PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018

Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

DNA Barcode dan Molekuler Filogeni Turbo sp. di Perairan

Manokwari Papua Barat

DNA Barcode and Molecular Filogeni of Turbo sp. in Manokwari Waters

West Papua

Simon P.O Leatemia1, Abraham W. Manumpil2, Dandi Saleky3,

Muhammad Dailami4

1
Jurusan Manajemen Sumber Daya Perairan, FPIK, Universitas Papua, Manokwari, 98314, Indonesia
2
Jurusan Ilmu Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, UNIPA, Manokwari, 98314, Indonesia
3
Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan, Fakultas Pertanian Universitas Musamus Merauke.
4
Jurusan Kimia, FMIPA, Universitas Papua, Manokwari, 98314, Indonesia

Email: [email protected], [email protected], [email protected], [email protected]

ABSTRACT

Turbo sp. has a lots of species with similar shell shape, make it difficult to identify the species
morphologically. DNA barcoding is effective and can be used to identify Turbo sp. to species
level. This study aims to identify Turbo sp. gastropods found in Manokwari Waters, West
Papua. 12 samples of Turbo sp. were colected from 3 different location in Manokwari named
Asai, Rendani and Mansinam Island. DNA amplification using mitochondrial oxidase 1 genes
resulted in 650 base pairs DNA for all samples. Identified three Turbo sp. species that are Turbo
bruneus, Turbo setosus and Turbo sparverius with a similarity ranges from 96 to 99%. Genetic
distances between individuals ranges from 0.000 (0%) to 0.016 (1.6%) while interspecies
distances were 0.105 (10.5%) to 0.118 (1.8%). Phylogenetic reconstructions showed individual
within the same species were closely related and each species was formed their own clade.
Geographic distance between sampling sites and different habitat can affected both morphology
and genetic of Turbo sp.

Key words: DNA barcode; Genetic Distance; Phylogenetic; Turbo sp.

ABSTRAK

Turbo sp. memiliki beragam jenis dengan bentuk cangkang yang mirip, sehingga menyebabkan
secara morfologi sulit untuk diidentifikasi. DNA barcode efektif dan dapat digunakan dalam
mengidentifikasi spesies Turbo sp. Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi
gastropoda: Turbo sp. yang ditemukan di Perairan Manokwari, Papua Barat. Total 12 sampel
Turbo sp. dikoleksi di 3 lokasi berbeda di Perairan Manokwari yaitu Asai, Rendani dan Pulau
Mansinam. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan gen mitokondria oksidase 1 dihasilkan
panjang 650 bp (base pair) dari semua sampel. Teridentifikasi 3 spesies Turbo sp. yaitu Turbo
bruneus, Turbo setosus dan Turbo sparverius dengan tingkat kemiripan 96% - 99%. Jarak
genetik antar individu berkisar 0.000 (0%) - 0.016 (1.6 %) sedangkan antar spesies berkisar
0.105 (10.5 %) - 0.118 (1.8 %). Rekonstruksi filogeni menunjukkan kekerabatan yang erat antar

103
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

individu dalam spesies yang sama spesies dan membentuk clade sendiri tiap spesies. Jarak
geografis antar lokasi sampling dan perbedaan habitat Turbo sp. dapat mengakibatkan
perbedaan secara morfologi dan genetik.

Kata kunci: DNA barcode; Jarak Genetik; Filogenetik; Turbo sp.

