Proceedings:

Peningkatan Produktivitas Pertanian Era Society 5.0 Pasca Pandemi

Tempat : Politeknik Negeri Jember

Tanggal : 22 Juli 2021

AGROPROSS Publisher :
National Conference Agropross, National Conference Proceedings of Agriculture
Proceedings of Agriculture ISBN : 978-623-94036-6-9
DOI : 10.25047/agropross.2021.234

Identifikasi Penyebab Penyakit Hawar Daun Bakteri Pada Kombinasi

Pola Tanam System of Rice Intensification (SRI) dan Jajar Legowo

Author(s): Rini Laraswati(1), Evan Purnama Ramdan(1), Umi Kulsum(2)*

(1)
Program Studi Agroteknologi, Fakultas Teknologi Industri, Universitas Gunadarma
(2)
Balai Besar Peramalan Organisme Pengganggu Tanaman, Jatisari, Karawang
* Corresponding author: [email protected]

ABSTRACT Keywords:
Bacterial leaf blight (HDB) is one of the important diseases of rice plants with yield losses reaching 15-80%.
Microclimate manipulation through cropping pattern techniques is one of the efforts to control this disease. Oryza sativa;
Therefore, in this study, the cause of HDB disease will be identified in a combination of system of rice
intensification (SRI) and jajar legowo planting patterns. The research was conducted at the Center for polymerase
Forecasting Plant Pest Organisms (BBPOPT), Jatisari, Karawang from August to September 2020. The chain reaction;
combination of plant patterns consisted of (1) SRI with a 2:1 combination of jarwo, (2) SRI with a 3:1
combination of jarwo, (3) SRI with combination of jarwo 4:1, (4) SRI with combination of jarwo 5:1, (5) SRI Xanthomonas
without combination, and (6) system of tanem Tegal (conventional). Each tile was then divided into 5 sub-plots oryzae pv.
as replicates (1 point in each corner of the tile and 1 point in the middle of the tile). Symptoms, incidence and oryzae
severity of disease were observed in each subplot. Plants showing symptoms were then identified molecularly
by polymerase chain reaction (PCR) technique including total DNA extraction and nucleotide amplification
using forward primer pair (F: CCTCTATGAGTCGGGAGCTG) and reverse primer (R:
ACACCGTGATGCAATGAAGA). The results of the observations showed symptoms in the form of gray spots
on the edges of the leaves which then developed towards the base of the leaves on one or both sides of the
leaves. Subsequently the leaves become irregular and dry out. The incidence of HDB disease was 81.67 – 95%,
while the severity of the disease was 27.97 – 42.44% in all crop patterns. Identification by PCR technique
showed that the cause of HDB disease was Xanthomonas oryzae pv. oryzae amplified in the band size 230 –
250 bp.

Kata Kunci: ABSTRAK

Hawar daun bakteri (HDB) merupakan salah satu penyakit penting tanaman padi dengan kehilangan hasil
Oryza sativa; mencapai 15-80%. Manipulasi iklim mikro melalui teknik pola tanam menjadi salah satu upaya pengendalian
penyakit ini. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan diidentifikasi penyebab penyakit HDB pada kombinasi
polymerase pola tanam system of rice intensification (SRI) dan jajar legowo. Penelitian dilakukan di Balai Besar Peramalan
chain reaction,; Organisme Pengganggu Tanaman (BBPOPT), Jatisari, Karawang mulai bulan Agustus sampai September
2020. Kombinasi pola tanaman terdiri dari (1) SRI dengan kombinasi jarwo 2:1, (2) SRI dengan kombinasi
Xanthomonas jarwo 3:1, (3) SRI dengan kombinasi jarwo 4:1, (4) SRI dengan kombinasi jarwo 5:1, (5) SRI tanpa kombinasi,
oryzae pv. dan (6) Sistem tanem tegal (konvensional). Setiap petak kemudian dibagi menjadi 5 subpetak sebagai ulangan
oryzae (1 titik di setiap sudut petak dan 1 titik di tengah-tengah petak). Gejala, kejadian dan keparahan penyakit
diamati pada masing-masing subpetak. Tanaman yang menunjukkan gejala kemudian diidentifikasi secara
molekuler dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) meliputi proses ekstraksi total DNA dan amplifikasi
nukleotida dengan menggunakan pasangan primer forward (F:CCTCTATGAGTCGGGAGCTG) dan primer
reverse (R: ACACCGTGATGCAATGAAGA). Hasil pengamatan menunjukkan gejala berupa bercak abu-abu
di tepi daun kemudian berkembang ke arah pangkal daun baik di satu atau dua sisi daun. Selanjutnya daun
menjadi tidak beraturan dan mengering. Kejadian penyakit HDB sebesar 81.67 – 95%, sedangkan keparahan
penyakit sebesar 27.97 – 42.44% disemua pola tanaman. Identifikasi dengan teknik PCR menunjukkan bahwa
penyebab penyakit HDB adalah Xanthomonas oryzae pv. oryzae yang teramplifikasi pada band ukuran 230 –
250 bp.

