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started with CitNetExplorer version 1.0.0

Nees Jan van Eck and Ludo Waltman

March 10, 2014
 Introduction
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network • CitNetExplorer is a software tool for visualizing and analyzing 
citation networks of scientific publications
• For non‐commercial research and teaching purposes, 
CitNetExplorer is freely available at www.citnetexplorer.nl
 Introduction
Introduction • This tutorial offers an introduction into CitNetExplorer
Web of Science • The citation network of all publications in the Journal of 
Informetrics (JOI) in the period 2007–2013 is studied
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward • The analysis is based on data from Web of Science and focuses 
on the topic of field‐normalized citation impact indicators
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Web of Science
Introduction We start by demonstrating how to download Web of 
Web of Science Science data on all publications in JOI in the period 
2007–2013
Open citation network
Visualization • Open a web browser and go to www.webofscience.com
Publication list • Change All Databases into Web of ScienceTM Core Collection
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Web of Science
Introduction • In the search field, choose Publication Name and enter ‘journal 
of informetrics’
Web of Science
• Click Add Another Field, choose Year Published, and enter 
Open citation network ‘2007‐2013’
Visualization
Publication list
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Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network • Click Search
 Web of Science
Introduction • There turn out to be 420 publications in JOI in the period 2007–
2013
Web of Science
• To save the bibliographic data of these publications in a file, 
Open citation network choose the Save to Other File Formats option
Visualization
Publication list
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Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Web of Science
Introduction • In the Send to File dialog box, select records 1 to 420
Web of Science • Choose the Full Record and Cited References option
• Choose the Tab‐delimited (Win) option. Alternatively, the Plain 
Open citation network
Text option can be chosen as well
Visualization
Publication list
Drill down
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Back/forward
Clustering
• Click Send. The bibliographic data is downloaded in a file called 
Core publications
‘savedrecs.txt’. Change the name of the file into ‘JOI.txt’ and 
Shortest/longest path save the file at a convenient location
Save citation network
 Open citation network
Introduction We now show how to open the citation network of JOI 
Web of Science publications in CitNetExplorer, and we introduce the 
CitNetExplorer user interface
Open citation network
Visualization • If you have not yet done so, first download CitNetExplorer:
Publication list – Go to www.citnetexplorer.nl/download/
– Download the appropriate ZIP file for your system
Drill down
– Extract all files from the ZIP file and save the files at a convenient 
Expand location
Back/forward • Launch CitNetExplorer:
Clustering – On Windows systems, run the Windows executable of 
CitNetExplorer. On other systems, run the Java JAR file of 
Core publications CitNetExplorer
Shortest/longest path – CitNetExplorer is launched and the Open Citation Network dialog 
box appears
Save citation network
 Open citation network
Introduction • In the Open Citation Network dialog box, select the Web of 
Science file ‘JOI.txt’
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network • Uncheck Include non‐matching cited references. In this way, 
publications in journals other than JOI that are cited by 
publications in JOI are not included in the citation network
• Click OK. A visualization of the citation network of JOI
publications appears
 Visualization
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path  Each circle represents a publication
Save citation network  Publications are labeled by the last name of the first author
 To avoid overlapping labels, some labels may not be 
displayed
 By default, only the 40 most frequently cited publications 
are included in the visualization
 Visualization
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
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Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path  The horizontal location of a publication is determined by its 
Save citation network citations relations with other publications
 The vertical location of a publication is determined by its 
publication year
 The curved lines represent citation relations
 Citations point in upward direction. The cited publication is 
always located above the citing publication
 Visualization
Introduction
Web of Science
Open citation network The Current network panel shows 
the number of publications and 
Visualization the number of citation relations in 
Publication list the citation network

Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications When the mouse is moved over a 
publication, some bibliographic 
Shortest/longest path information is shown in the 
Save citation network information panel
 Visualization
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path  Use the mouse wheel or the right mouse button for 
Save citation network zooming
 Use the left mouse button for panning/scrolling
 Alternatively, the navigation panel can be used
 Publication list
Introduction • Go to the Publications tab
Web of Science • In the Author field, enter ‘van eck* OR waltman*’
• Click Search. There turn out to be 13 JOI publications by Van Eck 
Open citation network
and/or Waltman
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Drill down
Introduction We now demonstrate the use of the drill down and 
Web of Science expand functionality of CitNetExplorer to explore the 
citation network of JOI publications on the topic of field‐
Open citation network normalized citation impact indicators
Visualization
Publication list • Go back to the Citation network tab
Drill down • In the Selection parameters panel, make sure that the Based on 
marked publications option is chosen
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
• Also make sure that Add intermediate publications is checked
 Drill down
Introduction • In the visualization, click ‘lundberg’ in 2007 and ‘radicchi’ in 
2012. Both publications have now been marked
Web of Science
• Based on the current settings in the Selection parameters
Open citation network panel, a publication is selected if it is either a marked or an 
Visualization intermediate publication
Publication list
Intermediate publications are publications located on a citation 
Drill down path between two marked publications
Expand
• The Selection panel shows that there are 10 selected 
Back/forward publications. There are 26 citation relations between these 
Clustering publications
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Drill down
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path  Marked publications are represented by a square instead of 
Save citation network a circle
 Selected publications are indicated by a red border
 Drill down
Introduction • Click                     to drill down to the subnetwork consisting of 
the 10 selected publications
Web of Science
• The visualization is updated
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network

• The Current network panel is updated as well
 Expand
Introduction • Click                 . The Expand Current Network dialog box 
appears
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward • Make sure that the Predecessors and successors option is 
chosen
Clustering
 Predecessors are publications cited by at least a certain 
Core publications minimum number of publications in the current subnetwork
Shortest/longest path  Successors are publications citing at least a certain 
Save citation network minimum number of publications in the current subnetwork

• Set Min. number of citation links to 2
 Expand
Introduction • Make sure that Max. distance is set to 1
Web of Science • Also make sure that Add intermediate publications is 
unchecked
Open citation network
Visualization Intermediate publications are publications located on a citation 
path between two predecessors/successors
Publication list
Drill down • Click OK to expand the current subnetwork
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Expand
Introduction • After the expansion, the current subnetwork
includes 36 publications
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Back/forward
Introduction We have shown the use of CitNetExplorer’s drill down 
Web of Science and expand functionality to explore the citation network 
of JOI publications on the topic of field‐normalized 
Open citation network citation impact indicators. We now demonstrate an 
Visualization alternative approach that uses CitNetExplorer’s 
Publication list clustering and core publications functionality

Drill down
• Click             to move back to the previous subnetwork. This is 
Expand the subnetwork that includes 10 publications
Back/forward • Click             again to move back another time. You now get back 
Clustering to the original full network

Core publications  The               and                    buttons can be used to move 

• Click                         to unselect all selected publications and to 
unmark all marked publications
 Clustering
Introduction • Click Clustering in the Analysis menu
Web of Science
Open citation network
• In the Clustering dialog box, set the Resolution parameter to 
Visualization 0.75. The values of the other parameters need not be changed
Publication list
 Publications are clustered 
Drill down based on their citation 
Expand relations. Publications 
assigned to the same cluster 
Back/forward tend to be closely connected 
Clustering to each other in the citation 
network
Core publications  The Resolution parameter 
Shortest/longest path determines the level of detail 
of the clustering. The higher 
Save citation network the value of this parameter, 
the larger the number of 
clusters that will be obtained

• Click OK
 Clustering
Introduction • 8 clusters of publications are identified and the visualization is 
updated
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network

