Scientists are making progress with better plastic-eating bacteria

(Para ilmuwan membuat kemajuan dengan bakteri pemakan plastik yang lebih baik)

Molecular biologist Christopher Johnson was schmoozing at a party not long ago, talking with another
guest about his research, as scientists often do. Johnson works on breaking down plastics, which tend to
be highly resistant to such things.

The woman he was speaking with at this particular pre-wedding soiree replied that she felt overwhelmed
—hopeless—about the whole situation: how we can't seem to stop using plastics, how they crowd
landfills, how their microparticles permeate the oceans.

Overwhelmed, Johnson thought. Hopeless.

“I’m a world away from that perspective,” Johnson says, recalling his reaction.

That’s because plastics aren’t just happening to Johnson. He’s happening to them. Johnson is a research
scientist at the National Renewable Energy Laboratory, and this past year, he and his colleagues created a
biological enzyme that can chew efficiently through throwaway plastics like those that make water bottles
and soap containers. In that world, as part of a broader, robust recycling system, microorganisms will
digest polymers into their chemical components so they can turn a profit as new and better products.

Currently, recycling doesn't actually turn plastic into anything, chemically speaking: It just grinds the
waste into smaller pieces, like shredding paper into strips. Manufacturers then reconstitute those pieces
into lower-quality plastic. In bio-based recycling, as those in the field call it, plastic-eating organisms give
you back the building blocks to make new materials and, eventually, goods.

Ahli biologi molekuler, Christopher Johnson, sedang nongkrong di sebuah pesta belum lama ini,
berbicara dengan tamu lain tentang penelitiannya, seperti yang sering dilakukan para ilmuwan. Johnson
berupaya memecahkan plastik, yang cenderung sangat tahan terhadap hal-hal seperti itu.

Wanita yang ia ajak bicara di pertemuan khusus pranikah ini menjawab bahwa ia merasa kewalahan -
putus asa - tentang seluruh situasi: bagaimana kita tidak bisa berhenti menggunakan plastik, bagaimana
mereka memadati tempat pembuangan sampah, bagaimana partikel mikro mereka menembus lautan.

Karena kewalahan, pikir Johnson. Putus asa.

"Aku jauh dari perspektif itu," kata Johnson, mengingat reaksinya.

Itu karena plastik tidak hanya terjadi pada Johnson. Dia terjadi pada mereka. Johnson adalah seorang
ilmuwan penelitian di Laboratorium Energi Terbarukan Nasional, dan tahun lalu, ia dan rekan-rekannya
menciptakan enzim biologis yang dapat mengunyah secara efisien melalui plastik sekali pakai seperti
yang membuat botol air dan wadah sabun. Di dunia itu, sebagai bagian dari sistem daur ulang yang lebih
luas dan kuat, mikroorganisme akan mencerna polimer menjadi komponen kimianya sehingga mereka
dapat menghasilkan keuntungan sebagai produk baru dan lebih baik.

Saat ini, daur ulang tidak benar-benar mengubah plastik menjadi apa pun, secara kimiawi: itu hanya
menggerus limbah menjadi potongan-potongan kecil, seperti merobek-robek kertas menjadi lembaran.
Pabrikan kemudian merekonstitusi potongan-potongan itu menjadi plastik berkualitas rendah. Dalam
daur ulang berbasis bio, seperti yang disebut di lapangan, organisme pemakan plastik memberi Anda
kembali blok bangunan untuk membuat bahan baru dan, akhirnya, barang.

All that plastic trash, after all, is itself an unintended consequence. The synthetic material began, in part,
as a substitute for ivory to save elephants from slaughter. But that innovation also brought us to where we
are today: overwhelmed and hopeless. The amount of plastic that humans produce every year—more than
300 million tons—weighs about five times that of all people put together.
We use most of our modern polymers just once: in water bottles, shampoo bottles, milk bottles, chip bags,
grocery bags, coffee stirrers. Every year, nearly 9 million tons of the litter ends up offshore. You've
probably heard of the Great Pacific Garbage Patch: an area in the ocean's northern half where swirling
currents congregate all that refuse. But did you know that by 2050, the high seas could sport more plastic
than fish?

———

Much of the accidental enzyme team works at the National Renewable Energy Lab in Golden,
Colorado. The campus nudges against the foothills of the Rocky Mountains, which slope up quickly out
of nothingness into 14,000-foot peaks. Solar panels occupy the roofs of nearly all of the buildings. Inside
the Field Test Laboratory Building, where the group works, a ROYGBIV spectrum of utility pipes runs
along ceilings and walls. Labs full of refrigerators, incubators, and high-powered microscopes hum
behind card-access entryways. And, in a small meeting room on the ground floor, a matrix of screens
backlights four scientists.

