présence de caries et de maladies des arbres. L’identification réalisée à
partir du séquençage de la région ITS de l’ADNr nous a permis de déceler
une diversité de champignons polypores. Les espèces identifiées sont
reconnues dans la littérature comme étant des agents pathogènes des
arbres en région tropicale et partout dans le monde. Les caries chez le
Béli sont occasionnées par une multitude de champignons qui pourraient
être aussi bien des champignons pathogènes primaires responsables de
pourridiés qu’opportunistes. Les champignons P. noxius et A.
subresinosum, déjà récoltés sur d’autres espèces d’arbres au Gabon, sont
des champignons de pourridiés dont l’impact sur les arbres feuillus
tropicaux a été déjà documenté. Une nouvelle espèce d’Inonotus
endémique à l’Afrique a été mise en évidence dans cette étude. Ces isolats
ayant leur plus proche similarité avec I. obliquus, il pourrait s’agir d’une
nouvelle espèce proche d’Inonotus obliquus. Les autres champignons de
notre étude qui pourraient être qualifiés de pathogènes secondaires
appartiennent aussi bien à l’ordre des Polyporales (Perenniporia sp., R.
ulmarius) qu’à celui des Hymenochaetales (F. gilva, F. nobilissima et H.
murina). Les espèces F. gilva, F. nobilissima et R. ulmarius avaient déjà
été identifiées au Gabon à l’exception de H. murina qui fait l’objet d’une
première mention au Gabon. L’abondance des espèces R. ulmarius et
Inonotus sp., observée sur les arbres de Béli pourrait être reliée à la
disponibilité de la présence de l’inoculum dans le milieu. La plupart des
champignons identifiés sont responsables des caries blanches et donc
capables de décomposer aussi bien la lignine que la cellulose du bois.
95
L’association de l’espèce F. nobilissima aux pathogènes des arbres vivants
constitue une première mention pour le Gabon.

La diversité de champignons polypores observés sur le Béli confirme que

cette essence serait vulnérable face aux champignons de caries. Par
ailleurs, les arbres de Béli subissent en forêts naturelles des pressions
récurrentes de la part des animaux, ce qui favoriserait ces attaques. Ces
pressions occasionnent des blessures sur les arbres et constituent des
portes d’entrée des champignons de carie dans l’arbre (Boddy, 2001).

Finalement, les champignons de notre étude constituent pour la plupart

une première mention au Gabon et sur les arbres vivants de Béli. Ainsi,
H. murina serait nouvellement identifiée dans les forêts du Gabon. Les
autres espèces à l’instar de A. subresinosum, R. ulmarius, F. nobilissima,
F. gilva et P. noxius bien qu’ayant déjà été répertoriées au Gabon, font
toutefois, l’objet d’une première mention comme champignons associés à
la carie du Béli.

L’identification des champignons polypores présents sur les arbres debout

des trois essences de notre étude a été limitée par l’absence de
basidiomes récurrente sur l’Alep et le Sorro. L’extraction d’ADN de
champignons à partir de carotte de bois des trois essences à l’aide des
amorces universelles de champignons a été utilisée.

Les espèces A. subresinosum, F. nobilissima, P. noxius et R. ulmarius,

principales espèces de cette étude seront utilisées pour une expérience in
vitro de perte de masses sur les blocs bois, afin de tester leur capacité de
dégradation du bois des trois essences de cette étude.

Les champignons polypores pathogènes présents dans le bois des arbres

vivants sous forme de mycélium, ont la capacité de persister dans le bois
96
des arbres abattus à cause de la présence de propagules. L’observation
des champignons polypores présents à la fois sur le bois mort et des
arbres debout des essences forestières de notre étude permettra
également de confirmer leur présence sur les arbres vivants.

1.8. Remerciements

Ce travail a été mené grâce à la contribution financière du projet FOGRN-

BC (Projet d’appui à la Formation en Gestion des Ressources Naturelles
dans le Bassin du Congo). L’aide apportée par l’Organisation
Internationale des Bois Tropicaux (OIBT), bourse réf 026-13S, a
également contribué à parfaire les analyses de ce travail.

1.9. Références bibliographiques

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104
CHAPITRE 2 Diversité des champignons endophytes chez les
essences Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et
Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du sud-est du Gabon

Inès Nelly MOUSSAVOU BOUSSOUGOU1,4, Auguste NDOUTOUME2, Louis

BERNIER1, Jean BERUBÉ3

1Université Laval, Centre d’Étude de la forêt (CEF), Département des

sciences du bois et de la forêt, Institut de Biologie Intégrative et des
Systèmes (IBIS), Pavillon Charles-Eugène Marchand, 1030 avenue de la
Médecine, local 2263, G1V 0A6, Québec, Canada. Tel: (418) 656-7655

2Institut de Recherche Agronomique et Forestière, BP 2246, Gros-

Bouquet, Libreville, Gabon. Tel : (241) 7760 9268 / 6626 1554

3Ressources naturelles Canada, Centre de foresterie des Laurentides,

1055, rue du PEPS, C.P. 10380, succ. Sainte-Foy, G1V 4C7, Québec,
Canada. Tel : (418) 648-7174

4École Nationale des Eaux et Forêts, Département Aménagement des

Forêts et Environnement, BP 3960, Cap-Estérias, Libreville, Gabon. Tel:
(241) 7460 1392 / 6678 8615

La version anglaise de ce chapitre sera soumise pour publication dans la

revue Fungal Ecology.

105
 2.1. Résumé

Afin d’identifier les champignons associés aux caries chez les essences
Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa, nous avons prélevé des carottes de bois sain d’aubier sur des
arbres cariés avec la sonde de Pressler dans trois sites du Sud-est
gabonais, extrait l’ADN et amplifié la région ITS 1 —5.8S — ITS2 de l’ADNr
à l’aide des amorces ITS1F et ITS4. Les champignons isolés étaient en
majorité des Ascomycota (Sordariomycètes, Dothideomycètes,
Eurotiomycètes et Saccharomycètes). Ces derniers se regroupaient dans
62 Unités taxonomiques opérationnelles (OTUs) dont cinq seulement
étaient partagées par les trois essences. Les genres Penicillium et
Pestalotiopsis, appartenant respectivement aux Eurotiales et aux
Xylariales, étaient les plus abondants et communs aux trois essences. Les
indices de diversité de Shannon (H= 3.10) et Simpson (D= 0.12)
indiquaient une grande diversité en champignons endophytes chez les
trois essences. L’essence S. ochocoa et le site CEB affichaient les plus
grandes diversités en champignons endophytes.

Mots clés : ADNr, Champignons endophytes, Indice de Shannon, Indice

de Simpson, Gabon.

2.2. Abstract

To identify the fungi associated with Julbernardia bifoliolata, Desbordesia

glaucescens, and Scyphocephalium ochocoa wood decay, we collected
healthy sapwood cores from decayed trees with the Pressler probe in
three sites in southeastern Gabon, extracted the DNA, and amplified the
ITS 1 -5.8S - ITS2 rDNA region using ITS1F and ITS4 primers. The
106
isolated fungi were mostly Ascomycota (Sordariomycetes,
Dothideomycetes, Eurotiomycetes and Saccharomycetes). The latter
were grouped into 62 Operational Taxonomic Units (OTUs), and only five
OTUs were shared by the three tree species. The genera Penicillium and
Pestalotiopsis, respectively Eurotiales and Xylariales were the most
abundant and common to the three tree species. Diversity indices of
Shannon (H = 3.10) and Simpson (D = 0.12) indicated a high diversity of
endophytic fungi among the tree species. S. ochocoa trees and the CEB
site harbored the greatest diversity of endophytic fungi.

Key words: rDNA, endophytic fungi, Shannon index, Simpson index,

Gabon.

2.3. Introduction

La forêt gabonaise regorge d’une grande variété d’essences forestières

dont certaines ont une importance commerciale. L’Alep (Desbordesia
glaucescens), le Béli (Julbernardia bifoliolata) et le Sorro
(Scyphocephalium ochocoa) font partie des essences dominantes dans la
région forestière du centre et du sud du Gabon (Caballe, 1978; Doucet &
Brugière, 1999; Gesnot et al., 1996). Les recherches effectuées jusque-
là en forêt gabonaise concernent la dynamique forestière, la
caractérisation écologique des forêts et les études sur la biologie des
principales essences forestières exploitées (Doucet, 2003; Fuhr et al.,
1998). En forêt, des individus d’Alep, de Sorro et de Béli de gros diamètre
(plus de 60 cm) partagent le même habitat et sont trouvés en abondance
dans les peuplements résiduels après coupe. Ces trois essences
connaissent les problèmes de caries des arbres sur pied, très visibles sur

107
le tronc du Sorro et à la base de l’Alep et parfois non visibles sur le Béli.
Par ailleurs, les commandes de volumes bois effectuées auprès des
compagnies forestières particulièrement, pour le Béli, essence très
appréciée en menuiserie et ébénisterie, sont souvent difficiles à honorer
par les exploitants forestiers auprès de leurs clients en raison des pertes
de volumes dues aux caries. Ce qui permet de comprendre les raisons
pour lesquelles on pense que le Béli serait une essence exploitée au gré
des saisons (Doucet, 2003). Les problèmes de caries auxquels sont
confrontés l’Alep, le Sorro et le Béli sont confirmés par la présence de
basidiomes de champignons polypores observés et récurrents sur le Béli
et très difficilement observables sur les deux autres essences.

Par ailleurs, les recherches sur les pathologies des arbres au Gabon sont
peu nombreuses, ces dernières ont été réalisées aussi bien sur les espèces
exotiques (Gohet et al., 1991; Guyot, 1997; Guyot & Flori, 2002) que sur
les espèces indigènes (Brunck, 1965, 1994; Deval, 1976). Les recherches
effectuées sur les espèces exotiques font mention de problèmes de
pourridiés observés dans les plantations d’Hévéa (Hevea brasiliensis) et
sur le Teck (Tectona grandis). Les maladies de l’Hévéa ont été attribuées
aux champignons du genre Armillaria (Guyot, 1997), à Phellinus noxius
et à Rigidoporus lignosus (Gohet et al., 1991; Guyot & Flori, 2002). Celles
du Teck sont dues à Armillaria mellea (Brunck, 1965). Pour les espèces
indigènes, des recherches sur les attaques des champignons et insectes
ont été menées en majorité sur l’Okoumé (Aucoumea klaineana Pierre),
en pépinière et en plantations forestières (Brunck, 1965, 1994). Les
études sur les arbres matures font référence aux maladies et défauts de
l'Okoumé, essence principale du Gabon (Deval, 1976). Les ravages en
pépinières et en plantations sont attribués aux insectes, à l’exemple des
Gryllidés, Cérambycidés, Ténébrionidés, Scolytidés, Platypodidés,
108
Lépidoptères foreurs de bourgeons et Hémiptères sur A. klaineana et sur
Tarrieta utilis (Brunck, 1965, 1994). L’Okoumé est particulièrement
attaqué par le chancre du tronc et des rameaux ou chancre noir causé par
le champignon Botryodiplodia theobromae Pat (Brunck, 1965; Deval,
1976). Selon Brunck (1965), d’autres essences comme Pterocarpus
soyauxii subissent la fonte de semis causée par Corticium spp. en
pépinière, et le chancre septorien causé par Mycosphaerella spp. sur
Guibourtia tesmanii en plantation.

En revanche, les endophytes vivant à l’intérieur des tissus végétaux

jouent de multiples rôles dans les plantes, ils peuvent agir comme agents
biologiques pour contrecarrer les agents responsables de maladies en
produisant des métabolites secondaires ou substances bioactives (Wang
et al., 2012). Ils améliorent également les conditions physiologiques au
sein des plantes hôtes infectées (Hanada et al., 2010; Xiao et al., 2013)
et possèdent des capacités à tolérer des stresses environnementaux
extrêmes (Hirt, 2012). Les endophytes des plantes ont la capacité de
lutter contre les pathogènes des plantes (Mejía et al., 2008; Siala et al.,
2016). Ganley et al. (2008) ont montré que les endophytes fongiques de
Pinus monticola étaient efficaces pour réduire les dommages aux agents
pathogènes, mais, plus importants encore, pour augmenter la survie (ou
ralentir le taux de mortalité) chez les semis atteints par l'agent pathogène
fongique Cronartium ribicola. L’efficacité des endophytes comme agent de
biocontrôle sur les plantes atteintes de caries racinaires est attribuée
aussi bien aux champignons qu’aux bactéries (Durairaj et al., 2018;
Zheng et al., 2017). Panax notoginseng abrite une diversité de
champignons endophytes permettant un contrôle biologique efficace de la
carie des racines causée par les pathogènes Alternaria panax, Fusarium
oxysporum, F. solani, Phoma herbarum et Mycocentrospora acerina
109
(Zheng et al., 2017). Les bactéries Pseudomonas aeruginosa et Bacillus
stratosphericus ont été testées pour contrôler les pathogènes fongiques
de la pourriture des racines causée par Ilyonectria sp., Neurospora sp.,
Cladosporium sp., Eutypella sp., Aschersonia sp. et Fusarium sp. (Durairaj
et al., 2018).

Par ailleurs, les substances bioactives produites par les endophytes des
plantes sont pour la plupart des substances antibactériennes (Radić &
Štrukelj, 2012), à l’instar des antibiotiques naturels dont les forêts
tropicales constituent un foyer important (Li et al., 2009). Cette diversité
peut varier en fonction de l’espèce hôte ou de la localisation géographique
de prélèvement (Arnold et al., 2000; Raviraja, 2005). Bien que certaines
espèces de champignons endophytes semblent se spécialiser en fonction
de la partie de la plante échantillonnée (Wu et al., 2013), certaines parties
en sont plus pourvues que d’autres. Des études comparatives de structure
de communauté de champignons endophytes isolés à partir de bois
provenant de brindilles et les feuilles réalisées chez trois feuillus ont
permis de déceler une grande richesse de champignons endophytes isolés
à partir du bois (Sun et al., 2012).

L’objectif de notre étude était d’explorer la flore fongique contenue dans

le bois sain des arbres présentant des signes de caries d’Alep, de Sorro
et de Béli provenant de trois sites différents de la province de l’Ogooué-
Lolo dans le Sud-Est du Gabon et chercher à savoir si cette flore fongique
variait entre les trois essences et entre les sites de prélèvement. Des
techniques moléculaires ont été utilisées afin d’isoler et identifier les
communautés de champignons.

110
 2.4. Matériel et méthodes

2.4.1. Sites et collecte des échantillons

Entre août 2010 et juillet 2011, nous avons collecté des échantillons de
carottes de bois sain de l’aubier des arbres d’Alep, de Béli et de Soro dans
les forêts du sud-est du Gabon (Fig. 2.1), plus précisément dans les
concessions forestières de la Société des bois de Lastourville (SBL), de la
Compagnie Équatoriale des Bois (CEB) et la Société Équatoriale
d’Exploitation Forestière (SEEF), situées dans la province de l’Ogooué-
Lolo au Gabon (1° 0’ 0’’ S de latitude et 12° 30’ 00’’ E de longitude). Cette
région a une superficie de 25380 km², soit environ 10 % de la superficie
du Gabon. Le type de végétation est une forêt dense humide
sempervirente (De Namur, 1990). La pluviométrie est de 1700 mm au
Nord et environ 2000 mm au Sud dans le massif du Chaillu.

Par ailleurs, la difficulté d’observation des basidiomes de polypores sur

l’Alep et le Sorro, a conditionné l’utilisation de la carotteuse des arbres
afin de prélever des carottes de bois sain sur les arbres cariés des trois
essences. Des carottes de bois d’environ 15 cm de longueur, d’arbres de
Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep (Desbordesia glaucescens) et de
Sorro (Scyphocephalium ochocoa) ont été prélevées à l’aide de la sonde
de Pressler. La sonde était aseptisée à la flamme entre deux prélèvements
et les carottes de bois misent dans des tubes stériles avant d’être
transférées dans une glacière et placées dans la journée au congélateur
à -20 °C. Nous avons échantillonné 499 arbres d’environ un mètre de
diamètre. Nous avons effectué des prélèvements sur le tronc des arbres
de D. glaucescens (Alep), J. bifoliolata (Béli) et S. ochocoa (Sorro)
présentant des caries.

111
Figure 2. 1 Localisation des sites et des arbres échantillonnés.

112
 2.4.2. Isolement, extraction, amplification et séquençage de l’ADN

Le traitement des échantillons et les analyses moléculaires ont été réalisés

au Gabon, dans les locaux des laboratoires du Centre International de
Recherches Médicales de Franceville (CIRMF) localisé dans la province du
Haut-Ogooué. Les bouts de carottes avec des évidences de caries ou de
bois foncé de duramen ont été systématiquement rejetés. Les échantillons
étaient coupés en petits morceaux à l’aide de lames, pesés (20 mg de
bois) et transférés dans des tubes de 2 ml contenant des billes de
tungstène de 3 mm de diamètre (Qiagen Inc, Toronto, Canada). Les
échantillons ont été broyés deux fois à l’aide du Geno/Grinder 2000 (Spex
sample prep, New-Jersey, USA), à 1500 tours/min pendant 2 min. Le
premier broyage, avant l’extraction de l’ADN, s’est effectué sans tampon
de lyse et les échantillons ont été placés pendant 20 min au congélateur.
Le second broyage a été fait avec 400 µl de tampon AP1, 3.9 µl de RNAse
A et 0.5 µl de réagent DX (Qiagen).

Les extractions d’ADN ont été menées en suivant les étapes fournies dans
le protocole d’isolement de l’ADN des tissus végétaux du Mini kit Qiagen
DNeasy Plant. Le volume total d’élution obtenu avec le tampon AE était
de 2x 50 µl. L’ADN génomique total obtenu a été dilué au 1/10 et au 1/50
à l’eau distillée pour l’amplification par PCR.

Les amplifications de l’ADN ribosomique de la région comprise entre ITS1

—5.8S — ITS2 (Bougnoux & Espinasse, 2003) ont été faites en utilisant
les amorces ITS1F et ITS4 pour l’identification des ascomycètes et
basidiomycètes (Gardes & Bruns, 1993). Le volume total de l’amplification
était de 25 µl et comprenait : le tampon Taq10X, le mélange de dNTP à
10 mM, la Taq polymérase ADN (5U/µl), tous de la compagnie Feldan-Bio,
Québec, Canada. Du MgCl2 à 50 mM, de l’eau stérile (Invitrogen,
113
Burlington, Canada) et des amorces ITS1F et ITS4 (Integrated DNA
Technologies Inc, Toronto, Canada) ont été ajoutés. Dans chaque tube,
3 µl d’ADN complétaient le volume total de la PCR, sauf pour le témoin
négatif qui contenait de l’eau stérile au lieu de l’ADN. Les échantillons ont
été placés dans le thermocycleur Gene Amp PCR System 9700 (Applied
Biosystems, Foster City, USA) et soumis au programme suivant : 1 cycle
de dénaturation initial à 95 °C pendant 2 min, 37 cycles comprenant une
dénaturation à 94 °C pendant 45 s, un appariement des amorces
(annealing) à 56 °C pendant 45 s et une extension à 72 °C pendant 45 s,
puis une extension finale à 72 °C pendant 10 min.

Un gel d’agarose (Invitrogen) de 1.5 % a été préparé avec du TAE (Tris

Acetate EDTA) 1X pour vérifier la présence d’amplicons. Dans chaque
puits, 3 µl de produit PCR mélangé à 2 µl de bleu de dépôt 10X ont été
déposés, pour un total de 5 µl. Nous avons utilisé le marqueur de poids
moléculaire 100 paires de base (Invitrogen) pour déterminer la taille des
échantillons. Les échantillons ont migré sous 85 V pendant 1 h 30. Le gel
a été coloré au bromure d’éthidium (0.5 μg/ml) et visualisé sous lumière
UV (Compact Digimage System - Major Science, Saratoga, USA).

Les produits PCR positifs ont été envoyés au Centre de Recherche du

Centre Hospitalier de l’Université Laval (CRCHUL) à Québec au Canada
pour le séquençage selon la technique d’électrophorèse capillaire sur
plateforme ABI 3730xl (Applied Biosystems, Foster City, USA).

114
 2.4.3. Analyses des séquences

Les séquences ont été corrigées à l’aide du logiciel Sequence Scanner V1

(http://www.bioinfo.ulaval.ca/seq/fr/outilsseq) puis assemblées et
éditées à l’aide du logiciel BioEdit (Hall, 1999). Les données des
séquences nucléotidiques ont été interrogées à l’aide du programme
nucléotide Blastn (Altschul et al., 1997) de GenBank pour la recherche
des séquences similaires aux séquences obtenues lors du séquençage. Un
alignement multiple a été effectué à l’aide du programme ClustalW
(Thompson et al., 1994) avec les séquences ayant eu un pourcentage de
similarité supérieur ou égal à 95 % avec Blastn (Arnold et al., 2007;
Higgins et al., 2007). Selon ces derniers, ce seuil permet d’identifier des
séquences à un niveau taxonomique plus général, par exemple au niveau
de la classe, de l’ordre ou encore de la famille. Les séquences ont été
également regroupées selon le genre fongique et nous avons calculé
l’abondance relative en pourcentage de chaque genre pour déterminer la
distribution de communautés de champignons endophytes.

Les analyses de séquences basées sur le regroupement en Unités

Taxonomiques Opérationnelles (OTU) ont été réalisées sur Mothur
(Schloss et al., 2009) en se basant sur la délimitation des espèces au seuil
de signification de 95 % pour la région ITS de l’ADNr utilisée pour les
champignons endophytes (Arnold & Lutzoni, 2007). Dans une OTU les
séquences d’ADN du même gène sont regroupées pour une espèce à un
niveau taxonomique ou niveau de similarité de 95% et plus. Les
séquences représentant chaque OTU ont été déterminées et réparties en
fonction de chacune des essences. Des analyses moléculaires et
phylogénétiques évolutives ont été effectuées à l'aide de MEGA version X
(Kumar et al., 2018). Un arbre phylogénétique a été construit par la

115
méthode d’inférence de Neighbor-joining (Saitou & Nei, 1987). L’arbre-
consensus avait un Bootstrap de 1000 répétitions (Felsenstein, 1985) et
les distances évolutives ont été calculées selon la méthode de p-distance
(Nei & Kumar, 2000).

2.4.4. Analyses de diversité des champignons

Nous avons calculé les fréquences relatives de chacun des genres par
rapport à l’ensemble des échantillons analysés afin d’estimer la diversité
fongique. À l’aide du programme Mothur, nous avons évalué la diversité
en champignons de l’ensemble de nos échantillons en déterminant divers
indices (https://www.mothur.org/wiki/Calculators). Pour chacune des
essences étudiées et chacun des sites, la richesse a été estimée par
l’indice de Chao1 (Chao et al., 2009). Cet indice non paramétrique est un
estimateur de la richesse qui prend en compte la présence des espèces
rares dans un échantillon et ainsi que celles non détectées (Gotelli & Chao,
2013). Nous avons également comparé la richesse entre les trois essences
forestières en représentant les courbes cumulatives des trois essences.
La diversité a été déterminée par les indices de diversité de Shannon (H)
et de Simpson (D). Nous avons comparé l’abondance en espèces
fongiques à l’aide des estimés de Bray-Curtis et de Morisita-Horn, entre
les trois essences et les trois sites de prélèvement. L’indice de Morisita-
Horn permet de mesurer le chevauchement entre les individus de deux
échantillons ou communautés (Horn, 1966; Morisita, 1959) tandis que
celui de Bray-Curtis mesure le degré de relation entre deux communautés
d’espèce (Bray & Curtis, 1957). L’indice de Morisita-Horn n’est pas
sensible à la taille des échantillons (Wolda, 1981) et celui Bray-Curtis

116
n’est pas influencé statistiquement par les tailles inégales des échantillons
(Chao et al., 2006).

Les différences de diversité entre les trois essences au seuil de

signification 0.05 ont été également déterminées à l’aide de l’Analyse
Moléculaire de Variance (AMOVA) sur Mothur.

2.5. Résultats

2.5.1. Identification des champignons endophytes isolés

Parmi les 499 échantillons traités, 277 ont été positifs à l’électrophorèse
sur gel d’agarose et envoyés au séquençage. Nous avons écarté 57
séquences trop courtes ou ayant des nucléotides illisibles. Afin d’attribuer
une identité aux champignons représentant chaque séquence, les
données de séquençage ont été soumises au programme Blastn de
GenBank, ce qui nous a permis d’avoir une correspondance pour 220
séquences d’ADN de champignons. Les séquences ayant un pourcentage
d’identification en dessous de 90% ont été écartées pour les analyses
statistiques, nous avons donc seulement considéré 170 séquences. Ces
dernières ont été soumises dans Genbank et leurs numéros d’accession
(KY597463 — KY597632) ont été consignés (Tableau A.1).

Les séquences de champignons provenaient en majorité d’Ascomycota

(98%) et très peu de champignons Basidiomycota (2%).

117
L’analyse des 170 séquences sur Mothur nous a permis d’obtenir 62 Unités
Taxonomiques Opérationnelles (OTU : notre proxy pour espèces de
champignons dans le cadre de cette étude) au seuil de similarité de 95%
(Tableau 2.1), dont 37 OTUs ont été identifiées à l’espèce, 7 au niveau du
genre, 3 au niveau de la famille, 3 au niveau de la classe, 2 au niveau du
phylum et 10 non déterminés.

Les champignons ont été regroupés par genre et nous avons déterminé
l’abondance pour l’ensemble des échantillons, par essence d’une part et
par site d’autre part (Fig. 2.2 A, 2.2 B et 2.2 C). Les espèces de
champignons qui étaient représentées par une séquence unique ont été
regroupées dans Autres genres. Les séquences identifiées comme
espèces inconnues et celles identifiées comme non cultivées ont été
nommées Uncultured fungus.

Nous avons obtenu comme genres dominants, les genres Pestalotiopsis

(41%) et Penicillium (14%). Ces genres représentaient à eux deux
souvent plus de la moitié de l’ensemble des champignons chez l’ensemble
des essences forestières et les sites. Cette tendance est encore plus
marquée chez D. glaucescens et dans le site de CEB.

Chez l’ensemble des essences forestières (Fig. 2.2 A), en dehors des
groupes Autres genres et Uncultured fungus, les genres Pestalotiopsis et
Penicillium étaient suivis par les genres Candida, Cladosporium,
Nigrospora et puis les Basidiomycota.

118
Tableau 2. 1 Champignons endophytes représentant chacune des OTUs présentes dans le bois sain
prélevé de trois essences forestières gabonaises présentant de la carie et le nombre de séquences
composant chaque OTU à un seuil de 95%.

