Lesson 9 ­ What is Life?

Site: UNSW Moodle
Course: PHYS1160­Introduction to Astronomy Summer Session 2017
Book: Lesson 9 ­ What is Life?
Printed by: Samir Mustavi
Date: Monday, 23 January 2017, 11:06 AM
Table of contents
What is Life?
9.1 Properties of Life
9.2 Defining Life
9.3 Classifying Living Organisms
9.4 Taxonomy
9.5 Evolution by Natural Selection
9.6 Heredity and Variation
9.7 Evidence for Evolution
9.8 The Basis of Heredity
9.9 DNA — Deoxyribonucleic Acid
9.10 RNA — Ribonucleic acid
9.11 Proteins
9.12 Roles in Living Cells
9.13 Key Processes in Molecular Biology
9.14 Energy and Life
9.15 Photosynthesis
9.16 Respiration
What is Life?
SHOW WHOLE LESSON AS A SINGLE WEB PAGE                                       GO TO FIRST PAGE

Lesson 9 Overview
9.1 Properties of Life
In this lesson we will give a brief introduction to biology ­ the science of life. As we saw in the
introduction to astrobiology, if we want to understand where we might find life in the universe, we need
to understand life, how it originates and evolves, and how it adapts to different environments.

In this lesson we will look at the properties of life, and how we might define life. We will look at the
classification of living organisms. We will look at the process of evolution by natural selection, the role
of energy in living organisms, and the fundamental chemistry that allows life to operate and evolve.
Properties of Life

Organization — Living organisms are ordered structures (e.g. composed of cells) rather than
random collections of molecules.
Growth and Development — Living organisms grow and develop for at least part of their life
cycle.
Response to Environment — Living organisms respond to their environment in various ways, in
order to retain their own internal environment (homeostasis). An example is sweating in order to
maintain temperature.
Reproduction — Living organisms reproduce, and they reproduce in such a way as to produce
offspring that resemble themselves and can also reproduce.
 Use Energy — All living organisms use energy to enable them to function. Plants obtain energy
from sunlight, animals from their food. Even a microbe needs energy in order for its fundamental
chemical processes to operate. Higher organisms need energy, for example, to maintain their
body temperature and for their muscles to function.
Evolution — Living organisms evolve over time through the process of natural selection. As a
result they become better adapted to their environment.
9.2 Defining Life
Do these six properties constitute a definition of life?
Unfortunately, it turns out to be very difficult to try to define life. Many non­living things share some of
the properties we have described. For example, a crystal has organisation and can grow.
So should we say that life requires all of these six properties? Then we find other problems. A mule is a
sterile hybrid between a horse and a donkey. It cannot reproduce. Does this mean that it is not living?

What about viruses. These can reproduce and evolve, but they can't do it on their own. They depend on
the chemical machinery of a host cell. Scientists still debate whether or not they are alive.

So coming up with a definition of life is difficult, even if we restrict ourselves to life as we know it on
our own planet. If we want a definition that would include any life we might find elsewhere in the
universe it becomes even more difficult.
This is as far as we will go with this discussion here. You might want to explore further how scientists
have attempted to define life, and discuss the issue on your group discussion forum.
See these links for some views:

Life's Working Definition ­ Does it Work? (NASA Astrobiology Magazine)
Defining Life, Steven A, Benner — Published in Astrobiology

Forming a Definition for Life : Interview with Gerald Joyce (NASA Astrobiology Magazine)
9.3 Classifying Living Organisms
Living organisms are classified using the system first introduced by Linnaeus in the 18th century.

Every type of organism is given a unique name in two parts. — a genus (or generic category) and a
species (or specific category).

Thus the scientific name for humans is Homo sapiens. Here Homo is the genus and sapiens is the
species.

Note the way that it is written. Such names are always given in italics, and the genus (but not the
species) begins with a capital letter.

A lm about Carl Linnaeus | Natural Hi...

The system of classifying living organisms is known as Taxonomy.

Genus and species lie at the bottom of a hierarchy of increasingly broader classifications.
Kingdom

  Phylum (or Division)

    Class

       Order
          Family

             Genus

                 Species

Additional levels may be added to the scheme as needed for certain groups of organisms, (for example,
superclass, subclass, infraorder, cohort, tribe etc.).

