Human Subjects System (HSS)

(Grantees)
 
 
 
 

System Version 1.00.06

Document Version 1.2.1
May 23, 2019
 
HSS User Guide for Agency Staff

CONTACT US

Document Comments:
We value your feedback on this document.  
How are we doing? The Communications & Documentation Team of the electronic Research 
Administration (eRA) is dedicated to serving our community and welcomes your feedback to assist 
us in improving our user guides. Please send comments about the user guide to this 
address: [email protected].
Troubleshooting support:
Please contact the eRA Service Desk:
Toll-free: 1-866-504-9552
Phone: 301-402-7469
TTY: 301-451-5939
Web: https://inside.era.nih.gov/eRA_helpdesk.cfm (Preferred method of contact)
Email: [email protected] (for Commons Support)
Email: [email protected] (for IMPAC II Support)
Hours: Mon-Fri, 7:00 a.m. to 8:00 p.m. Eastern Time
 

DISCLAIMER STATEMENT

No data shown in illustrations represents any real account, project, or individual. Any resemblance 
to actual accounts, projects, or individuals is purely coincidental.

Human Subjects System (HSS) 2 May 23, 2019

HSS User Guide for Agency Staff

DOCUMENT HISTORY

System Document
Date Description of Change Author
Version Version
June 21, 2018 1.0.0 1.0.0 Initial publication of document eRA Communications

August 14,  1.00.01 1.1.0 Updates to migrated  eRA Communications

2018 IDR information for CT questions, 
warning on RPPR if CT indicated 
and no study is included, and new 
topic - "How To Change the 
Application Status and Resubmit".

August 23,  1.00.02 1.1.1 Added Additional Resources topic eRA Communications

2018

Human Subjects System (HSS) 3 May 23, 2019

HSS User Guide for Agency Staff

System Document
Date Description of Change Author
Version Version
September 13,      eRA Communications
2018
1 HSS Delegation
Originally, only a Signing Official 
(SO) could submit HSS records to 
NIH.  W ith this release of HSS, 
both the Progress Report 
delegation and the Submit 
delegation will be extended to 
HSS records.

  l Progress Report Delegation
  o Permits the contact 
Principal 
Investigator (PI) to 
delegate to a user 
with either the 
ASST (Assistant) or 
AO (Administrative 
Officer) role to 
work on a Progress 
Report, including 
HSS records.
 o The SO, Account 
Administrator (AA), 
or AO can assign 
the Progress Report 
delegation to 
another PI named 
on the award, 
permitting them to 
work on a Progress 
Report, including 
HSS records.
  l Submit Delegation
  o The Submit 
delegation can be 
assigned to the 
contact PI by the 
SO, permitting the 

Human Subjects System (HSS) 4 May 23, 2019

HSS User Guide for Agency Staff

System Document
Date Description of Change Author
Version Version
PI to submit all 
progress reports for 
Streamlined Non-
competing Award 
Process (SNAP) 
awards.  The PI is 
then listed as the 
Signing Official for 
that report. This 
functionality now 
includes the 
submission of HSS 
records.

January 28,  Updates have been made to the  eRA Communications

2019 Edit Studies topic regarding 
Editing Inclusion Counts.

March 29,  1.2.0 Updates made to the Edit Studies  eRA Communications

2019 topic to provide clarity on the two 
options available to access a 
study's edit screen.

May 23, 2019 1.00.06 1.2.1 Updated link to the training page  eRA Communications

in the About HSS topic.