Fonction écologique

OTUs Identité probable Essences connue

S.
D. J.
glaucescens bifoliolata ochocoa

1 Pestalotiopsis mangiferae 21 20 15 Endophyte, Pathogène

2 Penicillium sclerotiorum 6 6 3 Endophyte

3 Pestalotiopsis heterocornis 5 1 7 Endophyte, Pathogène

4 Cladosporium cladosporioides 1 2 2 Endophyte

5 Nigrospora oryzae 2 2 1 Endophyte, Pathogène

6 Trichoderma harzianum 2 0 2 Endophyte, Mycoparasite

7 Penicillium paxilli 3 1 0 Endophyte

8 Arthrinium malaysianum 1 2 0 Endophyte

9 Pseudopestalotiopsis theae 0 0 3 Endophyte, Pathogène

10 Penicillium herquei 0 2 1 Endophyte

119
11 Dokmaia monthadangii 0 1 1 Saprophyte

12 Bionectria ochroleuca 0 2 0 endophyte

13 Cytospora pavettae 1 1 0 NA

14 Candida orthopsilosis 2 0 0 Endophyte, Symbiose

15 Uncultured fungus 0 2 0 NA

16 Hymenoscyphus sp. 0 0 2 Endophyte

17 Sordariomycetes sp. 0 1 1 NA

18 Penicillium mallochii 0 1 0 Endophyte, Pathogène

19 Lasiodiplodia theobromae 0 1 0 Endophyte

20 Phomopsis sp. 0 1 0 Endophyte, Pathogène

21 Ascomycota sp. 1 0 0 NA

22 Asordaria sp. 0 0 1 Endophyte

23 Uncultured fungus 1 0 0 NA

24 Candida metapsilosis 0 1 0 Endophyte, Symbiose

25 Amphilogia gyrosa 0 1 0 Pathogène

26 Pithomyces chartarum 0 0 1 Saprophyte

27 Schizophyllum commune 1 0 0 Endophyte, Saprophyte

28 Pseudosydowia eucalypti 1 0 0 Endophyte, Pathogène

29 Penicillium sp. 1 0 0 Endophyte

30 Xylariaceae sp. 0 0 1 NA

31 Sordariomycetes sp. 0 0 1 NA

32 Fungal endophyte 0 1 0 NA

33 Ascomycota sp. 0 1 0 NA

120
34 Wickerhamomyces sp. 0 0 1 Endophyte

35 Trichoderma longibrachiatum 0 0 1 Endophyte, Mycoparasite

36 Paraconiothyrium brasiliense 0 0 1 Endophyte, Pathogène

37 Candida margitis 0 0 1 Endophyte, Symbiose

38 Uncultured fungus 0 1 0 NA

39 Uncultured fungus 0 1 0 NA

40 Setoarthopyrenia chromolaenae 0 1 0 Endophyte

41 Fungal endophyte 0 1 0 NA

42 Curvularia geniculata 0 1 0 Endophyte

43 Penicillium sp. 0 0 1 Endophyte

44 Yunzhangia sonckii 1 0 0 Endophyte

45 Stephanonectria keithii 1 0 0 Endophyte, Saprophyte

46 Curvularia lunata 1 0 0 Endophyte, Pathogène

47 Xylariaceae sp. 0 0 1 NA

48 Uncultured Candida 0 0 1 Endophyte, Symbiose

49 Saccharomycetes sp. 0 0 1 NA

50 Pestalotiopsis sp. 0 0 1 Endophyte, Pathogène

51 Diaporthe phaseolorum 0 0 1 Endophyte, Pathogène

52 Debaryomyces hansenii 0 0 1 Endophyte

53 Letendraea helminthicola 0 1 0 Endophyte

54 Endomelanconiopsis endophytica 0 0 1 Endophyte

55 Uncultured fungus 0 0 1 NA

56 Diaporthe elaeagni 1 0 0 Endophyte, Pathogène

121
57 Fungal sp. 0 1 0 NA

58 Nectria speudotrichia 0 1 0 Endophyte, Pathogène

59 Bionectriaceae sp. 1 0 0 NA

60 Fungal endophyte 1 0 0 NA

61 Kwoniella mangroviensis 1 0 0 Endophyte

62 Sclerotinia sclerotiorum 1 0 0 Pathogène

Pathogène : connu sur des essences tropicales

122
Figure 2. 2 Compositions en champignons endophytes chez
les essences et les sites échantillonnés (A) et répartition par
essence (B) et par site échantillonné (C).
123
Les champignons du genre Pestalotiopsis ont été retrouvés dominants
également chez toutes les trois essences étudiées, de même que dans
l’ensemble des sites (Fig. 2.2 B et 2.2 C). Ce genre présentait à lui seul
plus du tiers de l’ensemble des champignons endophytes échantillonnés.
L’essence J. bifoliolata renfermait moins d’espèces du genre Pestalotiopsis
que les deux autres essences forestières (35% contre respectivement 44
et 43%). Au niveau des sites, le genre Pestalotiopsis était plus abondant
à la SEEF (49% contre 38 et 37% respectivement à SBL et CEB).

Le genre Penicillium était plus abondant chez D. glaucescens et J.

bifoliolata, les proportions étaient quasiment identiques, respectivement
18 et 17 % ; en revanche, il était près de 50% moindre chez S. ochocoa
(7%) par rapport aux deux autres essences (Fig. 2.2 B). On relève
cependant que le genre Penicillium n’est pas présent dans le graphique
du site du Chantier SEEF. Il a été incorporé dans le groupe Autres genres
(Fig. 2.2 C), car représenté par une seule séquence. Le genre Nigrospora,
bien que faisant partie des genres minoritairement présents dans
l’ensemble des échantillons, était présent chez les essences D.
glaucescens et J. bifoliolata d’une part et dans les Chantiers CEB et SBL
d’autre part. Ce genre était toutefois représenté par une séquence unique
chez S. ochocoa et dans le site de la SEEF. Il en était de même pour les
champignons du genre Cladosporium chez J. bifoliolata et S. ochocoa, puis
dans les Chantiers CEB et SBL. Une séquence unique a été répertoriée
chez D. glaucescens et dans le site de la SEEF. Les champignons
Basidiomycota (genres Yunzhangia, Schizophyllum et Kwoniella) ont été
retrouvés chez les essences D. glaucescens et J. bifoliolata, puis dans
l’ensemble des sites.

124
Des particularités existaient entre les essences forestières et entre les
sites échantillonnés. Les champignons du genre Candida étaient
représentés chez D. glaucescens. On retrouvait en revanche les genres
Arthrinium et Bionectria chez J. bifoliolata, suivi de Candida et
Hymenoscyphus chez S. ochocoa.

Au niveau des sites échantillonnés, c’est le genre Candida qui était

particulièrement représenté à CEB. En revanche, on retrouvait les genres
Arthrinium et Cytospora, à la SEEF.

2.5.2. Composition taxonomique et diversité phylogénétique des

champignons endophytes

Les séquences assignées à chaque OTU et leurs abondances ont été

classifiées et réparties en fonction des essences forestières. La répartition
des séquences selon chacune des essences a permis d’obtenir 23 espèces
pour l’essence D. glaucescens, 28 pour J. bifoliolata et 28 pour S.
ochocoa. Parallèlement, il y en avait 30 à CEB, 28 à SBL et 22 à la SEEF.

Dans la répartition des OTUs, beaucoup d’espèces de champignons sont

spécifiques à chacune des trois essences et seulement cinq OTUs (OTU 1,
2, 3, 4, et 5) sont partagées. Ces OTUs partagées à la fois par les essences
forestières et les sites sont représentées respectivement par les espèces
Pestalotiopsis mangiferae, Penicillium sclerotiorum, Pestalotiopsis
heterocornis, Cladosporium cladosporioides et Nigrospora oryzae.

L’ensemble des séquences représentant les 62 OTUs n’a pas été utilisé
pour la reconstruction de l’arbre phylogénétique. Six OTUs (8, 60, 90, 92,
116 et 123) ont été écartées de l’analyse phylogénétique à cause de leurs
125
positions ambiguës dans l’arbre. Les 56 OTUs restantes combinées aux
séquences de référence ont générées un arbre avec 14 clades soutenus
par des valeurs de bootstrap de plus de 85% (Fig. 2.3). Ces clades étaient
représentés par des champignons endophytes, constitués à 98% par des
Ascomycota et à environ 2 % de Basidiomycota (Agaricales, Tremellales
et Ustilaginales). Les Ascomycota étaient composés par deux sous-
embranchements, celui des Saccharomycetina (5.4 %) représenté par la
classe des Saccharomycètes renfermant l’ordre des Saccharomycetales et
celui des Pezizomycotina (94.6 %), composé de quatre classes, dont
celles des Sordariomycètes, Dothideomycètes, Eurotiomycètes et
Leotiomycètes. La classe des Sordariomycètes était dominante dans cette
étude, suivi des Dothideomycètes puis des Eurotiomycètes et
Leotiomycètes. Ils étaient représentés par les ordres des
Botryosphaeriales, Capnodiales, Diaporthales, Dothideales, Eurotiales,
Helotiales, Hypocreales, Pleosporales, Saccharomycetales, Sordariales,
Xylariales.

126
 83 KY597625 isolate CIRMF W163
100
JN116689 Stephanonectria keithii strain PSU-ES172 Thailand

MG748668 Stephanonectria keithii isolate M57 Brazil

HQ022471 Bionectria aff. ochroleuca ROG-2010 strain LA238b USA

99 100
KY597464 isolate CIRMF W2

HM061306 Bionectria ochroleuca isolate wxm1 China

KY597517 isolate CIRMF W55

KY597516 isolate CIRMF W54

100

99
HQ022506 Bionectria sp. LA215 Peru

MH859764 Acremonium zonatum strain CBS 400.70 Zaire

100 MH267846 Bionectriaceae sp. strain AHB01 5B Peru

KY597465 isolate CIRMF W3

KY597584 isolate CIRMF W122

100
MK552405 Trichoderma harzianum clone HC-1 China Hypocreales
MK007293 Trichoderma harzianum isolate DB Taiwan
97 100 KY597627 isolate CIRMF W165

MT355643 Trichoderma longibrachiatum isolate B13 M2 Brazil

100
MT634694 Trichoderma longibrachiatum isolate S13G India
72

91
KY784636 Trichoderma longibrachiatum strain Culture collection Mexico

MK751759 Trichoderma longibrachiatum isolate JL 5 India

90 FJ798599 Myrothecium sp. PMBCDC014 Brazil

100
NR 155387 Myxospora musae CBS 265.71 Madagascar

KY597628 isolate CIRMF W166

94 MH865281 Nectria pseudotrichia strain CBS 129367 Taiwan

77 MG557984 Nectria pseudotrichia strain OJ201712 China

100

70
KY597475 isolate CIRMF W13

99 JF832640 Nectria pseudotrichia strain ICMP 2245 Papua New Guinea

94 KY597595 isolate CIRMF W133

FJ904827 Cytospora sp. Gr177 Kenya

100
MH863003 Cytospora nitschkei strain CBS 116854 Ethiopia

MK876386 Cytospora pavettae culture CBS:145562 South Africa

KY597524 isolate CIRMF W62

100 EF026147 Amphilogia gyrosa isolate 91123101 Taiwan

92 KY597535 isolate CIRMF W73

Diaporthales
100 MT199847 Diaporthe tectonendophytica isolate SAUCC0463 China
100
JX436797 Diaporthe phaseolorum strain Ck14a7 Cameroon

LN552212 Diaporthe longicolla Ghana

KC343064 Diaporthe elaeagni strain CBS 504.72 Netherlands

98
KY597579 isolate CIRMF W117

99 KX986785 Diaporthe velutina strain LC4788 China

79 KY597512 isolate CIRMF W50

100 MH860572 Asordaria conoidea strain CBS 563.72 China

100
AY681174.1 Asordaria prolifica strain CBS 567.72 China Sordariales
KY597525 isolate CIRMF W63

94 KM514680 Muscodor coffeanum strain CDA739 Brazil

100
KY597587 isolate CIRMF W125
99 MN421890 Muscodor yucatanensis isolate 43 Ecuador
100
KY597523 isolate CIRMF W61

100 JQ341079 Xylaria sp. D8b5a Cameroon

100 KY597539 isolate CIRMF W77

100
MG434528 Nigrospora oryzae strain AME-95 India
97 MT601897 Nigrospora oryzae isolate Y35 China

94 MK304099 Arthrinium malaysianum China

85
AB220241 Arthrinium euphorbiae Japan
100 KY494714 Arthrinium thailandicum strain LC5630 China
78
KY597589 isolate CIRMF W127

KJ572185 Arthrinium sacchari isolate SC37 China Xylariales

KY597597 isolate CIRMF W135

KY597469 isolate CIRMF W7

KY597605 isolate CIRMF W143

100 JN943628 Pestalotiopsis heterocornis strain 3.9157 USA

100 KY597619 isolate CIRMF W157

98
99
KJ002769 Pestalotiopsis mangiferae isolate MKJ12 India

KC255404 Pestalotiopsis mangiferae strain m110615-0-1 China

71 MF495464 Pseudopestalotiopsis theae strain LCM 985.01 Panama

MH472583 Pseudopestalotiopsis theae isolate FAFU01 China

100
MK120119 Pseudopestalotiopsis theae isolate P3BS3 B Indonesia
80
KY597515 isolate CIRMF W53

80 MK936320 Pseudopestalotiopsis theae isolate T0241 India

100 KY597471 isolate CIRMF W9

89 KF679808 Hymenoscyphus sp. Trtsf14 1530 Pakistan
Helotiales
KY597473 isolate CIRMF W11

100 MH712177 Sclerotinia sclerotiorum strain AH21 China

100 KY597580 isolate CIRMF W118

Dothideales
MH329696 Pseudosydowia eucalypti strain LTL117 Brazil

99 GQ922507 Lasiodiplodia theobromae isolate 20/2/Kifu/Grevillea Uganda

100
94 KY597538 isolate CIRMF W76

KU377523 Lasiodiplodia theobromae strain D048 Venezuela

100 GQ469968 Endomelanconiopsis endophytica strain CMW28552 Cameroon Botryosphaeriales

MK336523 Endomelanconiopsis endophytica strain Y. H. Yeh I1011 Taiwan
100

86
KY597468 isolate CIRMF W6

94 MN637809 Endomelanconiopsis endophytica isolate BR98 Malaysia

127
 99 KY597466 isolate CIRMF W4
90
MT043890 Cladosporium cladosporioides isolate UKM Malaysia
81
MK116457 Cladosporium cladosporioides isolate 44b Taiwan
93
MT258647 Cladosporium cladosporioides strain MCCC3A00182 China Capnodiales
100
LN834392 Cladosporium subuliforme USA

MK111499 Cladosporium sp. isolate CLAD93 South Africa

88 MN794465 Cladosporium aggregatocicatricatum isolate AMF65 Algeria

91 KU204471 Penicillium paxilli voucher INBio:131B Costa Rica

FJ884119 Penicillium paxilli strain PP121 Peru

96
MK120566 Penicillium paxilli isolate 23 Brazil
100
KY597542 isolate CIRMF W80

KY597537 isolate CIRMF W75

98 MH865652 Penicillium oregonense strain CBS 129775 Oregon
93
MH864873 Penicillium wisconsinense strain CBS 128279 Wisconsin
100
KY597629 isolate CIRMF W167
100 KY597478 isolate CIRMF W16

MK811098 Penicillium herquei isolate AM02 China Eurotiales

MK120567 Penicillium sclerotiorum isolate 24 Brazil
97
JN198418 Penicillium sclerotiorum China
76
KY597481 isolate CIRMF W19
81 KU192990 Penicillium sclerotiorum isolate FS50 China
89
MK446302 Penicillium sclerotiorum isolate JS004 India

KY597553 isolate CIRMF W91

76
MT582775
97 Penicillium mallochii strain DUCC5735 Korea
76
71
MT416214 Penicillium mallochii isolate VGZ190 Turkey
92
81NR 153273 Penicillium exsudans HMAS 248735 USA
89

76

71

92

91 DQ885897 Microdiplodia hawaiiensis strain CBS 120025 USA

98
EU295636 Paraconiothyrium brasiliense strain STE-U 6305
99
KY597599 isolate CIRMF W137

KY597463 isolate CIRMF W1

99 MK120561 Paraconiothyrium sp. isolate 18 Brazil

MT557510 Pseudopithomyces palmicola isolate RL460 USA

KY597513 isolate CIRMF W51

100 100
MK347808 Pseudopithomyces chartarum voucher C459 China
70
100 MT420612 Pithomyces chartarum isolate R13 Kenya

KY597474 isolate CIRMF W12

99
MH483996 Letendraea helminthicola isolate BN7 China
100
KJ774053 Letendraea helminthicola isolate A2S3-1 Malaysia
99
100 MK120558 Letendraea helminthicola isolate 15 Malaysia

KY597591 isolate CIRMF W129

100 MT138587 Periconia echinochloae strain 9Y-G56

100 KY597521 isolate CIRMF W59
100
100
Pleosporales
MT112308 Roussoella mexicana strain NTUCC 18-099-3 isolate RSA 9 Taiwan

KY597624 isolate CIRMF W162

100 NR 168860 Setoarthopyrenia chromolaenae MFLUCC 17-1444 Thailand

98 KU529820 Dokmaia monthadangii isolate A708 China
100
85 KJ188709 Dokmaia monthadangii strain DWS21m1 USA

KY597467 isolate CIRMF W5

91 KX668621 Bipolaris sp. strain GdGj5 India
99
100 MT123058 Alternaria sp. isolate YY44 China

KY597592 isolate CIRMF W130

KY597594 isolate CIRMF W132

100
MN398962 Curvularia geniculata strain TTHF1-1 Viet Nam
99
MK729138 Curvularia geniculata isolate OJR.ABK Nigeria
99
MH824517 Curvularia geniculata India
88
MN215665 Curvularia geniculata strain LC11960 China
80
MN886601 Curvularia geniculata voucher JUF0045 Bangladesh
78
LC494369 Curvularia geniculata 12007 Taiwan

128
 LC413219 Debaryomyces hansenii IFM 55255 Japan
89 KY178315 Debaryomyces hansenii isolate XS8 China

92 KX218260 Debaryomyces hansenii strain AUMC 10282 Egypt

MT180764 Debaryomyces hansenii isolate 3Y221 Qatar

100
KY597534 isolate CIRMF W72

KY597582 isolate CIRMF W120

100 KY105409 Schwanniomyces vanrijiae var. vanrijiae culture CBS:12149 Netherlands
94
100 KY105398 Schwanniomyces polymorphus var. polymorphus culture CBS:4346 Finland

KY597631 isolate CIRMF W169

100
KT174475 Wickerhamomyces hampshirensis isolate 4Aer Pakistan
100
100 KM384623 Wickerhamomyces hampshirensis strain yHKS356 USA

KY597586 isolate CIRMF W124

100
Saccharomycetales
KY597593 isolate CIRMF W131

100 NR 159750 Candida margitis CBS 14175

KY597527 isolate CIRMF W65

100
KY597528 isolate CIRMF W66
95
MT443918 Candida metapsilosis isolate 27 India
98
JN989510 Candida orthopsilosis strain LEMI7681 Brazil

MT108787 Candida orthopsilosis isolate CUMB AAJ India

88
MT482655 Candida orthopsilosis strain CU11316.9 Thailand
99
LC389314 Candida orthopsilosis IFM 55182 Japan
82
FM172984 Candida orthopsilosis Kuwait

MK394127 Candida metapsilosis strain CBS 10907

95 KY102274 Candida orthopsilosis culture CBS:11337 Netherlands

KY597632 isolate CIRMF W170

Ustilaginales
100 KY106002 Yunzhangia sonckii culture CBS:6713 Finland

96 KX788176 Schizophyllum commune voucher UFMGCB 9619 Brazil

100
MK647986 Schizophyllum commune isolate 8841 South Africa
100 Agaricales
MK269269 Schizophyllum commune voucher CLZhao 1789 China

KY597583 isolate CIRMF W121

MK794600 Kwoniella heveanensis isolate NWHC 46373-1405 1SD USA

KY597472 isolate CIRMF W10

100
KY103928 Kwoniella bestiolae culture CBS:10118 Viet Nam
97 Tremellales
NR 119822 Kwoniella botswanensis Botswana
74
HE984340 Kwoniella europaea Spain
82
93 EF174042 Kwoniella mangroviensis strain ML5064 USA

Figure 2. 3 Relations phylogénétiques de 56 espèces de champignons

endophytes représentant chacune des OTUs constituant la richesse
totale des essences forestières Desbordesia glaucescens, Julbernardia
bifoliolata et Scyphocephalium ochocoa. L’arbre consensus a été
généré selon la méthode du Neighbor-Joining à partir de la région ITS
des séquences, avec un bootstrap évalué à 1000 répétions. Les
branches (valeur du bootstrap supérieure à 70%) épaisses
représentent les 14 clades regroupant les espèces par ordre
taxonomique.

129
Les clades les plus représentés étaient ceux appartenant aux ordres des
Pleosporales, Xylariales, suivi des Hypocréales, Eurotiales, et
Saccharomycetales. Ainsi, l’ordre des Pleosporales était représenté par
plusieurs espèces, dont Curvularia lunata (endophyte, pathogène),
Curvularia geniculata (endophyte), Dokmaia monthadangii (saprophyte),
Letendraea helminthicola (endophyte), Paraconiothyrium brasiliense
(endophyte, pathogène), Setoarthropyrenia chromalaenae (endophyte),
et Pithomyces chartarum (saprophyte). Les espèces identifiées dans
l’ordre des Xylariales étaient Arthrinium malaysianum (endophyte),
Nigrospora oryzae (endophyte, pathogène), Pestalotiopsis heterocornis,
P. mangiferae, et Pseudopestalotiopsis theae (endophytes, pathogènes).
Celui des Hypocreales comprenait les espèces Bionectria ochroleuca
(endophyte), Nectria pseudotrichia (endophyte), Stephanonectria keithii
(endophyte, saprophyte), Trichoderma harzianum et T. longibrachiatum
(endophytes, mycoparasites). L’ordre des Eurotiales comprenait
uniquement les espèces du genre Penicillium (endophyte, pathogène). On
y retrouvait Penicillium sp., P. herquei, P. mallochii, P. paxilli et P.
sclerotiorum. Les Saccharomycetales étaient représentés les espèces
Candida margitis, C. metapsilosis, C. orthopsilosis (endophyte,
symbiotique), Debaryomyces hansenii (endophyte) et Wickerhamomyces
hampshirensis (saprophyte), puis finalement les Diaporthales comprenait
les espèces Amphilogia gyrosa (pathogène), Cytospora pavettae.
(pathogène), Diaporthe phaseolorum (endophyte, pathogène), Diaporthe
elaeagni et Phomopsis sp. (pathogène, endophyte). Les autres clades
étaient moins diversifiés, celui formé par l’ordre des Capnodiales
comprenait l’espèce Cladosporium cladosporioides (endophyte) et une
espèce non identifiée (Uncultured fungus). De même, l’ordre des
Helotiales était représenté par l’espèce Hymenoscyphus sp. (endophyte).

130
Dans cet ordre s’est greffée l’espèce identifiée comme Sclerotinia
sclerotiorum (pathogène). Les clades Botryosphaeriales et Dothideales
comprenaient respectivement les espèces Endomelanconiopsis
endophytica, Lasiodiplodia theobromae (endophytes) et Pseudosydowia
eucalypti (endophyte, pathogène). Le clade des Sordariales était
représenté uniquement par l’espèce Asordaria prolifica (endophyte). Les
clades contenant les Basidiomycota étaient composés de celui des
Tremellales, représenté par Kwoniella mangroviensis (endophyte), les
Ustilaginales, représenté par Yunzhangia sonckii (endophyte), et celui des
Agaricales, composé de Schizophyllum commune (endophyte,
saprophyte).

2.5.3. Richesse et diversité de champignons endophytes

La richesse totale en espèces de champignons endophytes observée (Sobs)

au seuil de similarité 95 % pour l’ensemble des échantillons collectés dans
tous les sites de la province de l’Ogooué-Lolo, toutes essences
confondues, était de 62 OTUs (Tableau 2.2). Les valeurs Sobs étaient
moins élevées chez l’Alep et dans le site de la SEEF (respectivement 23
et 22) comparativement aux deux autres essences et sites. L’estimation
de ladite richesse par l’indice de Chao1 pour l’ensemble des échantillons
s’élevait à 186. Cette valeur est trois fois plus élevée que la valeur
obtenue avec les valeurs observées. L’indice Chao1 était au-dessus des
valeurs Sobs chez les trois essences et les trois sites. Toutefois, le site de
CEB affichait le plus grand estimé de Chao1. De même, les courbes
d’accumulation (Fig. 2.4) de l’ensemble des échantillons et de chacune
des essences ne présentaient pas d’asymptote, ce qui implique un sous-
échantillonnage des données.
131
Tableau 2. 2 Indices d’abondance et de diversité de l’ensemble des échantillons, par essence forestière
et de chacun des sites échantillonnés au seuil de 0,05.

Abondance Sobs Chao1 Shannon Simpson

(H) (D)

Essences Alep 57 23 53.00 2.46 0.15

Béli 58 28 55.14 2.70 0.13

Sorro 55 28 80.50 2.82 0.09

Sites Chantier_CEB 64 30 114.33 2.80 0.10

Chantier_SBL 61 28 59.66 2.67 0.13

Chantier_SEEF 45 22 98.50 2.48 0.14

Total Province 170 62 186 3,10 0,12

Sobs : Richesse observée

Chao1 : Indice Chao de la richesse estimée

132
 Ensemble des Essences
D. glaucescens
J. bifoliolata
S. ochocoa

Figure 2. 4 Nombres cumulés d’OTUs de champignons endophytes en fonction du

nombre d’échantillons collectés au seuil de 0.05. Le trait plein représente la courbe
d’accumulation des OTUs pour l’ensemble des échantillons des trois essences et les
traits entrecoupés, les courbes d’accumulation des OTUs pour chacune des trois
essences de manière individuelle.

133
Les indices de Shannon(H) et de Simpson(D) sont des indices de diversité
couramment utilisés pour décrire la distribution de l’abondance des
espèces (Keylock, 2005; Magurran, 2004). L’indice H est compris entre
1.5 et 3.5, où 1.5 représente une faible diversité et 3.5, une grande
diversité tandis que l’indice D est généralement compris entre 0 et 1
(Simpson, 1949), 1 étant un échantillon avec une seule espèce (Gazis &
Chaverri, 2010). Dans notre étude, les valeurs respectives des indices H
et D étaient de 3,11 et 0,12, ce qui indique une relative grande diversité
en champignons pour l’ensemble de nos échantillons. Cependant, les
valeurs des indices de diversité variaient d’une essence à l’autre et d’un
site à l’autre. Le Sorro et le site de CEB présentaient les indices de
Shannon les plus élevés (respectivement 2.82 et 2.80).

2.5.4. Comparaison de la diversité entre les trois essences

forestières et entre les sites échantillonnés

Le regroupement des séquences en OTUs et l’identification des séquences

représentant chaque OTU ont permis de discriminer les espèces de
champignons endophytes isolés en fonction de chacune des essences
forestières. En effet, sur l’ensemble des sites échantillonnés, la richesse
Sobs correspondait à 62 OTUs (Tableau 2.1). Les essences D. glaucescens,
J. bifoliolata et S. ochocoa se partageaient seulement cinq OTUs. Ces
dernières sont représentées par Pestalotiopsis mangiferae, Penicillium
sclerotiorum, Pestalotiopsis heterocornis, Cladosporium cladosporioides
et Nigrospora oryzae. Outre les cinq OTUs citées ci-avant, D. glaucescens
et J. bifoliolata ont en commun trois autres OTUs à l’instar de Arthrinium
sp., Cytospora sp. et Penicillium paxilli. De même, J. bifoliolata et S.
ochocoa se partagent trois autres OTUs qui sont Dokmaia monthadangii,
134
Penicillium herquei et une Sordariomyces spp. Par contre, D. glaucescens
et S. ochocoa se partagent une seule OTU en dehors des cinq principaux
partagés par l’ensemble, celle-ci est représentée par Trichoderma
harzianum.

Les valeurs des indices de diversité (H) et (D) traduisaient une relative
grande diversité chez l’ensemble de nos échantillons et dans tous les sites
échantillonnés. Nous avons observé que l’indice (H) était plus élevé et
l’indice (D) plus bas pour le Sorro (respectivement 2.82 et 0.09) par
rapport aux deux autres essences, ce qui suggère une grande diversité
chez le Sorro par rapport aux deux autres essences (Tableau 2.2).
Contrairement au Sorro, l’Alep affichait la plus faible diversité (H=2.46 et
D=0.15). Par contre, les valeurs de ces indices étaient meilleures pour le
site du Chantier CEB (H=2.80 et D=0.10), traduisant une diversité en
champignons plus élevée dans ce site par rapport aux deux autres sites.
La plus faible diversité était observée dans le site de la SEEF (H= 2.48 et
D=0.14). Toutefois, l’analyse de variance moléculaire n’a pas montré de
différence significative de diversité entre les trois essences forestières
(p=0.32). Par contre la différence était significative entre les trois sites
de prélèvement (p=0.049), la diversité entre les sites de CEB et de la
SEEF était significativement différente (p=0.014) au seuil de 0.05
(Tableau 2.3).