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 302

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

PENDAHULUAN daun bendera kering, sehingga kehilangan

Tanaman padi merupakan salah satu hasil dapat mencapai 50 – 70%. Penyakit
tanaman pangan yang paling banyak ini sering muncul pada saat musim hujan.
dibudidayakan sebagai makanan pokok Antara 2006-2011 intensitas serangannya
penduduk Indonesia (Purnamaningsih, meningkat secara nyata, sehingga produksi
2006). Penurunan produksi padi di tanaman padi menurun (Sodiq dan
Indonesia disebabkan oleh beberapa faktor Mujoko,2017).
antara lain pengalihan fungsi lahan Xoo di alam mempunyai beberapa
pertanian menjadi pembangunan, global strain, tetapi dengan adanya pergeseran
warming, serta serangan hama dan strain Xoo dari waktu ke waktu di
penyakit. Serangan hama dan penyakit persawahan. Menurut BB Padi (2015),
menjadi salah satu penyebab utama varietas Ciherang memiliki ketahanan
penurunan produksi padi akibat adanya terhadap patotipe III dan IV penyakit HDB.
berbagai spesies organisme pengganggu Demikian juga varietas Inpari 13 pada
tanaman (OPT) di alam yang menyerang periode tanam pertengahan, dominasi
tanaman padi (Sembiring, 2010). Salah patotipe IV bergeser menjadi patotipe III.
satu penyakit utama pada tanaman padi Hal ini bertepatan dengan musim hujan
adalah HDB (Hawar Daun Bakteri). mulai berakhir sehingga curah hujan mulai
Penyakit ini disebabkan oleh bakteri gram berkurang. Menurut Asysyuura (2016),
negatif Xanthomonas oryzae pv. oryzae terdapat patotipe berbeda yang dapat
(Wahyudi, 2011). HDB di Indoneisa menginfeksi varietas yang sama pada
pertama kali dilaporkan pada tahun 1950. lokasi berbeda. Fase pertumbuhan dan
Serangan HDB menyebabkan kerugian varietas padi berpengaruh terhadap
hasil panen pada musim hujan sebesar 21- perkembangan penyakit hawar daun
29% dan pada musim kemarau 18-28%. bakteri, semakin muda fase pertumbuhan
Ditahun 2010 luas penularan penyakit tanaman saat terinfeksi maka semakin
HDB mencapai lebih dari 110. 248 ha, 12 cepat perkembangan penyakitnya. Varietas
ha diantaranya menyebabkan puso IR64 sangat rentan terhadap penyakit
(Suparyono, 1996; Sudir, 2012; Wahyudi, hawar daun bakteri (Khaeruni et al., 2014).
2011). Tingkat serangan parah HDB terjadi Balai Besar Penelitian Tanaman Padi
di Jawa Barat seluas 40.486 ha, Jawa (2015) menyebutkan bahwa bakteri
Tengah 30.029 ha, Jawa Timur 23.504 ha, patogen Xanthomonas mampu membentuk
Banten 3.745 ha, dan Sulawesi Tenggara strain atau patotipe yang lebih virulen yang
2.678 ha. karakter iklim tropis juga menyebabkan terjadinya pergeseran
menyebabkan banyak ditemukanya dominasi patogen dari waktu ke waktu
patogen (Wening, 2016). sehingga ketahanan inang menjadi lebih
Penyakit HDB dapat menyerang rentan. Penelitian Yuriah et al., 2013
tanaman padi baik di dataran tinggi menyebutkan bahwa tanaman padi dengan
maupun dataran rendah, namun padi varietas IR 64 merupakan tanaman padi
dataran rendah lebih rentan. Bakteri ini yang rentan oleh bakteri Xanthomonas tipe
menyerang tanaman padi pada stadia III yang dominan di Sulawesi, Kalimantan,
vegetatif dan generatif, dimana kerugian Jawa dan Bali.
tanaman padi dapat mencapai 35% dan bila Gejala serangan Xoo menyebabkan
serangan mulai awal akan menyebabkan daun padi berubah menjadi kuning pucat,
gagal panen (Triny, 2011). Bila serangan layu, dan kemudian mati (Wahyudi et al.,
terjadi pada saat padi berbunga, maka 2011). Xanthomonas oryzae pv. oryzae
gabah akan tidak terisi penuh atau hampa (Xoo) menyerang padi pada semua fase
pengisian bulir tidak maksimal karena pertumbuhan mulai dari fase persemaian