PENDAHULUAN

Turbo sp. merupakan organisme herbivora pemakan alga (Wernberg et al., 2008),
hidup pada zona intertidal berbatu maupun terumbu karang (Soekendarsi, 2018),
bersifat nokturnal dan dimanfaatkan oleh masyarakat di pesisir sebagai bahan makanan
(Saleky et al., 2016; Hamzah, 2015). Turbo sp. dapat ditemukan di pesisir Manokwari
dengan beragam jenis, variasi warna maupun bentuk yang mirip sehingga menyebabkan
secara morfologi sulit untuk diidentifikasi.
ldentifikasi makhluk hidup secara konvensional awalnya dilakukan dengan cara
membandingkan aspek morfologi dan anatomi (Arbi, 2013). Penggunaan DNA
mitokondria dalam analisis biogeografi dan sistematik pada hewan sering tidak sejalan
dengan analisis morfologi. Salah satu penyebabnya yaitu karakter morfologi seringkali
memperlihatkan fenomena cryptic species (Purnamasari et al., 2016). Identifikasi
gastropoda berdasarkan karakter morfologi dapat mengalami kesulitan karena cangkang
gastropoda dapat mengalami perubahan warna ataupun bentuk akibat perubahan kondisi
lingkungan (Urra et al., 2007) dan juga terjadi perubahan morfologi dalam setiap
tahapan kehidupan suatu spesies (Puillandre et al., 2009).
DNA barcode telah terbukti menjadi metode alternatif yang baik dalam
mendukung pendekatan identifikasi konvensional, teknik DNA barcode memungkinkan
identifikasi baik organisme hidup maupun yang telah mati (Meier et al., 2006). DNA
barcode dapat digunakan untuk mengidentifikasi organisme dalam berbagai tahapan
pertumbuhan dan juga dapat mengidentifikasi baik organisme utuh, potongan tubuh,
larva maupun telur organisme (Ward et al., 2009).
Penggunaan DNA mitokondria sebagai penanda genetik dalam studi variabititas
genetik intraspesifik (interpopulasi) telah memberikan informasi secara kualitatif
maupun kuantitatif (Duryadi, 1994). Gen COI pada organisme umumnya dipergunakan
dalam penelitian DNA barcode dan identifikasi (Hebert et al., 2003; Borges et al.,
2015), keanekararagam spesies pada suatu region, identifikasi cryptic spesies maupun
strategi konservasi suatu spesies (Puillandre et al., 2011; Bucklin et al., 2011; Sun et al.,
2016). Gen COI juga berhasil dalam mengidentifikasi dengan tingkat kesalahan
identifikasi yang rendah (Borges et al., 2015), juga efektif dalam mengidentifikasi
spesies dari suatu area wilayah yang luas (Lukhtanov et al., 2009). DNA barcode
menjadi menjadi alat penting dalam identifikasi spesies, pemahaman tentang evolusi
maupun keanekaragaman hayati (Kress et al., 2014).
Beberapa penelitian gastropoda telah dilakukan di pesisir Manokwari seperti,
Tandisinding (2009), di pesisir Asai Manokwari Utara mengidentifikasi Turbo sp. yang

104
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

ditemukan adalah jenis Turbo marmoratus. Ngilawane (2016), kelimpahan dan

komposisi kimia Turbo sp. di Pulau Mansinam tidak mengidentifikasi sampai tingkatan
spesies. Saleky et al., (2016), melalui pendekatan DNA barcode mengidentifikasi Turbo
sp. di perairan Nuni adalah Turbo sparverius dan Turbo bruneus. Melimpahnya Turbo
sp. di perairan Manokwari dan masih kaburnya identifikasi melalui morfologi cangkang
maka sangat penting untuk dilakukan identifikasi dengan DNA barcode untuk
menginventarisir jenis-jenis Turbo sp. yang tersebar di perairan Manokwari Papua
Barat.

METODE PENELITIAN

Pengambilan Sampel
Total 12 sampel Turbo sp. dikoleksi di 3 lokasi berbeda di perairan Manokwari
yaitu Pantai Asai, Pantai Rendani dan Pulau Mansinam (Gambar 1). Sampel
diidentifikasi secara morfologi dengan menggunakan buku identifikasi yaitu Indonesian
Shells II (Dharma 1992) dan Recent & Fossil Indonesian Shell (Dharma 2005). Sampel
Turbo sp. yang ditemukan kemudian difoto dan diambil sampel jaringan kaki perutnya.
Sampel jaringan Turbo sp. yang didapatkan kemudian disimpan dalam tabung sampel
yang berisi ethanol 96 %.

Gambar 1. Lokasi pengambilan sampel Turbo sp. di tiga populasi di Manokwari Papua
Barat: Pantai Asai, Pantai Rendani dan Pulau Mansinam.