La comparaison de l’abondance entre les essences et les sites par les

indices de similarité de Bray-Curtis (BC) et de Morisita-Horn (MH) a
montré que ces indices étaient plus élevés entre les essences de Béli et
de Sorro (BC=0.56 et MH=0.16) (Tableau 2.3). Par contre, l’indice de la

135
similarité le plus élevé entre les sites a été observé entre les sites de CEB
et SEEF (BC=0.58 et MH=0.15).

136
Tableau 2. 3 Comparaison des indices de similarités entre les essences
forestières et les sites de prélèvement au seuil de similarité 0,05.

Comparaison OTUs BC MH AMOVA

partagées
(p-value)

Essences Alep vs Beli 8 0.43 0.07 -

Alep vs Sorro 6 0.52 0.12 -

Beli vs Sorro 8 0.56 0.16 -

Total Essences 0.32 NS

Sites ChantierCEB vs ChantierSBL 11 0.39 0.06 0.16 NS

ChantierCEB vs 5 0.58 0.15 0.014*

ChantierSEEF

ChantierSBL vs ChantierSEEF 7 0.55 0.12 0.191

Total sites 0.049*

Total 5

BC: Coefficient de similarité de Bray-Curtis

MH: Coefficient de similarité de Morisita-Horn

AMOVA: Analyse de Variance Moléculaire; NS; non significatif,

* Significatif à 0.05;

137
 2.6. Discussion

2.6.1. Richesse et diversité de champignons endophytes

Cette étude constitue une première en ce qui concerne la recherche des

champignons associés aux arbres cariés d’Alep, de Sorro et de Béli à l’aide
des carottes de bois et en utilisant les techniques biomoléculaires en
région tropicale africaine.

Les analyses de séquences de la portion ITS1-5.8S-ITS2 de l’ADN extrait

de carottes de bois sain prélevées chez des arbres affectés par des caries
ont révélé la présence de 62 taxons fongiques dont 63% ont un statut
endophyte connu.

La répartition des taxons par essence nous a permis d’observer qu’il y en

avait 23 pour l’essence D. glaucescens, 28 pour J. bifoliolata et 28 pour
S. ochocoa. Ces valeurs sont supérieures à celles retrouvées chez Piper
hispidum (18 groupes morphologiques) au Brésil (Orlandelli et al., 2012)
et chez Livistona chinensis (19 groupes morphologiques) en Chine (Guo
et al., 2000), sensiblement proches des valeurs retrouvées chez Khaya
anthotheca (26 groupes morphologiques) au Ghana (Linnakoski et al.,
2012) et légèrement inférieures à celles obtenues dans le bois (36
groupes morphologiques) chez Hevea brasiliensis au Pérou (Gazis &
Chaverri, 2010). Le nombre d’OTUs observé dans notre étude pour
l’ensemble (62 OTUs) a vraisemblablement été sous-estimé. En effet,
l’indice de Chao1 qui estime la richesse dans un échantillon (Chao et al.,
2009; Colwell & Coddington, 1994) était largement au-dessus de la valeur
observée pour l’ensemble de nos échantillons (186).

Aussi, les courbes d’accumulation étaient non asymptotiques pour

l’ensemble des échantillons et chez chacune des trois essences
138
forestières. Ce qui permet également d’affirmer que la liste des
champignons endophytes échantillonnée n’était pas exhaustive.

2.6.2. Comparaison et composition taxonomique des champignons

endophytes

Parmi les champignons Ascomycota recensés dans notre étude, les

champignons appartenant aux ordres des Botryosphaeriales,
Capnodiales, Diapothales, Dothideales, Eurotiales, Hélotiales,
Hypocréales, Pleosporales, Sordariales et Xylariales ont été également
identifiés dans les recherches réalisées en milieu tropical (Arnold &
Lutzoni, 2007; Arnold et al., 2000; Chen et al., 2013; Gazis & Chaverri,
2010; Orlandelli et al., 2012; Rodriguez et al., 2009). Les espèces de
champignons endophytes appartenant au genre Pestalotiopsis (42 %), à
l’instar de P. mangiferae et de P. heterocornis, étaient les plus
dominantes. Les champignons endophytes du genre Pestalotiopsis
(Xylariales) sont couramment isolés chez les plantes tropicales et
subtropicales (Hanada et al., 2010; Joshi et al., 2009; Linnakoski et al.,
2012; Tejesvi et al., 2005, 2006). Ils ont été également isolés chez les
plantes médicinales en région tropicale humide (Chen et al., 2011; Chen
et al., 2013). Les espèces du genre Pestalotiopsis ont en outre été
répertoriées comme endophytes abondants sur des feuilles (Cannon &
Simmons, 2002; Santamaría & Bayman, 2005). Les espèces des genres
Nigrospora et Arthrinium isolées dans notre étude font également partie
des Xylariales retrouvées chez les essences tropicales (Debdulal, 2011;
Maehara et al., 2010; Tejesvi et al., 2005). Dans l’ordre des Hypocreales,
l’espèce Stephanonectria keithii a déjà été isolée dans les essences
médicinales de sang de dragon en Chine (Cui et al., 2011). Les espèces

139
du genre Trichoderma ont souvent été rapportées en milieu tropical
(Debdulal, 2011; Tejesvi et al., 2006) et elles ont été également associées
aux plantes de cacao (Bailey et al., 2006). Dans cette étude, les espèces
Trichoderma longibrachiatum et T. hazarnium ont été également isolées
à partir des troncs, ce qui est nouveau.

Les champignons endophytes de l’ordre des Eurotiales étaient composés

d’espèces du genre Penicillium qui constituaient le second groupe de
champignons également abondant chez les trois essences étudiées
(15 %) après ceux du genre Pestalotiopsis. Le représentant le plus
abondant du genre Penicillium dans cette étude était P. sclerotiorum.

Les champignons regroupés dans Autres genres (28 %) représentaient

moins de 2 % de la mycoflore présente dans le jeu de données ou étaient
pour la majorité des singletons. Ces résultats ont été également rapportés
dans d’autres études réalisées en milieu tropical (Arnold et al., 2000),
montrant la forte présence des espèces rares. Dans notre étude, les
échantillons sont représentés en majorité par le groupe des Ascomycota
et très minoritairement par les Basidiomycota se rassemblant à l’intérieur
de 3 OTUs uniquement et représentées par Kwoniella mangroviensis,
Schizophyllum commune et Yunzhangia sonckii. Le champignon S.
commune est un champignon de carie, tandis K. mangroviensis et Y.
sonckii sont des levures Basidiomycètes. L’échantillonnage ayant été
réalisé sur du bois d’aubier sain prélevé sur des essences cariées, cela
pourrait expliquer la faible proportion de Basidiomycota obtenue.
Toutefois, on s’attend à retrouver des champignons de carie à l’état latent
dans l’aubier (Parfitt et al., (2010), l’espèce S. commune est un tel cas.
Il a déjà été retrouvé comme endophyte sur l’essence Cinchona
ledgeriana (Rubiaceae) en Indonésie (Debdulal, 2011; Maehara et al.,

140
2010). Dans cette étude, la présence des champignons S. commune, K.
mangroviensis et Y. sonckii dans l’aubier est une première mention en
Afrique tropicale dans les forêts du Bassin du Congo.

Les indices de dissimilarité de Bray-Curtis et de Morisita-Horn nous ont

permis de comparer la dissimilarité entre les essences forestières et les
sites. Ces indices étaient plus élevés pour le groupe d’essence Béli et
Sorro, ce qui suggère que ces deux essences ont des communautés
fongiques les moins similaires par rapport aux deux autres groupes
d’essences. En revanche, la comparaison de la dissimilarité des
communautés fongiques entre les sites a montré que ce sont les sites CEB
et SEEF qui étaient les moins similaires, malgré la proximité géographique
de ceux-ci. Les sites de CEB et de SEEF d’une part et les essences Béli et
Sorro d’autre part partagent très peu d’espèces, ce qui suggère qu’il y a
une diversité élevée entre ces deux sites et également pour le Sorro et le
Béli. Par ailleurs, les sites des chantiers CEB et SEEF sont des forêts
primaires jamais exploitées et également plus proches l’une de l’autre par
rapport au site du Chantier SBL. La diversité spécifique est élevée dans
les sites où il n’y a pas eu de perturbations et a tendance à diminuer en
cas de perturbation du milieu (Picone, 2000). En outre, chez les essences
forestières, la diversité en champignons endophytes varie en fonction de
l’espèce hôte (Arnold et al., 2000) et également de l’organe de la plante
échantillonné (Gazis & Chaverri, 2010; Wu et al., 2013).

2.6.3. Double fonction pour les champignons endophytes des

arbres tropicaux

Les champignons endophytes contribuent à stimuler la défense de l’arbre

contre les attaques des pathogènes (Arnold et al., 2003; Herre et al.,
141
2007). On reconnait aux champignons endophytes plusieurs autres rôles
écologiques, à l’instar de l’augmentation de la biomasse des plantes et de
la tolérance au stress (Rodriguez et al., 2009).

Les champignons endophytes produisent de multiples métabolites

secondaires utiles pour les plantes et les humains (Schulz et al., 2002;
Tan & Zou, 2001). Ceux du genre Penicillium deuxième groupe le plus
abondant dans cette étude, sont reconnus pour produire des métabolites
secondaires (Ding et al., 2010) agissant comme antibactériens utiles à
l’Homme (Kharwar et al., 2011; Sebastianes et al., 2012), à l’instar de la
sclerotiorine, un antibiotique produit par P. sclerotiorum permettant de
lutter contre les infections à Candida albicans chez l’Homme (Lucas et al.,
2007). Les champignons P. herquei, P. paxilli et P. sclerotiorum sont des
champignons endophytes qui produisent des métabolites secondaires
agissants comme anticancéreux ou antimicrobiens (Kuriakose et al.,
2018; Mantle & Weedon, 1994; Marinho et al., 2009).

Divers champignons isolés dans cette étude, bien que faiblement

représentés ont déjà également été mentionnés comme endophytes.
C’est le cas de Trichoderma harzianum, endophyte déjà isolé chez Cola
nitida et de T. longibrachiatum, endophyte couramment isolé dans les
racines de l’essence Azadirachta indica. Ces derniers produisent
également des métabolites secondaires (Chen et al., 2015; Xuan et al.,
2014). L’espèce Trichoderma spp. est d’ailleurs largement utilisée comme
agent de biocontrôle (Naher et al. 2014).

De nombreuses espèces endophytes sont reliées à la production de

métabolites secondaires utiles à la plante hôte (Liu et al., 2009). Par
ailleurs, elles produisent des métabolites antibactériens et antifongiques
et des dérivés phénoliques importants pour lutter contre les maladies
142
humaines (Subban et al., 2013). Elles sont également utiles dans d’autres
domaines comme l’agriculture et l’industrie (Yang et al., 2012).

Le rôle que pourraient jouer les espèces des genres Pestalotiopsis et

Penicillium, espèces dominantes de cette étude, ainsi que les autres
espèces faiblement représentées mérite d’être examiné. Selon Soliman et
Raizada, (2013), les champignons endophytes interagissent les uns avec
les autres dans la plante pour stimuler la biosynthèse de certains
métabolites secondaires.

Un champignon endophyte d’une essence donnée peut être un pathogène

chez une autre essence et vice-versa ; ceci suggère que ces champignons
adaptent leur comportement en fonction de différents facteurs (hôte,
environnement…). Bien que diverses études réalisées en régions
tropicales identifient dans certains cas Pestalotiopsis mangiferae, P.
heterocornis et Pseudopestalotiopsis theae comme étant des endophytes
( Kathiravan & Raman, 2010; Ortega et al., 2014; Subban et al., 2013;
Wei et al., 2007), ils ont été répertoriés comme étant pathogènes d’autres
essences (Ara et al., 2012; Chen et al., 2012; Wei et al., 2007). Il en est
de même pour Nigrospora oryzae qui est responsable des taches foliaires
chez Ficus religiosa (Khodke & Sandhya, 2010).

La notion de double fonction chez les champignons dans cette étude

indique que les champignons endophytes identifiés peuvent être des
potentiels pathogènes pour leurs hôtes ou les essences avoisinantes.
Dans ce contexte, les trois essences de notre étude abritent ainsi des
pathogènes latents et constituent des porteurs sains, asymptomatiques
pour ces potentiels pathogènes.

143
 2.7. Conclusion

Cette étude sur les endophytes présents dans l’aubier des arbres cariés
et réalisée sur trois essences forestières gabonaises est une contribution
à l’accroissement des connaissances sur les endophytes des essences
forestières tropicales d’Afrique centrale en général et le Gabon en
particulier. L’étude a été réalisée sur des essences forestières
particulièrement abondantes dans les restes de coupe forestière. Celles-
ci ont été échantillonnées dans trois sites différents à l’intérieur d’une
même région géographique, la province de l’Ogooué-Lolo. Le prélèvement
des carottes de bois et l’utilisation des amorces universelles n’ont pas été
avantageux pour l’identification des champignons polypores associés aux
caries des arbres.

L’analyse des données de séquences fait ressortir que les trois essences
à l’étude, l’Alep (Desbordesia glaucescens), le Sorro (Scyphocephalium
ochocoa) et le Béli (Julbernardia bifoliolata), renfermaient dans leur
globalité une diversité relativement grande en endophytes qui pourraient
être des pathogènes latents, avec beaucoup d’espèces rares. Les
endophytes du groupe des Ascomycota sont nombreux et très peu de
Basidiomycota sont représentés malgré la présence de carie sur le tronc
des arbres. Il existait cependant des particularités entre les essences
forestières. Le Sorro renfermait une diversité plus grande par rapport aux
deux autres essences forestières, alors que le Béli serait comparable au
Sorro en termes de diversité. Le site de CEB possédait la plus grande
diversité en endophytes et était comparable à celui de la SEEF.

Plusieurs techniques sont souvent utilisées pour maximiser la quantité de

champignons endophytes à identifier. La technique utilisant les milieux de
culture est une pratique courante et permet d’obtenir d’autres espèces
144
présentes dans les échantillons biologiques (Arnold et al., 2007).
Cependant, elle reste limitée par l’identification basée sur la morphologie
et par les espèces non cultivables en milieu de culture (Angelini et al.,
2012; Arnold et al., 2000). L’utilisation des techniques biomoléculaires
pour l’identification des champignons endophytes à partir des régions ITS
de l’ADNr est fortement recommandée (Arnold & Lutzoni, 2007), comme
c’est le cas pour la PCR traditionnelle et la technique de séquençage par
la technique Sanger utilisée dans notre étude. Dans le contexte de cette
étude, la technique du pyroséquençage ou le séquençage par synthèse
sur plateforme Illumina auraient permis d’affiner notre recherche (Buée
et al., 2009; Taylor et al., 2016; Tedersoo et al., 2010; 2014).

2.8. Remerciements

Ce travail a été mené grâce à la contribution financière du projet FOGRN-

BC (Projet d’appui à la Formation en Gestion des Ressources Naturelles
dans le Bassin du Congo).

145
 2.9. Annexe

Tableau A. 1 Endophytes identifiés dans les sites des concessions forestières de SBL, CEB et SEEF dans
la Province de l’Ogooué-Lolo, chez l’Alep (Desbordesia glaucescens), le Béli (Julbernardia bifoliolata) et
le Sorro (Scyphocephalium ochocoa) à partir de l’outil Blastn, leurs pourcentages maximums
d’identification et leurs numéros d’accession dans GenBank.

Site # Réponse Blast Essence Num. Accession

des isolats (%Max. ident.) hôte

SBL_Chantier19 isolate CIRMF_W1 Ascomycota sp. (100) D. glaucescens KY597463

isolate CIRMF_W3 Bionectriaceae sp. (97) D. glaucescens KY597465

isolate CIRMF_W4 Cladosporium cladosporioides (100) J. bifoliolata KY597466

isolate CIRMF_W2 Bionectria ochroleuca (99) J. bifoliolata KY597464

isolate CIRMF_W5 Dokmaia monthadangii (100) S. ochocoa KY597467

isolate CIRMF_W6 Endomelanconiopsis endophytica (100) S. ochocoa KY597468

isolate CIRMF_W7 Fungal endophyte (92) D. glaucescens KY597469

isolate CIRMF_W8 Fungal sp. (94) J. bifoliolata KY597470

isolate CIRMF_W9 Hymenoscyphus sp. (99) S. ochocoa KY597471

isolate CIRMF_W10 Kwoniella mangroviensis (99) D. glaucescens KY597472

146
isolate CIRMF_W11 Sclerotinia sclerotiorum (99) D. glaucescens KY597473

isolate CIRMF_W12 Letendraea helminthicola (100) J. bifoliolata KY597474

isolate CIRMF_W13 Nectria pseudotrichia (100) J. bifoliolata KY597475

isolate CIRMF_W14 Nigrospora oryzae (99) D. glaucescens KY597476

isolate CIRMF_W15 Nigrospora oryzae (100) D. glaucescens KY597477

isolate CIRMF_W16 Penicillium herquei (100) J. bifoliolata KY597478

isolate CIRMF_W17 Penicillium herquei (99) S. ochocoa KY597479

isolate CIRMF_W18 Penicillium paxilli (99) J. bifoliolata KY597480

isolate CIRMF_W19 Penicillium sclerotiorum (100) D. glaucescens KY597481

isolate CIRMF_W20 Penicillium sclerotiorum (100) D. glaucescens KY597482

isolate CIRMF_W21 Penicillium sclerotiorum (99) D. glaucescens KY597483

isolate CIRMF_W22 Penicillium sclerotiorum (100) J. bifoliolata KY597484

isolate CIRMF_W23 Penicillium sclerotiorum (100) S. ochocoa KY597485

isolate CIRMF_W24 Penicillium sclerotiorum (100) S. ochocoa KY597486

isolate CIRMF_W25 Penicillium sclerotiorum (100) S. ochocoa KY597487

isolate CIRMF_W26 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597488

isolate CIRMF_W27 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597489

isolate CIRMF_W28 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597490

isolate CIRMF_W29 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597491

isolate CIRMF_W30 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597492

isolate CIRMF_W31 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597493

isolate CIRMF_W32 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597494

isolate CIRMF_W33 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597495

isolate CIRMF_W34 Pestalotiopsis mangiferae (97) D. glaucescens KY597496

147
isolate CIRMF_W35 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597497

isolate CIRMF_W36 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597498

isolate CIRMF_W37 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597499

isolate CIRMF_W38 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597500

isolate CIRMF_W39 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597501

isolate CIRMF_W40 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597502

isolate CIRMF_W41 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597503

isolate CIRMF_W42 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597504

isolate CIRMF_W43 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597505

isolate CIRMF_W44 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597506

isolate CIRMF_W45 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597507

isolate CIRMF_W46 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597508

isolate CIRMF_W47 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597509

isolate CIRMF_W48 Pestalotiopsis mangiferae (99) S. ochocoa KY597510

isolate CIRMF_W49 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597511

isolate CIRMF_W50 Diaporthe elaeagni (96) D. glaucescens KY597512

isolate CIRMF_W51 Pithomyces chartarum (100) S. ochocoa KY597513

isolate CIRMF_W52 Pseudopestalotiopsis theae (100) S. ochocoa KY597514

isolate CIRMF_W53 Pseudopestalotiopsis theae (100) S. ochocoa KY597515

isolate CIRMF_W54 Sordariomycetes sp. (98) J. bifoliolata KY597516

isolate CIRMF_W55 Sordariomycetes sp. (95) S. ochocoa KY597517

isolate CIRMF_W56 Sordariomycetes sp. (99) S. ochocoa KY597518

isolate CIRMF_W57 Trichoderma harzianum (100) D. glaucescens KY597519

isolate CIRMF_W58 Trichoderma harzianum (99) S. ochocoa KY597520

148
 isolate CIRMF_W59 Uncultured fungus (99) J. bifoliolata KY597521

isolate CIRMF_W60 Uncultured fungus (90) S. ochocoa KY597522

isolate CIRMF_W61 Xylariaceae sp. (99) S. ochocoa KY597523

CEB_Milole isolate CIRMF_W62 Amphilogia gyrosa (95) J. bifoliolata KY597524

isolate CIRMF_W63 Asordaria prolifica (92) S. ochocoa KY597525

isolate CIRMF_W65 Candida metapsilosis (99) J. bifoliolata KY597527

isolate CIRMF_W66 Candida orthopsilosis (99) D. glaucescens KY597528

isolate CIRMF_W67 Candida orthopsilosis (99) D. glaucescens KY597529

isolate CIRMF_W68 Cladosporium cladosporioides (100) D. glaucescens KY597530

isolate CIRMF_W69 Cladosporium cladosporioides (100) J. bifoliolata KY597531

isolate CIRMF_W70 Cladosporium cladosporioides (100) S. ochocoa KY597532

isolate CIRMF_W71 Cladosporium cladosporioides (100) S. ochocoa KY597533

isolate CIRMF_W64 Bionectria ochroleuca (100) J. bifoliolata KY597526

isolate CIRMF_W72 Debaryomyces hansenii (100) S. ochocoa KY597534

isolate CIRMF_W73 Diaporthe phaseolorum (99) S. ochocoa KY597535

isolate CIRMF_W74 Dokmaia monthadangii (99) J. bifoliolata KY597536

isolate CIRMF_W75 Fungal endophyte (99) J. bifoliolata KY597537

isolate CIRMF_W76 Lasiodiplodia theobromae (99) J. bifoliolata KY597538

isolate CIRMF_W77 Nigrospora oryzae (100) J. bifoliolata KY597539

isolate CIRMF_W78 Nigrospora oryzae (100) J. bifoliolata KY597540

isolate CIRMF_W79 Penicillium herquei (99) J. bifoliolata KY597541

isolate CIRMF_W80 Penicillium paxilli (100) D. glaucescens KY597542

isolate CIRMF_W81 Penicillium paxilli (100) D. glaucescens KY597543

isolate CIRMF_W82 Penicillium paxilli (99) D. glaucescens KY597544

149
isolate CIRMF_W83 Penicillium sclerotiorum (100) D. glaucescens KY597545

isolate CIRMF_W84 Penicillium sclerotiorum (96) D. glaucescens KY597546

isolate CIRMF_W85 Penicillium sclerotiorum (100) J. bifoliolata KY597547

isolate CIRMF_W86 Penicillium sclerotiorum (100) J. bifoliolata KY597548

isolate CIRMF_W87 Penicillium sclerotiorum (100) J. bifoliolata KY597549

isolate CIRMF_W88 Penicillium sclerotiorum (100) J. bifoliolata KY597550

isolate CIRMF_W89 Penicillium sclerotiorum (99) J. bifoliolata KY597551

isolate CIRMF_W90 Penicillium sp. (97) J. bifoliolata KY597552

isolate CIRMF_W91 Penicillium mallochii (95) D. glaucescens KY597553

isolate CIRMF_W92 Penicillium sp. (90) S. ochocoa KY597554

isolate CIRMF_W93 Pestalotiopsis heterocornis (99) D. glaucescens KY597555

isolate CIRMF_W94 Pestalotiopsis heterocornis (99) D. glaucescens KY597556

isolate CIRMF_W95 Pestalotiopsis heterocornis (99) D. glaucescens KY597557

isolate CIRMF_W96 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597558

isolate CIRMF_W97 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597559

isolate CIRMF_W98 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597560

isolate CIRMF_W99 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597561

isolate CIRMF_W100 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597562

isolate CIRMF_W101 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597563

isolate CIRMF_W102 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597564

isolate CIRMF_W103 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597565

isolate CIRMF_W104 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597566

isolate CIRMF_W105 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597567

isolate CIRMF_W106 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597568

150
 isolate CIRMF_W107 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597569

isolate CIRMF_W108 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597570

isolate CIRMF_W109 Pestalotiopsis mangiferae (99) S. ochocoa KY597571

isolate CIRMF_W110 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597572

isolate CIRMF_W111 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597573

isolate CIRMF_W112 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597574

isolate CIRMF_W113 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597575

isolate CIRMF_W114 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597576

isolate CIRMF_W115 Pestalotiopsis mangiferae (100) S. ochocoa KY597577

isolate CIRMF_W116 Pestalotiopsis sp. (90) S. ochocoa KY597578

isolate CIRMF_W117 Phomopsis sp. (97) J. bifoliolata KY597579

isolate CIRMF_W118 Pseudosydowia eucalypti (98) D. glaucescens KY597580

isolate CIRMF_W119 Pseudopestalotiopsis theae (100) S. ochocoa KY597581

isolate CIRMF_W120 Saccharomycetes sp. (99) S. ochocoa KY597582

isolate CIRMF_W121 Schizophyllum commune (97) D. glaucescens KY597583

isolate CIRMF_W122 Trichoderma harzianum (100) S. ochocoa KY597584

isolate CIRMF_W123 Uncultured fungus (90) D. glaucescens KY597585

isolate CIRMF_W124 Uncultured candida (99) S. ochocoa KY597586

isolate CIRMF_W125 Xylariaceae sp. (99) S. ochocoa KY597587

SEEF_Milole isolate CIRMF_W126 Arthrinium malaysianum (99) D. glaucescens KY597588

isolate CIRMF_W127 Arthrinium malaysianum (99) J. bifoliolata KY597589

isolate CIRMF_W128 Arthrinium malaysianum (99) J. bifoliolata KY597590

isolate CIRMF_W129 Ascomycota sp. (99) J. bifoliolata KY597591

isolate CIRMF_W130 Curvularia lunata (100) D. glaucescens KY597592

151
isolate CIRMF_W131 Candida margitis (100) S. ochocoa KY597593

isolate CIRMF_W132 Curvularia geniculata (100) J. bifoliolata KY597594

isolate CIRMF_W133 Cytospora pavettae (98) D. glaucescens KY597595

isolate CIRMF_W134 Cytospora pavettae (98) J. bifoliolata KY597596

isolate CIRMF_W135 Fungal endophyte (99) J. bifoliolata KY597597

isolate CIRMF_W136 Hymenoscyphus sp. (99) S. ochocoa KY597598

isolate CIRMF_W137 Paraconiothyrium brasiliense (98) S. ochocoa KY597599

isolate CIRMF_W138 Nigrospora oryzae (90) S. ochocoa KY597600

isolate CIRMF_W139 Penicillium sclerotiorum (100) D. glaucescens KY597601

isolate CIRMF_W140 Pestalotiopsis heterocornis (99) D. glaucescens KY597602

isolate CIRMF_W141 Pestalotiopsis heterocornis (99) D. glaucescens KY597603

isolate CIRMF_W142 Pestalotiopsis heterocornis (99) J. bifoliolata KY597604

isolate CIRMF_W143 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597605

isolate CIRMF_W144 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597606

isolate CIRMF_W145 Pestalotiopsis heterocornis (99) S. ochocoa KY597607

isolate CIRMF_W146 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597608

isolate CIRMF_W147 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597609

isolate CIRMF_W148 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597610

isolate CIRMF_W149 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597611

isolate CIRMF_W150 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597612

isolate CIRMF_W151 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597613

isolate CIRMF_W152 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597614

isolate CIRMF_W153 Pestalotiopsis mangiferae (100) D. glaucescens KY597615

isolate CIRMF_W154 Pestalotiopsis mangiferae (99) D. glaucescens KY597616

152
isolate CIRMF_W155 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597617

isolate CIRMF_W156 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597618

isolate CIRMF_W157 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597619

isolate CIRMF_W158 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597620

isolate CIRMF_W159 Pestalotiopsis mangiferae (100) J. bifoliolata KY597621

isolate CIRMF_W160 Pestalotiopsis mangiferae (99) J. bifoliolata KY597622

isolate CIRMF_W161 Pestalotiopsis mangiferae (99) S. ochocoa KY597623

isolate CIRMF_W162 Setoarthopyrenia chromolaenae (100) J. bifoliolata KY597624

isolate CIRMF_W163 Stephanonectria keithii (99) D. glaucescens KY597625

isolate CIRMF_W164 Trichoderma harzianum (100) D. glaucescens KY597626

isolate CIRMF_W165 Trichoderma longibrachiatum (99) S. ochocoa KY597627

isolate CIRMF_W166 Uncultured fungus (98) J. bifoliolata KY597628

isolate CIRMF_W167 Uncultured fungus (99) J. bifoliolata KY597629

isolate CIRMF_W168 Uncultured fungus (99) J. bifoliolata KY597630

isolate CIRMF_W169 Wickerhamomyces hampshirensis (92) S. ochocoa KY597631

isolate CIRMF_W170 Yunzhangia sonckii (95) D. glaucescens KY597632

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 Rosas, M., Riit, T., Ratkowsky, D., Pritsch, K., Põldmaa, K.,
Piepenbring, M., Phosri, C., Peterson, M., Parts, K., Pärtel, K.,
Otsing, E., Nouhra, E., Njouonkou, A. L., Nilsson, R. H.., Morgado,
L. N., Mayor, J., May, T. W., Majuakim, L., Lodge, D. J., Lee, S. S.,
Larsson, K.-H., Kohout, P., Hosaka, K., Hiiesalu, I., Henkel, T. W.,
Harend, H., Guo, L.-d., Greslebin, A., Grelet, G., Geml, J., Gates,
G., Dunstan, W., Dunk, C., Drenkhan, R., Dearnaley, J., De Kesel,
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164
CHAPITRE 3 Diversité de champignons polypores associés aux
coursons de bois des essences Julbernardia bifoliolata,
Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium ochocoa, dans les
forêts du Sud-est du Gabon

Inès Nelly MOUSSAVOU BOUSSOUGOU1,4, Jean BERUBE2, Auguste

NDOUTOUME3, Louis BERNIER1

1Université Laval, Centre d’Étude de la forêt (CEF), Département des

sciences du bois et de la forêt, Institut de Biologie Intégrative et des
Systèmes (IBIS), Pavillon Charles-Eugène Marchand, 1030 avenue de la
Médecine, local 2263, G1V 0A6, Québec, Canada. Tel: (418) 656-7655

2Ressources naturelles Canada, Centre de foresterie des Laurentides,

1055, rue du PEPS, C.P. 10380, succ. Sainte-Foy, G1V 4C7, Québec,
Canada. Tel : (418) 648-7174

3Institut de Recherche Agronomique et Forestière, Laboratoire de

Protection des Végétaux, BP 2246, Gros-Bouquet, Libreville, Gabon. Tel :
(241) 7760 9268 / 6626 1654

4École Nationale des Eaux et Forêts, Département Aménagement des

Forêts et Environnement, BP 3960, Cap-Estérias, Libreville, Gabon. Tel:
(241) 7460 1392 / 6678 8615

La version anglaise de ce chapitre sera soumise pour publication dans la

revue Fungal Diversity.