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 303

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

sampai menjelang panen, menginfeksi oryzae secara molekuler menggunakan

tanaman padi pada bagian daun melalui teknik PCR (Polymerase chain reaction).
luka daun atau lubang alami berupa
stomata dan merusak klorofil daun. Pengamatan gejala, kejadian dan
Kondisi ini menyebabkan kemampuan keparahan penyakit hawar daun bakteri
tanaman dalam fotosintesis menurun. Adapun pengamatan gejala yang dilakukan
Apabila penularan penyakit terjadi pada adalah:
fase generatif maka proses pengisian gabah a. Pengamatan gejala dan tanda penyakit
kurang sempurna (Puspitasari, 2014). hawar daun bakteri di lapangan secara
Untuk mengatasi masalah penyakit penampakan visual pada lahan
hawar daun bakteri dilakukan upaya percobaan “Pengaruh Kombinasi Pola
pengendalian yang tepat, seperti Tanam System of Rice Intensification
penggunaan bakterisida kimiawi, agens (SRI) dan Jajar Legowo Terhadap
hayati, kitosan dan penggunaan varietas Perkembangan OPT, dengan
tahan (Nisha et al., 2012; Susanto & Sudir, menggunakan metode pengamatan
2012). Identifikasi masih diperlukan untuk diagonal, 6 perlakuan, dengan setiap
mendapatkan informasi yang cepat tentang petak lahan yang diamati terdapat 15
penyakit tersebut sehingga metode sampel.
pengendalian yang memadai dapat di b. Perhitungan kejadian penyakit HDB
rekomendasikan (Lelliott dan Stead, 1987). menggunakan rumus sebagai berikut :
Berdasarkan hal tersebut, maka sebagai
langkah awal perlu dilakukan isolasi dan 𝑎𝑎
karakterisasi bakteri penyebab penyakit KT = x 100%
𝑏𝑏
hawar daun bakteri di lahan percobaan
Balai Besar Peramalan Organisme Keterangan :
Pengganggu Tumbuhan yang mempunya KT = Keterjadian penyakit
sistem pola tanam System of Rice a = Jumlah rumpun yang terserang b =
Intensification (SRI) dan jajar legowo, Jumlah rumpun yang diamati
identifikasi tersebut dilakukan secara c. Perhitungan keparahan penyakit HDB
molekuler menggunakan PCR untuk setiap minggu menggunakan rumus
mendapatkan gambaran tentang bakteri sebagai berikut :
pathogen seperti morfologi sel dan koloni 𝒏𝒏 𝒙𝒙 𝒗𝒗
maupun karakter fisiologi dan biokimia KP = X 100 %
𝑵𝑵 𝑿𝑿 𝒁𝒁
(Schaad et al, 2001).
METODOLOGI Keterangan:
Penelitian ini dilakukan pada bulan KP = Keparahan Penyakit
Agustus hingga September 2020, di Balai n = Jumlah rumpun yang terserang
Besar Peramalan Organisme Pengganggu dalam setiap setiap kategori
Tumbuhan (BBPOPT) Jatisari, Karawang, serangan
Jawa Barat. Penelitian dilakukan pada v = Kategori (skor) serangan
lahan sawah yang memiliki sistem N = Jumlah rumpun yang diamati
kombinasi pola tanam SRI dan jajar Z = Kategori (skor) tertinggi yang
legowo. Pengamatan gejala dilakukan digunakan
dengan pengamatan kenampakan secara
visual di lapangan, kemudian daun yang Isolasi Xoo dari daun bergejala
bergejala diambil dan dilakukan Daun padi yang menunjukkan gejala
identifikasi Xanthomonas oryzae pv. HDB dicuci, lalu dipotong dengan ukuran
±2cm dan direndam dalam larutan garam