105
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Analisis Molekuler
Analisis molekuler dilakukan di Sub Laboratorium Genetika, Fakultas Perikanan
dan Ilmu Kelautan Universitas Papua Manokwari. Ekstraksi DNA dari jaringan kaki
perut dengan menggunakan extraction kit (Geneid DNA Extraction Kit).
Penelitian ini menggunakan primer universal yang biasa digunakan pada
organisme invertebrata yaitu primer forward (LCO1490) yaitu
5’GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3’ dan primer reverse (HCO2198) yaitu
5’-TTAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3’ (Folmer et al., 1994). Reaksi PCR
dilakukan dengan total volume 50 µl yang terdiri atas 2.5 µl masing-masing primer, 1 µl
DMSO, 25 µl GoTaq Green Master Mix, 14 µl ddH2O dan template DNA 5 µl. Profil
PCR meliputi denaturasi awal 94 °C selama 15 detik, denaturasi 94 °C selama 30 detik,
annealing pada 50 °C selama 30 detik dan extention pada 72 °C selama 45 detik dan
final extention pada 72 °C selama 10 menit, semua proses tersebut dilakukan dengan
pengulangan sebanyak 40 siklus. Hasil PCR yang teramplifikasi positif kemudian
dikirim untuk disequencing di perusahaan jasa sequencing yaitu 1st Base Malaysia.

Analisis Data
Hasil sekuensing yang didapat kemudian diedit dan diurutkan dengan
menggunakan model ClustalW (1.6) (Tamura et al. 2013) pada program MEGA 6
(Moleculer Evolutionary Genetic Analysis). Data hasil sekuen nukleotida yang telah
diedit kemudian dicocokkan dengan data yang tersedia pada GeneBank di NCBI
(National Center for Biotechnology Information) dengan menggunakan BLAST (Basic
Local Alignment Search Tool) dan juga Boldsystem. Rekonstruksi pohon filogeni Turbo
sp. menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) dengan model Kimura 2-parameter,
nilai bootstrap 1000x. Dihitung juga jarak genetik antar individu pada spesies yang
sama dan juga jarak genetik antar spesies menggunakan program MEGA 6.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Karakteristik Molekuler
DNA barcode adalah teknik identifikasi baru dengan pendekatan molekuler
(Pramono et al., 2017). Penggunaan teknik DNA barcode pada gen mitokondria COI
telah banyak digunakan ke beberapa biota laut oleh para peneliti dan hasilnya terbukti
berhasil. Panjang hasil amplifikasi PCR semua sampel Turbo sp. dengan menggunakan
primer LCO - HCO adalah 650 bp (base pair). Berdasarkan hasil identifikasi
mengunakan BLAST pada National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan
Boldsystem ditemukan 3 spesies yaitu Turbo sparverius, Turbo bruneus dan Turbo
setosus dengan tingkat kemiripan 96% - 99% (Tabel 1). Hasil penelitian Saleky et al.,
(2016), di perairan Nuni ditemukan 2 spesies yaitu Turbo sparverius dan Turbo bruneus
dengan panjang sekuen DNA 650 bp.

106
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Tabel 1. Hasil identifikasi spesies menggunakan BLAST di National Center for

Biotechnology Information (NCBI)
No Spesies Lokasi Hasil Blast (%)
1 Turbo sparverius Asai 99 %
2 Turbo sparverius Asai 99 %
3 Turbo sparverius Asai 99 %
4 Turbo sparverius Asai 99 %
5 Turbo setosus Mansinam 97 %
6 Turbo setosus Mansinam 96 %
7 Turbo setosus Mansinam 97 %
8 Turbo setosus Mansinam 97 %
9 Turbo bruneus Asai 99 %
10 Turbo bruneus Asai 99 %
11 Turbo bruneus Rendani 99 %
12 Turbo bruneus Rendani 99 %

Kesalahan identifikasi secara morfologi dapat terjadi akibat rusaknya sampel

dalam pengawetan yang cukup lama dan juga dapat disebabkan oleh kesamaan
morfologi. Kesulitan pengidentifikasian juga terjadi pada spesies yang mengalami
perubahan morfologi dalam setiap fase kehidupan suatu spesies (Purnamasari et al.,
2016). Turbo sp. termasuk dalam kelompok gastropoda laut dari family Turbinidae.
Gastropoda family Turbinidae dicirikan memiliki cangkang tunggal yang tebal,
berbentuk spiral kerucut (conical) dan memiliki operculum (Setyono et al., 2003).