165
 3.1. Résumé

La richesse et la diversité en champignons polypores ont été caractérisées

sur des coursons de bois d’Alep (Desbordesia glaucescens), de Béli
(Julbernardia bifoliolata) et de Sorro (Scyphocephalium ochocoa) déposés
le long des routes forestières dans trois sites du sud-est du Gabon. À
partir des basidiomes de polypores, l’ADN génomique a été extrait,
amplifié et séquencé. Soixante-quatre (64) champignons polypores
regroupés au sein de 28 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU) ont
été identifiés. Quatorze nouvelles espèces ont été obtenues, dont 9 sont
connues au niveau du genre, les autres étant seulement identifiées au
niveau de la famille ou de l’ordre. Parmi celles identifiées à l’espèce,
Flavodon flavus, Fomitopsis meliae, Leiotrametes lactinea, Hyphodontia
tropica, Fomitopsis ostreiformis, Peniophorella rude et
Pseudolagarobasidium acaciicola sont des premières mentions au Gabon.
Les autres, Coriolopsis caperata, Trametes elegans et T. polyzona, avaient
déjà été répertoriés ailleurs en Afrique. Toutefois, les espèces identifiées
dans cette étude sont une première mention sur les essences forestières
de notre étude. Les espèces étaient disséminées au sein de 13 familles
appartenant aux ordres des Polyporales (64%), Russulales (12%),
Hymenochaetales (11%), Corticiales (11%) et Trechisporales (2%). La
diversité variait entre les essences d’une part et les sites d’autre part. Elle
était plus élevée chez le Béli suivi du Sorro, tandis que le site de la SEEF
avait la plus grande diversité, suivi du site de SBL. Ces recherches
constituent une première étude sur la diversité des champignons
polypores associés au bois mort d’Alep, de Béli et de Sorro dans les forêts
du Sud – est du Gabon.
Mots clés : Champignons polypores, décomposition du bois, indice de
diversité de Shannon et Simpson, région ITS- ADNr, Gabon.
166
 3.2. Abstract

Richness and diversity of Polypore fungi were characterized on Alep

(Desbordesia glaucescens), Beli (Julbernardia bifoliolata) and Sorro
(Scyphocephalium ochocoa) logs laid down along forest roads in three
sites in southeastern Gabon. From harvested basidiocarps, genomic DNA
was extracted, amplified, and sequenced. Sixty-four (64) polypore fungi
grouped within 28 Operational Taxonomic Units (OTU) were identified.
Fourteen new species were obtained, of which 9 are known at the genus
level. Among those identified to the species, Flavodon flavus, Fomitopsis
meliae, Leiotrametes lactinea, Hyphodontia tropica, Fomitopsis
ostreiformis, Peniophorella rude and Pseudolagarobasidium acaciicola are
first reports for Gabon. The others, Coriolopsis caperata, Trametes
elegans and T. polyzona, had already been found elsewhere in Africa.
Species were scattered among 13 families belonging to Polyporales
(64%), Russulales (12%), Hymenochaetales (11%), Corticiales (11%)
and Trechisporales (2%) orders. The diversity varied among species on
one hand and sites on other. It was higher in Beli followed by Sorro, while
SEEF site had the greatest diversity, followed by the SBL site. This
research constitutes a first study on the diversity of polypore fungi
associated with the dead wood of Alep, Beli and Sorro in southeastern
forests of Gabon.

Key words: Polypore fungi, Wood decay, Shannon and Simpson

diversity index, ITS-rDNA region, Gabon.

167
 3.3. Introduction

La diversité fongique est considérée comme étant une des plus vastes
diversités biologiques au monde. Avec un nombre minimal estimé à
712 000 (Schmit & Mueller, 2007), les estimations du nombre de
champignons existants sont passées de 1,5 million d’espèces
(Hawksworth, 1991) à 5.1 millions avec les découvertes et les possibilités
offertes par les nouvelles technologies (Blackwell, 2011). Aussi, le nombre
de champignons polypores dans le monde avoisinerait 20 000 espèces
(Hawksworth, 2001). Ces champignons ont un rôle très important dans
l’écosystème, car ils débarrassent la forêt des débris ligneux, recyclent de
la matière organique avec d’autres microorganismes et contribuent à
l’apport du sol en composés carbonés et azotés (Blanchette, 1991; Frey
et al., 2003).

La répartition des espèces de champignons polypores à travers le globe

est inégale, certaines régions possédant une diversité et une richesse en
champignons plus grande par rapport aux autres. Les régions de basses
latitudes, contrairement à celles de hautes latitudes, renfermeraient une
plus grande diversité de champignons polypores (Lodge et al., 1995).
C’est le cas des régions tropicales, plus particulièrement le bassin
amazonien où, d’après les études réalisées, la diversité d’habitats et des
écosystèmes contribuerait à favoriser la richesse et la diversité en
champignons polypores (Gilbert et al., 2002; Lodge et al., 1995).

Les champignons polypores ont pour la plupart une large gamme

d’essences hôtes en milieu tropical et très peu développent une spécificité
d’hôte (Lindblad, 2000). Les travaux de Gilbert et Sousa (2002) ont
néanmoins montré que certains champignons polypores de forêts de
mangrove des Caraïbes semblaient avoir une préférence d’hôtes. Aussi,

168
cette spécialisation des champignons polypores en fonction de certaines
essences hôtes serait reliée à la sensibilité de l’hôte et à son
environnement (Gilbert et al., 2008; Parrent et al., 2004).

Les conditions environnementales ont également un effet sur la diversité

en champignons, cette dernière serait encore plus grande sur les rondins
en contact avec le sol (Busse, 1994; Lindblad, 1998). De même, la
diversité des champignons polypores est corrélée à la quantité de débris
ligneux dans un site forestier (Yamashita et al., 2008). La taille des débris
ligneux joue également un rôle majeur dans les régions humides. On
retrouve en effet une grande diversité de champignons polypores dans
les substrats de bois de grosses dimensions (Lindblad, 2001).

Le type de substrat joue également un rôle important, par exemple le

stade de décomposition du bois (Lindblad, 1998; Schmit, 2005). La
richesse en champignons polypores sur les rondins plus jeunes est
significativement plus élevée que celle sur les rondins plus âgés. Il en est
de même pour ceux qui ont des caries moins apparentes, celles-ci
hébergeraient plus d'espèces de champignons polypores que celles avec
des caries abondantes. Ce profil observable en régions tropicales n’est
toutefois pas applicable à tout type de forêt. En forêt boréale par exemple,
les stades de carie n’influencent pas toujours la richesse et la diversité de
champignons polypores (Kebli et al., 2011).

Les données des études réalisées sur les champignons polypores des bois
en régions tropicales proviennent notamment du bassin amazonien et des
forêts de l’Asie (Arnold et al., 2000; Cheng et al., 2009; Connell &
Lowman, 1989; Dai et al., 2007; Ferrer & Gilbert, 2003; Gilbert et al.,
2002; Gilbert et al., 2008; Gilbert & Sousa, 2002; Gomez-Hernandez &
169
Williams-Linera, 2011; Groposo & Loguercio-Leite, 2005; Lindblad, 2001)
et très peu ont été faites dans les forêts d’Afrique notamment dans le
Bassin du Congo. Dans les forêts de l’ouest du bassin du Congo, les études
réalisées concernent notamment l’identification des espèces de
champignons polypores du bois mort et les champignons comestibles
(Amalfi et al., 2010; Decock, 2011; Van Dijk et al., 2003; Yombiyeni et
al., 2011). La structure des communautés des champignons dans la sous-
région de l’ouest du Bassin du Congo a déjà fait l’objet d’étude (Laessøe
et al., 1996). Dans ces études, diverses espèces de champignons
Ascomycota et Basidiomycota ont été identifiées, à l’instar des
champignons polypores. Les champignons polypores associés à la carie
des coursons d’essences forestières ont été peu étudiés et cette lacune a
guidé notre étude.

Pour étudier la diversité des champignons polypores associés à la carie

du bois chez le Béli, l’Alep et le Sorro, nous avons extrait l’ADN génomique
à partir des basidiomes collectés sur des coursons de bois provenant des
trois essences. Pour identifier nos basidiomes de champignons polypores,
nous avons amplifié la portion du gène ITS de l’ADNr. Nos objectifs
étaient (1) d’identifier les champignons polypores associés à la
décomposition du bois chez ces trois essences forestières (2) de savoir si
cette diversité varie entre les espèces d’arbres et les sites de prélèvement
et (3) de comparer cette diversité entre les trois espèces et les sites de
prélèvement.

170
 3.4. Matériel et méthodes

3.4.1. Sites d’étude et collecte des échantillons

Les sites d’étude étaient localisés dans la province de l’Ogooué-Lolo, dans

le sud-est du Gabon proche de la ville de Lastourville (0° 49′ 0″ S de
latitude, 12° 42′ 0″ E de longitude). Le type de végétation dans cette
région est une forêt dense humide sempervirente, avec deux saisons de
pluies et deux saisons sèches et une pluviométrie moyenne annuelle
d’environ 1800 mm. En août 2010, des coursons de grumes d’environ 60
cm de diamètre et trois mètres de long ont été coupés à partir des arbres
vivants de Béli, d’Alep et de Sorro présentant des signes de caries et
déposés le long des routes forestières. Chaque essence était représentée
par trois coursons par site. Le dispositif de collecte de champignons de
carie a été mis en place dans trois sites représentés par les permis
forestiers de la Société des bois de Lastourville (SBL), de la Compagnie
Équatoriale des Bois (CEB) et la Société Équatoriale d’Exploitation
Forestière (SEEF) (Fig. 3.1). Des basidiomes de champignons polypores
ont été collectés entre janvier 2011 et juillet 2012 sur les différents
coursons de bois.

171
Figure 3. 1 Zone d’étude et localisation des coursons de bois
d’Alep, de Béli et de Sorro échantillonnés.

172
 3.4.2. Extraction, amplification et séquençage de l’ADN

Le traitement des échantillons et les analyses moléculaires ont été réalisés

au Gabon, en partie dans les locaux des laboratoires du Centre
International de recherches médicales (CIRMF) dans la ville de Franceville
dans la province du Haut-Ogooué et également dans les locaux du
laboratoire de biologie moléculaire de l’Institut de Recherche en Écologie
Tropicale (IRET) à Libreville. Les échantillons étaient coupés en petits
morceaux à l’aide de lames, pesés et transférés (environ 20 mg) avant
d’être broyés à l’azote liquide. Un second broyage a été effectué à l’aide
du Geno Grinder 2000 (Spex sample prep, New-Jersey, USA) à une
vitesse de 500 coups/min, pendant 2 min avec le tampon de lyse ou à
l’aide du broyeur Mini-BeadBeaterTM (Biospec Products, Bartlesville, USA)
à la fréquence de 25 Hz. Ensuite, les extractions d’ADN ont été poursuivies
en suivant les étapes fournies dans le protocole d’isolement de l’ADN des
tissus végétaux du Mini kit Qiagen DNeasy Plant (Qiagen Inc, Toronto,
Canada). Le volume total d’élution obtenu avec le tampon AE était de 2x
50 µl. L’ADN génomique total obtenu a été dilué au 1/10 à l’eau stérile
pour l’amplification par PCR.

Les amplifications de l’ADN ribosomique de la région comprise entre ITS1

—5.8S — ITS2 (Bougnoux & Espinasse, 2003) ont été faites en utilisant
les amorces ITS1F et ITS4B utilisées pour l’identification des champignons
Basidiomycètes (Gardes & Bruns, 1993). Le volume total de l’amplification
était de 25 µl et comprenait : 2,5 µl de tampon Taq10X, 0.5 µl de mélange
de dNTP à 10 mM, 0.2 µl de Taq polymérase ADN (5U/µl), tous de la
compagnie Feldan-Bio, Québec, Canada. Du MgCl2 à 50 mM (0,8 µl), 16
µl d’eau stérile (Invitrogen, Burlington, Canada) et 1 µl pour chacune des
amorces (Integrated DNA Technologies Inc, Toronto, Canada) ont été

173
ajoutés. Dans chaque tube, 3 µl d’ADN complétaient le volume total de la
PCR, sauf pour le témoin négatif qui contenait de l’eau stérile au lieu de
l’ADN. Les échantillons ont été placés dans le thermocycleur Gene Amp
PCR System 9700 (Applied Biosystems, Foster City, USA) et soumis au
programme suivant : 1 cycle de dénaturation initial à 95 °C pendant
2 min, 37 cycles comprenant une dénaturation à 94 °C pendant 45 s, un
appariement des amorces (annealing) à 56 °C pendant 45 s et une
extension à 72 °C pendant 45 s, puis une extension finale à 72 °C
pendant 10 min. Un gel d’agarose (Invitrogen) de 1.5 % a été préparé
avec du TAE (Tris Acetate EDTA) 1X pour tester la présence d’ADN
génomique dans les produits PCR. Nous avons utilisé le marqueur de poids
moléculaire 100 paires de bases (Invitrogen) pour déterminer la taille des
échantillons. Les échantillons ont migré sous 85 V pendant 1 h 30. Le gel
a été coloré au bromure d’éthidium (0.5 μg/ml) et visualisé sous lumière
UV (Compact Digimage System - Major Science, Saratoga, USA).

Les produits PCR présentant une bande unique ont été envoyés au
séquençage double brin dans les laboratoires de la plateforme d’analyses
génomiques de l’Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes (IBIS)
et traités selon la technique d’électrophorèse capillaire sur plateforme ABI
3730xl (Applied Biosystems, Foster City, USA).

3.4.3. Analyses des séquences

Les séquences ont été corrigées à l’aide du logiciel Sequence Scanner V1

(http://www.bioinfo.ulaval.ca/seq/fr/outilsseq) et éditées à l’aide du
logiciel BioEdit (Hall, 1999). Les séquences nucléotidiques ont été
interrogées à l’aide de l’algorithme Blastn de GenBank

174
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) pour la recherche des séquences
similaires aux séquences obtenues lors du séquençage. Un alignement
multiple a été effectué à l’aide du programme ClustalW (Thompson et al.,
1994). Un regroupement des séquences en Unités Taxonomiques
Opérationnelles (OTU) a été réalisé sur Mothur (Schloss et al., 2009) en
se basant sur la délimitation des espèces au seuil de signification de 95 %
pour la région ITS de l’ADNr (Arnold & Lutzoni, 2007). Les séquences
représentant chaque OTU ont été déterminées et réparties en fonction de
chacune des essences et des sites. Des analyses moléculaires et
phylogénétiques évolutives ont été effectuées à l'aide de MEGA version 6
(Tamura et al., 2013) et un arbre phylogénétique a été construit par la
méthode d’inférence de Neighbor-Joining. Chaque OTU regroupant des
séquences d’ADN du même gène pour une espèce à un niveau
taxonomique (niveau de similarité) précis de 95%.

3.4.4. Analyses de diversité des champignons

À l’aide du programme Mothur, nous avons évalué la diversité en

champignons polypores de l’ensemble de nos échantillons en déterminant
divers indices (http://www.mothur.org/wiki/Calculators). Pour chacune
des essences étudiées et chacun des sites, nous avons déterminé la
richesse en champignons polypores des trois essences forestières et celles
des trois sites de collecte, puis estimé la richesse par l’indice de Chao1
(Chao et al., 2009). Cet indice non paramétrique est un estimateur de la
richesse qui prend en compte la présence des espèces rares dans un
échantillon, ainsi que celles non détectées (Gotelli & Chao, 2013). La
diversité de chacune des essences et celle des différents sites a été
déterminée par les indices de diversité de Shannon (H) et de Simpson
175
(D). Nous avons également comparé la structure des communautés en
espèces de champignons polypores à l’aide des indices de dissimilarité de
Bray-Curtis et de Morisita-Horn, entre les coursons des trois essences et
ceux des trois sites de prélèvement. Le choix de ces indices réside dans
le fait que l’indice de Morisita-Horn n’est pas sensible à la richesse en
espèce et à la taille des échantillons et celui de Bray-Curtis n’est pas
influencé statistiquement par les tailles inégales des échantillons (Chao et
al., 2006). Enfin, pour évaluer les différences ou les similitudes entre les
communautés, nous avons comparé les diversités fongiques entre les
trois essences et les trois sites au seuil de signification 0.05, en réalisant
une Analyse Moléculaire de Variance (AMOVA) sur Mothur (Anderson,
2001; Martin, 2002; Schloss, 2008).

3.5. Résultats

3.5.1. Distribution des communautés de champignons polypores par

type de coursons et selon les sites échantillonnés

Nous avons échantillonné 154 basidiomes de polypores sur les coursons

de trois essences forestières disposés sur le bord des routes forestières,
dans les trois chantiers forestiers. Nous avons obtenu 64 séquences de
qualité ayant eu une correspondance à plus de 80% avec une référence
dans la banque de gène NCBI. Les séquences ont été soumises dans
Genbank et des numéros d’accession Genbank ont été attribués
(KY449342- KY449405).

176
L’analyse des séquences à l’aide du logiciel Mothur au seuil de similarité
de 95% les regroupe au sein de 28 OTUs (Tableau 3.1) notre proxy pour
espèces de champignons dans le cadre de cette étude.

Beaucoup de champignons ont été trouvés une seule fois et sur une seule
essence hôte. La répartition de ces champignons entre les différentes
essences montrait que le Béli concentrait à lui seul 14 espèces de
champignons polypores représentées en majorité par les champignons de
l’ordre des Polyporales dont Flavodon flavus, Fomitopsis meliae, 2 OTUs
représentées par des espèces Fomes sp. 1 et Fomes sp. 2, Trametes
elegans, Trametes sp. 1, T. sp. 2, T. polyzona, Pycnoporus puniceus,
Pseudolagarobasidium acaciicola, Amaurauderma subresinum et
Coriolopsis caperata. Dans l’ordre des Hymenochaetales, il y avait
l’espèce Phellinus calcitratus et également une seule espèce de
Trechisporales (Trechisporales sp. 1). Par contre, sur les coursons d’Alep,
ce sont les espèces Stereum sp. 1 et T. sp. 2 de l’ordre des Russulales et
Fomitopsis ostreiformis de l’ordre des Polyporales qui ont été spécifiques
à cette essence. Chez le Sorro, les espèces Ganoderma sp.,
Ganodermataceae sp. 1, Ganodermataceae sp. 2 et Meruliaceae sp. de
l’ordre des Polyporales étaient également spécifiques à cette essence.
Aucune des espèces de polypores n’était partagée par les coursons
obtenus des trois essences ou par les trois sites de prélèvement.
Cependant, on a observé que le Béli et l’Alep se partageaient deux
espèces, à savoir Hericium sp. 1 et Hyphodontia tropica qui sont
respectivement une Russulales et une Hymenochaetales. Par ailleurs,
l’Alep et le Sorro se partageaient deux espèces, Corticiales sp. 1 et
Vuilleminia sp., qui est de l’ordre des Corticiales.

177
Tableau 3. 1 Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTUs) obtenues, identifications probables, nombre
et répartition d’isolats de chacune des OTUs par essence hôte au seuil de similarité 95%.

OTU Identification probable Essence hôte Total Rôle Implications

écologique dans la
recherche

D. J. S.
glaucescens bifoliolata ochocoa

1 Flavodon flavus 7 7 Sa (B)

2 Fomitopsis meliae 5 5 Hc - Sa (B)

3 Vuilleminia sp. 1 3 4 ? (A)

4 Stereum sp. 1 4 4 ? (A)

5 Fomes sp.1 4 4 ? (A)

6 Leiotrametes lactinea 2 1 3 Sa (B)

7 Corticiales sp. 1 2 1 3 ? (A)

8 Hyphodontia tropica 1 2 3 Sa (B)

9 Fuscoporia gilva 2 1 3 Hc - Sa

10 Fomitopsis ostreiformis 3 3 Sa (B)

11 Hericium sp. 1 1 1 2 ? (A)

12 Trametes elegans 2 2 ? (B)

178
13 Stereum sp. 2 2 2 ? (A)

14 Peniophorella rude 1 1 2 Sa (B)

15 Ganoderma sp. 2 2 ? (A)

16 Amauroderma subresinum 2 2 Sa

17 Coriolopsis caperata 2 2 Sa (B)

18 Meruliaceae sp. 1 1 ? (A)

19 Trechisporales sp. 1 1 1 ? (A)

20 Trametes sp. 2 1 1 ? (A)

21 Trametes polyzona 1 1 Sa (B)

22 Trametes sp. 1 1 1 ? (A)

23 Pycnoporus puniceus 1 1 Sa

24 Pseudolagarobasidium acaciicola 1 1 Pa (B)

25 Phellinus calcitratus 1 1 Sa

26 Ganodermataceae sp. 2 1 1 ? (A)

27 Ganodermataceae sp. 1 1 1 ? (A)

28 Fomes sp. 2 1 1 ? (A)

(A) : Présence d’une nouvelle espèce taxonomique

(B) : Première mention au Gabon

Hc : Hémiparasite de cœur ;

Pa : Parasite ;

Sa : Saprophyte

179
Le Béli et le Sorro se partageaient 3 espèces de polypores dont
Peniophorella rude (Polyporales), les espèces Fuscoporia gilva
appartenant à l’ordre des Hymenochaetales et Leiotrametes lactinea de
l’ordre des Polyporales.

Les résultats obtenus sur Mothur regroupant l’ensemble des séquences

ont révélé la présence de plusieurs OTUs (n = 11) représentées par une
seule espèce (Fig. 3.2).

Les 28 OTUs identifiées au sein de notre échantillon étaient représentées

en majorité par les champignons appartenant à l’ordre des Polyporales
(64%) et regroupés au sein de 18 OTUs, suivis par ceux des Russulales
(12%) et des Hymenochaetales (11%) regroupés chacun au sein de 3
OTUs. Nous avons également relevé la présence de Corticiales (11%)
regroupés au sein de 2 OTUs et enfin d’espèces appartenant à l’ordre des
Trechisporales (2%). Les espèces dominantes du groupe des Polyporales
étaient Flavodon flavus (OTU1) et Fomitopsis meliae (OTU2). Ces deux
espèces ont été récoltées uniquement sur le Béli et cette dernière est un
hémiparasite connu, présente dans au moins deux sites de prélèvement.
Les autres espèces dominantes appartenaient au groupe des Corticiales
et étaient représentées par Vuilleminia sp. (OTU3), récoltée sur l’Alep et
le Sorro, suivies des espèces Stereum sp. 1 (OTU4), récoltée uniquement
sur l’Alep.

180
Figure 3. 2 Abondances relatives des OTUs des champignons
polypores pour les trois essences et les trois sites
d’échantillonnage.

181
La discrimination des espèces en termes d’OTU à l’aide de Mothur a
permis d’en obtenir 28, soit 28 espèces différentes au seuil de 0,95 de
similarité. Sur les 28 espèces délimitées, quatorze nouvelles espèces de
polypores sont rapportées dans cette étude. Elles ne possèdent pas
encore de nom, mais le genre est connu pour 9 d’entre elles, les autres
étant seulement identifiées au niveau de la famille ou de la classe. Parmi
celles identifiées à l’espèce, Flavodon flavus, Fomitopsis meliae,
Leiotrametes lactinea, Hyphodontia tropica, Fomitopsis ostreiformis,
Peniophorella rude et Pseudolagarobasidium acaciicola sont des premières
mentions au Gabon. Les autres, Coriolopsis caperata, Trametes elegans
et T. polyzona, avaient déjà été répertoriés ailleurs en Afrique.

3.5.2. Diversité de champignons polypores

La reconstruction de l’arbre phylogénétique réalisée à l’aide de la méthode

du Neighbor-joining, a regroupé l’ensemble des séquences au sein de 15
clades (Fig. 3.3).

Ces derniers étaient représentés par 13 familles très fortement soutenues

par des valeurs de bootstrap, dont les Corticiaceae, Fomitopsidaceae,
Ganodermataceae, Hericiaceae, Hydnodontaceae, Hymenochaetaceae,
Meruliaceae, Phanerochaetaceae, Polyporaceae, Punctulariaceae,
Schizoporaceae, Stereaceae et une famille classée Incertae sedis,
représentée par Peniophorella rude.