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 304

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

fisiologis 0,85% selama 1menit, kemudian - Tambahkan 200 μl proteinase K.

dibilas menggunakan air steril selama Inkubasi pada suhu 560c selama 1jam,
1menit dan keringanginkan diatas setiap 1menit divortex, lalu diinkubasi
permukaan tisu, sample tersebut dipotong kembali
lebih kecil dengan ukuran sekitar 0,2 cm - Tambahkan 200 μl buffer AL.
agar memudahkan untuk penanaman di Homogenkan menggunakan vortex
cawan petri, sample disebar menggunakan selama 15detik. Lakukan spin down
metode cawan sebar pada media XA menggunakan sentrifuge selama
((CaCO3 30 g/L, glukosa 10 g/L, yeast 1menit
extract 5 g/L, dan agar 15 g/L), saat
- Tambahkan 200 μl ethanol,
penanaman sample, cawan petri
homogenkan menggunakan vortex
didekatkan dengan api bunsen untuk
selama 15detik. Lakukan spin down
meminimalisir terjadinya kontaminasi,
menggunakan sentrifuge selama
kemudian lakukan pelabelan dengan
1menit. Pindahkan semua volume
informasi varietas yang digunakan, dan
kedalam mini spin down. Lakukan
tanggal isolasi, serta tutup menggunakan
sentrifugasi 8.000 rpm selama 1menit.
plastik wrap.
- Buang supernatan (cairan yang
Identifikasi secara molekuler tertampung dibawah). Tambahkan
menggunakan teknik PCR - 500 μl buffer AW 1. Lakukan
a) Tahap Ekstraksi DNA sentrifugasi 8.000 rpm selama 1menit.
- Setting blok heater pada suhu 560c Buang supernatan lalu tambah 500 μl
- Ambil 200 μl larutan lysozime, buffer AW 2. Lakukan sentrifugasi
masukkan ke dalam collection tube 1,5 14.000 rpm selama 3menit
ml - Pindahkan spin column ke dalam
collection tube yang baru. Lakukan
- Ambil isolat bakteri yang akan
sentrifuge 14.000 rpm selama 1menit
dideteksi menggunakan jarum ose,
untuk evaporasi ethanol. Pindahkan
masukkan kedalam larutan lysozyme
spin column ke dalam collection tube
- Homogenkan dengan vortex selama 1,5 ml yang baru
15detik - Tambahkan 100 μl buffer AE.
- Lakukan sentrifugasi dengan Inkubasi selama 7menit pada suhu
kecepatan 7500 rpm selama 1menit ruang. Lakukan sentrifugasi 8.000 rpm
- Buang spernatant (bagian yang cair) selama 1menit. Buang spin column.
menggunakan mikropipet Simpan hasil elusi pada suhu -200c,
DNA siap diamplifikasi
- Tambahkan buffer atl 180 μl.
Homogenkan menggunakan vortex
b) Tahap Amplifikasi DNA
selama 30 detik
Pembuatan PCR Mix
- Lakukan spin down menggunakan - Siapkan loading block 0,2Ml, letakkan
sentrifuge selama 1menit di atas dry ice. Ambil top taq mastermix
- Buang spernatant (bagian yang cair) kit dari freezer
menggunakan mikropipet - Cairkan top taq mastermix kit dengan
- Tambahkan buffer atl 180 μl. cara menggosok gosokkan pada telapak
Homogenkan menggunakan vortex tangan
selama 30 detik. Lakukan spin down - Homogenkan menggunakan vortex
menggunakan sentrifuge selama selama 30detik. Siapkan mikrotube
1menit. 1,5mL untuk membuat PCR Mix,