They, along with colleagues in Florida, England, and Brazil, form a kind of dream team for this particular
bio-based recycling research: Nicholas Rorrer creates polymers. Gregg Beckham tries to figure out how
bacterial and fungal chemicals break down compounds such as cellulose, the main ingredient in plant-cell
walls and many veggies. Bryon Donohoe studies how cells with polymer-eating enzymes work. Johnson
engineers new kinds of cells that secrete those enzymes. Those areas of expertise are each key to
exploring how bacteria indulge an appetite for plastic—and how to manipulate them into being better
snackers.

The crew first learned of the concept when the March 2016 issue of Science magazine brought news that
researchers in Japan had discovered a strange species of bacteria in samples of soil near a bottle recycling
plant in the city of Sakai. It could chomp through polyethylene terephthalate, commonly known as PET,
which manufacturers widely use to make plastic bottles and containers. A team led by Kenji Miyamoto, a
bioscientist at Keio University, found that the organism squirted out an enzyme, which they dubbed
PETase, that stripped the polymer into chemical pieces. They called this amazing organism Ideonella
sakaiensis, after its home city. Still, not to diss Ideonella, but it didn't work fast enough: Given six weeks
and tropical temps, it could eat through a film of PET. Not exactly the stuff of efficient recycling plants.
Plus, getting it to grow required some careful care and feeding.

Soon after the journal article appeared, Beckham found himself in England, having a beer with University
of Portsmouth’s John McGeehan, a colleague in cellulose research and an expert at mapping the
structures of tiny enzymes. They began to brainstorm how to combine forces to better understand how
PETase digests PET.

After their brainstorming pint, the two recruited Johnson, Donohoe, and Rorrer, as well as another
colleague in Florida, Lee Woodcock, whose sophisticated computer models simulate how cellular
chemicals work. Then, they got started.

First, the team needed to understand how PETase breaks down its chosen plastic. The molecules in a
polymer are like connected Lego bricks that can just pull apart. For PET, PETase is the puller. But to
understand how PETase could grab onto and torque the plastic’s molecules, the team needed enough of
the enzyme to be able to map it.

That's where Johnson's cellular expertise came in. Working with an outside company, they synthesized
the gene that produces PETase so it could later be slipped into E. coli, a single-celled organism that is
quick and easy to grow in a lab. He sent the genetic code across the pond to McGeehan's lab. There, the
mutant food-poisoner had some grub and began pumping out PETase.

McGeehan schlepped the PETase enzyme to a facility with a super-powerful X-ray microscope that uses
light 10 billion times stronger than the sun to probe samples and create atomic-scale pictures. Inside the
exotic microscope, supercooled magnets guided the X-rays until the scientists could see PETase itself—
and not just its goo-making effects.

This is a no-brainer, Beckham thought at the time: The enzyme, he reasoned, initially evolved to eat
cutin, and clearly had adapted in the presence of so much trash to have a new favorite food.
The form, function, and evolutionary idea in hand, the team submitted their paper for publication in
October 2017. But the origin story—their most beloved part—was problematic. “One of our reviewers
said, ‘No, you have to show that,’” Beckham recalls.

Bagaimanapun, semua sampah plastik itu sendiri adalah konsekuensi yang tidak disengaja. Bahan
sintetis mulai, sebagian, sebagai pengganti gading untuk menyelamatkan gajah dari pembantaian. Tetapi
inovasi itu juga membawa kita ke tempat kita saat ini: kewalahan dan putus asa. Jumlah plastik yang
diproduksi manusia setiap tahun — lebih dari 300 juta ton — memiliki berat sekitar lima kali lipat dari
semua orang.

Kami menggunakan sebagian besar polimer modern kami hanya sekali: dalam botol air, botol sampo,
botol susu, tas chip, tas belanjaan, pengaduk kopi. Setiap tahun, hampir 9 juta ton sampah berakhir di
lepas pantai. Anda mungkin pernah mendengar tentang Great Pacific Garbage Patch: sebuah wilayah di
bagian utara samudera tempat arus yang berputar-putar menyatukan semua sampah itu. Tetapi
tahukah Anda bahwa pada tahun 2050, laut lepas dapat menggunakan lebih banyak plastik daripada
ikan?

———

Sebagian besar tim enzim yang tidak disengaja bekerja di Lab Energi Terbarukan Nasional di Golden,
Colorado. Kampus itu mendorong kaki bukit Pegunungan Rocky, yang dengan cepat menanjak karena
kehampaan menjadi puncak setinggi 14.000 kaki. Panel surya menempati atap hampir semua bangunan.
Di dalam Gedung Laboratorium Uji Lapangan, tempat kelompok itu bekerja, sebuah spektrum pipa
utilitas ROYGBIV membentang di sepanjang langit-langit dan dinding.