182
 Figure 3. 3 Arbre phylogénétique
construit selon la méthode du
Neighbor-Joining avec les
séquences obtenues par
amplification de la région ITS
(ITS1 - 5.8s ITS2). L’arbre
consensus a été obtenu avec un
Bootstrap de 1000 répétitions, les
valeurs supérieures ou égales à
70% sont marquées sur les
branches et les numéros
d’accession des séquences
disponibles dans GenBank sont
également mentionnés.

183
Les champignons de la famille des Polyporaceae étaient partagés en 3
clades regroupant les genres Fomes, Coriolopsis puis Leiotrametes -
Pycnoporus - Trametes.

La diversité des champignons polypores récoltés sur les coursons de bois

dans les trois sites a été déterminée à l’aide des indices de diversité de
Shannon (H) et de Simpson (D). L’ensemble des essences et des sites
présentait une diversité relativement grande pour les indices de Shannon
(H= 3.15) et de Simpson (D= 0.04). Parmi les coursons des trois
essences, lorsqu’on considère uniquement l’indice de Shannon (Fig. 3.4
a), ce sont les coursons du Béli qui possédaient la plus grande diversité
en champignons (H=2.70) ; ils étaient suivis par le Sorro (H=2.09) et
enfin l’Alep qui a une diversité moindre (H=1.81) par rapport aux deux
autres essences. Les résultats obtenus avec l’indice de Simpson (Fig. 3.4
c) abondent dans le même sens, avec une légère nuance. Selon l’indice
de Simpson, le Béli et le Sorro possèderaient la même diversité (D=0.06).
Par contre, les indices de diversité entre les trois sites (Fig. 3.4 b et 3.4
d), que ce soit pour l’indice de Shannon (H) ou pour celui de Simpson (D),
ont montré que le site du Chantier SEEF possédait la plus grande diversité
(respectivement H=2.65 et D=0.04). Ce site est suivi du site du Chantier
SBL (respectivement H=2.22 et D=0.09) et enfin celui du Chantier CEB
(respectivement H=2.01 et D=0.10).

184
a) b)

c) d)

e) f)

Figure 3. 4 Indice de diversité de Shannon (H) (a, b), Indice de

Simpson (D) (c, d), richesse observée (Sobs) et indice Chao_1 (e,
f), par essence et site échantillonné.

185
La richesse observée était beaucoup plus grande chez le Béli par rapport
aux deux autres essences où celle-ci était quasiment la moitié chez le
Sorro et chez l’Alep (Fig. 3.4 e). Par contre, l’indice de richesse estimée
de Chao1 chez l’Alep montrait une limite chez cette essence où la valeur
était très proche de la valeur de richesse observée. Chez les deux autres
essences, les indices de Chao1 étaient plus élevés que la richesse
observée pour le Béli et le Sorro. La richesse observée était plus grande
dans le site du chantier SEEF, suivi respectivement des sites des chantiers
SBL et CEB (Fig. 3.4 f).

En revanche, la richesse estimée était très faible dans le site du chantier

SBL, car elle était proche de la valeur observée. Cependant, la richesse
estimée de Chao1 était plus grande dans les deux autres sites. Les valeurs
élevées pour les indices de richesse estimée de Chao1 suggèrent que les
nombres de champignons polypores obtenus pour l’ensemble des
échantillons des essences d’arbre d’une part et celui des sites
échantillonnés d’autre part n’étaient pas exhaustifs.

3.5.3. Comparaison entre les communautés de champignons

polypores des types de coursons et ceux des sites de
prélèvement

Nous avons obtenu 28 OTUs dans cette étude. Cependant, que ce soit
pour les types de coursons différenciés par le type d’essence et le site de
prélèvement, aucune OTU n’était partagée par les coursons des trois
essences et des trois sites. En revanche, en comparant les communautés
deux à deux, on observe que l’Alep et Béli d’une part et Alep et Sorro
d’autre part se partagent seulement 2 OTUs. Aussi, le Béli et le Sorro se
186
partagent seulement 3 OTUs. Pour comparer les différentes communautés
entre elles, nous avons utilisé les coefficients de similarité de Bray-Curtis
(BC) et de Morisita-Horn (MH). Ces indices décrivent la dissimilarité entre
la structure des deux communautés. Les indices de similarité de Bray-
Curtis (BC) et de Morisita-Horn (MH) montrent tous deux que l’Alep et le
Béli (respectivement 0.92 et 0.96) étaient les moins similaires entre eux
et sont suivis par les essences Béli et Sorro (respectivement 0.89 et 0.90)
et enfin par les essences Alep et Sorro (respectivement 0.85 et 0.82)
(Tableau 3.2). De même, la comparaison des communautés de polypores
par site de prélèvement à l’aide des indices de BC et MH a également
révélé que les sites des Chantiers CEB et SBL étaient les moins similaires
entre eux (respectivement 0.90 et 0.95). Ils étaient suivis par les sites
des Chantiers CEB et SEEF (respectivement 0.89 et 0.93) et ceux des
Chantiers SBL et SEEF (respectivement 0.83 et 0.77).

Les analyses moléculaires de variance réalisées entre les différentes

communautés (types de coursons d’arbre versus sites échantillonnés) ont
montré que ces dernières différaient entre elles de façon significative (p
<0.001). En effet, pour les communautés comparées deux à deux, la
diversité au sein des deux communautés est significativement différente
de celles qui résulteraient de la mise en commun des deux populations en
comparaison.

187
Tableau 3. 2 Comparaison entre les trois essences et les sites de
prélèvement au seuil de 0.05 et analyse de variance moléculaire.

Comparaison OTUs BC MH AMOVA

partagées
p-value

Essences Alep vs Beli 2 0.92 0.96 <0.001*

Alep vs Sorro 2 0.85 0.82 0.002*

Beli vs Sorro 3 0.89 0.90 0.034*

Total 0 <0.001*
Essences

Sites ChantierCEB vs ChantierSBL 2 0.90 0.95 <0.001*

ChantierCEB vs ChantierSEEF 2 0.89 0.93 0.003*

ChantierSBL vs ChantierSEEF 4 0.83 0.77 0.014*

Total sites 0 <0.001*

BC : Indice de similarité de Bray-Curtis

MH : Indice de similarité de Morisita-Horn

AMOVA : Analyse de variance moléculaire

* Significatif au seuil de 0.05

188
 3.6. Discussion

Ces recherches constituent une première étude sur la diversité des

champignons polypores associés au bois mort des essences Béli
(Julbernardia bifoliolata), Alep (Desbordesia glaucescens) et Sorro
(Scyphocephalium ochocoa) communément retrouvées dans les forêts
denses humides sempervirentes du Sud-est gabonais.

La fréquence et la distribution de la diversité en champignons polypores

variaient selon les coursons des essences forestières ou entre les sites de
prélèvement. Les coursons de bois de Béli contenaient la plus grande
richesse en espèces de champignons polypores, ce qui s’est également
traduit en une diversité élevée en champignons polypores observée chez
cette essence hôte. Le Sorro suivait le Béli et l’Alep arrivait en dernière
position. Par contre, pour ce qui est des trois sites de collecte, c’est le site
du chantier de la SEEF qui possédait la plus grande richesse et la plus
grande diversité de champignons polypores. Le site du chantier SBL
arrivait en second, suivi du chantier CEB. Les trois types de coursons
constituent des types de substrats différents. La diversité de substrat
représentée par les trois essences différentes du point de vue
taxonomique, les ressources en nutriments ainsi que les différents
environnements créés par le micro climat ou la diversité des habitats, sont
autant de facteurs qui pourraient favoriser la diversité de communauté de
champignons (Bässler et al., 2010; Lodge, 1997; Lodge & Cantrell, 1995).
Dans notre étude, les essences étaient différentes du point de vue
taxonomique et les coursons étaient de grande taille (minimum 60 cm de
diamètre). Cela pourrait expliquer les différences observées entre les
différentes communautés de champignons obtenues entre les trois types
de coursons et les sites de collecte. L’importance de l’hôte sur la diversité
189
des champignons a été rapportée dans la plupart des études réalisées en
milieux tropicaux (Ferrer & Gilbert, 2003; Fröhlich & Hyde, 1999; Gilbert
et al., 2002), de même qu’en forêt tempérée et en forêt boréale (Kebli et
al., 2011; Yamashita et al., 2010), où l’essence hôte a une influence sur
la richesse et la diversité en champignons. De plus, cette différence de
richesse et de diversité entre les coursons de bois des trois essences et
celle des trois sites de prélèvement étaient statistiquement significatives
selon l’Analyse de Variance Moléculaire (AMOVA). Ainsi, les communautés
de champignons polypores observées sur les différents coursons et dans
les différents sites étaient différentes. Ces résultats confortent l’assertion
selon laquelle certains champignons polypores développent une
préférence ou récurrence de l’hôte en forêt tropicale (Ferrer & Gilbert,
2003; Gilbert et al., 2008) et que plusieurs des champignons de cette
étude semblent démontrer un certain degré de spécialisation. De plus,
deux des espèces de polypores observées, en l’occurrence Fomitopsis
meliae et Fuscoporia gilva, sont des hémiparasites de cœur, un statut
trophique souvent relié à un certain degré de spécialisation sur un hôte.

Pour notre étude, la comparaison des sites en utilisant les indices de

similarité de Bray-Curtis et de Morisita-Horn, qui mesurent la dissimilarité
entre les structures de communautés différentes, révèle qu’avec un fort
taux de dissimilarité (proche de 1), la composition des communautés
fongiques entre les sites des chantiers CEB et SBL est moins semblable
suivi respectivement des sites CEB vs SEEF et de SBL vs SEEF. La
présence d’un micro-environnement peut influencer la diversité et la
richesse en champignons (Gomez-Hernandez & Williams-Linera, 2011;
López-Quintero et al., 2012). La dissimilarité observée entre les sites
suggère que, malgré que les chantiers SEEF et CEB paraissent proches

190
géographiquement comparativement avec le Chantier SBL, l’écosystème
n’est plus le même en raison de la distance physique entre les sites. Selon
Gilbert et al., (2008), l'environnement ayant un effet sur la distribution
des espèces végétales, cela peut conduire à la spécificité apparente de
l'habitat de nombreux champignons. Par ailleurs, bien que ni les trois
types de coursons d’une part, ni les trois sites de collecte d’autre part, ne
partagent d’espèces de champignons polypores, il a été observé que
certaines espèces de champignons polypores ont été retrouvées chez
deux essences forestières à la fois. Par ailleurs, parmi les OTUs obtenues
sur l’ensemble des coursons, les espèces Amauroderma subresinum
(Polyporales) et Fuscoporia gilva (Hymenochaetales) étaient les seuls
champignons polypores qui ont été retrouvés également sur les arbres
debout de Béli et présentant une carie (Chapitre 1).

Le grand volume des coursons de bois chez les trois essences est un
facteur qui aurait pu jouer un rôle important dans la grande diversité des
champignons polypores observée chez ces trois essences. La quantité de
nutriments dans les débris de bois de grosse taille est souvent très élevée
(Lindblad, 2001). Aussi, ces nutriments existent en petite quantité dans
un bois fraichement coupé, mais, une fois le processus de décomposition
du bois enclenché, le carbone du bois est libéré par le processus de
respiration et la quantité de nutriments augmente (Harmon et al., 1986;
Laiho & Prescott, 2004). La forte disponibilité des nutriments libérés lors
de la minéralisation du bois est corrélée à la formation des basidiomes
pendant les premières phases de décomposition du bois (Harmon et al.,
1994). Les fortes densités ou masses volumiques du bois peuvent limiter
la formation des basidiomes sur les grumes. En effet, il a été démontré
qu’il y avait une relation entre la succession des champignons de

191
décomposition et la perte de masse du bois (Rajala et al., 2010). Il
convient donc d’envisager l’idée selon laquelle la diversité de
champignons polypores dans les coursons de bois de forte masse
volumique est moindre durant les premiers stades de décomposition, d’où
la tendance observée chez l’Alep (densité= 1,05). Par la suite, cette
densité du bois élevée tendra à diminuer avec la minéralisation du bois.
Ce qui fait qu’après un stade plus avancé de décomposition, les coursons
des essences préalablement à forte densité pourraient être colonisés par
plusieurs basidiomes de champignons au fil du temps.

D’autre part, les composés phénoliques jouent également un rôle dans la

résistance à la décomposition du bois par les champignons (Scheffer,
1966). La présence des polyphénols ou composés phénoliques dans le
bois pourrait être un frein à la colonisation des champignons sur les
coursons de bois. En effet, le Sorro est une essence avec un bois rouge,
caractéristique de la présence de tannins dans le bois. Les tannins font
partie des composés phénoliques présents en majorité dans le bois au
même titre que les flavonoïdes et les anthocyanes (Boizot & Charpentier,
2006). Ces polyphénols sont concentrés dans le duramen lui conférant
une couleur foncée du bois. Outre la couleur, les polyphénols sont
responsables de la durabilité naturelle et d’une toxicité du bois qui lui
permet de lutter contre les champignons pathogènes et les insectes
xylophages (Boizot & Charpentier, 2006; Scalbert, 1992). Les analyses
effectuées sur les feuilles et les écorces du bois de Sorro ont révélé la
présence de quantités importantes de flavonoïdes et de tannins possédant
des facultés antioxydantes et antimicrobiennes (Tchouya et al., 2015;
Ngoua-Meye-Misso et al., 2018). La présence de polyphénols dans le bois

192
de Sorro pourrait limiter la colonisation des coursons de bois par les
champignons polypores.

Quatorze OTUs de champignons polypores obtenues dans cette étude sont

des espèces inconnues de Genbank, probablement des espèces africaines
sœurs d’espèces cosmopolites, ou encore des espèces présentes dans des
collections non séquencées.

Plusieurs champignons de cette étude sont nouvellement identifiés au

Gabon, et sur les essences forestières de notre étude. En revanche,
d’autres font l’objet de mention en Afrique et dans la sous-région, comme
Coriolopsis caperata, Trametes elegans et T. polyzona qui ont été
identifiés au Cameroun (Douanla-Meli et al., 2007; Teke et al., 2019).

Les espèces Amauroderma subresinosum, Fuscoporia gilva, Phellinus

calcitratus et Pycnoporus puniceus ont déjà été répertoriées au Gabon.
De plus, les espèces A. subresinosum et F. gilva ont été identifiées sur les
arbres debout de Béli (chapitre 1). En effet, les propagules de
champignons pathogènes peuvent persister dans le bois des arbres cariés
et faire partie du premier cortège de champignons apparaissant sur le
bois après abattage des arbres.

3.7. Conclusions

Il en ressort de cette étude que l’ensemble des coursons des trois

essences et des trois sites de collecte de basidiomes possédaient une
diversité de champignons polypores relativement grande (Gilbert et al.,
2002; Lindblad, 2001; Lodge et al., 1995).

193
Plusieurs champignons trouvés sont probablement de nouvelles espèces
inconnues de la science et d’autres sont nouvellement rapportées au
Gabon. Les spécimens étant disponibles en herbier, il serait intéressant
de les envoyer à des experts en taxonomie pour les étudier et les nommer
si besoin. Les champignons polypores récoltés dans cette étude incluaient
également des espèces de champignons déjà identifiées en Afrique ou
dans la région Guinéo-congolaise (Laessøe et al., 1996).

Plusieurs OTUs semblaient être spécifiques à chacune des essences, une

observation qui serait compatible avec la caractéristique de préférence
d’hôte de certains champignons polypores. Nos travaux constituent une
première recherche sur la diversité des champignons polypores des bois
morts chez le Béli, l’Alep et le Sorro au Gabon. La taille des coursons (60
cm de diamètre de moyenne) enlève la contrainte de limite de la présence
de nutriments dans les différents substrats (Hottola et al., 2009; Schmit,
2005). Par contre, la disposition des coursons de bois au bord des chemins
forestiers plutôt que dans le sous-bois peut également limiter la diversité
des polypores sur les coursons de bois. Toutefois, certains champignons
polypores étaient récurrents sur les coursons de bois étudiés ; comme
cela a été le cas pour les espèces Flavodon flavus (Gilbert et al., 2008) et
Fomitopsis meliae, un hémiparasite connu, retrouvées sur le Béli
uniquement et dans au moins deux sites de prélèvement. La diversité de
champignons polypores est certes plus élevée sur le Béli durant ces deux
années de décomposition du bois, mais la minéralisation progressive de
l’Alep et du Sorro pourrait également favoriser l’augmentation de la
diversité en champignons polypores chez ces deux essences.

194
 3.8. Remerciements

Ce travail a été mené grâce à la contribution financière du projet FOGRN-

BC (Projet d’appui à la FOrmation en Gestion des Ressources Naturelles
dans le Bassin du Congo) abrité par l’Université Laval.

3.9. Références bibliographiques

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201
CHAPITRE 4 Activité de dégradation de quatre champignons de
carie sur des blocs de bois de Béli (Julbernardia bifoliolata), d’Alep
(Desbordesia glaucescens) et de Sorro (Scyphocephalium
ochocoa)

Inès Nelly MOUSSAVOU BOUSSOUGOU1,4, Louis BERNIER1, Auguste

NDOUTOUME2, Jean BÉRUBÉ3.

1Université Laval, Centre d’Étude de la forêt (CEF), Département des

sciences du bois et de la forêt, Institut de Biologie Intégrative et des
Systèmes (IBIS), Pavillon Charles-Eugène Marchand, 1030 avenue de la
Médecine, local 2263, G1V 0A6, Québec, Canada. Tel: (418) 656-7655

2Institut de Recherche Agronomique et Forestière, BP 2246, Gros-

Bouquet, Laboratoire de Protection des végétaux, Libreville, Gabon. Tel :
(+241) 7760 9268 / 6626 1634,

3Ressources Naturelles Canada, Centre de foresterie des Laurentides,

1055, rue du PEPS, C.P. 10380, succ. Sainte-Foy, G1V 4C7, Québec,
Canada. Tel : (418) 648-7174,

4École Nationale des Eaux et Forêts, Département Aménagement des

Forêts et Environnement, BP 3960, Cap-Estérias, Libreville, Gabon. Tel:
(+241) 7460 1392 / 6678 8615 Libreville, Gabon.

La version anglaise de ce chapitre soumise pour publication dans la revue

Holzforschung.

202
 4.1. Résumé

Nous avons comparé la capacité de dégradation de quatre champignons

polypores sur des blocs de bois de Béli, d’Alep et de Sorro en laboratoire
en utilisant un dispositif factoriel par le pourcentage de perte de masse.
Des tests in vitro ont été réalisés sur des blocs de bois de 2x3x4 cm,
incubés à 28 °C à l'obscurité en présence de mycélium. Les analyses de
variance ont confirmé qu’il y avait des différences significatives de masse
entre les blocs témoins et les blocs incubés en présence de champignons,
ce qui suggère donc une activité de dégradation fongique. Les interactions
étaient significatives entre la souche de champignon x le temps
d'incubation et entre la souche fongique x le type de bois. L’Alep
possédant une densité du bois plus élevée que celle du Béli et du Sorro,
était la moins résistante des trois essences à l’étude face aux
champignons de carie. Le Sorro, avec la plus faible masse volumique,
s’est avéré le plus résistant. Ces résultats sont contraires aux assertions
souvent avancées en matière de résistance naturelle des bois tropicaux
où la masse volumique du bois contribue fortement à la résistance des
bois. Le champignon de carie brune Phellinus noxius était le plus lignivore
parmi les espèces de champignons de cette étude.

Mots clés: Analyse factorielle, Bois tropicaux, Champignons de carie,

Croissance mycélienne, Perte de masse.

4.2. Abstract

The capacity of four polypore fungi to degrade Beli, Alep and Sorro wood
blocks by weight loss percentages was compared in the laboratory using
a factorial design. In vitro tests were conducted on wood blocks of 2x3x4
203
cm, incubated at 28° C in the dark in the presence of mycelium. Analyses
of variance showed significant differences in weight between control
blocks and those inoculated with cultures of polypore fungi, thus
confirming fungal degradation activity. Interactions were significant
between fungal strain x incubation time and between fungal strain x wood
type. Alep with the highest wood density showed the least resistance
while Sorro with the lowest wood density was the most resistant to the
wood degrading activity of the four polypore species tested. These results
are contrary to the general assertion that higher wood density is
correlated with higher wood degradation resistance. The brown rot decay
fungus Phellinus noxius was the most degrading among fungi tested.

Keywords: Factorial analysis, Mass loss, Mycelial growth, Tropical wood,

Wood-decaying fungi

4.3. Introduction

Le Béli (Julbernardia bifoliolata), l’Alep (Desbordesia glaucescens) et le

Sorro (Scyphocephalium ochocoa) sont trois essences forestières
présentes en abondance dans les peuplements résiduels après coupe
forestière dans les concessions forestières sous aménagement durable
des forêts du sud-est du Gabon. La présence de ces trois essences dans
ces peuplements résiduels est très remarquable. Aussi, l’exploitation du
bois de Béli au Gabon est plus répandue que celle des deux autres
essences chez les exploitants forestiers (Doucet, 2003). Celui-ci est
particulièrement apprécié à cause du fil et de la texture de son bois, de
couleur jaunâtre pâle avec des grains brun sombre. Toutefois, la
production de ce bois est souvent compromise du fait de la présence de

204
caries sur pied dans les arbres de Béli. Les observations sur le terrain
montrent que les caries sont également présentes sur l’Alep et le Sorro
qui partagent son habitat. Sur le terrain, on observe une diversité de
champignons polypores présents sur ces essences et susceptibles de
causer ces caries (Moussavou et al., données non publiées).

Les champignons de carie du bois utilisent le bois non altéré comme

source d’énergie par le moyen de la dégradation enzymatique des
composants de la paroi cellulaire (Enoki et al., 1989; Kirk & Farrell, 1987;
Tuor et al., 1995; Xu & Goodell, 2001). Les caries des arbres sur pied
peuvent ainsi être causées par les champignons pathogènes et les
champignons saprophytes. En effet, certains champignons pathogènes
sont capables de traverser les parois (Pearce, 1996) pour pénétrer les
cellules saines du bois grâce aux structures mises en place et qu’on
appelle des appressoria (Mendgen et al., 1996). D’autres par contre,
atteignent le bois par le moyen de blessures pour se développer dans
l’aubier et le duramen (Lee & Yahya, 1999). Ces derniers se comportent
soit en pathogène ou en saprophyte, provoquant ainsi la carie. Les
champignons pathogènes vont jusqu’à tuer le cambium, en envahissant
l’aubier et conduisant ainsi jusqu’à la mort des arbres vivants (Dai et al.,
2007). Selon ces derniers auteurs, les caries peuvent être causées par les
champignons Basidiomycota qu’on regroupait jadis chez les
Aphyllophorales en raison de l’absence de lames chez le basidiome. Parmi
ces champignons, les espèces appartenant à la famille des Polyporacées
sont très répandues (Schwarze & Jeffery, 2004), de même que les
espèces appartenant à celle des Hyménochaetacées qui causent la carie
de cœur sur les arbres vivants (Gilbertson, 1980). Par ailleurs, bien que
les essences forestières de notre étude partagent le même habitat, il est

205
difficile d’observer les basidiomes de champignons sur les arbres d’Alep
et de Sorro, malgré la présence de caries.

Les champignons responsables de pourridiés ont été étudiés dans les

forêts tropicales, plus particulièrement dans les plantations industrielles.
C’est le cas par exemple des champignons Rigidoporus lignosus et
Phellinus noxius, répertoriés en forêt tropicale équatoriale et causant des
caries racinaires sur les arbres d’Hévéa (Louanchi et al., 1996; Nandris et
al., 1987a, 1987b). Il y a également mention des ravages dus aux
champignons appartenant au complexe d’espèces Armillaria mellea (s. l.),
causant les caries racinaires sur les arbres en Afrique de l’Est, plus
particulièrement en Tanzanie, au Malawi et en Éthiopie (Gezahgne et al.,
2004; Nsolomo & Venn, 1994). Au Gabon, des champignons appartenant
à Armillaria heimii ont été retrouvés également sur les pieds d’Hévéa et
identifiés comme étant responsables de la carie blanche (Guyot, 1997).
De même, les champignons appartenant au genre Ganoderma ont été
identifiés comme étant responsables de la carie racinaire chez le palmier
à huile et pouvant occasionner des pertes économiques allant jusqu’à
80% dans des sites replantés (Paterson, 2007). En Asie, les pourridiés
ont été observés dans les plantations industrielles d’arbres d’Acacia
mangium, infectés par les champignons des genres Ganoderma et
Amauroderma (Eyles et al., 2008; Glen et al., 2009; Irianto et al., 2006).
La plupart de ces champignons pathogènes étudiés causent des caries
blanches sur leurs hôtes.

La littérature fait référence à trois types de caries causées par les

champignons sur le bois, en l’occurrence la carie blanche, la carie brune
et la carie molle (Silva et al., 2007; Tuor et al., 1995). Les champignons
de carie blanche dégradent la cellulose et l’hémicellulose dans les mêmes

206
proportions, et la lignine plus particulièrement (Blanchette, 1991; Highley
& Dashek, 1998; Tuor et al., 1995). La plupart des champignons de carie
blanche dégradent la cellulose et les hémicelluloses à une vitesse faible
par rapport à la lignine dont la dégradation se fait à une vitesse beaucoup
plus rapide. Le bois décomposé obtient ainsi une texture fibreuse et une
couleur pâle (Highley & Dashek, 1998). Les caries blanches sont causées
par les champignons Basidiomycota et certains Ascomycota (Schwarze &
Jeffery, 2004). Ces champignons sont les décomposeurs du bois les plus
abondants dans la nature (Boddy & Watkinson, 1995; Hammel, 1997).
Aussi, il est mentionné dans la littérature que les champignons
responsables de caries blanches en région tropicale prédominent sur les
feuillus (Schwarze & Jeffery, 2004). Les caries brunes quant à elles
dégradent la cellulose et l’hémicellulose en particulier et laissent la lignine
peu ou pas digérée (Green & Highley, 1997; Highley & Dashek, 1998).
Selon Highley & Dashek (1998), la dégradation de la lignine se faisant par
un processus de déméthylation, les produits de sa dégradation s’oxydent
et le bois obtient une couleur beaucoup plus foncée, le bois acquiert une
texture cubique, puis se transforme en une masse pulvérulente brune.
Les champignons de carie brune sont retrouvés en abondance dans les
forêts de conifères et ont une prédominance de dégradation sur les
résineux (Schwarze & Jeffery, 2004; Tuor et al., 1995). Les caries molles
sont causées par les champignons Ascomycota (Worrall et al., 1997). Ces
champignons sont favorisés par les teneurs en humidité élevées et le
contact direct du bois avec le sol (Zabel & Morrell, 1992). Ils dégradent
plus particulièrement la cellulose et laissent la lignine partiellement
altérée (Schwarze & Jeffery, 2004). En somme, les champignons de carie
sont dotés de puissants systèmes enzymatiques qui agissent sur les
composés du bois.
207
Les stratégies de dégradation enzymatique des champignons de carie
varient selon le type de carie occasionné. Les champignons produisent
des cellulases, qui dégradent la cellulose du bois (Klyosov, 1990;
Schmidhalter & Canevascini, 1992). Pour les champignons de carie
blanche, ces enzymes dégradent le bois par un processus d’oxydation et
sont connues sous le nom de phénol-oxydases. Ce sont notamment les
ligninases, les manganèses peroxydases et les laccases (Eggert et al.,
1996; Tuor et al., 1995). Les ligninases et les manganèse peroxydases
appartiennent au groupe des peroxydases et dégradent moins bien la
lignine, tandis que les laccases sont les vrais phénol-oxydases, car elles
dépolymérisent plus facilement la lignine (Tuor et al., 1995). Les
mécanismes de dégradation du bois par les champignons de carie brune
sont différents de ceux des caries blanches (Highley & Dashek, 1998). Les
fibres de cellulose étant enveloppées par les hémicelluloses, les
champignons de carie brune commencent par décomposer les sucres
contenus dans les hémicelluloses (xylose et mannose) avant de s’attaquer
aux glucanes contenu dans la cellulose (Kirk & Highley, 1973). Selon
Highley & Dashek (1998), la réduction du Fe3+ en Fe2+ peut se faire soit
par les enzymes cellobiose-déhydrogénase ou par l'acide oxalique produit
par les champignons de carie brune. La lignine quant à elle subit
simplement une déméthylation du groupe methoxyl-Aryl et des
changements dus à l’oxydation de la lignine provoqués par les clivages
des liens aromatiques (Green & Highley, 1997; Highley & Dashek, 1998).
L’ensemble de ces enzymes agissent de concert pour dégrader le bois.