The most current version of this document will be available on the eRA intranet: 
http://era.nih.gov/files/HSS_user_guide.pdf

Human Subjects System (HSS) 5 May 23, 2019

HSS User Guide for Agency Staff

TABLE OF CONTENTS

1 HSS Delegation 4
1 The Human Subjects System (HSS) 1
1.1   Purpose 1
1.2   Key Changes 1
1.3   How NIH grantees will use the system 2
1.4   Resources 2
2.1   Access Human Subjects System (HSS) 3
2.1.1  Human subjects information may need to be updated in the following scenarios: 3
2.0.0.1  Here is a quick summary of the ways HSS can be accessed (more detailed 
instructions follow): 3
2.1.2  To edit an existing study, log into eRA Commons and access the Human Subjects 
link via the RPPR or Status tabs. 4
2.0.0.2  Access via Status 4
SOs 4
PIs 6
Access via RPPR 8
3.1   Crosswalk Between IMS & HSS 10
4.1   Editing Studies 11
4.1.1  Human subjects information may need to be updated in the following scenarios: 11
4.1.2  To edit an existing study, log into eRA Commons and access the Human Subjects 
link via the RPPR or Status tabs. 11
4.0.0.1  Option 1 13
4.0.0.2  Option 2 14
4.1.3  Inclusion Enrollment Report 17
4.1.4  Editing Inclusion Counts 20
4.0.0.3  To use the template: 22

Human Subjects System (HSS) 6 May 23, 2019

HSS User Guide for Agency Staff

4.1.5  PI and SO Actions 24
5.1   Adding Studies 26
5.1   How To Change the Application Status and Resubmit 27
5.1.1  To revise and resubmit an application: 27
6.1   Convert Delayed Onset to Full Study Record 31
6.1.1  Flow: 31
7.1   Study Statuses 33
8.1   When Should I Access HSS via the Status Module? 34
8.1.1  When to Use the Status Module Instead of RPPR 34
8.1   Roles & Privileges 34
8.1.1  HSS ROLES & PRIVILEGES: 34
8.1   Additional Resources (HSCT form and more) 35

Human Subjects System (HSS) 7 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

1 The Human Subjects System (HSS)

1.1 Purpose
The HSS system is a shared system that enables grant recipients to electronically report and update 
their data on human subjects and clinical trials to NIH; and for NIH agency staff to monitor and 
manage the data. HSS replaced the Inclusion Management System (IMS) and all IMS data 
submitted to NIH by June 8, 2018 was migrated to the new system.
The HSS is automatically populated by human subjects and clinical trial data entered by the 
principal investigator on the Human Subjects and Clinical Trial Information form in applications 
submitted for due dates of January 25, 2018 and beyond. This data is then made available to PIs 
and signing officials through a Human Subjects link that will be available on the eRA Commons 
Status screen and the Research Performance Progress Report (RPPR).

NOTE: HSS replaced the Inclusion Management System (IMS), used for reporting participant 
sex/gender, race, and ethnicity information.  The Inclusion link no longer appears on the Commons 
Status page as of June 9, 2018.

1.2 Key Changes

 1.  NIH migrated enrollment records in IMS to HSS.  Updates to enrollment records must have
been submitted to NIH no later than June 8, 2018 or entered in HSS.  Updates not 
submitted by June 8, 2018 are not available in HSS and must be re-entered.
 2.  NIH recipients completing an RPPR (Research Progress Performance Report) will be 
prompted to access HSS to update inclusion enrollment reports. Recipients may access the 
system through the Human Subjects link in the RPPR or the eRA Commons Status page.
 3.  Section 6: Clinical Trial Milestone Plan is intended for use in progress reports for competing 
applications submitted on or after January 25, 2018 and is not currently required unless 
otherwise noted in the Funding Opportunity Announcement or terms and conditions of 
award.  Recipients should refer to the RPPR Instruction Guide for guidance.
 4.  The HSS system includes a new interface and workflow.  When submitting studies to NIH, 
Signing Officials (or delegated contact PIs) will submit all study records associated with an 
application at one time rather than separately.
 5.  Participant-level sex/gender, race, ethnicity and age data may be submitted in a CSV file to 
populate the Inclusion Enrollment Report.  Participant level data will be required for 
applications submitted January 25, 2019 or later.  See NOT-OD-116 for additional 
information.
 6.  Investigators and signing officials may make study updates or corrections (including just-in-
time or off-cycle updates) by accessing HSS through the Human Subjects link in the eRA 

The Human Subjects System 1 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Commons Status page.  Some changes, including those involving increased risk to human 
participants, may require prior approval by NIH.