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 305

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

letakkan pada loading block dan beri - Nyalakan power supply dengan
tabel. menekan tombol pada posisi “on”
- Campur PCR mix dalam mikrotube 1,5 proses berlangsung selama 1-2jam
mL sesuai dengan jumlah sampel, - Lakukan pengamatan, apabila loading
kecuali template DNA. dye telah mencapai separuh ukuran
- Distirbusikan kedalammikrotube 0,2 gel, berarti proses elektroforesis sudah
mL masing masing 23 μL. Tambahkan selesai dan tekan tombol off.
2 μL template DNA kedalam masing
masing mikrotube sehingga total d) Tahap Visualisasi DNA
voulem menjadi 25 μL. - Tuangkan 200 mL larutan TBE 1 X
Amplifikasi DNA pada mesin PCR Buffer pada boks plastik
- Masukkan seluruh mikrotube pada - Ambil larutan ethidium bromida
mesin PCR dengan perbandingan 1 μl: 10 ml
- Klik start pada program. Mesin akan (Misal volume larutan TBE 1 x Buffer
mati secara otomatis ketika proses 100 mL, maka larutan EtBrr yang
sudah selesai. Simpan hasil amplifikasi diambil adalah 10 μl.
DNA pada freezer dengan suhu - Tuangkan larutan EtBr tersebut pada
minimum -200C. Hasil amplifikasi larutan TBE 1 X Buffer
DNA siap untuk dielektroforesis - Letakkan gel agarose yang etrdiri DNA
pada larutan hingga terendam
c) Tahap Elektroforesis - Tutup rapat box plastik. Diamkan
- Masukkan gel agarose 2% kedalam selama 45menit. Angkat gel dari
tangki horizontal gel electrophoresis larutan. DNA siap divisualisasi
system. Masukkan larutan TBE 1x
buffer ke dalam tangki sampai gel Rancangan dan analisis data
agarose terendam Rancangan yang digunakan adalah
- Siapkan selembar kertas parafilm Rancangan Acak Kelompok (RAK) Non
ukuran 5 cm x 10 cm. Cairkan loading faktorial, terdiri atas 6 taraf yaitu, SRI
dye dengan cara menggosok gosokkan dengan kombinasi jajar legowo 2:1 , SRI
pada telapak tangan dengan kombinasi jajar legowo 3:1, SRI
- Ambil 1μl loading dye diatas parafilm dengan kombinasi jajar legowo 4:1, SRI
(siapkan sebanyak sampel yang akan di dengan kombinasi jajar legowo 5:1, SRI
loading termasuk marker dan control). tanpa kombinasi, sistem tanam tegal
- Tambahkan 8μl DNA sampel atau (konvensional). Setiap unit percobaan
marker pada loading dye terdiri atas 15 tanaman dan diulang
sebanyak 6 kali sehingga total tanaman 90.
- Lakukan resuspensi menggunakan Adapun analisis data yang digunakan
mikropipet untuk mencampur loading adalah sidik ragam (ANOVA) dengan
dye dan sampel menggunakan Uji Lanjut BNJ (Tukey)
- Masukkan sampel yang telah dengan menggunakan taraf sebesar 5%.
diresuspensi ke dalam sumuran pada gel Perhitungan dilakukan dengan
agarose dengan urutan marker, sampel, menggunakan aplikasi SAS.
kontrol positif, dan kontrol negatif
- Tutup tangki elektroforesis, hubungkan HASIL DAN PEMBAHASAN
dengan power supply Hasil pengamatan penyakit hawar
- Atur voltase pada 100 Volt. Atur kuat daun menunjukkan bahwa gejala yang
arus pada 100 ampere muncul berupa bercak abu-abu pada tepi
daun, bentuk tidak beraturan, kemudian