Gambar 2. Morfologi Turbo bruneus (A), Turbo sparverius (B), Turbo setosus (C)

Turbo sp. dicirikan dengan cangkang yang padat, tidak berpori dengan variasi
warna yang beragam dan dapat tumbuh mencapai ukuran yang beragam antar spesies.
Cangkang T. sparverius dapat tumbuh hingga panjang 75 mm. T. setosus memiliki
warna operculum yang berwarna becorak putih sedangkan T. spaverius memiliki warna
operculum terdapat corak warna hitam, kecoklatan maupun kehijauan. Operculum T.
bruneus berwarna hitam dan hijau tua (Dharma, 2005), Operculum gasropoda

107
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Turbinidae berfungsi sebagai struktur pertahanan pasif terhadap pemangsa (Vermeij &
Williams, 2006).

Jarak Genetik
Pengukuran jarak genetik menggunakan model substitusi nukleotida, suatu sekuen
DNA akan dibandingkan satu nukleotida dengan nukleotida lainnya (Dharmayanti,
2001). Jarak genetik antar individu pada spesies Turbo bruneus adalah 0.000 (0%),
antar individu Turbo setosus berkisar 0.000 - 0.016 (0 - 1.6%) dan jarak genetik antar
individu Turbo sparverius berkisar 0.000 - 0.005 (0 - 0.5%).

Tabel 2. Jarak genetik antar individu dan antar spesies Turbo sp. dalam penelitian ini
No Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
1 Turbo bruneus - * * * * * * * * * *
2 Turbo bruneus 0.000 - * * * * * * * * *
3 Turbo bruneus 0.000 0.000 - * * * * * * * *
4 Turbo bruneus 0.000 0.000 0.000 - * * * * * * *
5 Turbo setosus 0.110 0.110 0.110 0.110 - * * * * * *
6 Turbo setosus 0.104 0.104 0.104 0.104 0.014 - * * * * *
7 Turbo setosus 0.110 0.110 0.110 0.110 0.000 0.014 - * * * *
8 Turbo setosus 0.108 0.108 0.108 0.108 0.002 0.016 0.002 - * * *
9 Turbo sparverius 0.108 0.108 0.108 0.108 0.122 0.112 0.122 0.120 - * *
10 Turbo sparverius 0.104 0.104 0.104 0.104 0.122 0.112 0.122 0.120 0.003 - *
11 Turbo sparverius 0.108 0.108 0.108 0.108 0.122 0.112 0.122 0.120 0.000 0.003 -
12 Turbo sparverius 0.102 0.102 0.102 0.102 0.120 0.110 0.120 0.118 0.005 0.002 0.005

Tabel 3. Analisis jarak genetik (D) individu dalam spesies dan antar spesies T. bruneus,
T. setosus dan T. sparverius.

Jarak Genetik Spesies T. bruneus T. setosus T. sparverius

Individu Dalam T. bruneus 0.000 - -
spesies T. setosus - 0.008 -
T. sparverius - - 0.002
Antar T. bruneus
spesies T. setosus 0.108 - -
T. sparverius 0.105 0.118 -

Jarak genetik individu dalam spesies Turbo sp. yang dianalisis berkisar antara 0.000
(0%) - 0.008 (0.8 %). Jarak genetik antar spesies 0.105 (10.5 %)- 0.118 (11.8 %).
Terlihat bahwa jarak genetik antar individu dalam suatu spesies yang sama kurang dari
3 % sedangkan jarak genetik antar spesies yang berbeda lebih dari 3 %. Spesies yang
memiliki jarak genetik >3 % tergolong beda spesies (interspesies) (Hebert et al., 2003).
Jarak genetik juga memperlihatkan bahwa semakin dekat jarak genetik suatu spesies
dengan spesies lainnya maka semakin dekat kesamaan gen COInya (Nei, 1972).