1.3 How NIH grantees will use the system

Depending on their roles and privileges, NIH grantees can use the Human Subjects system to:

 l Edit existing studies
 l Add studies
 l Convert Delayed Onset studies

1.4 Resources
Additional resources such as video tutorials, crosswalk, and infographic on the Human Subjects 
System (HSS) are available at https://era.nih.gov/help-tutorials/hss/era-training-hss.htm?q=help-
tutorials/era-training-hss.htm.
Additional information about the PHS Human Subjects and Clinical Trials Information form is 
available at https://grants.nih.gov/policy/clinical-trials/new-human-subject-clinical-trial-info-
form.htm.

The Human Subjects System 2 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

2.1 Access Human Subjects System (HSS)

The Human Subjects System can be accessed by Principal Investigators (PIs) or Signing Officials 
(SOs) through either the RPPR or through the Status screen in eRA Commons

2.1.1 Human subjects information may need to be updated in the

following scenarios:
 l Post-award for updates to the Research Performance Progress Report (RPPR)
 l Pre-award (post review) for just-in-time information or correction of human subjects data
 l Off-cycle updates as required in the Funding Opportunity Announcement or terms and 
conditions of award
 l Corrections to human subject data

2.0.0.1 Here is a quick summary of the ways HSS can be accessed (more detailed
instructions follow):

 l SO: Status tab > General Search screen > Specific Award >Action column > Human 
Subjects Link
 l PI: Status tab > Status — PI Search screen > Status Result — List of Applications/Awards 
screen > Specific Award >Action column > Human Subjects Link
 l Both: RPPR tab > Manage RPPR > Specific Grant > RPPR Menu screen > Edit button > 
Inclusion Section (G.4.b) > Human Subjects Link

Each method will result in access, via HSCT Post Submission, to inclusion enrollment reports in 
regular and delayed onset study records.

Access Human Subjects System 3 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

2.1.2 To edit an existing study, log into eRA Commons and access the
Human Subjects link via the RPPR or Status tabs.
2.0.0.2 Access via Status
SOs

 l SOs will now see a link on the Status page for Pending Human Subjects Action. 

 l Select the Pending Human Subjects Action link to be taken to the Search for Applications 

screen. On this screen, you may search via a submission status or use additional details to 

Access Human Subjects System 4 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

narrow the search results. 

 l On the resulting hitlist, click the Select button. The application summary page will be 
displayed. 

 l Additionally, the SO may use the General Search on the Status screen to produce a hitlist of 

Access Human Subjects System 5 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

applications and then select the Human Subjects link in the Action column. 

PIs

 l A PI can click on the Status tab and then on List of Applications/Awards to see a list of their 
applications. 

Access Human Subjects System 6 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 l The resulting hitlist will have a Human Subjects button in the Available Actions column 

on those applications with Inclusion Enrollment Reports (IERs). IERs replace the Inclusion 
Data Records (IDRs) used in the prior inclusion management system.
Selecting the Human Subjects button will open the Summary page for that application with 

Access Human Subjects System 7 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

the HSCT Post Submission tab available to access the human subjects data. 

Access via RPPR

To Access HSS via an RPPR, select the RPPR tab and then, in the Edit view, select the tab 
labeled, G Special Reporting Req. 

After selecting the  GSpecial Reporting Req tab, scroll down to section G.4.b Inclusion Enrollment

Data and then select the link for Human Subjects. 

Access Human Subjects System 8 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

The above methods will take the user to the Application Information screen and provide access to 
the HSCT Post Submission tab.
Click on the HSCT Post Submission tab. This will take you to a Study Record(s) screen where all 
study records and delayed onset studies associated with your grant are displayed. 