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 306

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

gejala berkembang ke arah bawah daun dan dapat dikenali dengan munculnya
yang meliputi kedua sisi daun dan eksudat bakteri dari bekas potongan daun
berwarna merah keabu-abuan, kemudian (Gambar 1).
daun mengering berwarna keabu-abuan,

Gambar 1. Gejala penyakit hawar daun bakteri pada tanaman padi

Berdasarkan pada gambar tersebut, diawali berupa bercak kebasahan berwarna

dapat dilihat bahwa gejala dari penyakit keabu-abuan pada satu atau kedua sisi
hawar daun bakteri adalah timbulnya daun, biasanya dimulai dari pucuk daun
bercak abu-abu pada tepi daun, bentuk atau beberapa sentimeter dari pucuk daun.
tidak beraturan, kemudian gejala Bercak ini kemudian berkembang meluas
berkembang ke arah bawah daun yang ke ujung dan pangkal daun dan melebar.
meliputi kedua sisi daun dan berwarna Bagian daun yang terinfeksi berwarna
merah keabu-abuan, kemudian daun hijau keabu-abuan dan agak menggulung,
mengering berwarna keabu-abuan, dan kemudian mengering dan berwarna abu-
dapat dikenali dengan munculnya eksudat abu keputihan. Pada tanaman yang rentan,
bakteri dari bekas potongan daun. Pada gejala ini terus berkembang hingga seluruh
tanaman dewasa umur lebih dari 4 minggu daun menjadi kering dan kadang-kadang
setelah tanam, penyakit hawar daun bakteri sampai pelepah. Pada pagi hari saat cuaca
menimbulkan gejala hawar (blight). Gejala lembap dan berembun, eksudat bakteri

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 307

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

sering keluar ke permukaan bercak berupa dalam Marsidah, 2002) bahwa koloni
cairan berwarna kuning dan pada siang hari bakteri adalah bulat, cembung, berwarna
setelah kering menjadi bulatan kecil kuning keputihan sampai kuning jerami
berwarna kuning. Eksudat ini merupakan dengan bagian permukaan dan tepi koloni
kumpulan massa bakteri yang mudah jatuh halus dan berwarna terang. Bakteri
dan tersebar oleh angin dan gesekan daun. mengeluarkan pigmen berwarna kuning
Percikan air hujan menjadi pemicu yang tidak dapat dilarutkan ke dalam air
penularan yang sangat efektif (Ou 1985, (insoluble).
Mew 1989, Suparyono dan Sudir 1992). Setelah didapat biakan murni,
Pengamatan gejala tidak cukup kemudian isolat bakteri diremajakan pada
untuk memastikan penyakit pada suatu media XA (Xanthomonas Agar) (Gambar
tanaman, sehingga diperlukan proses 3).
identifikasi penyebab penyakit. Sebelum
mengidentifikasi, maka penyebab penyakit
harus diisolasi terlebih dahulu untuk
memisahkan antara bakteri penyebab HDB
dengan daun padi yang terinfeksi. Hasil
isolasi pada media XA ((CaCO3 30 g/L,
glukosa 10 g/L, yeast extract 5 g/L, dan
agar 15 g/L menunjukkan bahwa ada
koloni bakteri yang tumbuh (Gambar 2)
Koloni bakteri yang muncul
memiliki karakteristik berbentuk bulat, Gambar 2. Hasil isolasi bakteri Xoo
cembung, berwarna kuning keputihan. Hal
ini sesuai dengan pernyataan (Goto, 1990