108
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Jarak genetik antar individu T. bruneus meskipun dikoleksi dari 2 lokasi yang
berbeda yaitu Rendani dan Asai tetapi memiliki kedekatan secara genetik diakibatkan
terjadinya sharring genetik antar kedua lokasi tersebut. Penyebaran larva organisme laut
menjadi faktor penentu konektivitas antar spesies maupun populasi dalam suatu wilayah
geografis (Couceiro et al., 2007) dan arus menjadi faktor penting dalam transport
genetik tersebut. Kesamaan genetik tersebut juga dapat diakibatkan karena kesamaan
habitat yaitu intertidal berbatu yang menyebakan terjadinya kesamaan secara genetik.
Morfologi dan genetik dapat dipengaruhi oleh kondisi habitat suatu spesies (Urra et al.
2003).

Pohon Filogeni
Pengetahuan tentang filogenetik memberikan informasi penting seperti
pengetahuan tentang respon spesies terhadap perubahan iklim, konservasi dan
pengelolaan spesies serta pemanfaatan spesies ekonomis penting (Williams, et al., 2008.
Pohon filogeni dibentuk dari 21 sekuen Turbo sp. terdiri dari 12 sekuen Turbo sp. dari
perairan Manokwari dan ditambahkan sekuen dari Boldsystem sebanyak 9 sekuen
individu dengan lokasi, Id SampeL, Id Sequen dan Id BIN (Tabel 4).

Tabel 4. Data sequen yang digunakan dalam analisis filogenetik termasuk lokasi, Id
SampeL, Id Sequen dan Id BIN dari Bold System
No Spesies Lokasi Sampel ID Sequen ID BIN
1 Turbo bruneus St Johnos Island, AM403929 GBMLG5681-08 BOLD:AAE8170
Singapura
2 Turbo bruneus St Johnos Island, AM049381 GBMLG0491-06 BOLD:AAE8170
Singapura
3 Turbo bruneus Sabah, Malaysia AM403931 GBMLG5679-08 BOLD:ACE9131
4 Turbo bruneus Sabah, Malaysia AM403930 GBMLG5680-08 BOLD:ACE9131
5 Turbo sparverius Taiwan AM403911 GBMLG5739-08 BOLD:AAW8583
6 Turbo setosus Longkang,Taiwan AM403910 GBMLG5740-08 GBMLG5741-08
7 Turbo setosus Okinawa, Jepang AM403909 GBMLG5741-08 GBMLG5741-08
8 Turbo setosus Jepang AM403909 SSEO1335-16 GBMLG5741-08
9 Trochus niloticus - AY923938 GBMLG1754-06 BOLD:AAG0476
Rekonstruksi pohon filogeni dengan metode Neighbor-Joining (NJ) dengan model
Kimura 2-parameter, pohon filogeni yang terbentuk terbagi atas 2 clade besar yaitu
clade 1 adalah Turbo setosus dan clade 2 adalah Turbo bruneus dan Turbo sparverius
dengan out group digunakan sekuen Trocohus niloticus. Pohon filogeni berdasarkan
sekuen DNA dengan metode NJ menunjukkan bahwa kelompok in group terpisah dari
outgroup Trochus niloticus (AY923938). Pohon filogeni menunjukkan
pengelompokkan antar spesies dan invividu berdasarkan kemiripan sekuen dengan nilai
bootstrap yang relatif tinggi. Nilai bootstrap yang tinggi menentukan kestabilan dari
pembentukan pohon filogeni menentukan tingkat kestabilan pembentukan pohon
tersebut (Wirdateti et al., 2015).

109
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Gambar 3. Rekonstrukti pohon filogeni menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ)

dengan model Kimura 2-parameter, bootstrap 1000x.

Pohon filogeni T. bruneus dengan nilai bootstrap 100 menunjukkan T. bruneus

terbagi atas 2 clade yaitu clade 1 terdiri dari T. bruneus asal Manokwari tergabung
menjadi 1 clade dengan T. bruneus asal Singapura sedangkan clade kedua adalah T.
bruneus asal Malaysia. Sekuen T. bruneus asal perairan Manokwari memiliki kemiripan
sekuen dengan T. bruneus asal Singapura, hal tersebut menunjukkan perbedaan yang
sedikit pada nukleotida spesies T. bruneus dari kedua lokasi. Hal tersebut dapat
meminimalkan variasi genetik antara setiap invividu dan spesies (Chee & Nor, 2014;
Samsir et al., 2016).
Didukung pula oleh jarak genetik T. bruneus asal perairan Manokwari dan T.
bruneus Asal singapura sebesar 0.006 (0.6 %) sedangkan T. bruneus asal perairan
Manokwari dan T. bruneus asal Malaysia sebesar 0.016-0.0017 (0.16-0.17 %). Pohon
filogeni T. sparverius terbagi atas 2 clade yaitu clade T. sparverius asal Manokwari dan
clade T. sparverius asal Taiwan. Pohon filogenetik T. setosus dengan nilai bootstrap
terbagi menjadi 2 clade yaitu clade T. setosus asal Manokwari dan clade T. setosus asal