Toutefois, l’arbre se défend face aux attaques des microorganismes. Dans

les arbres vivants, les champignons n’évoluent pas toujours sans
obstacle. Il existe, dans le bois d’aubier des angiospermes, des

208
substances biochimiques inhibitrices présentes de façon constitutive dans
les cellules du bois, comme l’acide gallique, ainsi que des molécules
induites dans le cas de microorganisme envahissant ou de blessure
comme les phytoalexines (Yamada, 2001). Les mécanismes de défense
sont déployés par l’arbre pour contrecarrer l’invasion par les organismes
étrangers. À ce sujet, plusieurs théories ont été avancées. Il y a celle qui
parle de la mise en place d’une zone de réaction autour de la blessure
infectée, où il y aurait des réactions biochimiques qui se produiraient
autour de la blessure, créant ainsi une zone de réaction autour de laquelle
des molécules antimicrobiennes riches en phénols apparaissent ainsi que
la formation de nouvelles cellules de bois (Pearce, 1991, 2000; Pearce &
Woodward, 1986; Yamada, 2001). L’ensemble des réactions énoncées
dans le concept de l’existence de la zone de réaction peuvent être
intégrées dans le concept du système de Compartimentation de la carie
dans l’arbre connu sous le nom du système CODIT (Shigo, 1984; Shigo &
Marx , 1977; Yamada, 2001). Selon ces derniers, le système CODIT est
un modèle conceptuel qui décrit le fonctionnement des tissus du bois dans
l’arbre par la création de barrières contre l’invasion de microorganismes
responsables de carie du bois. En effet, il explique comment la carie est
englobée à l’intérieur de compartiments. Ceux-ci sont représentés par
quatre (4) murs. Les murs 1, 2 et 3 existent dans l’arbre bien avant les
blessures et les infections par les microorganismes. Le mur 1 empêche la
progression verticale des microorganismes dans les vaisseaux du bois par
la formation de tyloses au niveau des plaques criblées. Les extrémités des
vaisseaux peuvent également se boucher lors du processus de
duraminisation ou d’une blessure. Les murs 2 et 3 sont représentés
respectivement par la formation des cernes annuels et par les cellules de
parenchyme de rayons. Le mur 4, quant à lui est le plus résistant des
209
murs et est généré par le cambium en réponse à une blessure mécanique,
à une infection (ou aux deux phénomènes). Toutefois, certaines espèces
de champignons comme ceux responsables de caries possèdent des
enzymes très puissantes et sont capables de contourner les systèmes de
défense des cellules du bois en infectant les plantes saines par simple
contact racinaire (Ann et al., 1999; Bolland, 1984).

La capacité des champignons lignivores à dégrader le bois peut

s’observer, après inoculation des champignons dans le bois, en observant
la progression de la carie, la perte de masse ou encore par la perte de
résistance mécanique du bois (Deflorio et al., 2008; Råberg et al., 2009).
L’objectif de notre étude était d’évaluer le pouvoir de dégradation de
champignons de caries récoltés sur les pieds de Béli en forêt, en réalisant
des tests de pertes de masse sur des blocs de bois de Béli, d’Alep et de
Sorro soumis au mycélium de ces champignons et de comparer les
moyennes de perte de masse occasionnées par les différentes espèces de
champignons sur les trois essences forestières. Cette étude constitue une
première mention en ce qui concerne l’observation de l’activité de
dégradation des champignons de carie sur les blocs de bois de ces trois
essences forestières.

4.4. Matériel et méthodes

4.4.1. Collecte des échantillons

En juillet 2013, nous avons collecté 11 basidiomes sur des individus

différents de l’essence forestière Julbernardia bifoliolata (Béli) dans les
forêts du sud-est du Gabon. Les arbres échantillonnés étaient localisés
dans les forêts proches de la ville de Lastourville (Latitude : 0°49′1.2″ S
210
et Longitude : 12° 42′ 0″ E), plus précisément dans les forêts du Chantier
19 appartenant à la Société des Bois de Lastourville (SBL). Les basidiomes
ont été tous utilisés pour la mise en culture dans les boites de Petri et les
analyses moléculaires.

4.4.2. Isolement des champignons, extraction, amplification et

séquençage de l’ADN

Les boites de culture ont été préparées dans la salle des milieux du
laboratoire du Centre Hospitalier Universitaire de Libreville (CHUL) et
acheminées sur le terrain. Des cultures ont été réalisées à l’aide de
morceaux de basidiomes frais disposés dans des boites de Petri contenant
des milieux sélectifs à base de Malt Extract Agar (MEA) à 2 % ou de Potato
Dextrose Agar (PDA) (Becton, Dickinson and Company, Sparks, USA) à
39 g/l, additionnés de Chloramphénicol et de streptomycine à 30 mg/l,
puis du Benlate et du Dichloran respectivement à 2 mg/l (Worrall, 1991).
Les isolats ont été ensuite purifiés par des repiquages successifs dans de
nouvelles boites de culture.

L’ADN génomique des espèces à identifier a été extrait à partir de

mycélium cultivé sur membrane de cellophane stérile déposée sur de la
gélose. Le mycélium a été collecté puis broyé au Mixer Mill MM 300
(Sowerchina, Shangai, Chine) dans un tube de 1.5 ml contenant des billes
en verre et du tampon de lyse AP1 provenant de la trousse d’extraction
Qiagen DNeasy Plant. Les extractions d’ADN ont été poursuivies en
réalisant les étapes du protocole d’extraction fournies dans la trousse. Le
volume total d’élution obtenu avec le tampon AE était de 2x 50 µl. L’ADN

211
génomique total obtenu a été dilué au 1/10 avec de l’eau distillée pour
l’amplification par PCR.

Les amplifications de l’ADN ribosomique de la région comprise entre ITS1

—5.8S — ITS2 (Bougnoux & Espinasse, 2003) ont été faites en utilisant
les amorces ITS 1F et ITS4B pour l’identification des Basidiomycota
(Gardes & Bruns, 1993). La solution d’amplification était composée des
amorces et de la solution Premix Ex Taq TM Hot start version (Takara Bio
Inc., Otsu, Japon) et de l’eau stérile. Les échantillons ont été placés dans
le thermocycleur Eppendorf Mastercycler EP S (Eppendorf, Woburn, USA)
et soumis au programme suivant : 1 cycle de dénaturation initial à 94 °C
pendant 2.5 min, 40 cycles comprenant une dénaturation à 94 °C
pendant 15 s, un appariement des amorces (annealing) à 57 °C pendant
30 s et une extension à 72 °C pendant 90 s, puis une extension finale à
72 °C pendant 10 min. Pour vérifier la présence de l’ADN, un gel
d’agarose de 1.5 % a été préparé avec du TAE (Tris Acetate EDTA) 1X.
Dans chaque puits, 5 µl de produit PCR mélangé à 1 µl de bleu de dépôt
EZ-Vision® DNA Dye 6X (AMRESCO, Solon, USA) ont été déposés. Nous
avons utilisé le marqueur de masse moléculaire Low DNA Mass Ladder
(Invitrogen, Carlsbad, USA) pour déterminer la taille des échantillons. Les
échantillons ont migré sous 85 V pendant 1 h 30. Le gel a été visualisé
sous lumière UV (Compact Digimage System - Major Science, Saratoga,
USA).

Les produits PCR positifs ont été séquencés dans les laboratoires de la
plateforme d’analyses génomiques de l’Institut de biologie intégrative et
des systèmes (IBIS) à l’université Laval au Canada et traités selon la
technique d’électrophorèse capillaire sur plateforme ABI 3130XL (Applied
Biosystems, Foster City). La banque de données génomique GenBank de

212
NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) a été interrogée à l’aide de
l’algorithme Blastn (Altschul et al., 1997) pour la comparaison des
séquences obtenues lors du séquençage. Les séquences des isolats
utilisés pour cette étude ont été déposées dans Genbank sous les numéros
d’accession KP965914 - KP965918.

4.4.3. Tests de croissance mycélienne

Les mesures de croissance journalière du mycélium des champignons

cultivés ont été effectuées au laboratoire. Le mycélium était ensemencé
dans des boites de Petri contenant du milieu de culture à base de Malt
Extract Agar (MEA). Les boites ont été incubées à 28°C, dans une
obscurité constante, pendant 4 à 24 jours selon la souche. La prise de
mesure était quotidienne et faite sur deux axes perpendiculaires. La
moyenne journalière correspondant à une boite était faite à partir de
quatre valeurs. Chaque souche avait été repiquée dans 5 boites de
culture. Les moyennes journalières globales de l’ensemble des mesures
de la croissance du mycélium de chaque souche ont été ensuite
déterminées.

4.4.4. Caractéristiques du bois et perte de masse

Les blocs de bois échantillons pour l’observation de l’activité de

dégradation des essences forestières Béli (Julbernardia bifoliolata), Alep
(Desbordesia glaucescens) et Sorro (Scyphocephalium ochocoa) de
dimensions 2 x 3 x 4 cm ont été fournis par l’unité de scierie / menuiserie
de la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB) de Bambidie à Lastourville.

213
Ces blocs de bois ont été découpés à partir de planches provenant du bois
d’aubier des essences forestières stockées dans la réserve de bois de
séchage. Les expériences de perte de masse ont été guidées par le
protocole de normes européennes de préservation du bois (BS EN, 1997).
En laboratoire, les blocs de bois ont été d’abord placés au four à 103°C
(±2°C) pendant 18h. À la sortie du four, les blocs de bois ont été refroidis
à la température de la pièce ou dans le dessiccateur pendant une heure
et pesés (m0, P1). Ensuite, les blocs ont été imbibés dans de l’eau distillée
pendant 24 heures et séchés à l’aide de papier absorbant, puis placés à
l’autoclave à 120 °C, 110,3 kPa pendant 30 min. À la sortie de l’autoclave,
les blocs de bois ont été placés dans le dessiccateur ou laissés à la
température de la pièce pendant 1h et pesés à nouveau (P2).

Des chambres de cultures stériles constituées de pots Mason de 500 ml

et contenant 50 ml de milieu MEA et d’antibiotiques sur lequel on a déposé
une membrane de cellophane, ont été ensemencées avec des pastilles de
5 mm du mycélium provenant de quatre isolats et placées en incubation
pendant environ une semaine à 28°C dans le noir. Une fois que le
mycélium eût recouvert entièrement la surface du milieu de culture
contenu dans la chambre, on a placé un bloc de bois disposé sur une lame
de verre par chambre de culture. Pour chaque isolat testé, 5 chambres
par essence de bois ont été incubées avec du mycélium. Nous avons
également incubé 5 chambres non ensemencées, avec des blocs de bois,
qui ont servi de témoins. Les chambres de culture des isolats de
champignon ont été incubées dans différents incubateurs. L’ensemble des
chambres de cultures ont été incubées à 28°C à l’obscurité, pendant 6
semaines d’une part et 12 semaines d’autre part. Après exposition, les
blocs de bois ont été débarrassés du mycélium de surface puis pesés (m2).

214
Les blocs ont été mis au four à nouveau, à 103°C (±2°C) pendant 18h et
pesés à nouveau (m3) après avoir été refroidis dans le dessiccateur ou
placés à la température de la pièce pendant 1 h.

4.4.5. Caractéristiques du bois, données de perte de masse et

analyses statistiques

La densité ainsi que le contenu en eau du bois ont été déterminés au cours
de l’expérience. La densité du bois a été obtenue par moyenne de la
masse des blocs de bois divisée par le volume du spécimen (mo/V). Le
contenu en eau a été calculé en l’exprimant (m2 – m3) comme un
pourcentage de sa masse sèche finale (m3).

Pour chaque isolat de champignon testé, les analyses statistiques

réalisées sur l’expérience à partir des blocs de bois ont été faites à partir
de la moyenne de pourcentage de perte de masse des 5 répétitions des
blocs de bois de chaque essence incubée dans les chambres de culture.
Les pourcentages de perte de masse occasionnés par les champignons
polypores sur les blocs de bois ont été comparés en utilisant une Analyse
de Variance (ANOVA). Les données ont été collectées à deux temps
d’expositions (6 et 12 semaines) pour les trois essences différentes de
bois utilisés (Alep, Béli et Sorro) et les quatre souches différentes de
champignons inoculés auxquelles ont été adjointes les blocs témoins. Les
blocs témoins ont été considérés comme non inoculés. Nous avons
procédé à une ANOVA à plan factoriel avec mesures répétées (Temps x
Essence x Souche).

215
Les proportions de perte de masse ont été calculées en exprimant la perte
de masse de chaque spécimen (m0 – m3) comme un pourcentage de la
masse initiale (m0).

(𝑀0 − 𝑀3 )
𝑃𝑒𝑟𝑡𝑒 𝑑𝑒 𝑚𝑎𝑠𝑠𝑒: ⌊ ⌋ × 100
𝑀0

Les analyses statistiques ont été menées à l’aide du logiciel SAS 9.2 (SAS
Institute Inc., Cary, NC, USA). L’expérience a été menée selon un plan
factoriel avec mesures répétées. Les données mesurées ont subi une
transformation logarithmique, car les valeurs étaient divergentes dans la
courbe traduisant l’homogénéité des variances avec les données brutes.
Les valeurs résiduelles versus valeurs prédites avaient une forme en
entonnoir. De plus, nous n’avons pas obtenu une droite dans la courbe de
probabilité normale. Les analyses statistiques ont donc été ainsi menées
avec les données transformées. L’ANOVA factoriel a été effectuée à l’aide
de la procédure GLM dans SAS. Nous avons utilisé les moyennes ajustées
pour comparer les moyennes de pourcentage de perte de masse
occasionnées par l’activité de dégradation des différentes souches de
champignons polypores récoltés sur le bois des essences forestières et le
témoin d’une part en utilisant le test de Dunnett, au seuil de probabilité
de 0,05. Les moyennes de pourcentage de perte de masse occasionnées
par les différentes souches de champignons ont été discriminées entre
elles à l’aide du test de Tukey, au seuil de probabilité de 0,05. Une
décomposition factorielle d’ANOVA a été faite avec les facteurs temps et
essences pour aller chercher les traitements les plus significatifs.

216
 4.5. Résultats

4.5.1. Les souches de champignons polypores et croissance

moyenne du mycélium

Sur l’ensemble des onze séquences provenant des basidiomes récoltés

sur le Béli, quatre séquences ont montré une similarité au niveau de
l’ordre des Polyporales dans GenBank. Deux séquences étaient similaires
aux séquences de l’espèce Tinctoporellus epimiltinus, que nous n’avons
pas utilisée pour les tests de perte de masse. Deux séquences
correspondaient à l’espèce Fomitiporia nobilissima. Pour cette dernière,
nous avons choisi une seule souche au hasard pour les expériences de
laboratoire. Les autres séquences ont montré une similitude avec les
séquences disponibles pour les espèces Amauroderma subresinosum,
Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius. Les numéros d’accession et les
pourcentages de similitude des quatre isolats utilisés pour notre
expérience de perte de masse ont été répertoriés (Tableau 4.1).

217
Tableau 4. 1 Isolats de champignons polypores récoltés, identification probable par similitude de
séquence dans GenBank, classe fongique et type de carie, numéros d’accession Genbank des isolats
utilisés dans cette étude et moyennes de croissance journalière du mycélium à 28 °C sur milieu MEA.

Croissance
# des Classe fongique et type de # accession moyenne du
isolats Résultat de BLAST (% de similitude) Identité probable carie Genbank mycélium (cm)

SBL-19-1 Amauroderma subresinosum (99%) A. subresinosum Polyporales / blanche KP965914 0,902 ± 0,22

SBL-19-2 Fomitiporia nobilissima (99%) F. nobilissima Hymenochaetales /blanche KP965915 1,191 ± 0,11

SBL-19-3 Phellinus noxius (98%) P. noxius Hymenochaetales / brune KP965916 1,195 ± 0,23

SBL-19-4 Rigidoporus ulmarius (99%) R. ulmarius Polyporales /blanche KP965917 0,165 ± 0,02

SBL-19-5 Tinctoporellus epimiltinus (100%) T. epimiltinus Polyporales /blanche KP965918 ND

ND : Non Déterminé

218
Les champignons F. nobilissima, A. subresinosum et R. ulmarius sont des
espèces reconnues ou reliées aux genres champignons de carie blanche
(Dai et al., 2007; Green, 1980; Shuang-Hui & Bao-Kai, 2010), alors que
P. noxius est un champignon de carie brune (Ann et al., 2002; Chang,
1995).

Les champignons choisis pour les expériences avaient été repiqués sur
des milieux à base de MEA. La croissance journalière du mycélium des
champignons cultivés était différente d’une espèce à l’autre. La durée
totale du temps d’incubation pour les souches de P. noxius et de F.
nobilissima était de 4 jours, celle de A. subresinosum était de 5 jours et
de 24 jours pour R. ulmarius. Les champignons P. noxius et F. nobilissima
affichaient une croissance moyenne quasiment identique, de l’ordre de
1,2 cm/j. Celle de A. subresinosum était de 0.9 cm/j et R. ulmarius avait
la croissance la plus faible, soit 0.2 cm/j.

4.5.2. Propriétés des blocs de bois

Les analyses de laboratoire nous ont permis de déterminer la densité du

bois et le contenu en eau final après incubation des blocs de bois des trois
essences de notre étude (Tableau 4.2). Ces deux facteurs affectent la
masse des produits du bois (Simpson & TenWolde, 1999). L’Alep
présentait une densité du bois (0.86 g/cm³) plus élevée que le Béli (0.77
g/cm³) et le Sorro (0.63 g/cm³). Le contenu en eau quant à lui n’affichait
pas de profils distincts. Il variait pour l’ensemble des trois essences entre
30 et 50 %.

219
Tableau 4. 2 Caractéristiques physiques des blocs de bois et moyennes de pourcentage de perte de
masse après 6 et 12 semaines d’exposition aux champignons lignivores et les blocs témoins non soumis
à la dégradation.

Temps Espèces Essences Masse volumique Contenu Perte

d'exposition de champignons forestières du bois en eau de masse (%)

Fomitiporia nobilissima Alep 0,849 ± 0,021 36,877 ± 2,117 0,833 ± 0,084

Béli 0,801 ± 0,004 36,419 ± 0,969 0,229 ± 0,045

Sorro 0,601 ± 0,016 38,893 ± 1,809 0,053 ± 0,032

Phellinus noxius Alep 0,899 ± 0,018 39,583 ± 3,732 8,053 ± 1,009

Béli 0,752 ± 0,009 35,78 ± 2,009 3,379 ± 1,096

6 semaines Sorro 0,634 ± 0,022 37,559 ± 3,106 1,179 ± 0,523

Amauroderma subresinosum Alep 0,859 ± 0,015 33,698 ± 0,642 1,052 ± 0,285

Béli 0,803 ± 0,004 34,959 ± 0,872 0,820 ± 0,471

Sorro 0,577 ± 0,012 43,989 ± 3,918 0,713 ± 0,257

Rigidoporus ulmarius Alep 0,844 ± 0,007 35,322 ± 0,758 0,519 ± 0,206

Béli 0,775 ± 0,017 31,314 ± 0,494 0,211 ± 0,119

Sorro 0,611 ± 0,021 36,504 ± 3,027 0,199 ± 0,117

Contrôle Alep 0,866 ± 0,014 35,727 ± 1,993 0,037 ± 0,017

220
 Béli 0,773 ± 0,013 32,523 ± 0,779 0,053 ± 0,041

Sorro 0,632 ± 0,014 32,564 ± 1,888 0,039 ± 0,016

Fomitiporia nobilissima Alep 0,865 ± 0,012 34,037 ± 2,131 0,925 ± 0,112

Béli 0,771 ±0,019 37,431 ± 1,121 0,466 ±0,085

Sorro 0,587 ± 0,015 36,519 ± 0,948 0,069 ± 0,031

Phellinus noxius Alep 0,879 ± 0,012 51,505 ± 5,002 14,746 ± 3,177

Béli 0,773 ± 0,018 42,328 ± 3,354 5,198 ± 2,035

Sorro 0,617 ± 0,028 40,955 ± 3,357 3,210 ± 0,895

12 semaines Amauroderma subresinosum Alep 0,893 ± 0,012 44,639 ± 3,514 8,180 ± 1,773

Béli 0,741 ± 0,020 50,163 ± 4,729 2,272 ± 0,922

Sorro 0,607 ± 0,024 31,599 ± 1,537 0,956 ± 0,244

Rigidoporus ulmarius Alep 0,884 ± 0,014 39,892 ± 2,594 1,161 ± 0,255

Béli 0,738 ± 0,020 38,819 ± 2,448 0,290 ± 0,088

Sorro 0,636 ± 0,015 30,311 ± 3,152 0,246 ± 0,121

Contrôle Alep 0,859 ± 0,017 43,326 ± 4,240 0,087 ± 0,023

Béli 0,779 ± 0,018 35,806 ± 1,043 0,054 ± 0,018

Sorro 0,623 ± 0,015 33,701 ± 1,690 0,053 ± 0,013

Note: Masses volumiques du bois, contenu en eau et perte de masse ainsi que les écarts types

221
 222

4.5.3. Perte de masse des blocs de bois

Les moyennes de perte de masse des blocs de bois des trois essences
forestières gabonaises (Alep, Béli et Sorro) soumises au mycélium des
souches des polypores A. subresinosum, F. nobilissima, P. noxius et R.
ulmarius au laboratoire pendant 6 et 12 semaines ont été répertoriées
(Tableau 4.2). La comparaison des moyennes de perte de masse des blocs
soumis aux souches de champignons avec les blocs témoins à l’aide du
test de Dunnett a montré qu’il y avait un effet souche de champignons
(Tableau 4.3). Il y avait une différence significative entre les blocs
témoins et les blocs soumis aux mycéliums des champignons polypores
(P<.0001). Les pertes de masse engendrées par l’ensemble des
champignons étaient supérieures à celles des blocs témoins au niveau de
signification 0,05. La discrimination des différentes souches de
champignons excluant les blocs témoins (Tableau 4.4) à l’aide du test de
Tukey a montré une différence significative de perte de masse entre les
quatre espèces de champignons (P<.0001). Il en était de même pour le
facteur temps d’exposition (P<.0001). La différence de perte de masse
était significative entre le temps d’exposition de 6 semaines et celle
obtenue après 12 semaines. Cela s’est traduit également par une
interaction significative entre le temps d’exposition et les souches de
champignon. La décomposition de l’ANOVA factoriel par temps
d’exposition a montré qu’après 6 semaines d’exposition, il y avait deux
groupes de moyennes (Fig. 4.1). La moyenne des pertes de masse
engendrées par le champignon polypore P. noxius était plus élevée que la
moyenne de celles occasionnées par les trois autres espèces de
champignons polypores.

222
Tableau 4. 3 Résultats de l'ANOVA sur les pourcentages de perte de
masse avec le test de Dunnett (transformation logarithmique) en
présence de blocs témoins.

Source DF Type III SS Mean Square F Value Pr > F

time 1 70.4111527 70.4111527 1 9.07 <.0001*

strain 4 731.1545907 182.7886477 49.51 <.0001*

time*strain 4 87.7842573 21.9460643 5.94 0.0002*

wood 2 230.8989293 115.4494647 31.27 <.0001*

time*wood 2 45.4880253 22.7440127 6.16 0.0028*

strain*wood 8 321.3741373 40.1717672 10.88 <.0001*

time*strain*wood 8 60.6418147 7.5802268 2.05 0.0458*

Error 120 443.077760 3.692315

* Significatif à P= 0.05.

223
Tableau 4. 4 Résultats de l'ANOVA sur les pourcentages de perte de
masse avec le test de Tukey (Transformation logarithmique) en absence
de blocs témoins.

Source DF Type III SS Mean Square F Value Pr > F

time 1 3.51386767 3.51386767 20.96 <.0001*

strain 3 33.43253149 11.14417716 66.48 <.0001*

time*strain 3 1.82081037 0.60693679 3.62 0.0159*

wood 2 13.85936618 6.92968309 41.34 <.0001*

time*wood 2 0.85524757 0.42762379 2.55 0.0833NS

strain*wood 6 3.30741215 0.55123536 3.29 0.0055*

time*strain*wood 6 1.89971505 0.31661917 1.89 0.0905NS

Error 96 16.09158468 0.16762067

* Significatif à P= 0.05 ; NS : Non Significatif.

224
 10 10

9 Béli / 6 semaines 9 Béli / 12 semaines

8 8

7 7
Perte de Masse (%)

6 6 a
5 5

4
4
a
3 3
b
2 2
b b c c
1 b 1

0 0

R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili

A._subres
R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili

A._subres

20 20

18
Alep / 6 semaines 18 Alep / 12 semaines
16 16 a
14 14
Perte de Masse (%)

12 12
b
10
a 10

8 8

6 6

4 4

2 b b b c c
2

0 0
R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili

A._subres

R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili

A._subres

5,0 5,0

4,5 Sorro / 6 semaines 4,5 Sorro / 12 semaines

4,0 4,0

3,5 3,5 a
Perte de Masse (%)

3,0 3,0

2,5 2,5

2,0 2,0

1,5 a 1,5
b
1,0 b 1,0

0,5 b b 0,5 c c
0,0 0,0
R._ulmari
P._noxius

Témoin
R._ulmari

F._nobili
P._noxius

A._subres
Témoin
F._nobili

A._subres

Figure 4. 1 Comparaison des moyennes de pourcentage de perte de masse

occasionnée par les champignons de dégradation du bois Amauroderma
subresinosum, Fomitiporia nobilissima, Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius sur
les blocs de bois après 6 et 12 semaines d’exposition en présence du mycélium,
chez le Béli, l’Alep et le Sorro. Les barres d'erreurs représentent les écarts types.
Les lettres différentes indiquent des moyennes de perte de masse qui diffèrent de
façon significative au seuil de signification 0,05.
225
En revanche, après 12 semaines, nous avons obtenu trois groupes de
moyennes. Celle occasionnée par le champignon P. noxius était plus
élevée que celle engendrée par A. subresinosum, alors que les moyennes
de perte de masse occasionnées par les champignons F. nobilissima et R.
ulmarius étaient les plus faibles et similaires entre elles. Par exemple,
après 6 semaines d’incubation, la souche représentant P. noxius a causé
une perte de masse moyenne plus élevée sur les blocs de bois d’Alep
(8,0%) que sur ceux de Béli (3,4%) ou de Sorro (1,2%). Plus encore,
après 12 semaines d’incubation, la moyenne de perte de masse
occasionnée par P. noxius sur les blocs de bois était de 14,7 % chez l’Alep,
5,2 % chez le Béli et 3,2 % pour le Sorro. Toutefois, nous n’avons pas
obtenu d’interaction significative entre le temps d’exposition et l’essence
de bois utilisé (Tableau 4.4).