Access Human Subjects System 9 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

3.1 Crosswalk Between IMS & HSS

There are differences in the way that inclusion data was accessed and managed in the retired IMS 
module compared to HSS. Please see this handy resource to figure out the differences.
Crosswalk between the Inclusion Management System and HSS - Word; May 16, 2018

Crosswalk Between IMS & 10 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

4.1 Editing Studies

In order to edit study information, the Principle Investigators (PIs) or Signing Officials (SOs) can 
access the HSCT form using the Human Subjects links in either the RPPR or through the Status 
screen in eRA Commons. Refer to Access Human Subjects System (HSS) for details.

4.1.1 Human subjects information may need to be updated in the

following scenarios:
 l Post-award for updates to the Research Performance Progress Report (RPPR)
 l Pre-award (post review) for Just-in-Time (JIT) information or correction of human subjects 
data
 l Off-cycle updates as required in the Funding Opportunity Announcement (FOA) or terms 
and conditions of award

4.1.2 To edit an existing study, log into eRA Commons and access the
Human Subjects link via the RPPR or Status tabs.
The Application Information screen is displayed, showing a summary of your grant. You have two 
ways of accessing and editing the study data. Both begin by accessing the HSCT Post Submission 
tab.
Click on the Human Subjects Post Submission tab. This will take you to a Study Record(s) screen 
where all study records and delayed onset studies associated with your grant are displayed. 

Editing Studies 11 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Editing Studies 12 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

4.0.0.1 Option 1

 l Click on the View button to open the study record data. 

 l To update the human subjects information on that study, including inclusion enrollment data, 
click the Edit button at the top of the screen. 

Editing Studies 13 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 l The study record will be opened and the fields may be updated.

4.0.0.2 Option 2

 l Select the HSCT Post Submission tab and then click on the Edit button. (click to view)

 l Now you will see that the existing study has an Edit button available and there are 
additional buttons to add regular or delayed onset studies. 

Editing Studies 14 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Editing Studies 15 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 l Select the Edit button for the existing study to open the edit screen.

IMPORTANT: If the initial competitive segment was submitted on or after January 25, 2018 
(i.e. a Forms E application) without a ClinicalTrials.gov Identifier (an NCT number), enter the 
appropriate NCT number in the field numbered 1.5.
Select the Populate button and the system will do a best effort copy of form data from the official 
Clinical Trials records. 

Editing Studies 16 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

4.1.3 Inclusion Enrollment Report

Standalone PHS Inclusion Enrollment Report forms are no longer used. Instead, data collection for 
up to 20 Inclusion Enrollment Reports has been folded into each Study Record. Click on the link in 
Section 2 of the Study Record screen to initiate the Inclusion Enrollment Report. 

Editing Studies 17 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

For each Inclusion Enrollment Report, applicants will need to indicate whether an existing dataset 

or resource will be used and whether the enrollment location type is domestic or foreign.
There are also a few optional fields in the report, including a text entry Comments section. 

Editing Studies 18 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Planned and Cumulative enrollment data collection has been separated into separate tables. 

Editing Studies 19 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

4.1.4 Editing Inclusion Counts

Inclusion data is found at the end of Section 2. 

Editing Studies 20 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

There are two ways to edit the existing Inclusion Enrollment Report (IER) data for Cumulative 
(Actual) counts:

 1.  You can update the cells online in the existing report itself.
 2.  You can download a template for entering participant-level data by clicking on the 
Download Participant Level Data Template button.
This will download a spreadsheet file in the proper CSV format to be used by the system.

NOTE:
 o If you plan to upload the data, you must use the template by selecting the Download
Participant Level Data Template button. This will be a CSV file that can be 
updated with new totals.

Editing Studies 21 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 o Individual-level participant data on sex/gender, race, ethnicity, and age at enrollment 
will be required in progress reports for competitive applications submitted for due 
dates on or after January 25, 2019 (see NIH Guide Notice NOT-OD-18-116).