110
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Jepang dan Taiwan. Variasi genetik dan morfologi populasi dipengaruhi oleh kondisi
ekologi spesies dan sejarah hidup suatu spesies (Silva et al., 2007).

Gambar 4. Jaringan haplotipe dari T. bruneus, T. sparverius dan T. setosus dari lokasi
yang berbeda di Manokwari dan beberapa lokasi lainnya. Setiap haplotipe
diwakili oleh lingkaran, sedangkan ukuran lingkaran menunjukkan frekuensi
haplotipe.

Jumlah total haplotipe yang didapatkan adalah 12 haplotipe terdiri atas 4 haplotipe
(T. bruneus), 4 haplotipe (T. bruneus) dan 4 (T. Setosus). Terdapatnya haplotipe yang
sama pada beberapa lokasi menunjukan terjadinya sharring genetik antar beberapa
lokasi. Pada organisme laut, arus menjadi media transport genetik antar lokasi.
Keragaman genetik suatu spesies memberikan kemampuan untuk beradaptasi terhadap
perubahan lingkungan. Keragaman genetik juga merupakan modal dasar bagi untuk
tumbuh, berkembang dan beregenerasi. Ukuran keragaman genetik dan populasi yang
besar mendukung suatu spesies dalam berkembang dari satu generasi ke generasi
berikutnya (Gu et al., 2015). Semakin jauh lokasi dan isoloasi geografis dapat
menyebabkan sulit untuk terjadinya sharring genetik. Pada gastropoda laut terdapat
korelasi jarak dan gene flow, semakin jauh jarak antar lokasi semakin besar jarak
genetik karena tidak terjadinya gene flow antar lokasi (Couceiro et al., 2007).

KESIMPULAN

Berdasarkan identifikasi dengan teknik DNA barcode ditemukan 3 spesies yaitu

Turbo bruneus, Turbo setosus dan Turbo sparverius. Pohon filogeni menunjukkan
pengelompokkan antar spesies dan invividu berdasarkan kemiripan sekuen dengan nilai

111
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

bootstrap yang relatif tinggi. DNA barcode efektif dan dapat digunakan dalam
mengidentifikasi gastropoda Turbinidae.

UCAPAN TERIMA KASIH

Penulis menyampaikan terima kasih kepada DRPM Dikti yang telah memberikan
dana melalui Hibah Penelitian Dosen Pemula tahun 2017 sehingga penelitian ini bisa
terlaksana. Ungkapan terima kasih juga disampaikan Kepada Matheos Rayar, S.Ik yang
telah membantu mengoleksi sampel di lapangan.