In the system of Linnaeus there were two kingdoms (animals and plants). Nowadays there are more
kingdoms. You may well have learnt the 5­kingdom system if you did biology at school, where the five
kingdoms are animals, plants, fungi, protists (protozoa etc.), and monera (bacteria and similar
organisms)

As we shall later modern systems add a further level, the domain, which lies above kingdom. 

The full classification for humans is then as follows
Kingdom Animalia animals
Phylum Chordata animals with a notochord
Subphylum Vertebrata possessing a backbone
Class Mammalia mammals
Cohort Placentalia placental mammals
Order Primates primates
Suborder Anthropoidea monkeys (including apes)
Family Hominidae great apes (including humans)
Genus Homo humans (including extinct species)
Species sapiens modern humans
9.4 Taxonomy
Taxonomic classification is not set in stone. Biologists revise classifications as new species are
discovered and new data are obtained.
Traditionally taxonomy is based on morphology. Species that share the same structural features are
grouped together. So all animals with backbones are grouped into the subphylum Vertebrata, or
vertebrates.

Today this can be supplemented by molecular methods. We can compare the DNA sequences to see
which species are related. Classification based on DNA sequences reflect the evolutionary descent of
species.
9.5 Evolution by Natural Selection
Evolution is one of the most fundamental ideas in modern biology. The theory of evolution by natural
selection was proposed by Charles Darwin and Alfred Russel Wallace in 1858.

Darwin described the theory in detail in his book the Origin of Species published a year later. Darwin's
theory was a challenge to the orthodox idea at the time, that species were individually created and
unchanging.

The idea that species could change with time was not new. It had been advocated, for example, by
Frenchman Jean Baptiste Lamarck. But Lamarck's ideas were seen as radical, and Lamarck had been
unable to come up with a convincing mechanism.

What Darwin presented in his book, was firstly, a detailed account of the evidence for evolution, the
fact that species were changing with time, and secondly he outlined a mechanism for evolution, the
process of natural selection.
The theory proposes that species change over time because those that inherit favourable traits from their
parents are more likely to survive and reproduce than those that inherit unfavourable traits.

The process of natural selection

While changes over one generation are small, over millions of years major changes can occur resulting
in fundamentally different species.

Darwin was influenced by Thomas Malthus who wrote An essay on the Principle of Population.

According to Malthus, population should increase exponentially, but the availability of resources, such
as food, are limited.

Darwin realised that in the natural world this must mean competition for the available resources and
hence for survival. Only the most successful organisms, those with the genes which best adapt them for
their particular environment, will survive and go on to reproduce.
9.6 Heredity and Variation
Evolution depends on a number for features of reproduction in living organisms
1. Heredity

For evolution to operate offspring must inherit characteristics from their parents.

2. Variation

But evolution wouldn't work if offspring were perfect copies of their parents. They would be identical
and there would be no reason to select one rather than the other. Evolution depends on their being some
variation to provide different traits to select between.

In nature variation is provided by:

Mutations — random changes to genes produced by copying errors or environmental factors ­ for
example things like radiation damage to DNA.

Sex — In sexual reproduction each offspring receives a different mix of the genes of its parents, so each
offspring is unique and slightly different.
9.7 Evidence for Evolution

Science Works! Scientists agree, the e...

Kenneth Miller, Ph.D., Cell Biologist, Professor of Biology at Brown explains that in the scientific
community there is essentially universal agreement that the evidence of evolution is overwhelming.

What form does the evidence for evolution take

The Fossil Record —There is extensive fossil evidence for past species very different from those
alive today.
Artificial Selection —Selective breeding in domesticated species can cause major changes in
quite short periods. This process is analogous to the natural selection process responsible for
evolution.
Evolution in Action — We can see evolution occurring today in examples such as bacteria
evolving resistance to antibiotics. This is a case where we have changed the environment by
introducing antibiotics, and can see the bacteria evolving to better adapt to this changed
environment.
Human Evolution — The evolution of humans from ape­like ancestors has been studied in great
detail.
Evidence from DNA — All organisms share at least some of their genes — indicating descent
from a common ancestor.