4.0.0.3 To use the template:

 n Download the spreadsheet template for entering participant -level data by clicking on the 
Download Participant Level Data Template button. Fill the template with data for the 
study.
 l The columns in the template should not be altered; altering the format or category 
titles will result in an error during the uploading process.
 l Data may be copied/transferred into the template from another source or entered 
directly into the template.
 n Once the new totals have been entered into the template and the file has been saved, use the 
Upload Participant Level Data Attachment button to upload the file which will update 
the Cumulative counts. 

Editing Studies 22 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

If you need to clear the current records, use the Remove Current Participant Level Data button. 

Editing Studies 23 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

For the Planned counts, the cells must be updated online in the report itself. 

The entire study can be previewed before submission by clicking on the Preview Study button on 
the left navigational column under Actions. 

4.1.5 PI and SO Actions

If the PI is making changes:

 l The PI can click the Save and Release Lock button to save the changes.

 l The submission status changes to Work in Progress.
 l PI changes status to Ready for Submission.

Editing Studies 24 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 l SO logs into ASSIST, finds the application, and submits it.

NOTE: If the SO has delegated Submit authority to the contact PI, the PI may submit the 
application.

If the SO is making changes:

 l The SO can click the Save and Keep Lock button to save the changes.

 l The submission status remains in Work in Progress.
 l The SO must click the Save and Release Lock button to allow the application to have the 
status changed.
 l SO changes status to Ready for Submission.
 l The Submit action becomes active on the Application Information page.
 l SO clicks on the Submit button

NOTE: The SO can delegate Submit authority to the contact PI. If this delegation is not 
done, only the SO can submit the application to NIH. The submission sends all updated 
study records associated with the application to NIH at one time.

Program officials and grant specialists are notified automatically of study changes and can review 
those changes. Some changes may require prior approval. 

Tip: If the application has been submitted and needs to be placed back into a work in progress 
status, refer to these instructions to perform this action; 
https://era.nih.gov/erahelp/ASSIST/default.htm#ASSIST_Help_Topics/5_Preview_Print_
Submit/Revise_Application.htm?Highlight=status

Editing Studies 25 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

5.1 Adding Studies

After the initial submission of the application, additional studies may be added once the summary 
statement is released.
Access the HSCT Post Submission tab via the Human Subjects links in the Action column of 
Status or the Human Subjects link in section G.4.b in the progress report. 

Any study records already submitted will be displayed and may be viewed and buttons to Add
New Study and Add New Delayed Onset Study will be displayed. Click on the appropriate 
button to add studies. 

Adding Studies 26 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Once the study has been added be sure to use the Save and Keep Lock or Save and Release

Lock buttons to secure your updates.
 

5.1 How To Change the Application Status and Resubmit

5.1.1 To revise and resubmit an application:
 1.  From the Application Information page select the Update Submission Status button from 
the Action list on the left side of the screen.
The Update Status window displays.

Adding Studies 27 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 2.  Select the Work in Progress status from the Select Status drop-down list.

 3.  Complete the status update:
 a.  Enter a comment in the provided text box.
 b.  Select the Add comment button.
-OR-
 c.  Select the link titled or continue without adding a comment to update the status 
without entering a comment in the provided text box.

Adding Studies 28 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

 4.  Select the component needing revision from the Component Type section of the page.

 5.  Select the Update Component Status button from the Actions section of the page.

 6.  Update the status of the component to Work in Progress by selecting it from the drop-down 

box, entering comments, and selecting the Add Comment button. 

Once the status of the component is Work in Progress, the appropriate component form(s) can be 
updated. Navigate to the appropriate forms, make the changes, and re-submit the application. Refer 
to the help topic titled Submit the Application for information on submitting the application.

Adding Studies 29 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

NOTE: Only the signing official (SO) or a delegated contact PI can submit the application to NIH.