DAFTAR PUSTAKA

Arbi, U.Y., 2013. Operkulum: Bagian Kunci Untuk Identifikasi Gastropoda Yang
Sering Terabaikan. Oseana, xxxv. I:1- 14.
Borges, L.M.S., Claudia Hollatz, C., Lobo, J., Cunha, A.M., Vilela, A.P., Calado, G., Rita
Coelho, R., Ana, C., Costa, A.C., Ferreira, M.S.G., Costa, M.H., Costa, F.O., 2016. With
a little help from DNA barcoding: investigating the diversity of Gastropoda from
the Portuguese coast. Scientific Reports, 6: 20226 doi:10.1038/srep20226.
Bucklin, A., Steinke, D., Blanco-Bercial, L., 2011. DNA Barcoding of Marine Metazoa.
Annual Review of Marine Science. 3:471-508. DOI: https://doi.org/10.1146/annurev-
marine-120308-080950.
Chee, S.Y., Nor, S.A.M., 2014. DNA barcoding reveals neritid diversity (Mollusca:
Gastropoda) diversity in Malaysian waters, Mitochondrial DNA Part A, 27(3): 2282-
2284, DOI:10.3109/19401736.2014.987237.
Couceiro, L., Barr Eiro, R., Ruiz, J.M., Sotka, E.E., 2007. Genetic Isolation by
Distance among Populations of the Netted Dog Whelk Nassarius reticulatus (L.)
along the European Atlantic Coastline. Journal of Heredity 2007:98(6):603–610.
DOI:10.1093/jhered/esm067.
Dharma, B., 1992. Indonesian Shells II. Sarana Graha. Jakarta.
Dharma, B., 2005. Recent & Fossil Indonesian Shell. PT. Ikrar Mandiriabadi. Indonesia.
Dharmayanti, N.L.P.I., 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme
Berdasarkan Sejarah Evolusi. Wartazoa, 21: 1.
Duryadi, D., 1994. Peran DNA Mitokondria (mtDNA) Dalam Studi Keragaman Genetik
dan Biologi Pada Hewan. Hayati, 1(1): 1-4.
Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., Vrijenhoek, R., 1994. DNA primers for
amplification of mitochondrial cytochrome oxidase subunit I from diverse
metazoan invertebrates. Mol Mar Bio Biotech, 3: 294–299.
Gu, Q.H., Husemann, M., Ding, B., Luo, Z., Xiong, B.X., 2015. Population genetic
structure of Bellamya aeruginosa (Mollusca: Gastropoda: Viviparidae) in China:
weak divergence across large geographic distances. Ecology and Evolution, 5
(21): 4906 - 4919.

112
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Hamzah, M.S., 2015. Sintasan Dan Pertumbuhan Anakan Siput Mata Bulan (Turbo
chrysostumus L.) Pada Kondisi Suhu Yang Berbeda. J. Ilmu dan Teknologi
Kelautan Tropis, 7 (1) : 299-308.
Hebert, P.D.N., Ratnasingham, S., deWaard, J.R., 2003. Barcoding animal life:
cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species.
Proceedings of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences, 270:
313-322.
Kress, W.J., Garcı´a-Robledo, C., Uriarte, M., Erickson, D.L., 2014. DNA barcodes
for ecology, evolution, and conservation. Trends in Ecology & Evolution, xx:1–
11. Doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.tree.2014.10.008.
Lukhtanov V,A., Sourakov, A., Zakharov, E.V., Hebert, P.D.N., 2009. Dna barcoding
central asian butterflies: increasing geographical dimension does not significantly
reduce the success of species identification . Mol Eco Res, 9 (5): 1302-1310.
Meier, R., Shiyang, K., Vaidya, G., Ng, P.K.L., 2006. DNA Barcoding and Taxonomy in
Diptera: A Tale of High Intraspecific Variability and Low Identification Success.
Systematic Biology, 55 (5): 1 715 – 728.
DOI: https://doi.org/10.1080/10635150600969864.
Nei, M., 1972. Genetic distance between population. Amer Nat, 106 :283-292.
Ngilawane, P., 2016. Kelimpahan dan komposisi kimia Turbo spp. Di pulau mansinam.
Jurusan Perikanan Fakultas Perikanan Dan Ilmu Kelautan. UNIPA . Manokwari.
Skripsi Sarjana (Tidak diterbitkan).
Pramono, T.B., Arfiati, D., Maheno S.,Widodo, M.S.,Yanuhar, U., 2017. Identifikasi
Ikan Genus Mystus dengan Pendekatan Genetik. J Sumberdaya Akuatik
Indopasifik, 1 (2):123-131.
Puillandre, N., Strong, E.E., Bouchet, P., Boisselier, M.C., Couloux, A., Samadi, S., 2009.
Identifying gastropod spawn from DNA barcodes: possible but not yet
practicable. Mol Eco res, 9 (5) : 1311-1321.
Puillandre, N., Meyer, C.P., Bouchet, P., Olivera, B, M., 2011. Genetic divergence and
geographical variation in the deep-water conus orbignyi complex (Mollusca:
Conoidea). Zoologica Scripta.40 (4): 350–363.
Purnamasari, L., Farajallah, A.,Wowor, D., 2016. Aplikasi DNA barcode pada
penentuan spesies udang air tawar yang berasal dari Provinsi Jambi.
BioCONCETTA, II (1). ISSN: 2460-8556, E-ISSN: 2502-1737.
Saleky, D., Setyobudiandi, I., Toha, H.A.,Takdir, M., Madduppa, H.W., 2016. Length-
weight relationship and population genetic of two marine gastropods species
(Turbinidae:Turbo sparverius and Turbo bruneus) in the Bird Seascape Papua,
Indonesia. BIODIVERSITAS, 17 (1): 208-217.
Samsir, S. A., Bunawan, H., Yen, C. C., Noor, N. M. 2016. Dataset of SSR markers for
ISSR-Suppression-PCR to detect genetic variation in Garcinia mangostana L. in
Peninsular Malaysia. Data in Brief, 8, 1438–1442.
http://doi.org/10.1016/j.dib.2016.08.016.
Setyono, D.E.D., Kusuma, H,A., Badi,B.F., 2013. Oseana.XXXVIII,3:1-8.