En plus de l’effet statistique obtenu sur les souches de champignons et le

temps d’exposition, il y a eu un effet statistique de l’essence utilisée
(P<.0001). Les pertes de masse étaient différentes entre les trois
essences de notre étude. Les pertes de masse ont été plus élevées chez
l’Alep, suivi par le Béli et enfin le Sorro (Fig. 4.2). De même, nous avons
obtenu un effet significatif de l’interaction entre la souche de champignon
et le bois utilisé (P=0.0055). Les essences n’avaient pas la même capacité
à résister à la carie occasionnée par les différents champignons. Chez
l’Alep, nous avons obtenu trois groupes de moyennes de perte de masse
(Fig. 4.3). Celle occasionnée par le champignon P. noxius était plus élevée
que celle occasionnée par A. subresinosum du deuxième groupe et enfin
le troisième groupe était constitué par les moyennes de pourcentage de
perte de masse occasionnées par les champignons F. nobilissima et R.
ulmarius.

226
 Fomitiporia nobilissima Amauroderma
subresinosum
1
10
Perte de masse (%)

0,8
8
0,6
6
0,4
6 semaines 4
0,2 12 semaines 2

0 0
Béli Alep Sorro Béli Alep Sorro

Phellinus noxius Rigidoporus ulmarius

20 1,4
1,2
Perte de masse (%)

15 1
0,8
10 6 semaines 0,6
12 semaines 0,4
5
0,2

0 0
Béli Alep Sorro Béli Alep Sorro

Figure 4. 2 Comparaison des moyennes de perte de masse entre le

Béli, l'Alep et le Sorro à 6 et 12 semaines d'incubation en présence du
mycélium des champignons polypores de dégradation du bois F.
nobilissima, A. subresinosum, P. noxius et R. ulmarius.

227
 10

9
Beli
8
a
7
Perte de Masse (%)

4
ab
3

1 b b
0
R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili
A._subres

21 Alep
18 a
Perte de Masse (%)

15

12

b
9

3 c c
0
R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili
A._subres

6,0
Figure 4. 3 Comparaisons de
5,4 Sorro moyennes des pourcentages de
4,8 perte de masse occasionnée par
4,2 a les souches de champignons
polydores P. noxius, A.
Perte de Masse (%)

3,6
subresinosum, F. nobilissima et R.
3,0 ulmarius chez chacune des
2,4 essences forestières Béli, Alep et
1,8
Sorro. Les lettres différentes
b indiquent des moyennes de perte
de masse qui diffèrent de façon
1,2
bc
0,6
c significative au seuil de
0,0 signification 0,05 selon le test de
R._ulmari
P._noxius

Témoin
F._nobili
A._subres

Tukey

228
Chez le Béli, les pourcentages de perte de masse étaient partagés en deux
groupes seulement. P. noxius et A. subresinosum occasionnaient des
moyennes de pourcentage de perte de masse qui ne différaient pas
significativement entre elles. Opposé à ces deux champignons, il y avait
le groupe constitué par les champignons F. nobilissima et R. ulmarius.
Toutefois, la différence entre les pertes de masse occasionnées par A.
subresinosum et le groupe constitué de F. nobilissima et R. ulmarius
n’était pas significative. Enfin, comme pour l’Alep, chez le Sorro, les
pourcentages de perte de masse occasionnés par les souches de
champignons étaient constitués de trois groupes de moyennes. P. noxius
occasionnait une moyenne de perte de masse plus élevée, suivi du groupe
représenté par le champignon A. subresinosum. Le troisième groupe était
représenté par les champignons F. nobilissima et R. ulmarius.

Il n’y avait pas d’interaction significative simultanée des trois facteurs

testés à savoir le temps d’exposition, les souches de champignons et les
essences de bois. De plus, le coefficient de détermination du modèle était
de 82%, ce qui indique que le modèle était efficace et qu’il n’y avait que
18% seulement de la variation du modèle qui était non expliquée.

4.6. Discussion

Nos données montrent que la perte de masse est inverse à la masse

volumique et cela pour les trois essences de bois, les quatre champignons
de carie et les deux temps d’exposition que nous avons testés. L’Alep
possédant une densité du bois plus élevée que celle du Béli et du Sorro
(Reyes, 1992) s’est avéré être la moins résistante des trois essences à
l’étude face aux champignons de carie. Le Sorro, avec la plus faible masse
volumique, s’est avéré le plus résistant. Ces résultats sont contraires aux
229
assertions souvent avancées en matière de résistance naturelle des bois
tropicaux où la masse volumique du bois contribue fortement à la
résistance des bois (Chave et al., 2009; Yamamoto & Hong, 1994;)
Scheffer & Morrell, 1998). Ainsi, selon Scheffer & Morrell (1998), le Sorro
serait un bois non résistant face aux champignons de carie. Toutefois, ces
auteurs n’indiquent pas la méthode utilisée pour réaliser les tests de
durabilité du Sorro.

Des études réalisées sur les feuillus tropicaux ont montré que la
résistance du bois face à l’action enzymatique des champignons de carie
est souvent renforcée par la présence des substances extractibles des
cellules mortes du bois (Neya et al., 2004; Nuopponen et al., 2006; Rana
et al., 2010; Scheffer, 1966; Syafii et al., 1987) ou par la densité du bois
(Chave et al., 2009). En effet, les bois ayant une forte concentration en
composés phénoliques ont une forte capacité de résistance aux
champignons de carie (Bhat et al., 2005; Gierlinger et al., 2004). Parmi
les essences étudiées, la plus résistante est le bois de Sorro dont le bois
très coloré et la sève rouge sang témoignent de la présence de tannins et
de substances phénoliques dans le bois. Les études sur les extractibles du
Sorro menées au Gabon sur les feuilles et les écorces (Feuya Tchouya et
al., 2015) ont révélé la présence de composés phénoliques à l’instar des
flavonoïdes et des tannins. Dans cette étude, les composés phénoliques
ont monté une action inhibitrice significative contre la croissance
microbienne chez Escherichia coli et Staphylococcus aureus. Par ailleurs,
les études sur la résistance naturelle des bois tropicaux à la dégradation
fongique ont montré qu’il existait une relation entre la densité du bois et
le contenu en extractibles (Wong et al., 1983; Yamamoto & Hong, 1994).
Toutefois, d’après les études réalisées sur les essences tropicales, les
valeurs de pourcentage de perte de masse obtenues dans cette étude
230
seraient faibles chez les trois essences de notre étude et permettraient
de les classer en termes de durabilité dans les catégories de bois très
durables à durables (Takahashi & Kishima, 1973).

Les champignons utilisés dans notre étude appartenaient aux groupes

taxonomiques des Hymenochaetales et des Polyporales. Les champignons
de ces deux groupes ont souvent été retrouvés en abondance en régions
tropicales (Drechsler-Santos et al., 2008; Gilbert et al., 2008) et sont
associés aux caries des arbres (Lee et al., 2000; Nandris et al., 1987a;
Oghenekaro et al., 2014). Les espèces Amauroderma subresinosum,
Fomitiporia nobilissima et Rigidoporus ulmarius sont des champignons de
carie blanche (Cloete et al., 2014; Glen et al., 2009; Kirk & Moore, 1972),
tandis que Phellinus noxius est un champignon de carie brune (Ann et al.,
2002; Chang, 1995). Amauroderma subresinosum (Ganodermatacées) et
P. noxius (Polyporacées) ont déjà été répertoriées dans les plantations en
forêts tropicales et sont reconnues comme étant responsables de caries
(Agustini et al., 2014; Chang, 1995; Glen et al., 2009; Glen et al., 2014;
Mallet et al., 1985). En Afrique de l’Ouest plus particulièrement, l’espèce
P. noxius avait déjà été répertoriée sur l’hévéa (Hevea brasiliensis), le
teck (Tectona grandis) et l'Acajou amer (Cedrela odorata) en plantations
(Gohet et al., 1991; Nandris et al., 1987b). La présence du champignon
A. subresinosum en Afrique est une première mention de même que son
activité comme champignon de carie des arbres sur pied. Quant à l’espèce
Fomitiporia nobilissima (Hymenochaetacées), bien qu’ayant déjà été
récoltée au Gabon (Amalfi et al., 2010), il s’agit également de la première
mention sur les arbres de Béli avec des symptômes de caries (Chapitre
1) et de son activité lignivore à l’endroit d’arbres forestiers. Toutefois, les
espèces appartenant au genre Fomitiporia ont souvent été répertoriées

231
comme responsables des caries occasionnées par la maladie de l’Esca
dans les vignes en Afrique du Sud (Cloete et al., 2014). L’espèce
Rigidoporus ulmarius (Meripilacée) pour sa part a déjà aussi été identifiée
comme étant un champignon pathogène, responsable des caries blanches
de cœur, sur les arbres en forêt et dans les zones urbaines en Amérique
latine, notamment à Buenos Aires en Argentine (Mielnichuk & Lopez,
2007; Rajchenberg & Robledo, 2013). R. ulmarius a déjà été identifié au
Gabon (Yombiyeni, 2014). La littérature fait mention de la présence
récurrente de cette espèce sur les arbres forestiers malades ou sur les
arbres morts (Burdekin, 1979; Cui, 2010).

Les conditions de culture des champignons incubés pour les tests de

croissance mycélienne étaient identiques pour les quatre souches à
l’étude. La culture au laboratoire a été faite sur des milieux à base de MEA
et les boites de Petri ont été incubées à 28 °C dans le noir. La croissance
mycélienne journalière des champignons P. noxius et F. nobilissima se
démarquait de celle mesurée chez les autres souches (1,2 cm/j). Le
champignon A. subresinosum avait une croissance intermédiaire (0,9
cm/j). Cependant, la croissance du mycélium du champignon R. ulmarius
était la plus faible (0,2 cm/j) de toutes les souches de champignons
testées.

Le champignon P. noxius est très répandu, il a déjà été observé sur les
essences tropicales et la croissance de son mycélium a aussi été mesurée
au laboratoire (Ann et al., 2002; Ann et al., 1999; Mohd Farid et al.,
2005). Les valeurs de croissance du mycélium que nous avons obtenues
chez P. noxius étaient au-dessus des valeurs retrouvées dans l’étude de
Mohd Farid et al. (2005), où la croissance était plutôt de 0,7 cm/j.
Cependant, P. noxius est reconnu comme un champignon à croissance

232
rapide, car celle-ci peut atteindre jusqu’à 3,4 cm/j sur milieu PDA (Ann et
al., 1999). La croissance moyenne du mycélium de F. nobilissima était
également élevée et semblable à celle observée chez P. noxius.

Les champignons A. subresinosum et P. noxius sont reconnus pour leur

agressivité à l’endroit des arbres tropicaux, ils sont responsables de caries
sur les arbres (Chang, 1995; Cloete et al., 2014; Farid et al., 2009; Glen
et al., 2009). Bien que le fort taux de croissance du mycélium de certains
champignons soit souvent corrélé à leur forte agressivité sur les arbres
vivants (Paisley et al., 2005; Punja et al., 1985; Zhou & Boland, 1999),
le champignon F. nobilissima ayant eu une croissance rapide, n’est pas
reconnu dans la littérature comme un champignon responsable de
pourridiés.

Le recours au test de Dunnett pour comparer les moyennes de perte de

masse causée par les champignons avec les blocs témoins a montré une
différence significative entre les blocs soumis aux champignons et les
blocs témoins. La capacité des champignons polypores utilisés dans cette
étude à dégrader le bois a déjà été démontrée dans les études antérieures
en laboratoire (Catcheside & Mallett, 1991; Geiger et al., 1986; Kirk &
Moore, 1972; Nicole et al., 1985). Elle varie beaucoup d’une espèce de
champignon à une autre. La littérature fait mention de la capacité des
champignons polypores P. noxius et R. ulmarius à dégrader le bois des
essences Hevea brasiliensis, Pinus silvestris, Delonix regia, Ficus
benjamina, Jacaranda mimosifolia et Araucaria bidwillii (Ander & Eriksson,
1977; Geiger et al., 1986; Nicole et al., 1986; Schwarze et al., 2012).

La discrimination entre les pertes de masse occasionnées par les

différents champignons polypores, suite au test de Tukey, a montré que
P. noxius était le plus apte à dégrader le bois dans les conditions
233
auxquelles les échantillons avaient été soumis. La performance obtenue
avec ce champignon de carie brune, supérieure à celle que nous avons
mesurée pour les espèces causant une carie blanche, a déjà été observée
sur les essences tropicales (Yamamoto & Hong, 1994). Parmi les
champignons de carie blanche de notre étude, c’est A. subresinosum qui
a occasionné les moyennes de pourcentage de perte de masse les plus
élevées. Ce taxon est reconnu comme un pathogène redoutable et
responsable de dégâts importants sur les feuillus tropicaux (Glen et al.,
2009). Les deux champignons les plus performants sur le bois mort dans
notre étude ont donc aussi une forte capacité d’invasion comme agents
pathogènes dans les arbres vivants. Il est raisonnable de soupçonner que
P. noxius et A. subresinosum sont susceptibles de causer des caries sur
les arbres de Béli et par extension, sur les deux autres essences que sont
l’Alep et le Sorro qui partagent le même habitat et sur lesquelles les
basidiomes sont rarement présents dans les peuplements étudiés. De
plus, le champignon A. subresinosum a été retrouvé également sur les
coursons de bois de Béli abattus (Moussavou Boussougou et al., données
non publiées). La présence de ce dernier sur les coursons de bois suggère
qu’il serait un champignon pathogène (Edman et al., 2006).

4.7. Conclusion

L’étude sur les pertes de masse occasionnées par les champignons

polypores lignivores A. subresinosum, F. nobilissima, P. noxius et R.
ulmarius sur les blocs de bois des essences forestières Alep, Béli et Sorro,
est une contribution à l’accroissement des connaissances sur la capacité
des champignons Basidiomycota à dégrader les essences forestières
tropicales d’Afrique centrale. Il ressort de cette étude que les
234
champignons polypores utilisés, isolés à partir d’individus de Béli, ont
dégradé les blocs de bois des trois essences forestières. Il existait
cependant des particularités entre les essences. L’Alep était l’essence la
plus dégradée par les champignons polypores, et ce malgré sa densité du
bois plus élevée (Reyes, 1992). Les champignons F. nobilissima et R.
ulmarius n’avaient pas une forte capacité à dégrader le bois des trois
essences étudiées contrairement à P. noxius et A. subresinosum. Parmi
ces derniers, c’est le champignon P. noxius qui avait la plus grande
capacité à dégrader le bois des trois essences. D’autres expériences
pourraient être effectuées, notamment des tests de pathogénie sur des
plants des trois essences de notre étude avec P. noxius et A.
subresinosum. Sur le plan biotechnologique, le champignon P. noxius à
cause de sa performance serait un bon candidat dans la biodégradation
de la lignine pour la bioconversion des bois.

4.8. Remerciements

Ce travail a été financé par le programme de FOrmation à la Gestion des

Ressources Naturelles dans le Bassin du Congo (FOGRN BC) et
l'Organisation internationale des bois tropicaux (OIBT) [subvention Ref
0261 / 3S 2013]. Nous remercions Audibert, responsable de l'unité
menuiserie de la Compagnie Équatoriale des Bois (CEB) qui a donné les
blocs de bois pour les tests d'activité de dégradation en laboratoire. Nous
sommes reconnaissants envers monsieur Moundounga, responsable du
laboratoire milieux de culture (Centre Hospitalier Universitaire de
Libreville). Dr Atef Sahli (Université Laval) et Marc Mazerolle (Université

235
du Québec en Abitibi-Témiscamingue) pour leur aide dans les
programmes statistiques.

4.9. Références bibliographiques

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245
CONCLUSIONS

1. Rappel de la problématique de recherche

Les études sur les pathologies des arbres exploités au Gabon ont souvent
été limitées à l’Okoumé (Aucoumea klaineana Pierre), essence
commerciale principale du Gabon (Deval, 1976; Moreau et al., 1948). Le
Béli (Julbernardia bifoliolata), l’Alep (Desbordesia glaucescens) et le Sorro
(Scyphocephalium ochocoa) font partie des arbres résiduels présents en
abondance dans les peuplements résiduels après exploitation forestière.
Les arbres de gros diamètre sont abandonnés dans les forêts résiduelles
à cause de la présence de caries sur les arbres. En effet, les arbres
identifiés lors de l’inventaire d’aménagement ne sont plus pris en compte
au cours de l’inventaire d’exploitation, entrainant ainsi une perte de
volume de bois. Ces pertes de volumes sont souvent attribuées aux caries
des arbres. Les caries sont provoquées par des champignons saprophytes
et quelques espèces pathogènes. On observe la présence récurrente des
champignons polypores sur la plupart des arbres cariés.

Le but de notre recherche était d’étudier la diversité fongique, plus

précisément les champignons endophytes et ceux associés aux caries des
essences forestières J. bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa. L’objectif
général de cette thèse était d’utiliser les techniques moléculaires pour
identifier la diversité de champignons pouvant coloniser les arbres et le
bois mort des essences, puis d’observer la capacité de dégradation du
bois par les champignons lignivores obtenus dans cette étude.

246
2. Conclusions générales

Dans le but de rechercher la diversité fongique associée aux caries des

trois essences forestières de notre étude, deux techniques
d’échantillonnage des champignons couplées aux techniques moléculaires
ont été utilisées. Dans le chapitre premier de cette thèse, nous nous
sommes intéressés à identifier les champignons polypores impliqués dans
les caries du bois chez J. bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa.
L’identification des champignons responsables de caries chez les espèces
forestières par les méthodes morphologiques nécessite la présence des
fructifications de champignons (basidiomes). Aussi, les outils de biologie
moléculaire permettent également d’obtenir une identification.
Cependant, il n’est pas toujours évident d’observer la présence de
basidiomes sur les arbres debout de l’ensemble des essences de notre
étude. Les basidiomes de champignons étaient rares sur les arbres de D.
glaucescens et S. ochocoa. Par contre, nous avons obtenu beaucoup de
fructifications sur les arbres de Béli cariés. C’est ainsi que, dans le chapitre
premier de notre recherche, il s’est plutôt agi de répertorier les
champignons polypores associés à la carie du Béli (Julbernardia
bifoliolata) sur pied. Pour ce chapitre, l’extraction d’ADN a été réalisée à
partir des basidiomes de champignons. L’amplification de l’ADN a été faite
à l’aide des amorces ITS1F et ITS4; ITS1F et ITS4B, spécifiques
respectivement pour les champignons en général et les Basidiomycota en
particulier.

Outre la collecte des basidiomes sur les arbres de Béli, nous avons
également prélevé des carottes de bois sain à l’aide de la sonde de Presler
sur les arbres cariés des trois essences forestières. L’ADN de champignons
247
a été extrait et nous avons amplifié la région génique comprise entre
ITS1-5.8S- ITS2. Toutefois, les amorces utilisées pour l’amplification
étaient l’ITS1F et ITS4, qui sont des amorces pour les champignons en
général.

Dans le chapitre premier, nous avons estimé la diversité de champignons

associés à la carie du Béli. Plusieurs champignons ont été identifiés, six
au niveau de l’espèce à l’instar de Amauroderma subresinosum,
Fomitiporia nobilissima, Fuscoporia gilva, Hymenochaete murina,
Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius; au niveau du genre,
Perenniporia sp., Inonotus sp., et une espèce non cultivée (Uncultured
fungus). À ces neuf espèces, a été adjointe l’espèce Tinctoporellus
epimiltinus récoltée sur le Béli, dans le cadre de la collecte des basidiomes
destinés à l’expérience in vitro sur les blocs de bois des 3 essences
forestières de notre étude. La majorité de ces espèces sont des espèces
pathogènes des arbres. Le champignon Rigidoporus ulmarius a été
récurrent dans les trois sites de notre étude. C’est un champignon
responsable de carie du tronc. Ensuite, nous avons les champignons
Amauroderma subresinosum et Phellinus noxius, qui sont reconnus
comme des agents de caries de grosses racines (pourridiés) dont les
ravages sur les feuillus tropicaux sont connus (Agustini et al., 2014). Le
champignon Inonotus sp. est une espèce proche de l’espèce Inonotus
obliquus, qui est un pathogène responsable de la carie chancreuse du
tronc des arbres. Les espèces Fuscoporia gilva et Hymenochaete murina
sont des champignons déjà répertoriés sur les feuillus tropicaux et
responsables de la carie du tronc, tout comme le champignon R. ulmarius.
Le champignon Fomitiporia nobilissima, déjà répertorié parmi la flore
mycologique du Gabon (Amalfi et al., 2010), ne fait l’objet d’aucune

248
mention sur les arbres vivants. Dans ce chapitre 1, la majorité des
espèces identifiées font l’objet d’une première mention sur les arbres
vivants au Gabon.

Pour ce chapitre, l’objectif a été partiellement atteint bien que nous ayons
été confrontés à des contraintes méthodologiques. Les polypores des
essences forestières D. glaucescens et S. ochocoa n’ont pas fait l’objet
d’étude à cause de la rareté des basidiomes sur les arbres cariés.
Toutefois, par extrapolation, nous pouvons supposer que les champignons
obtenus pour les Béli debout sont susceptibles de causer aussi bien la
carie chez D. glaucescens et S. ochocoa à cause du fait qu’ils partagent
le même habitat et que les champignons polypores identifiés sur le Béli
ont déjà été observés sur d’autres feuillus tropicaux.

L’identification des champignons polypores associés aux caries des arbres

par les techniques moléculaires est optimale en utilisant la combinaison
d’amorces adaptées pour les Basidiomycota (ITS 1F et ITS 4B).

À l’aide des carottes de bois prélevées sur les 3 essences de notre étude,
nous avons obtenu des séquences de champignons endophytes des arbres
qui étaient en grande majorité des champignons Ascomycota. Par ailleurs,
à cause des contraintes méthodologiques, les résultats du séquençage
obtenus à partir de l’extraction d’ADN des carottes de bois nous ont
permis de réaliser l’étude des champignons endophytes du Béli, de l’Alep
et du Sorro, ce qui a constitué le chapitre 2 de notre recherche. Ainsi,
dans ce chapitre, nous avons étudié la diversité de champignons
endophytes associée aux arbres cariés chez les essences J. bifoliolata, D.
glaucescens et S. ochocoa. L’objectif de notre étude était (i) d’explorer la
flore fongique endophytique contenue dans le bois des arbres cariés des

249
essences et celle des différents sites, (ii) chercher à savoir si cette flore
fongique variait entre les trois essences et entre les sites de prélèvement.

Les champignons endophytes vivent à l’intérieur des plantes sans causer

de symptômes apparents (Sieber, 2007). Les recherches réalisées dans
les forêts tropicales ont montré que ces régions abritent la plus grande
diversité de champignons endophytes au monde (Arnold & Lutzoni, 2007;
Debdulal, 2011). Les espèces de champignons endophytes contenues
dans le bois des essences de notre étude appartenaient en majorité à
l’embranchement des Ascomycota et étaient réparties dans les ordres des
Capnodiales, Botryosphaeriales, Diaporthales, Dothideales, Eurotiales,
Helotiales, Hypocreales, Pleosporales, Saccharomycetales, Sordariales,
Xylariales, et très peu de champignons Basidiomycota (Agaricales,
Tremellales et Ustilaginales). Les genres Pestalotiopsis (Xylariales) et
Penicillium (Eurotiales) étaient récurrents et abondants chez les 3
essences et dans tous les sites de notre étude. Les espèces étaient
disséminées au sein de 62 OTUs (seuil de similarité 95 %), seulement 5
OTUs étaient partagées par les trois essences et plusieurs OTUs étaient
spécifiques à chaque essence. Les valeurs des indices de Shannon (H) et
de Simpson (D), dont les valeurs respectives étaient de 3,11 et 0,12,
indiquent une diversité relativement grande en champignons endophytes
pour l’ensemble de nos échantillons. L’espèce forestière S. ochocoa et le
site du chantier CEB affichaient les plus grandes diversités en
champignons endophytes.

Dans ce chapitre 2, les objectifs ont été atteints. La flore endophytique

des essences forestières étudiées a été explorée. De même, la
comparaison entre les essences forestières et entre les sites
échantillonnés a été réalisée.

250
Les amorces pour les champignons supérieurs (ITS1F et ITS4) utilisés
dans notre étude nous ont permis d’obtenir un autre cortège de
champignons avec une majorité de champignons Ascomycota. Cette
combinaison d’amorces est couramment utilisée pour les études de
diversité de champignons endophytes (Manter & Vivanco, 2007). Parmi
les endophytes obtenus, certains champignons de caries comme R.
ulmarius ont été identifiés lors du séquençage de l’ADN de champignons
à partir des carottes de bois. Toutefois, à cause du pourcentage de
similitude de Genbank inférieur à 90%, elles ont été écartées dans
l’analyse.

Les propagules de champignons pathogènes présents dans les cellules du

bois des arbres vivants persistent dans le bois une fois l’arbre abattu. En
effet, dans le but de connaitre la diversité des champignons associée aux
arbres et de connaitre les polypores impliqués dans la dégradation des
essences forestières de notre étude, nous avons entrepris l’étude de la
diversité des champignons associés aux coursons de bois des essences J.
bifoliolata, D. glaucescens et S. ochocoa, qui constitue le chapitre 3 de
notre thèse.

Le processus de carie du bois par les champignons est également

observable sur le bois non vivant. En effet, les champignons ont pour rôle
de recycler le carbone prélevé dans l’atmosphère et emmagasiné dans les
végétaux lors de la photosynthèse. Pour ce faire, nous avons collecté des
basidiomes de champignons polypores sur des coursons de bois
provenant de ces trois essences. Selon les mêmes procédés qu’au
chapitre premier, nous avons extrait et amplifié l’ADN génomique à partir
de ces basidiomes. Nos objectifs principaux étaient (1) d’identifier les
communautés de champignons polypores associés à la décomposition du

251
bois chez ces trois essences forestières (2) de savoir si la diversité des
espèces polypores variait entre les espèces d’arbres et les sites de
prélèvement et (3) de comparer cette diversité entre les trois espèces et
les sites de prélèvement.

La reconstruction de l’arbre phylogénétique à l’aide du logiciel MEGA X,

réalisée à l’aide de la méthode du Neighbour-joining, regroupait
l’ensemble des séquences au sein de 15 clades, représentant 13 familles.
Les analyses de séquences basées sur le regroupement en Unités
Taxonomiques Opérationnelles (OTU) ont été réalisées sur Mothur
(Schloss et al., 2009) en se basant sur la délimitation des espèces au seuil
de signification de 95 %. Les séquences étaient regroupées au sein de 28
OTUs, beaucoup d’OTUs étaient spécifiques à chacune des essences hôtes
et plusieurs représentaient des espèces rares. Parmi les 28 espèces,
quatorze sont nouvelles, dont 9 sont connues au niveau du genre. Les
champignons identifiés dans cette étude sont une première mention sur
les essences forestières de notre étude. Les espèces Flavodon flavus,
Fomitopsis meliae, Leiotrametes lactinea, Hyphodontia tropica,
Fomitopsis ostreiformis, Peniophorella rude et Pseudolagarobasidium
acaciicola sont des premières mentions au Gabon. Les coursons du J.
bifoliolata possédaient la plus grande diversité en champignons (2,70),
suivis de ceux du S. ochocoa (2,09) et enfin de ceux du D. glaucescens
qui avait une diversité moindre par rapport aux deux autres essences
(1,81). Par ailleurs, les indices de diversité entre les trois sites ont montré
que le Chantier SEEF possédait la plus grande diversité (2,65). Ce site
était suivi de celui du Chantier SBL (2,22) et enfin du Chantier CEB (2,01).
Les indices de dissimilarité de BC et de MH montrent tous deux que D.
glaucescens et J. bifoliolata (respectivement 0,92 et 0,96) étaient les

252
moins similaires entre eux et sont suivis par les paires J. bifoliolata et S.
ochocoa (respectivement 0,89 et 0,90) puis par D. glaucescens et S.
ochocoa (respectivement 0,85 et 0,82). Il en est de même pour les
communautés de polypores par site de prélèvement, où les indices de BC
et MH ont également révélé que les chantiers CEB et SBL étaient les moins
similaires entre eux (respectivement 0,90 et 0,95). Ils étaient suivis par
les paires CEB et SEEF (respectivement 0,89 et 0,93) et SBL et SEEF
(respectivement 0,83 et 0,77).