Adding Studies 30 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

6.1 Convert Delayed Onset to Full Study Record

6.1.1 Flow:
 1.  Click on the Edit Button
 2.  Click the Convert button – the system displays following warning:
 a.  Clicking “Convert” will change this record to a full study record and the study will no 
longer be considered delayed onset.  The delayed onset justification will be removed.  
Are you sure you want to make this change?"
 3.  If you choose the Cancel option, you will stay on the Post Submission screen and the 
Delayed Onset remains as Delayed Onset
 4.  If you choose the Continue option you will be taken to the Study Page with title populated 
and rest of the fields empty.
 5.  Select Save (and keep or release lock) after completing the fields on the Study Page.
 6.  The action of saving the study removes the study from the Delayed Onset Study table and a 
new study is saved and added to the Study Record table. 

Convert Delayed Onset to Full 31 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

Convert Delayed Onset to Full 32 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

7.1 Study Statuses

A status will be maintained for each study version. There will be two primary values used:
Received by Agency: any new study version will have this status.  Studies that initially come in on 
initial submission will have this status, and any post-submission of the study will have this status.
Accepted: when an award occurs, any studies for which the awarded project is the primary project 
will have this status.  The latest version will also be labeled with the relevant FY of the award.

NOTE: The Status of a study version on a contract application should always be set to 
"Accepted".

Study Statuses 33 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

8.1 When Should I Access HSS via the Status Module?

HSS is used to view and maintain inclusion data associated with your grant(s) and can be accessed 
in one of two ways, both through the eRA Commons system: via the Status module –or– via the 
RPPR Section G. Special Reporting Requirements. 

8.1.1 When to Use the Status Module Instead of RPPR

There are several reasons why you might need to access inclusion data through Commons Status 
rather than through your progress report. For example:

 l Before award of a competitive application, changes may be necessary to the inclusion data 
submitted with the application via Grants.gov.
 l Post-award, there may be a requirement to provide more frequent updates to inclusion 
enrollment in addition to any reporting associated with the RPPR.

Inclusion data cannot always be updated using Status. When application is undergoing peer 
review, the inclusion data is not accessible in the Human Subjects System. Also, after a grant is 
awarded, only the View links will be available for the IERs associated with fiscal year award. The 
data for a given fiscal year is locked when the award is issued and no further updates can be made. 
At that point, you can make updates via Status for the record associated with the next fiscal year.
For details on using the Status module for accessing HSS, please refer to Access HSS. You can 
also access the HSS Online Help by selecting the help icons ('?') on any of the HSS screens. 

8.1 Roles & Privileges

8.1.1 HSS ROLES & PRIVILEGES:
Below are the roles and associated privileges pertinent to managing studies and projects in HSS.

Principal Signing
Investigator Official
View study records X X
Receive notifications   X
Edit all HSCT and IER fields (except HS exemption and 
X X
clinical trial code)
Initiate study record submission X X
Submit study record X (if delegated by SO) X

*Only the Signing Official (or SO-delegated contact PI) can submit study records

When Should I Access HSS via 34 May 23, 2019

HSS User Guide for Grantees

8.1 Additional Resources (HSCT form and more)

HSS relies on information from more than one source and not all information provided in the HSS 
online help and PDF guides is exhaustive. Below are links to additional resources to provide 
greater detail and explanation on the various topics and systems related to HSS.

 l HSCT form in ASSIST
 o Basic Information (Study Record - Section 1)
 o Study Population Characteristics (Study Record - Section 2 )
 o Protection and Monitoring Plans (Study Record - Section 3 )
 o Protocol Synopsis (Study Record - Section 4)   
 o Other Clinical Trial-related Attachments (Study Record - Section 5)
 o Inclusion Enrollment Report
 o Participant Level Data Collection
 l ASSIST (online help) - HSS leverages ASSIST screens and therefore has the same look and 
feel.
 l HSS Training - Contains links to user guide, video tutorials, IMS to HSS Crosswalk, and 
infographic of the HSS process
 l How to Apply - Application Guide - Use application instructions, along with guidance in the 
funding opportunity announcement, to submit grant applications to NIH, CDC, FDA and 
AHRQ.   

When Should I Access HSS via 35 May 23, 2019