Mereka, bersama dengan rekan-rekannya di Florida, Inggris, dan Brasil, membentuk semacam tim
impian untuk penelitian daur ulang berbasis bio khusus ini: Nicholas Rorrer menciptakan polimer. Gregg
Beckham mencoba mencari tahu bagaimana bahan kimia bakteri dan jamur memecah senyawa seperti
selulosa, bahan utama dalam dinding sel tanaman dan banyak sayuran. Bryon Donohoe mempelajari
bagaimana sel-sel dengan enzim pemakan polimer bekerja.

Awak kapal pertama kali mengetahui konsep tersebut ketika majalah Science edisi Maret 2016
membawa berita bahwa para peneliti di Jepang telah menemukan spesies bakteri aneh dalam sampel
tanah di dekat pabrik daur ulang botol di kota Sakai. Itu bisa chomp melalui polyethylene terephthalate,
umumnya dikenal sebagai PET, yang banyak digunakan produsen untuk membuat botol plastik dan
wadah. Sebuah tim yang dipimpin oleh Kenji Miyamoto, seorang ahli biosains di Universitas Keio,
menemukan bahwa organisme itu mengeluarkan enzim, yang mereka namakan PETase, yang melucuti
polimer menjadi potongan-potongan kimia. Mereka menyebut organisme ini Ideonella sakaiensis yang
luar biasa, setelah kota asalnya. Meski begitu, tidak untuk diss Ideellaella, tetapi tidak bekerja cukup
cepat: Diberikan enam minggu dan suhu tropis, itu bisa makan melalui film PET. Tidak persis seperti
pabrik daur ulang yang efisien. Plus, untuk tumbuh perlu perawatan dan makan yang hati-hati.

Segera setelah artikel jurnal muncul, Beckham mendapati dirinya di Inggris, minum bir dengan John
McGeehan dari University of Portsmouth, seorang rekan dalam penelitian selulosa dan seorang ahli
memetakan struktur enzim kecil. Mereka mulai melakukan brainstorming bagaimana menggabungkan
kekuatan untuk lebih memahami bagaimana PETase mencerna PET.

Setelah brainstorming pint mereka, keduanya merekrut Johnson, Donohoe, dan Rorrer, serta rekan
lainnya di Florida, Lee Woodcock, yang model komputernya yang canggih mensimulasikan cara kerja
bahan kimia seluler. Kemudian, mereka memulai.
Pertama, tim perlu memahami bagaimana PETase memecah plastik yang dipilihnya. Di situlah keahlian
seluler Johnson masuk. Bekerja dengan perusahaan luar, mereka mensintesis gen yang memproduksi
PETase sehingga nantinya bisa dimasukkan ke E. coli, organisme bersel tunggal yang cepat dan mudah
tumbuh di laboratorium. Dia mengirim kode genetik melintasi kolam ke lab McGeehan. Di sana, racun
makanan mutan memiliki beberapa grub dan mulai memompa keluar PETase.

McGeehan menyelipkan enzim PETase ke fasilitas dengan mikroskop sinar-X super kuat yang
menggunakan cahaya 10 miliar kali lebih kuat dari matahari untuk menyelidiki sampel dan membuat
gambar skala atom. Di dalam mikroskop eksotis, magnet super-dingin memandu sinar-X sampai para
ilmuwan bisa melihat PETase sendiri — dan bukan hanya efek pembuatannya.

Ini bukan masalah, pikir Beckham saat itu: Enzim itu, ia beralasan, awalnya berevolusi untuk memakan
cutin, dan jelas telah beradaptasi dengan begitu banyak sampah untuk mendapatkan makanan favorit
baru.

When they announced the discovery in April 2018, people latched on to its oopsiness. John
McGeehan got a Goop award from Gwyneth Paltrow’s pseudoscience wellness brand. He tried to
reject it, but there is no rejecting Gwyneth Paltrow. But for this group, being famous wasn’t
enough. And improving PETase a little wasn’t either. “There’s probably room here to make it a
heck of a lot better,” Beckham says.

Ideonella sakaiensis, turns out, is far from the only organism that can use plastic waste as fuel. "Bacteria probably
do just evolve to eat things all around them," says genetic engineer Johnson. Biologists have known for decades that
existing enzymes, such as the so-called esterases that microbes and fungi spit out, can break down PET and nylon.