Let's look at some of this evidence. If we go back through the fossil record we find species very
different from those living today. For example a type of invertebrate called trilobites were abundant
before 250 million years ago, and the dinosaurs were dominant from 230 million to 65 million years
ago.

The fossil record also shows us examples of species that are clearly intermediate stages in the
development of modern forms. A famous example is Archaeopteryx ­ a fossil that shows the early
stages of evolution of birds from dinosaurs.
 Dinosaurs
Trilobites were
were
once abundant
dominant
but died out
from 230 to
250 million
65 million
years ago
years ago

Many of our domesticated species of animals and plants are the product of selective breeding from
ancestors that may be very different to current breeds or varieties. For example all dog species are
descended from the Grey Wolf (Canis Lupus). This artificial selection process mimics the same process
that operates, over much longer periods, to cause new species to develop.
 Artificial Selection — All
dog breeds are descended
Grey Wolf from a single species, the
­ Canis grey wolf, illustrating how
lupus much variation can be
generated by selection over
just a few thousand years.

Darwin suggested that humans evolved from ape­like ancestors, and that this most probably happened
in Africa where the great apes, chimpanzees and gorillas are found. At the time he proposed this there
was no fossil evidence of human evolution. Subsequently an extensive record of extinct hominid
species has been uncovered and most of this evolution did indeed occur in Africa as Darwin suggested.
One of the famous fossil examples is the one called Lucy, a 3.2 million year old example of the species
Australopithecus Afarensis.

When Darwin proposed that
humans evolved from ape­life
ancestors there was no
relevant fossil evidence.
Subsequently an extensive
record of human evolution
has been uncovered.
Finding the Lucy Fossil — HHMI BioInteractive Video
9.8 The Basis of Heredity
Underlying all the processes we have just described is the fundamental mechanisms of heredity.

How is it possible for a tiny fertilised egg to develop into a complete human with all its anatomical
detail.

To understand heredity we need to look at the underlying chemistry and particularly the role of three
important molecules:

DNA (Deoxyribonucleic acid)

RNA (Ribonucleic acid)

Proteins
9.9 DNA — Deoxyribonucleic Acid
DNA is a polymer. That means it is a molecule built up from a chain of individual units joined together.

The units of DNA are called nucleotides. They come in four different varieties with different "Bases".
The bases are Adenine, Guanine, Cytosine and Thymine. These are often denoted by A, G, C and T.

The sequence of the different bases enables a DNA molecule to carry information. DNA forms a double
helix structure with the two halves of the helix joined together by base pairing. G can only link to C,
and A can only link to T.

DNA forms a double
helix through pairing
of the bases. Guanine
can only link to
Cytosine, and Adenine
can only link to
Thymine

This structure makes possible the copying of information. The two halves of the helix can be separated,
and a new strand added to each one to make two new copies of the original. The base pairing rules
ensure that the copies are identical to the original.
 Copying of DNA. The
original DNA double
helix splits into two
strands. Then a new
strand is added to each
one consistent with the
base pairing rules (G to
C, and A to T). This
forms two identical
copies of the original
9.10 RNA — Ribonucleic acid
RNA is a nucleic acid similar to DNA. Like DNA it is a polymer built from a chain of nucleotides
linked together.
RNA has a slightly different set of bases. Adenine, Guanine and Cytosine are the same as in DNA, but
Uracil is used in place of Thymine. (A, G, C and U).

Information can be transferred from DNA to RNA.

However RNA is usually single stranded, and doesn't form a double helix structure like DNA.
9.11 Proteins
Proteins are also polymers. They are made up of units called amino acids. There are 20 different amino
acids used in proteins. Proteins are used for a variety of functions in living organisms, for example
structural roles. However, their most important role is as enzymes. An enzyme is a protein that acts as a
catalyst (a substance that makes a chemical reaction go faster). Enzymes can be very efficient catalysts
speeding up reactions by as much as a million times. Virtually every chemical process in a living cell is
driven by an enzyme.

The way enzymes work is that the protein chain folds up into a complex 3 dimensional shape that
contains an active site which the reactants can fit into.