 The color of a publication indicates the group to which the 
publication is assigned
 Each group corresponds with one of the 8 clusters of 
publications that have been identified
 Clustering
Introduction • In the Selection parameters panel, choose the Based on groups
option
Web of Science
• Check Group 2 to select the 95 publications assigned to group 2
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering • Click                     to drill down to the subnetwork consisting of 
these 95 publications
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Clustering
Introduction • After drilling down, the current subnetwork
includes 95 publications
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Core publications
Introduction • Click Core publications in the Analysis menu
Web of Science
Open citation network
• In the Core Publications dialog box, set the Minimum number 
Visualization of citation links parameter to 4
Publication list
 Core publications are 
Drill down publications that have at least 
Expand a certain minimum number of 
citation relations with other 
Back/forward core publications
Clustering  Incoming and outgoing 
citation relations are treated 
Core publications identically
Shortest/longest path
• Click OK
Save citation network
 Core publications
Introduction • There are 46 core publications. Each of these publications has 
at least 4 citation relations with other core publications
Web of Science
• The core publications are assigned to group 9 and the 
Open citation network visualization is updated
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Core publications
Introduction • In the Selection parameters panel, check Group 9 to select the 
46 publications assigned to group 9
Web of Science
• Click                     to drill down to the subnetwork consisting of 
Open citation network these 46 publications
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Shortest/longest path
Introduction We now demonstrate the use of the shortest/longest 
Web of Science path functionality of CitNetExplorer. We focus on the 
identification of the longest path between two 
Open citation network publications. The shortest path can be identified in a 
Visualization similar way
Publication list
• In the visualization, click ‘lundberg’ in 2007 and ‘leydesdorff’ in 
Drill down 2013 to mark these two publications
Expand • Click Longest path in the Analysis menu
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network

• In the Longest Path dialog box, click OK
 Shortest/longest path
Introduction • Multiple longest paths of length 9 are identified. The 
publications on these paths are assigned to group 10 and the 
Web of Science
visualization is updated
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Shortest/longest path
Introduction • In the Selection parameters panel, check Group 10 to select the 
11 publications assigned to group 10
Web of Science
• Click                     to drill down to the subnetwork consisting of 
Open citation network these 11 publications
Visualization • Click Visualization options
Publication list • In the Visualization Options dialog box, check Transitive 
Drill down reduction
Expand  In the transitive reduction of a 
citation network, citation
Back/forward relations are kept only if they
Clustering are necessary to preserve the 
connectivity structure of the 
Core publications network
Shortest/longest path  Example: If A cites B and C 
and if B cites C, the citation
Save citation network relation between A and C is 
not included in the transitive
reduction, since A and C are 
also connected through B

• Click Close
 Shortest/longest path
Introduction • The visualization shows that there are two longest paths. The 
two paths coincide almost completely
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network
 Save citation network
Introduction Finally, we show how to save a citation network and how 
Web of Science to open it again
Open citation network
• Click             twice to move back to the subnetwork that includes 
Visualization 95 publications
Publication list • To save this subnetwork, click Current network in
Drill down the Save menu
Expand • In the Save Current Network dialog box, choose
‘publications.txt’ as the name of the publications file and
Back/forward ‘citations.txt’ as the name of the citations file
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network

• Click OK
 Save citation network
Introduction • Click              to open the citation network again
Web of Science • In the Open Citation Network dialog box, go to the 
CitNetExplorer tab
Open citation network
• Select the publications file ‘publications.txt’ and the citations 
Visualization file ‘citations.txt’
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path
Save citation network

• Click OK
 Save citation network
Introduction
Web of Science
Open citation network
Visualization
Publication list
Drill down
Expand
Back/forward
Clustering
Core publications
Shortest/longest path  When saving a citation network and opening it again, the 
selection of publications included in the visualization may 
Save citation network
change. To avoid this, use external citation scores instead of 
internal ones (see the Options dialog box)
 When saving a citation network and opening it again, the 
assignment of publications to groups is lost. Use Export 
groups and Import groups in the Groups menu if you do 
not want to lose this information