Plastics floating in Lake Zurich carry four organisms primed to eat polyurethane. In the ocean, investigators in India
have discovered bacterial species that can degrade polyvinyl alcohol, which waterproofs paper.

In its own search for better polymer eaters, the dream team recently recruited new players from Montana State
University who study extremophiles boiling in the brightly colored pools of Yellowstone. Selfie-snapping tourists
throw a lot of trash into those hot springs. At temperatures like these—sometimes more than 400 degrees—plastic
melts.

To a bacterium, munching overheated junk is like taking speed: Everything happens a lot faster. If the scientists can
find an extremophile, or engineer one, that likes it hot and eats PET, then they’re one step closer to a process that
works fast enough to be useful in the real world.

ideonella sakaiensis, ternyata, jauh dari satu-satunya organisme yang dapat menggunakan limbah plastik
sebagai bahan bakar. "Bakteri mungkin hanya berevolusi untuk memakan sesuatu di sekitar mereka,"
kata insinyur genetika Johnson. Para ahli biologi telah mengetahui selama puluhan tahun bahwa enzim
yang ada, seperti yang disebut esterase yang dikeluarkan mikroba dan jamur, dapat memecah PET dan
nilon.

Plastik yang mengambang di Danau Zurich membawa empat organisme yang siap memakan poliuretan.
Di laut, para peneliti di India telah menemukan spesies bakteri yang dapat menurunkan alkohol polivinil,
yang tahan air kertas. Kelompok lain menemukan jamur yang cutinase-nya juga mengunyah PET.

Dalam pencariannya sendiri untuk pemakan polimer yang lebih baik, tim impian baru-baru ini merekrut
pemain baru dari Montana State University yang mempelajari ekstrofil mendidih di kolam Yellowstone
yang berwarna cerah. Turis self-gertakan membuang banyak sampah ke mata air panas itu. Pada suhu
seperti ini — terkadang lebih dari 400 derajat — plastik meleleh.

Bagi seorang bakteri, mengunyah sampah yang kepanasan sama dengan mengambil kecepatan:
Semuanya terjadi jauh lebih cepat. Jika para ilmuwan dapat menemukan ekstrofil, atau merekayasa,
yang suka panas dan makan PET, maka mereka selangkah lebih dekat ke proses yang bekerja cukup
cepat untuk berguna di dunia nyata.

The team is also trying to create new life by injecting the PETase gene into bacteria that is less picky
than Ideonella. Beckham pulls up an unpublished paper and scrolls to before-and-after pictures.
After four days in a test tube with a new mutant, a bit of hole-punched plastic is what he calls "a soupy
mix of crap." "Crap," here, is chewed-up plastic parts.

The effort, in other words, is working. As Beckham looks at his pictures, he laughs and recalls a link
people sent him when the team's first paper came out. It pointed to a 1971 book called Mutant 59:
The Plastic-Eaters. In the tale, a polymer-dissolving virus takes over—killing spacecraft, crashing
planes, sinking submarines, and generally causing uncontrollable chaos as it destroys seemingly all the
plastic in the world.

Tim ini juga berusaha menciptakan kehidupan baru dengan menyuntikkan gen PETase ke dalam bakteri
yang kurang pilih-pilih dari Ideonella. Beckham menarik kertas yang tidak dipublikasikan dan menggulir
ke gambar sebelum dan sesudah. Setelah empat hari dalam tabung reaksi dengan mutan baru, sedikit
plastik berlubang adalah apa yang ia sebut "campuran omong kosong pekat." "Omong kosong," di sini,
adalah komponen plastik yang dikunyah.

Upaya itu, dengan kata lain, berhasil. Saat Beckham melihat foto-fotonya, dia tertawa dan mengingat
sebuah tautan yang dikirimkan orang ketika kertas pertama tim keluar. Itu menunjuk ke sebuah buku
tahun 1971 berjudul Mutant 59: The Plastic-Eaters.

This world won’t exist tomorrow, or next year. But it’s a foreseeable future, synthesized through the dream team’s microbes, or
others’, and whatever nature brings to the polymer picnic table. If they succeed, we’ll be able coexist with plastics, not atop of a
heap of them.

This article was originally published in the Summer 2019 Make It Last issue of Popular Science.

Dunia ini tidak akan ada besok, atau tahun depan. Tetapi ini adalah masa depan yang dapat diramalkan,
disintesis melalui mikroba tim impian, atau yang lain, dan apa pun yang dibawa alam ke meja piknik
polimer. Jika mereka berhasil, kita akan bisa hidup berdampingan dengan plastik, bukan di atas
tumpukan mereka. Artikel ini awalnya diterbitkan di Musim Panas 2019 Make It Last issue of Popular
Science.