Structure
of an
Enzyme
9.12 Roles in Living Cells
DNA acts as an information store. It constitutes the genome of a living organism — the genetic
information that is passed from one generation to the next. The DNA carries a series of genes each of
which is the instructions for making a protein.

The proteins, many of which are enzymes, carry out the processes required to build and maintain a cell
by catalysing the relevant chemical reactions.

RNA plays an intermediate role in building the required proteins from the information stored in the
DNA.

Factory
analogy
to the
roles of
DNA and
Protein
enzymes
9.13 Key Processes in Molecular Biology
Replication —the copying of DNA
This involves "unzipping" the double helix, and adding a new complementary strand to
each half making two copies of the original.
This process occurs when a cell divides.
Transcription — copying from DNA to RNA
A messenger RNA molecule is made carrying a sequence copied from part of the DNA.
Translation — A protein molecule is built based on the messenger RNA (mRNA) sequence.
Each three letter "word" (sequence of three bases) or codon in the DNA sequence specifies
an amino acid according to the genetic code.
The process is carried out on a structure called the ribosome, with the help of transfer­
RNA.

The following video illustrates the process of replication.

DNA replication - 3D

And this one shows transcription and then translation. The processes by which a gene is read and used
to synthesise the corresponding protein.

From DNA to protein - 3D

Protein
synthesis takes
place by first
copying the
DNA sequence,
through the
process of
transcription,
onto messenger
RNA. The
process of
translation then
reads the
messenger RNA
sequence and
builds the
protein
described by it.
This process
takes place on
structures called
ribosomes.
9.14 Energy and Life
All living organisms require energy. As human beings we need energy to generate the heat to maintain
our body temperature, and to provide mechanical energy in our muscles. However, even a microbe
needs energy just to allow its fundamental chemistry to operate.

Many of the chemical reactions involved in metabolism are "endothermic" and require an energy source
to make them go.

Organisms can be classified according to the way they obtain energy.
Autotrophs are organisms that can obtain energy from light or inorganic chemical reactions.
Plants and some microbes are autotrophs
Heterotrophs are organisms that can only obtain energy from other organisms (e.g. by eating
them as food).
Animals, Fungi and many bacteria are heterotrophs.
Autotrophs can be further divided into chemoautotrophs, that obtain their energy from inorganic
chemical reactions, and photoautotrophs that obtain their energy from sunlight.

The latter process — obtaining energy from sunlight — is the predominant primary source of energy.
These organisms  obtain energy through the process of photosynthesis. They include plants and some
bacteria.

Photosynthesis takes place in green plants ­ Photosynthesis also takes place in
such as trees and grass cyanobacteria (blue­green bacteria)
9.15 Photosynthesis
Photosynthesis involves the following overall chemical reaction:
CO2 + H2O + energy ­> Glucose + O2

Photosynthesis provides energy to the organism. The chemical energy stored in the glucose and oxygen
can be reused. It also provides a source of organic chemicals needed for life. The glucose can be further
processed into a host of other chemicals needed for biological processes (e.g. proteins, DNA etc.).

A photosynthetic organism can build all its complex biological chemicals (proteins, nucleic acids, lipids
etc.) from water and air (CO2) and a few other elements (N, P etc.).
Heterotrophs (e.g. animals) cannot do this and have to obtain many of their organic chemicals (as well
as energy) from food.

A photosynthetic
organism such
as a plant can
obtain
everything it
needs  from
water, air and
sunlight, plus a
few minerals
obtained from
the soil.
9.16 Respiration
Respiration (cellular respiration) is the inverse process to photosynthesis. It enables the energy stored in
glucose and oxygen to be retrieved and used.
Glucose + O2 ­> H2O + CO2 + energy

Respiration takes place in every cell of the body.
The cycle of photosynthesis followed by respiration provides a way of converting energy in the form of
sunlight into chemical energy in a form a living cell can use.

The energy produced by respiration is stored in a molecule called ATP (Adenosine Triphosphate). This
molecule is the energy currency of living cells.

ATP consists of three Phosphate (PO3) groups linked to an Adenosine molecule. Removing one of the
phosphate groups (to make ADP) releases energy (30.5 kJ mol–1). Energy must be supplied to replace
the phosphate group. 

Chemical processes involved in metabolism are driven by energy stored in the form of ATP.