113
PROSIDING SEMINAR NASIONAL MIPA UNIPA KE 3 TAHUN 2018
Swissbell Hotel, Manokwari, 9 Agustus 2018

Silva, S.E., Silva, I,C., Madeira, C., Sallema, R., Octávio, S., Paula, P.J., Genetic and
morphological variation in two littorinid gastropods: evidence for recent
population expansions along the East African coast, Biological Journal of the
Linnean Society, 108 (3): 494–508. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1095-
8312.2012.02041.x.
Soekendarsi, E., 2018. The Habitat of Yellow Mouth Turban Turbo Chrysostomus ,
Linnaeus, 1758. J of Physics Conference Series, 979 (1): 012040. DOI: 10.1088/1742-
6596/979/1/012040.
Solihin, D.D., 1994. Peranan DNA mitokondria dalam studi keragaman genetik dan
biologi populasi pada hewan. Hayati, 1 (1):1 - 4. ISSN 0854-8587.
Sun, Y., Li, Q., Kong, L., Zheng, X., 2012. DNAbarcoding of Caenogastropoda along
coast of China based on the COI gene. Molecular Ecology Resource, 12: 209–
218.
Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., Kumar, S.. 2013. MEGA5:
Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood.
Evolutionary Distance. and Maximum Parsimony Methods. Mol Biol Evol, 28
(10): 731-2739.
Tandisinding, Y., 2009. Struktur Komunitas Gastropoda Dan Pemanfaatanya Di Pesisir
Perairan Kampung Asai Distrik Manokwari Utara. Jurusan Perikanan Fakultas
Peternakan Perikanan Dan Ilmu Kelautan. UNIPA . Manokwari. Skripsi Sarjana
(Tidak diterbitkan).
Urra, A., Oliva, D., Sepulveda, M., 2007. Use of a Morphometric Analysis to
Differentiate Adelomelon ancilla and Odontocymbiola magellanica
(Caenogastropoda: Volutidae) of Southern Chile. Zool Stud, 46(3): 253-261.
Vermeij, G., Williams, S. T. 2007. Predation and the geography of opercular thickness
in turbinid gastropods. Journal of Molluscan Studies, 73, 67–73.
Ward, R.D., Anner, R.H., Hebert, P.D.N., 2009. The campaign to DNA barcode all
fishes, FISH-BOL. J of Fish Biology, 74: 329–356. Doi. doi:10.1111/j.1095-
8649.2008.02080.x.
Wernberg, T., White, M., Vanderklift, M.A., 2008. Population structure of Turbinid
gastropods on wave-exposed subtidal reefs: effects of density. body size and algae
on grazing behaviour. Mar Ecol Prog Ser, 362: 169–179.
William, S.T, Karube, S, Ozawa,T., 2008. Molecular systematics of Vetigastropoda:
Trochidae, Turbinidae Trochoidea redefined. Zoologica Scripta, 37 (5) : 483–506.
Wirdateti., Indriana,E., Handayani., 2015. Analisis Sekuen DNA Mitokondria
Cytochrome Oxidase I (COI) mtDNA PadaKukang Indonesia (Nycticebus spp)
sebagai Penanda Guna Pengembangan Identifikasi Spesies. Jurnal biologi
Indonesia, 12 (1):119-128.

114