Dans le chapitre 3 de notre recherche, les objectifs ont été atteints. Les
communautés des champignons polypores saprophytes des coursons des
3 essences à l’étude ont été identifiées et caractérisées. La diversité des
espèces polypores variait entre les espèces d’arbres, il en était de même
pour les sites de prélèvement. Enfin, la diversité des essences et des sites
comparés deux à deux n’était pas similaire. Les champignons
Amauroderma subresinosum (Ganodermataceae) et Fuscoporia gilva
(Hymenochaetaceae) avaient déjà été observés sur les arbres du Béli
debout (chapitre premier).

Par ailleurs dans le chapitre premier, les champignons polypores obtenus

à partir du séquençage avec la combinaison des amorces ITS1F et ITS4B
adaptées pour les champignons Basidiomycota nous ont permis d’obtenir
une panoplie de champignons. Toutefois, les polypores adoptent des
stratégies nutritionnelles différentes quant au processus de
décomposition du bois (Boddy, 2001). Ceux-ci s’attaquent aux
composants cellulaires du bois, composés de cellulose, d’hémicellulose et
de lignine.

Les champignons pathogènes arrivent à contourner les barrières de

défense de l’arbre pour s’attaquer aux composantes des cellules du bois.
253
Les champignons produisent des cellulases, principalement les
endoglucanases, exoglucanases, les cellobiohydrolases et les cellobiases
qui dégradent la cellulose du bois (Klyosov, 1990; Schmidhalter &
Canevascini, 1992). La lignine confère au bois sa dureté, elle possède
trois unités de monomères, en l’occurrence l’hydroxyphényle la guaiacyle
(exclusive aux conifères) et la syringyle (Schwarze & Jeffery, 2004). Les
enzymes des champignons de caries blanches leur permettent de
dégrader la lignine par un processus d’oxydation (Eggert et al., 1996).
Ces enzymes sont connues sous le nom de phénol-oxydases. Parmi elles,
on retrouve la ligninase, le manganèse-peroxydase et la laccase (Eggert
et al., 1996; Tuor et al., 1995). Toutefois, les végétaux possèdent des
mécanismes de défense pour lutter contre les attaques extérieures. Chez
les arbres, cette lutte se traduit par la formation des barrières à l’intérieur
des cellules du bois pour empêcher la progression des agents pathogènes.
Il y a également la présence des produits phénoliques dans le bois, dont
les plus connus sont les terpènes, les flavonoïdes, les tropolones et les
stilbènes (Grosclaude, 1993).

À cause de la variabilité des essences et des caractéristiques du bois qui

diffèrent, les essences forestières ont une résistance face aux attaques de
caries qui varie d’une essence à l’autre. Aussi, les champignons qui
dégradent le bois n’ont pas la même capacité à le dégrader. Ainsi, pour
le chapitre 4 de notre thèse, nous avons voulu observer l’activité de
dégradation du bois par les champignons de caries. L’objectif principal de
cette recherche était de comparer le pouvoir lignivore des champignons
collectés sur le bois des 3 essences forestières étudiées. Pour ce faire, les
blocs de bois des trois essences ont été placés dans des chambres
contenant du mycélium de champignons pendant une durée déterminée,

254
puis ont subi des pesées multiples en laboratoire. Les pertes de masse
enregistrées ont servi à mesurer l’activité lignolytique des champignons
(Deflorio et al., 2008; Råberg et al., 2009).

Dans cette étude, quatre (4) isolats ont été retenus pour l’expérience. Il
s’agissait des champignons Amauroderma subresinosum, Fomitiporia
nobilissima, Phellinus noxius et Rigidoporus ulmarius. La croissance du
mycélium a été observée sur des milieux de culture à base de Malt Extract
Agar (MEA). La croissance du mycélium des champignons était variable
entre les isolats. Les champignons P. noxius et F. nobilissima avaient une
moyenne de croissance presque identique, elle était de 1,2 cm/j. Celle de
A. subresinosum était de 0,9 cm/j et R. ulmarius avait une croissance de
0,2 cm/j. La densité du bois et le contenu en eau des blocs de bois des
trois essences ont été également déterminés. Les densités du bois des
essences D. glaucescens, J. bifoliolata et S. ochocoa étaient
respectivement de 0.86, 0.77 et 0.63 g/cm³. Le contenu en eau du bois
variait pour l’ensemble des trois essences entre 30 et 50 %. Les blocs de
bois de trois essences forestières ont été soumis au mycélium des souches
de polypores au laboratoire pendant 6 et 12 semaines. Les pourcentages
de perte de masse occasionnés par les champignons polypores sur les
blocs de bois ont été comparés en utilisant une Analyse de Variance
(ANOVA). Nous avons procédé à un ANOVA factoriel avec mesures
répétées (Temps x Essence x souche). La comparaison des moyennes de
pourcentage de perte de masse des blocs soumis aux souches de
champignons avec les blocs témoins à l’aide du test de Dunnett a montré
qu’il y avait un effet souche de champignons. La discrimination des
différentes souches de champignons excluant les blocs témoins, à l’aide
du test de Tukey a montré une différence significative de perte de masse

255
entre les 4 souches de champignons (P<,0001). Il y a eu également un
effet statistique de l’essence utilisée (P<,0001). Les pertes de masse
étaient différentes entre les trois essences de notre étude. Elles étaient
plus élevées avec l’essence D. glaucescens, suivi par le J. bifoliolata et
enfin le S. ochocoa. De même, nous avons obtenu un effet significatif de
l’interaction entre la souche de champignon et le bois utilisé (P=0,0055).
Les essences n’avaient pas la même capacité à résister à la carie
occasionnée par les différents champignons. Chez D. glaucescens, la perte
de masse occasionnée par le champignon P. noxius était plus élevée que
celle occasionnée par A. subresinosum, qui était à son tour plus élevée
que celle occasionnée conjointement par les champignons F. nobilissima
et R. ulmarius. Le même patron a été observé chez S. ochocoa. Avec
l’essence J. bifoliolata, les pourcentages de perte de masse étaient
partagés en deux groupes seulement. P. noxius et A. subresinosum
avaient des moyennes de pourcentage de perte de masse qui ne
différaient pas significativement entre elles. Opposés à ces deux
champignons, il y avait le groupe constitué par les champignons
F.nobilissima et R. ulmarius. Il n’y avait pas d’interaction significative
simultanée des trois facteurs testés à savoir le temps d’exposition, les
souches des champignons et les essences de l’étude. De plus, le
coefficient de détermination du modèle était de 82 %, ce qui indique que
le modèle était efficace et qu’il n’y avait que 18 % de la variation du
modèle qui était non expliquée.

Dans ce chapitre 4, l’objectif a été atteint. Nous avons pu observer et

comparer l’activité de dégradation du bois par les quatre isolats de
champignons cultivés en laboratoire. Les essences n’avaient pas la même
capacité à résister à la carie occasionnée par les différents champignons

256
testés. Le bois de l’essence forestière D. glaucescens était plus susceptible
à la dégradation que J. bifoliolata et S. ochocoa. Les champignons P.
noxius et A. subresinosum qui avaient la meilleure croissance mycélienne
dégradaient plus rapidement le bois que F. nobilissima et R. ulmarius.

En conclusion, le bois des arbres cariés de Béli, d’Alep et de Sorro est

colonisé par une diversité de champignons. Les arbres debout de Béli sont
susceptibles à plusieurs champignons polypores pathogènes des arbres.
Les champignons A. subresinosum et P. noxius, qui sont des espèces à
croissance mycélienne rapide sont les plus lignivores. Ces champignons
peuvent être considérés comme des agents de pourridiés de nos essences
forestières étudiées. La récurrence de R. ulmarius sur les arbres peut être
attribuable à la disponibilité de l’inoculum dans les sites échantillonnés.

Les analyses de sol effectuées ont révélé que la texture des sols dans les
sites étudiés était parfois argileuse. Les sols argileux étant asphyxiants
pour les racines peuvent favoriser les caries racinaires. Outre les
champignons polypores, une diversité de champignons endophytes (62
OTUs) colonise les arbres vivants. Les genres Penicillium et Pestalotiopsis
ont été retrouvés en abondance sur ces essences cariées et dans les 3
sites. Ces endophytes pourraient être associés aux arbres cariés chez les
essences de notre étude. Le bois mort des trois essences était décomposé
par des champignons polypores appartenant à treize (13) familles, à
l’instar des Corticiaceae, Fomitopsidaceae, Ganodermataceae,
Hericiaceae, Hydnodontaceae, Hymenochaetaceae, Meruliaceae,
Phanerochaetaceae, Polyporaceae, Punctulariaceae, Schizoporaceae,
Stereaceae et Incertae sedis. Par ailleurs, les espèces A. subresinosum et
F. gilva étaient communes aux arbres debout et aux coursons de bois. Le
Sorro a été moins dégradé vraisemblablement à cause de la présence de

257
tannins dans le bois ; la diversité en champignons endophytes y était par
ailleurs plus élevée que chez les deux autres essences. La grande diversité
en champignons polypores associée aux coursons de Béli par rapport aux
deux autres essences forestières pourrait être reliée à d’autres facteurs.

Le chapitre 2 sur les champignons endophytes est un plus à notre étude.

L’utilisation des amorces générales ITS1F et ITS4 a permis d’aller
chercher la flore fongique endophyte des arbres. Toutefois, pour étudier
les champignons de caries, il faudrait prélever également les basidiomes
de champignons et utiliser des amorces spécifiques aux Basidiomycota.
De plus, nos résultats ont été obtenus en utilisant la technique de
séquençage de Sanger. Les techniques de séquençage plus modernes,
comme le séquençage par synthèse (Illumina), pourraient permettre
d’aller chercher un nombre élevé d’espèces de champignons compte tenu
de la grande diversité fongique reconnue en région tropicale. Quoiqu’il en
soit, les données obtenues dans cette étude sont un pas en avant dans la
recherche fongique et sur la microbiologie associée aux essences
forestières du Gabon.

3. Nouvelles perspectives de recherche

Les études réalisées dans le cadre de la province de l’Ogooué-lolo

méritent d’être élargies à d’autres régions. Ces études limitées aux
essences J. bifoliolata, D. glaucescens, et S. ochocoa devraient également
être ouvertes à d’autres essences commerciales.

En effet, en prolongement des recherches effectuées dans cette thèse, le

chapitre 1 traitant des champignons polypores associés à la carie des
arbres devrait être complété. Des études de pathogénie avec les espèces
258
de champignons identifiées devraient être menées pour vérifier l’effet des
champignons pathogènes sur les trois essences en pépinière ou sur des
arbres sains en forêt. En perspective pour ce chapitre 1, les recherches
sur les espèces associées à la carie du Béli devraient être poursuivies.
Lors de la collecte des spécimens de champignons ayant servi à l’étude
de l’activité de dégradation du bois par les champignons de caries, une
espèce qui n’avait pas encore été rapportée au Gabon et sur cette essence
avait été identifiée. Il s’agissait de Tinctoporellus epimiltinus.
L’identification des espèces associées aux caries des arbres sur pied
mérite d’être poursuivie et élargie à d’autres espèces exploitables.

En perspectives pour le chapitre 2 traitant des champignons endophytes,

une étude sur les relations entre la présence des substances phénoliques
dans le bois et les espèces de champignons endophytes devrait être
entreprise. L’essence S. ochocoa possédait la plus grande diversité en
champignons endophytes parmi les essences, elle était également la
moins dégradée par les champignons de caries (chapitre 4). Cette essence
possède un bois coloré qui renferme beaucoup de tannins. De même, à
cause des indices de diversités en champignons endophytes qui variaient
entre les sites, une comparaison devrait être faite entre les sites des
forêts primaires et ceux ayant fait l’objet d’une exploitation.

En prolongement des recherches du chapitre 3 de cette étude,

l’identification des espèces de champignons colonisant les coursons de
bois devrait être poursuivie. La collecte des basidiomes sur les coursons
de bois devrait être réalisée à des intervalles de temps réguliers et
rapprochés afin d’en récolter le maximum. En perspective, l’étude des
profils de succession des espèces fongiques sur les coursons de bois serait
intéressante.

259
Les études réalisées dans le chapitre 4 de recherche sont également à
poursuivre. En prolongement de cette étude, les tests de perte de masse
occasionnée par les champignons tels que A. subresinosum et P. noxius
devraient être réalisés sur du bois susceptible d’utilisation dans l’industrie
de pâte à papier. La perte de masse occasionnée par les champignons de
carie trouve son application en biotechnologie. La capacité de dégradation
du bois des champignons lignivores peut être utilisée lors du processus
de délignification du bois dans l’industrie de pâte à papier. Cette dernière,
bien qu’inexistante au Gabon, trouve sa place avec la substitution des
substances chimiques par des organismes biologiques dans un contexte
d’utilisation des techniques industrielles vertes. La performance des
champignons de carie blanche quant à leur capacité à dégrader le bois
peut être testée sur du bois promis à l’industrie de pâte à papier au
Gabon.

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297
ANNEXES

Tableau A. 2 Numéros d’accession des séquences du chapitre 1 : Les

champignons associés à la carie du Béli sur pied.

bankit/filename Sequence ID Accession

number
BankIt1904982 Seq1 KU981303
BankIt1904982 Seq2 KU981304
BankIt1904982 Seq3 KU981305
BankIt1904982 Seq4 KU981306
BankIt1904982 Seq5 KU981307
BankIt1904982 Seq6 KU981308
BankIt1904982 Seq7 KU981309
BankIt1904982 Seq8 KU981310
BankIt1904982 Seq9 KU981311
BankIt1904982 Seq10 KU981312
BankIt1904982 Seq11 KU981313
BankIt1904982 Seq12 KU981314
BankIt1904982 Seq13 KU981315
BankIt1904982 Seq14 KU981316
BankIt1904982 Seq15 KU981317
BankIt1904982 Seq16 KU981318
BankIt1904982 Seq17 KU981319
BankIt1904982 Seq18 KU981320
BankIt1904982 Seq19 KU981321
BankIt1904982 Seq20 KU981322
298
BankIt1904982 Seq21 KU981323
BankIt1904982 Seq22 KU981324
BankIt1904982 Seq23 KU981325
BankIt1904982 Seq24 KU981326
BankIt1904982 Seq25 KU981327
BankIt1904982 Seq26 KU981328
BankIt1904982 Seq27 KU981329
BankIt1904982 Seq28 KU981330
BankIt1904982 Seq29 KU981331
BankIt1904982 Seq30 KU981332
BankIt1904982 Seq31 KU981333
BankIt1904982 Seq32 KU981334
BankIt1904982 Seq33 KU981335
BankIt1904982 Seq34 KU981336
BankIt1904982 Seq35 KU981337
BankIt1904982 Seq36 KU981338
BankIt1904982 Seq37 KU981339
BankIt1904982 Seq38 KU981340
BankIt1904982 Seq39 KU981341
BankIt1904982 Seq40 KU981342
BankIt1904982 Seq41 KU981343
BankIt1904982 Seq42 KU981344
BankIt1904982 Seq43 KU981345
BankIt1904982 Seq44 KU981346
BankIt1904982 Seq45 KU981347
BankIt1904982 Seq46 KU981348
BankIt1904982 Seq47 KU981349
BankIt1904982 Seq48 KU981350

299
BankIt1904982 Seq49 KU981351
BankIt1904982 Seq50 KU981352
BankIt1904982 Seq51 KU981353
BankIt1904982 Seq52 KU981354
BankIt1904982 Seq53 KU981355
BankIt1904982 Seq54 KU981356
BankIt1904982 Seq55 KU981357
BankIt1904982 Seq56 KU981358
BankIt1904982 Seq57 KU981359
BankIt1904982 Seq58 KU981360
BankIt1904982 Seq59 KU981361
BankIt1904982 Seq60 KU981362
BankIt1904982 Seq61 KU981363
BankIt1904982 Seq62 KU981364
BankIt1904982 Seq63 KU981365
BankIt1904982 Seq64 KU981366
BankIt1904982 Seq65 KU981367
BankIt1904982 Seq66 KU981368
BankIt1904982 Seq67 KU981369
BankIt1904982 Seq68 KU981370
BankIt1904982 Seq69 KU981371
BankIt1904982 Seq70 KU981372

300
Tableau A. 3 Numéros d’accession des séquences du chapitre 2 :
Les champignons endophytes des essences Julbernardia bifoliolata,
Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium ochocoa.

Accession
bankit/filename Sequence ID
number

BankIt1989083 Seq1 KY597463

BankIt1989083 Seq2 KY597464
BankIt1989083 Seq3 KY597465
BankIt1989083 Seq4 KY597466
BankIt1989083 Seq5 KY597467
BankIt1989083 Seq6 KY597468
BankIt1989083 Seq7 KY597469
BankIt1989083 Seq8 KY597470
BankIt1989083 Seq9 KY597471
BankIt1989083 Seq10 KY597472
BankIt1989083 Seq11 KY597473
BankIt1989083 Seq12 KY597474
BankIt1989083 Seq13 KY597475
BankIt1989083 Seq14 KY597476
BankIt1989083 Seq15 KY597477
BankIt1989083 Seq16 KY597478
BankIt1989083 Seq17 KY597479
BankIt1989083 Seq18 KY597480
BankIt1989083 Seq19 KY597481
BankIt1989083 Seq20 KY597482

301
BankIt1989083 Seq21 KY597483
BankIt1989083 Seq22 KY597484
BankIt1989083 Seq23 KY597485
BankIt1989083 Seq24 KY597486
BankIt1989083 Seq25 KY597487
BankIt1989083 Seq26 KY597488
BankIt1989083 Seq27 KY597489
BankIt1989083 Seq28 KY597490
BankIt1989083 Seq29 KY597491
BankIt1989083 Seq30 KY597492
BankIt1989083 Seq31 KY597493
BankIt1989083 Seq32 KY597494
BankIt1989083 Seq33 KY597495
BankIt1989083 Seq34 KY597496
BankIt1989083 Seq35 KY597497
BankIt1989083 Seq36 KY597498
BankIt1989083 Seq37 KY597499
BankIt1989083 Seq38 KY597500
BankIt1989083 Seq39 KY597501
BankIt1989083 Seq40 KY597502
BankIt1989083 Seq41 KY597503
BankIt1989083 Seq42 KY597504
BankIt1989083 Seq43 KY597505
BankIt1989083 Seq44 KY597506
BankIt1989083 Seq45 KY597507
BankIt1989083 Seq46 KY597508
BankIt1989083 Seq47 KY597509
BankIt1989083 Seq48 KY597510

302
BankIt1989083 Seq49 KY597511
BankIt1989083 Seq50 KY597512
BankIt1989083 Seq51 KY597513
BankIt1989083 Seq52 KY597514
BankIt1989083 Seq53 KY597515
BankIt1989083 Seq54 KY597516
BankIt1989083 Seq55 KY597517
BankIt1989083 Seq56 KY597518
BankIt1989083 Seq57 KY597519
BankIt1989083 Seq58 KY597520
BankIt1989083 Seq59 KY597521
BankIt1989083 Seq60 KY597522
BankIt1989083 Seq61 KY597523
BankIt1989083 Seq62 KY597524
BankIt1989083 Seq63 KY597525
BankIt1989083 Seq64 KY597526
BankIt1989083 Seq65 KY597527
BankIt1989083 Seq66 KY597528
BankIt1989083 Seq67 KY597529
BankIt1989083 Seq68 KY597530
BankIt1989083 Seq69 KY597531
BankIt1989083 Seq70 KY597532
BankIt1989083 Seq71 KY597533
BankIt1989083 Seq72 KY597534
BankIt1989083 Seq73 KY597535
BankIt1989083 Seq74 KY597536
BankIt1989083 Seq75 KY597537
BankIt1989083 Seq76 KY597538

303
BankIt1989083 Seq77 KY597539
BankIt1989083 Seq78 KY597540
BankIt1989083 Seq79 KY597541
BankIt1989083 Seq80 KY597542
BankIt1989083 Seq81 KY597543
BankIt1989083 Seq82 KY597544
BankIt1989083 Seq83 KY597545
BankIt1989083 Seq84 KY597546
BankIt1989083 Seq85 KY597547
BankIt1989083 Seq86 KY597548
BankIt1989083 Seq87 KY597549
BankIt1989083 Seq88 KY597550
BankIt1989083 Seq89 KY597551
BankIt1989083 Seq90 KY597552
BankIt1989083 Seq91 KY597553
BankIt1989083 Seq92 KY597554
BankIt1989083 Seq93 KY597555
BankIt1989083 Seq94 KY597556
BankIt1989083 Seq95 KY597557
BankIt1989083 Seq96 KY597558
BankIt1989083 Seq97 KY597559
BankIt1989083 Seq98 KY597560
BankIt1989083 Seq99 KY597561
BankIt1989083 Seq100 KY597562
BankIt1989083 Seq101 KY597563
BankIt1989083 Seq102 KY597564
BankIt1989083 Seq103 KY597565
BankIt1989083 Seq104 KY597566

304
BankIt1989083 Seq105 KY597567
BankIt1989083 Seq106 KY597568
BankIt1989083 Seq107 KY597569
BankIt1989083 Seq108 KY597570
BankIt1989083 Seq109 KY597571
BankIt1989083 Seq110 KY597572
BankIt1989083 Seq111 KY597573
BankIt1989083 Seq112 KY597574
BankIt1989083 Seq113 KY597575
BankIt1989083 Seq114 KY597576
BankIt1989083 Seq115 KY597577
BankIt1989083 Seq116 KY597578
BankIt1989083 Seq117 KY597579
BankIt1989083 Seq118 KY597580
BankIt1989083 Seq119 KY597581
BankIt1989083 Seq120 KY597582
BankIt1989083 Seq121 KY597583
BankIt1989083 Seq122 KY597584
BankIt1989083 Seq123 KY597585
BankIt1989083 Seq124 KY597586
BankIt1989083 Seq125 KY597587
BankIt1989083 Seq126 KY597588
BankIt1989083 Seq127 KY597589
BankIt1989083 Seq128 KY597590
BankIt1989083 Seq129 KY597591
BankIt1989083 Seq130 KY597592
BankIt1989083 Seq131 KY597593
BankIt1989083 Seq132 KY597594

305
BankIt1989083 Seq133 KY597595
BankIt1989083 Seq134 KY597596
BankIt1989083 Seq135 KY597597
BankIt1989083 Seq136 KY597598
BankIt1989083 Seq137 KY597599
BankIt1989083 Seq138 KY597600
BankIt1989083 Seq139 KY597601
BankIt1989083 Seq140 KY597602
BankIt1989083 Seq141 KY597603
BankIt1989083 Seq142 KY597604
BankIt1989083 Seq143 KY597605
BankIt1989083 Seq144 KY597606
BankIt1989083 Seq145 KY597607
BankIt1989083 Seq146 KY597608
BankIt1989083 Seq147 KY597609
BankIt1989083 Seq148 KY597610
BankIt1989083 Seq149 KY597611
BankIt1989083 Seq150 KY597612
BankIt1989083 Seq151 KY597613
BankIt1989083 Seq152 KY597614
BankIt1989083 Seq153 KY597615
BankIt1989083 Seq154 KY597616
BankIt1989083 Seq155 KY597617
BankIt1989083 Seq156 KY597618
BankIt1989083 Seq157 KY597619
BankIt1989083 Seq158 KY597620
BankIt1989083 Seq159 KY597621
BankIt1989083 Seq160 KY597622

306
BankIt1989083 Seq161 KY597623
BankIt1989083 Seq162 KY597624
BankIt1989083 Seq163 KY597625
BankIt1989083 Seq164 KY597626
BankIt1989083 Seq165 KY597627
BankIt1989083 Seq166 KY597628
BankIt1989083 Seq167 KY597629
BankIt1989083 Seq168 KY597630
BankIt1989083 Seq169 KY597631
BankIt1989083 Seq170 KY597632

307
Tableau A. 4 Numéros d’accession des séquences du chapitre 3 : Les
champignons polypores associés aux coursons de bois des essences
Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium
ochocoa.

Accession
bankit/filename Sequence ID
number

BankIt1947085 Seq1 KY449342

BankIt1947085 Seq2 KY449343
BankIt1947085 Seq3 KY449344
BankIt1947085 Seq4 KY449345
BankIt1947085 Seq5 KY449346
BankIt1947085 Seq6 KY449347
BankIt1947085 Seq7 KY449348
BankIt1947085 Seq8 KY449349
BankIt1947085 Seq9 KY449350
BankIt1947085 Seq10 KY449351
BankIt1947085 Seq11 KY449352
BankIt1947085 Seq12 KY449353
BankIt1947085 Seq13 KY449354
BankIt1947085 Seq14 KY449355
BankIt1947085 Seq15 KY449356
BankIt1947085 Seq16 KY449357
BankIt1947085 Seq17 KY449358
BankIt1947085 Seq18 KY449359
BankIt1947085 Seq19 KY449360

308
BankIt1947085 Seq20 KY449361
BankIt1947085 Seq21 KY449362
BankIt1947085 Seq22 KY449363
BankIt1947085 Seq23 KY449364
BankIt1947085 Seq24 KY449365
BankIt1947085 Seq25 KY449366
BankIt1947085 Seq26 KY449367
BankIt1947085 Seq27 KY449368
BankIt1947085 Seq28 KY449369
BankIt1947085 Seq29 KY449370
BankIt1947085 Seq30 KY449371
BankIt1947085 Seq31 KY449372
BankIt1947085 Seq32 KY449373
BankIt1947085 Seq33 KY449374
BankIt1947085 Seq34 KY449375
BankIt1947085 Seq35 KY449376
BankIt1947085 Seq36 KY449377
BankIt1947085 Seq37 KY449378
BankIt1947085 Seq38 KY449379
BankIt1947085 Seq39 KY449380
BankIt1947085 Seq40 KY449381
BankIt1947085 Seq41 KY449382
BankIt1947085 Seq42 KY449383
BankIt1947085 Seq43 KY449384
BankIt1947085 Seq44 KY449385
BankIt1947085 Seq45 KY449386
BankIt1947085 Seq46 KY449387
BankIt1947085 Seq47 KY449388

309
BankIt1947085 Seq48 KY449389
BankIt1947085 Seq49 KY449390
BankIt1947085 Seq50 KY449391
BankIt1947085 Seq51 KY449392
BankIt1947085 Seq52 KY449393
BankIt1947085 Seq53 KY449394
BankIt1947085 Seq54 KY449395
BankIt1947085 Seq55 KY449396
BankIt1947085 Seq56 KY449397
BankIt1947085 Seq57 KY449398
BankIt1947085 Seq58 KY449399
BankIt1947085 Seq59 KY449400
BankIt1947085 Seq60 KY449401
BankIt1947085 Seq61 KY449402
BankIt1947085 Seq62 KY449403
BankIt1947085 Seq63 KY449404
BankIt1947085 Seq64 KY449405

310
Tableau A. 5 Numéros d’accession des séquences du chapitre 4 : Activité
de dégradation des champignons de carie sur des blocs de bois de Béli
(Julbernardia bifoliolata), d’Alep (Desbordesia glaucescens) et de Sorro
(Scyphocephalium ochocoa).

bankit/filename Sequence ID Accession

number
BankIt1804382 Seq1 KP965914
BankIt1804382 Seq2 KP965915
BankIt1804382 Seq3 KP965916
BankIt1804382 Seq4 KP965917
BankIt1804382 Seq5 KP965918

311