M 1 2 3 4

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 308

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

Gambar 4. Visualisasi Pita DNA Hasil Amplifikasi dengan Primer F Dan R Pada Gel
Agarosa 1.5%. M = Penanda DNA Ladder 100 Bp; 1, 2, 3,4 : Sampel Daun Padi

Sementara itu proses identifikasi KESIMPULAN

penyebab HDB di BBPOPT secara Berdasarkan hasil dan pembahasan
molekuler dengan teknik PCR. Hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa gejala
elektroforesis yang terlihat adalah penyakit hawar daun bakteri pada tanaman
terbentuknya band yang merupakan padi di lapangan yaitu timbulnya bercak
fragmen DNA hasil amplifikasi dan abu-abu pada tepi daun, bentuk tidak
menunjukkan potongan-potongan beraturan, kemudian gejala berkembang ke
jumlah pasangan basanya. arah bawah daun yang meliputi kedua sisi
Elektroforesis menggunakan media daun dan berwarna merah keabu-abuan.
berupa gel dari agarose ataupun Selanjutnya daun akan mengering
akrilamid dengan pelarut menggunakan berwarna keabu-abuan dan dapat dikenali
buffet Tris Asetat EDTA (TAE) atau dengan munculnya eksudat bakteri dari
Tris Borat EDTA (TBE). Gel dibuat bekas potongan daun. Hasil isolasi
dengan melarutkan agarose atau menunjukkan bahwa Xoo dapat tumbuh
akrilamid dengan salah satu buffer pada media XA dengan koloni berbentuk
tersebut dengan menggunakan cetakan cembung, berwarna kuning keputihan.
khusus dan terdapat sumuran/ whell Pada proses identifikasi secara molekuler
untuk menempatkan hasil PCR yang menggunakan teknik PCR, Xoo
akan dirunning elektroforesis. teramplifikasi pada band ukuran 230-250
Hasil uji molekuler dengan teknik bp.
PCR menunjukkan bahwa DNA dari
bakteri penyebab HDB teramplifikasi UCAPAN TERIMAKASIH
pada marker ukuran 200 – 300, Penulis mengucapkan terimakasih
sehingga dapat dikonfirmasi bahwa kepada Ibu Ani Widarti, S. Si., M.Si selaku
penyebab penyakit HDB adalah positif staff Laboratorium PCR BBPOPT yang
Xanthomonas oryzae pv. oryzae telah membantu dalam proses pengujian
(Gambar 4). identifikasi Xoo secara molekuler.

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 309

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

DAFTAR PUSTAKA Khas Bakteri Xanthomonas oryzae

Asysyuura. (2016). Keragaman patotipe pv. oryzae. Program Pasca Sarjana,
Xanthomonas oryzae pv. oryzae Program Studi Hama dan Penyakit
pada tanaman padi di beberapa Tumbuhan Universitas Andalas,
kabupaten di Sulawesi Selatan. Padang.
Tesis. Sekolah Pascasarjana. Institut Sembiring, H. 2010. Kesiapan Teknologi
Pertanian Bogor. Bogor. 53 hlm. Budidaya Padi Menanggulangi
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi Dampak Perubahan Iklim Global.
(2015) Hawar Daun bakteri (HDB) Prosiding Seminar Ilmiah Hasil
dan cara Pengendaliannya. Badan Penelitian Padi Nasional 2010 (Buku
Penelitian dan Pengembangan 1). Balai Besar Penelitian Tanaman
Pertanian. Subang Padi
BB Padi. 2015. Deskripsi varietas unggul Sodiq, M. dan Mudjoko, T. (2019).
baru padi. Badan Penelitian dan Pengendalian Terpadu Hama dan
Pengembangan Pertanian. Penyakit Tanaman Padi. Plantaxia,
Kementerian Pertanian. 77 hlm. Graha Ilmu. 120hlm.
Khaeruni, A., M. Taufik, T. Wijayanto, Sudir, Nuryanto B, & Kadir TS. 2012.
E.A. Johan. 2014. Perkembangan Epidemiologi, patotipe, dan strategi
penyakit hawar daun bakteri pada pengendalian penyakit hawar daun
tiga varietas padi sawah yang bakteri pada tanaman padi. Iptek
diinokulasi pada beberapa fase Tanaman Pangan 7(2): 79–87.
pertumbuhan. Jurnal Fitopatologi Suparyono dan Sudir., 1992.
Indonesia 10(4): 119-125 Perkembangan penyakit bakteri
Nisha, S., Revathi, K., Chandrasekaran, R., hawar daun pada stadia tumbuh yang
Kirubakaran, SA., Sathish- berbeda dan pengaruhnya terhadap
Narayanan, S., Stout, MJ., dan hasil padi. Media Penelitian
Senthil Nathan S. 2012. Pengaruh Sukamandi, 12, pp. 6-9.
Senyawa Tanaman Pada Aktivitas Triny, S.K. 2011. Penyakit hawar daun
Yang Diinduksi Enzim Terkait bakteri dalam tonggak kemajuan
Pertahanan Dan Protein Terkait teknologi produksi tanaman pangan.
Patogenesis Pada Tanaman Padi Bogor: Paket dan Komponen
Yang Rentan Penyakit Hawar Teknologi Produksi Padi
Bakteri . Physiol. Mol. Tanaman Wahyudi AT, Meliah S, & Nawangsih AA.
Pathol. 80: 1–9. 2011. Xanthomonas oryzae pv.
Ogawa T, Busto GA, Tabien RE, & Khush oryzae bakteri penyebab hawar daun
GS. 1988. Further study of Xa-4b pada padi: isolasi, karakterisasi, dan
gene for resistance to bacterial blight telaah mutagenesis dengan
of rice. Rice Genetics Newsletter 5: transposon. Makara Sains 15(1): 89-
104–105. 96.
Ou, S.H. 1985. Rice Disease. Wening, R. H., susanto, U. dan Satoto.
Commonwealth. Inst. Kiew, 2016. Varietas unggul padi tahan
Surrey, England. 368 p. hawar daun bakteri: perakitan dan
Purnamaningsih, R. 2006. Induksi Kalus penyebaran di sentra produksi. Iptek
dan Optimasi Regenerasi Empat tanman pangan. 11 (2).
Varietas Padi Melalui Kultur In Yuliani, D., A. Faizal, dan Sudir. (2012).
Vitro. Jurnal Agrobiogen, 2(2):74- Identifikasi patotipe Xanthomonas
80. oryzae pv. oryzae, penyebab hawar
Puspitasari, Monita. 2014. Diskripsi Sifat daun bakteri padi di daerah sentra

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 310

Author(s): Rini Laraswati, Evan Purnama Ramdan, Umi Kulsum ___________________________________

produksi adi di Provinsi Sulawesi

Selatan. Prosiding Seminar Nasional
Hasil Penelitian Tanaman Padi 2011.
p.121-130.
Yuriah S, Dwinita W, Utami & Hanarida I
(2013) Uji Ketahanan Galur-galur
Harapan Padi terhadap Penyakit
Hawar Daun Bakteri (Xanthomonas
oryzae pv. oryzae) Ras III, IV, dan
VIII. Balai Besar Penelitian dan
Pengembangan Bioteknologi dan
Sumber Daya Genetik Pertanian.
Buletin Plasma Nutfah Bogor 19 (2).

Managed by : Jurusan Produksi Pertanian, Politeknik Negeri Jember 311